1. 원처분의 요지

청구인은 △△△△시 △△구 △△△동 △△△ 외 22필지 40,917㎡(이하 「이 사건 토지」라 한다)를 관광호텔 신축목적으로 2001. 6. 4. 취득한 후 같은 해 6. 13. 등록세 등 113,414,580원을 신고·납부하였으나, 처분청은 이 사건 토지가 농지가 아닌 기타부동산에 해당하는 것으로 보아 2005. 3. 10. 등록세 226,829,160원, 지방교육세 41,585,340원, 합계 268,414,500원을 추가로 부과, 고지하는 처분(이하 「이 사건 부과처분」이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

처분청이 종합토지세 과세대장을 비치하지 아니하고 재산세과세대장을 종합토지세 과세대장으로 사용하고 있었으므로 이 사건 토지의 재산세과세대장상 지목인 농지에 대한 세율로 등록세를 과세하여야 함에도 2005. 1. 5. 신설된 지방세법 제87조에 따라 지방세 업무를 전산처리하고 있는데도 2001년도에 전산처리된 종합토지세 정기분 과세내역서를 종합토지세 과세대장이라고 주장하고 이를 근거로 이 사건 토지에 기타부동산의 세율을 적용하여 등록세를 추가로 부과한 것은 위법하다.

또한, 이 사건 토지의 등기 당시 처분청 등록세 부과담당자에게 납부할 등록세의 세율에 대하여 질의하여 담당직원 외 2인이 현장 실사한 후 납세지도한 대로 이 사건 토지를 농지로 신고납부하였는데도 이를 기타부동산(대지)으로 보아 추가로 과세하는 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

등기 당시 이 사건 토지가 농지였는지 여부

나. 인정사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 서울특별시 ▣▣구청장을 통해 관광호텔을 신축할 목적으로 이 사건 토지를 포함하여 청구인의 대표이사 ○○○ 개인 소유인 △△△△시 △△구 △△△동 △△△외 29필지에 대한 농지전용 협의를 신청하여 2000. 7. 8. △△△△시장으로부터 농지조성비 부담을 조건으로 관광호텔 건축에 따른 농지전용 협의(동의)를 받았다.

(2) 2000. 8. 1. 청구인은 △△△△시장으로부터 이 사건 토지를 포함한 △△△△시 △△구 △△△동 △△△ 산 53-1 외 37필지 위에 131개 객실 규모의 관광호텔업 사업계획승인을 받았다.

(3) 2001. 2. 27. 청구인은 관광숙박시설 착공신고필증을 교부받고 2001. 5. 24. 이 사건 토지의 농지전용 조건인 농지조성비를 납부하였다.

(4) 2001. 6. 4. 청구인은 이 사건 토지를 청구인의 대표이사인 청구 외 ○○○으로부터 취득하였다.

(5) 청구인은 이 사건 토지에 대하여 농지에 해당하는 1000분의 10의 등록세율을 적용하여 등록세를 신고납부하고, 농지가 아닌 나머지 00 동 278-2 외 4필지에 대하여는 1000분의 30의 등록세율을 적용한 등록세를 신고납부한 후 2001. 6. 14. 소유권이전등기를 마쳤다.

(6) 이 사건 토지의 2001년도 종합토지세 정기분 과세내역서에 의하면 현황 지목을 대지로 하여 별도 합산과세되어 2001. 10. 30. 납부되었다.

다. 관계 법령 등의 규정

(1) 지방세법 제87조에는 「지방세 업무의 효율적인 관리를 위하여 필요한 때에는 행정자치부령이 정하는 바에 따라 전산정보처리조직을 이용하여 이 법에 규정된 업무를 처리할 수 있다.」라고 규정하고 있다.

(2) 구 지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항에는「부동산에 관한 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 표준세율에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.」라고 규정하고, 그 제3호에는「 제1호 및 제2호 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득」을 규정하면서 그 제1목에서 「농지 : 부동산가액의 1,000분의 10」, 그 제2목에서 「기타 : 부동산가액의 1,000분의 30」으로 규정하고 있다.

(3) 구 지방세법 제234조의17에는 「종합토지세의 과세기준일은 매년 6월 1일로 하고, 납기는 매년 10월 16일부터 10월 31일까지로 한다.」라고 규정하고 있다.

(4) 구 지방세법 제234조의22 제1항에는 「시장·군수는 관할구역안의 종합토지세 과세대상 토지를 조사하여 매년 과세기준일부터 15일간의 기간을 정하여 이를 공람하여야 한다.」라고 규정하고 그 제2항에는 「제1항의 규정에 의하여 공람한 종합토지세 과세대상토지에 대하여 이의가 있는 자는 불복의 사유를 갖추어 공람기간이 종료된 날부터 10일 이내에 토지의 소재지를 관할하는 시장·군수에게 이의신청을 할 수 있다.」라고 규정하고 있으며 그 제3항에는 「제2항의 규정에 의하여 이의신청을 받은 시장·군수는 이의신청을 받은 날부터 15일 이내에 이를 심의하여 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다.」라고 규정하고 있다.

(5) 구 지방세법 제234조의25에는 「시장·군수는 종합토지세 과세대장을 비치하고 필요한 사항을 이에 기재하여야 한다.」라고 규정하고 있다.

(6) 구 지방세법(1989. 6. 16. 법률 제4128호로 개정된 것) 제234조의8에는 「종합토지세의 과세대상은 지적법에 의한 모든 토지로 한다.」라고 규정하고 그 부칙 제1조 에 「이 법은 1990년 1월 1일부터 시행한다.」라고 규정하고 있다.

