1. 원 처분의 요지

청구인이 ㅇㅇ00아0000호 등 52대의 차량{[별표1] “차량별 취득·등록일 및 지방세부과내역”(이하 “[별표1]”이라 한다) 참고, 이하 “이 사건 화물자동차들”이라 한다}을 취득하고 이를 등록한데 대하여 처분청은 창업중소기업이 사업용 재산을 취득·등록한 것으로 보아 2002. 4. 15.부터 2003. 4. 23. 사이에 취득세 및 등록세를 면제하였다.

이후, 처분청은 세무조사에서 청구인이 이 사건 화물자동차들을 사업용으로 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 청구인에게 취득세 84,293,530원과 등록세 81,793,190원, 합계 166,086,720원(가산세 포함)을 2005. 2. 7. 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

지방세법은 취득세 및 등록세의 납세의무자를 규정함에 있어 취득세는 실제 차량을 취득하는 자가 납세의무가 있는 실질과세 원칙을 취하고 있고 등록세는 등기, 등록을 받는 자가 납세의무가 있는 대표적인 형식과세 원칙을 취하고 있는 바, 취득세의 경우 실제소유자인 차주가 창업중소기업에 해당되고, 등록세의 경우도 등기·등록을 받는 청구인이 창업중소기업으로 감면요건에 해당될 뿐 아니라 자동차 등록원부 상 등록명의 이전사항이 없는데도 과세관청이 세무조사 시 회계장부에 차량운반구의 증가 및 감소로 회계 처리한 사실과 세금계산서를 제3자에게 발행한 사실을 가지고 이를 매각 및 처분한 것으로 보아 취득세 및 등록세를 추징하는 것은 세법 적용의 오해에서 기인된 것으로 취소되어야 함.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

청구인이 이 사건 화물자동차들을 직접사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 면제한 취득세 및 등록세를 추징한 것이 정당한 지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2002. 3. 19. 설립(법인등록번호 000000-0)되어 같은 해 4. 24. 화물자동차운수사업법 제3조의 규정에 의하여 등록(제0000-호)된 일반화물자동차운송사업자이다.

(2) 청구인은 이 사건 화물차들을 [별표1]의 취득일과 등록일에 각각 취득·등록하였고, 이에 대하여 창업중소기업의 사업용 재산임을 이유로 2002. 4. 15.부터 2003. 4. 23. 사이에 ‘자동차취득신고 및 자진납부세액계산서(자동차 등록세 납부신청서)’를 제출하면서 취득세 및 등록세 면제를 신청하였고, 처분청은 이를 면제하였다.

(3) 이 사건 화물차들에 대한 자동차등록증, 자동차원부, 이 사건 화물차들의 매입·매출에 관한 세금계산서, 사업자등록증 을 보면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구인은, [별표2] “차량별 차종 및 세금계산서 기재사항”과 같이 이 사건 화물차들을 현대자동차주식회사 등에게서 공급받았다는 내용의 세금계산서를 교부받았고, ㅇㅇㅇ 등 48인(이하 “위 ㅇㅇㅇ 등”이라 한다)에게 매입가액과 같은 가액으로 이 사건 화물차들을 공급하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였다.

(나) 위 ㅇㅇㅇ 등은 각자 관할 세무서에 사업자등록(사업종류는 화물)을 한 개별사업자들인데, 각각의 사업자등록증에는 위 ㅇㅇㅇ 등의 상호가 청구인의 상호에서 “ㅇㅇ회사”만 뺀 “ㅇㅇㅇㅇ”로 기재되어 있다.

(4) 청구인과 위 ㅇㅇㅇ 등은 「화물자동차운수사업법」 제26조 등 관련규정에 의하여 화물자동차운송사업의 관리를 위탁하는 “위수탁관리계약”을 체결하였는바, 그 내용에는 다음사항이 포함되어 있다.

(가) 위 ㅇㅇㅇ 등은 청구인에게 화물운송사업의 운영관리권을 위탁한다.(제2조)

(나) 위 ㅇㅇㅇ 등은 청구인 명의로 등록된 차량관리의 수탁을 위하여 보증금으로 차량구입 및 제반 수속비용을 청구인에게 선납하고 차량을 인수한다.(제4조)

(다) 위 ㅇㅇㅇ 등은 매월 관리료를 운영관리권 수탁의 대가로 청구인에게 매월 말 납부하여야 한다.(제5조)

(라) 위 ㅇㅇㅇ 등은 차량을 인수한 후 고장수리 및 주유, 제반공과금, 보험료 등 차량관리운영에 필요한 일체의 비용을 위 ㅇㅇㅇ 등이 부담한다.(제6조)

(마) 위 ㅇㅇㅇ 등은 차량을 이용한 운송사업을 영위함에 있어 세법에 정한 사업자 등록증을 위 ㅇㅇㅇ 등의 명의로 교부받아 제 세무를 부책해야 한다.(제13조)

