1. 원 처분의 요지

청구인은 별표 “이 사건 토지 및 건물 취득 및 매각 현황”과 같이 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 1131-1에 있는 토지 14,874.30㎡ 중 8,264.40㎡ (이하 「이 사건 토지」라 한다)와 같은 동 ㅇㅇㅇㅇ-ㅇ에 신축된 ㅇㅇㅇ빌딩(지하 1층, 지상7층, 연면적 4,983.29㎡)의 일부(ㅇㅇㅇ호, 601호, 702호, 1,182.5㎡, 이하 「이 사건 건물」이라 한다)를 각각 2002. 2. 28.과 같은 해 9. 27. 취득한 후 처분청으로부터 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제 287조 제2항의 규정에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이하 「이 사건 부동산」이라 한다)으로 인정받아 취득세 등을 면제받았으나, 이 사건 부동산이 2003. 11. 25. 및 10. 7. 경매에 의하여 매각되었다.

이에 대하여 2005. 3. 18. 및 같은 해 3. 21. 처분청은 위 청구인이 이 사건 부동산을 그 취득일부터 1년 이내 또는 그 사용일부터 2년 이상 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 취득세 181,894,460원, 농어촌특별세 16,673,630원, 등록세 272,841,690원, 지방교육세 50,020,960원, 계 521,430,740원(가산세 포함)을 부과·고지(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

이 사건 토지에 대형종합병원을 건립하기 위하여 건축허가를 받는 등 이 사건 부동산(토지 및 건물)을 고유 업무인 의료업에 계속 사용하기 위하여 모든 노력을 다 하였으나 결국 사업에 실패하여 경매에 의해 매각되었음에도 이 사건 부과처분을 하는 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 부동산이 경매에 의하여 매각된 데 대하여 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 한 것이 정당한지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2001. 9. 1. 보건의료에 관한 연구개발 등을 통하여 국민보건 향상에 이바지함을 목적으로 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇㅇㅇ-ㅇ에 소재를 둔 비영리 의료법인(이사장 ㅇㅇㅇ)으로 설립되었다.

(2) 청구인은 이 사건 토지에 종합의료시설(대형병원)을 건립하기 위하여 2001. 12. 29. ㅇㅇ시장과 계약금액 5,632,188,600원에 “공유재산매매계약”을 체결하였고, 2002. 2. 28. 이 사건 토지에 대한 소유권 이전등기를 하였다.

(3) 청구인은 2002. 2. 28. 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제287조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 토지를 의료법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 토지임을 사유로 ㅇㅇ시장에게 취득세 112,643,770원, 등록세 168,965,650원, 계 281,609,420원을 감면 신청하여 같은 날 위 금액에 대한 감면 통지를 받았다.

(4) 청구인은 2002. 2. 28. 이 사건 토지의 잔금을 지불하기 위하여 농업협동조합중앙회로부터 5,000,000,000원을 대출(대출종류: 일반시설자금대출, 이자율: 연 6.67 %)받았다.

(5) 청구인은 이 사건 토지에 의료시설(종합병원)을 신축하기 위하여 ㅇㅇ시장에게 건축허가를 신청하여 2002. 5. 27. 건축허가(용도:종합병원, 연면적 51,801.14㎡)를 받았으나 자금문제 등으로 인하여 건축하지 못하고 나대지 상태로 방치하였다. (6) 청구인은 위 인정사실 (4)항에 대한 대출금 이자를 2002. 11. 28.까지는 매월 29,170,000원씩 완납하였으나 그 이후로는 이자를 납부하지 못하였고, 이에 따라 00협동조합 ㅇㅇ시 지부에서 2003. 3. 5. 담보권 실행을 위하여 이 사건 토지에 대한 경매신청을 하여 경매에 붙인 결과 같은 해 9. 23. 낙찰금액 6,500,000,000원에 낙찰되었으며 같은 해 11. 25. 나대지인 상태로 소유권이 이전되었다.

(7) 청구인의 초대 이사장인 ㅇㅇㅇ는 본인 명의의 토지인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇ동 ㅇㅇㅇㅇ-ㅇ 1481.1㎡에 ㅇㅇㅇ 빌딩(지하 1층, 지상7층, 연면적 4,983.29㎡)을 신축하여 2002. 9. 2. 본인 명의로 보존등기를 하였고, 같은 날 빌딩 건축비를 상환하기 위하여 위 빌딩을 담보로 하여 농업협동조합 중앙회로부터 5,500,000,000원을 대출(대출종류: 일반자금대출, 이자율: 연 6.82%)받았다.