(5) 처분청은 2004. 11. 1.부터 같은 해 12. 31.까지 청구인에 대한 세무조사를 실시하였는데, 청구인이 위 (3)의 (가)항에서와 같이 청구인 명의로 세금계산서를 교부한 것은 이 사건 화물차들을 직접 사용하지 않고 위 ㅇㅇㅇ 등에게 매각한 것이므로 「구 조세특례제한법」에 따라 취득세·등록세를 추징하여야 하는 것으로 보아 2005. 2. 7. 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령 등의 규정

(1) 「지방세법 시행령」 제74조 제3항에는 운수업체명의로 등록된 차량과 건설기계대여업체명의로 등록된 기계장비 중 사실상의 소유자가 따로 있음이 당해 업체의 납세실적, 차주대장 등에 의하여 명백히 입증되는 차량과 기계장비에 대하여는 등록명의에도 불구하고 사실상 취득한 자를 법 제105조 제1항의 규정에 의한 납세의무자로 보는 것으로 규정하고 있다.

(2) 「구 조세특례제한법」 제6조 제3항에는 창업중소기업의 범위는 대통령령이 정하는 물류산업을 영위하는 중소기업이 포함되는 것으로 규정하고 있다.

(3) 「구 조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호에는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하지만, 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 「구 조세특례제한법」 제120조 제3항에는 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제하지만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 「구 조세특례제한법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제5조 제8항에는 법 제6조 제3항에서 “대통령령이 정하는 물류산업”에는 운수업 중 화물운송업이 포함되는 것으로 규정하고 있다.

(6) 「화물자동차운수사업법」 제3조에는 화물자동차운송사업을 경영하고자 하는 자는 건설교통부령이 정하는 바에 의하여 건설교통부 장관에게 등록하여야 하는 것으로 규정하고 있다.

(7) 「화물자동차운수사업법」 제26조 제1항에는 운송사업자는 화물자동차운송사업의 효율적인 수행을 위하여 필요한 때에는 그 경영의 일부를 타인에게 위탁할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(8) 「화물자동차운수사업법시행규칙」 제13조에는 법 제3조의 규정에 의한 화물자동차운송업의 등록기준은 별표1과 같다고 규정하고 있다.

화물자동차운송사업의등록기준(제13조관련)

라. 판단

청구인은 취득세의 경우 실제소유자인 위 ㅇㅇㅇ 등이 창업중소기업에 해당되고, 등록세의 경우도 등기·등록을 받는 청구인이 창업중소기업으로 감면요건에 해당될 뿐 아니라 자동차 등록원부 상 등록명의를 이전한 사항이 없는데도 이 사건 부과처분을 하는 것은 세법적용의 오해에서 기인한 것으로 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「구 조세특례제한법」 제119조 제3항 및 같은 법 제120조 제3항에 창업중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 취득세와 등록세는 면제하지만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하는 것으로 규정되어 있다.

그런데 청구인과 위 ㅇㅇㅇ 등이 체결한 이 사건 화물자동차들에 대한 “위수탁 관리계약”에 의하면 위 인정사실 (3)항(나) 및 (4)항과 같이 위 ㅇㅇㅇ 등이 이 사건 화물자동차들의 경영주체로서 관할 세무서에 사업자등록을 하고, 화물운송사업의 경영에 따른 세금·보험료·벌과금도 직접 납부하는 등 자기책임과 계산아래 화물자동차를 직접 사용하고 있고, 청구인은 정당한 사유 없이 이 사건 화물자동차들을 화물운송사업에 직접 사용하지 아니하고 있는 것이 분명하다.

한편 청구인이 “취득세의 경우 실제소유자인 위 ㅇㅇㅇ 등이 창업중소기업에 해당된다”고 주장하는 사실에 대하여 살펴보면 개별화물자동차 운송사업자로 등록하여 창업중소기업이 될 수 있는 경우는 「화물자동차운수사업법시행규칙」 제13조에 규정된“화물자동차운송업의 등록기준”에 따라 5톤 미만의 화물자동차를 1대만 등록한 자만이 될 수 있는 바, [별표1]과 같이 ㅇㅇㅇ 등 2인을 제외한 ㅇㅇㅇ 등 46인은 5톤 이상 이거나 2대 이상의 화물자동차를 등록한 자들이기 때문에 개별화물자동차운송사업자로서 창업중소 기업이 될 수 없다.

따라서 처분청이 청구인을 창업중소기업으로 보아 면제하였던 취득세와 등록세를 추징하는 것은 정당하다.

다만, 취득세는 지방세법시행령 제74조 제3항에 운수업체명의로 등록된 차량 중 사실상의 소유자가 따로 있음이 당해 업체의 납세실적, 차주대장 등에 의하여 명백히 입증 되는 차량에 대하여는 등록명의에 불구하고 사실상 취득한 자를 납세의무자로 보도록 규정되어 있으므로 이사 건 화물자동차들의 사실상 취득자인 위 ㅇㅇㅇ 등 48인에게 부과하였어야 함에도 청구인에게 추징한 것은 잘못이다.

4. 결론

그렇다면 청구인의 이 사건 심사청구는 이 사건 부과처분 중 취득세 부분은 이유 있다고 인정하여 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.