(8) 청구인은 2002. 9. 12. 이사회를 개최하여 전문화되고 체계적인 의료시스템 구축을 위해 청구인의 주된 사무소를 이 사건 건물로 이전하되 ㅇㅇㅇ빌딩을 담보로 하여 이루어진 기존 대출 55억 원 중 16억 9천만 원을 안고 이 사건 건물을 인수 하기로 한 “주사무소 이전 및 대체에 관한 건”의 의결 결과에 따라 같은 달 27. 이 사건 건물을 위 ㅇㅇㅇ로부터 1,946,747,700원에 매입하여 보존등기 하였다.

(9) 청구인은 2002. 9. 27. 구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제287조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 건물을 의료법인이 고유업무에 사용하기 위하여 취득한 건물임을 사유로 ㅇㅇ시장에게 취득세 38,934,950원, 등록세 58,402,430원, 계 97,337,380원을 감면 신청하여 같은 날 위 금액에 대한 감면 통지를 받았다.

(10) 청구인의 초대 이사장 ㅇㅇㅇ는 위 인정사실 (7)항에 대한 대출금 이자를 제대로 납부하지 못하였고, 이에 따라 농업협동조합 내ㅇ동 지점에서 2003. 2. 12. 담보권 실행을 위하여 이 사건 건물을 포함한 ㅇㅇㅇ빌딩 전체에 대한 경매신청을 하여 경매에 부친 결과 같은 해 8. 28. 낙찰금액 4,124,160,000원에 낙찰되었으며 이에 따라 같은 해 10. 7. 이 사건 건물의 소유권도 이전되었으나, 2006. 5월 현재도 청구인이 이 사건 건물을 임대하여 의료사업에 계속 사용하고 있다.

(11) 처분청은 2005. 3. 18. 및 같은 해 3. 21. 위 인정사실 (6)항, (10)항에 의한 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전을 그 취득일부터 1년 이내 또는 그 사용일부터 2년 이상 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각한 것으로 보아 이 사건 부과처분을 하였고, 청구인은 2005. 6. 10. 우리 원에 심사청구를 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「구 지방세법(2002. 12. 30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것)」 제 287조 제2항에 의료법 제41조의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(2) 「구 의료법(2003. 8. 6. 법률 제6964호로 개정되기 전의 것)」 제41조 제1항에 의료법인을 설립하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 정관 기타 서류를 갖추어 당해법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다고 규정 하고 있다.

라. 판단

청구인은 이 사건 토지에 대형종합병원을 건립하기 위하여 건축허가를 받는 등 이 사건 부동산(토지 및 건물)을 고유 업무인 의료업에 계속 사용하기 위하여 모든 노력을 다 하였으나 결국 사업에 실패하여 경매에 의해 매각되었음에도 이 사건 부과처분을 하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「구 지방세법」 제287조 제2항에서 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하면서, 그 단서에서 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 여기서 “정당한 사유”라 함은 그 취득한 토지나 건물을 고유 업무에 사용하지 못한 사유가 행정관청의 사용금지·제한 등 외부적인 사유로 인한 것이거나 내부적으로 토지를 고유 업무에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다 하였음에도 불구하고 객관적인 사유로 인하여 부득이 고유업무에 사용할 수 없는 경우를 말하는 것이고, 토지나 건물의 취득자가 그 자체의 자금사정및 수익상의 문제 등으로 고유업무에 직접 사용하기를 포기한 경우는 이에 포함되지 아니할 것이다.

따라서 이 사건토지와 건물은 청구인의 자금사정 및 수익상의 문제 등으로 그 취득일 부터 1년 이내 또는 그 사용일부터 2년 이내에 매각되었으므로 정당한 사유가 없다.

또한 청구인은 처분청이 2003. 3. 27. 등에 법원에 지방세 체납액에 대한 교부청구서를 제출한 점으로 미루어 보아 이 사건 토지에 대한 경매개시를 알고 있었으므로 체납 지방세에 대한 배당요구 마지막 날인 2003. 6. 10.까지 면제된 취득세 등을 추징한 다음 법원에 배당요구를 하였더라면 처분청이 배당요구한 금액만큼 경매 입찰가액이 증액되어 전액 배당 받을 수 있었음에도 이 사건 토지에 대한 경매절차가 진행되는 동안에 아무런 조치를 취하지 않고 있다가 모든 절차가 완료된 후인 2005. 3. 18.에야 이 건 취득세 등을 청구인에게 추징하는 것은 세무담담공무원의 중대한 업무상 과실을 청구인에게 전가하는 부당한 처분이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 면제한 취득세와 등록세는 「구 지방세법」 제287조 제2항 단서 규정에 의하여 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우 그 면제된 취득세와 등록세를 추징하는 것으로 단지 경매가 개시되었다고 하여 면제한 취득세 등을 부과 · 징수할 수 있는 것이 아니다. 따라서 이 사건 부과처분이 세무담당 공무원의 중대한 업무상 과실을 청구인에게 전가하는 부당한 처분이라는 주장을 또한 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.