(7) 구 지방세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항에는 「법 제131조 제1항에서 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말한다.」라고 규정하고 있다.

(8) 구 지방세법시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것) 제194조의17 제1항에는 「종합토지세의 과세대상토지가 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 다를 경우에는 사실상의 현황에 의하여 종합토지세를 부과한다.」라고 규정하고 있다.

(9) 구 지방세법시행규칙(2005. 2. 1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의16 제1호 제2목에는 「시장·군수는 제1목의 규정에 의하여 조사한 토지에 대하여 법 제234조의22의 규정에 의한 공람 또는 이의신청에 대한 결정 등의 절차를 거쳐 종합토지세의 과세대상토지로 확정하고 이를 비과세·감면대상토지 자료와 함께 도지사에게 매년 7월 15일까지 송부하여야 하며, 도지사는 이를 전산처리하여 그 자료를 매년 8월 20일까지 행정자치부장관에게 송부하여야 한다.」라고 규정하고 있고 제3목에는 「행정자치부장관은 제2목의 규정에 의하여 도지사로부터 송부받은 전산자료에 의하여 납세의무자별로 종합합산 과세대상토지와 별도합산 과세대상토지 등으로 구분하여 납세의무자별로 토지의 필지수·면적·과세표준액등을 합산처리한다.」라고 규정하고 있다.

(10) 구 지방세법시행규칙 제104조의16 제2호에는 「세액산정 : 행정자치부장관은 제1호 제3목의 규정에 의하여 합산한 과세표준액에 대하여 법 제234조의16 제1항 및 제2항의 세율을 각각 적용하여 산출한 세액을 법 제234조의18 및 영 제194조의18의 규정에 의하여 시·군별로 세액을 안분한 전산자료를 도지사에게 송부하고, 도지사는 행정자치부장관으로부터 송부받은 전산자료에 의하여 과세자료를 전산처리한 후 납기개시 10일전까지 시장·군수에게 통보하여야 한다.」라고 규정하고 있다.

(11) 구 지방세법시행규칙 제104조의16 제3호에는 「부과징수 : 시장·군수는 제2호의 규정에 의하여 전산처리된 과세자료를 송부받아 이를 기초로 지체없이 징수결정을 한 후 납기개시 5일전까지 납세의무자에게 별지 제103호의2 서식의 납세고지서를 발부하여 이를 징수하여야 한다. 이 경우 납세고지서·수납부·내역서등 부과와 징수에 필요한 자료는 도지사가 작성할 수 있다.」라고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 처분청이 이 건 부과처분의 근거로 들고 있는 전산처리된 종합토지세 정기분 내역서는 종합토지세에 대한 전산처리가 2005년부터 시작되었으므로 이 사건 부과처분(2001년도분 등록세 부과)의 근거가 되는 법정의 종합토지세 과세대장이라 할 수 없으므로 이의 기재 사항은 믿을 수 없다고 하면서 재산세과세대장상의 지목인 농지로 등록세를 과세하여야 하며 더욱이 등록세 신고시 담당공무원의 지도에 따라 농지에 해당하는 세율로 등록세를 신고한 것을 다시 부인하는 것은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 먼저 관계법령 등의 규정을 종합하여 보면 부동산가액의 1000분의 10의 세율을 적용받는 "농지"라 함은 등기 당시 종합토지세 과세대장상의 지목이 전·답·과수원 또는 목장용지인 토지를 말하는 것으로 규정되어 있고, 종합토지세는 1990. 1. 1.부터 시행하였으며, 지방세법시행규칙에서는 매년 과세기준일인 6월 1일 현재로 과세대상토지를 조사하여 종합토지세 과세대장에 등재하고 과세기준일부터 15일간의 기간을 정하여 이를 공람하여야 하며 공람한 종합토지세 과세대상토지에 대하여 이의가 있는 자는 불복의 사유를 갖추어 공람기간이 종료된 날부터 10일 이내에 토지의 소재지를 관할하는 시장·군수(구청장)에게 이의신청을 할 수 있도록 되어 있고 이의신청을 받은 시장·군수는 이의신청을 받은 날부터 15일 이내에 이를 심의하여 결정 등의 절차를 거쳐 종합토지세의 과세대상토지로 확정하고 이를 비과세·감면대상토지자료와 함께 도지사(△△△△시장)에게 매년 7월 15일까지 송부하여야 하며, 도지사는 이를 전산처리하여 그 자료를 매년 8월 20일까지 행정자치부장관에게 송부하고 행정자치부장관은 납세의무자별로 종합합산 과세대상토지와 별도합산 과세대상토지 등으로 구분하여 납세의무자별로 토지의 필지수·면적·과세표준액 등을 합산한 과세표준액에 대하여 세율을 적용하여 산출한 세액을 시·군별로 안분한 전산자료를 도지사에게 송부하고, 도지사는 행정자치부장관으로부터 송부받은 전산자료에 의하여 과세자료를 전산처리한 후 납기개시 10일전까지 시장·군수에게 통보하면 시장·군수는 전산처리된 과세자료를 송부받아 이를 기초로 지체없이 징수결정을 한 후 납기개시 5일전까지 납세의무자에게 납세고지서를 발부하여 이를 징수하여야 하는 것으로 규정되어 있다. 이에 따라 처분청은 종합토지세에 대하여 1990. 1. 1. 시행시부터 과세자료를 전산처리하고 그 전산자료(정기분 내역서 등)에 의거 과세를 하고 있기 때문에 이를 종합토지세 과세대장으로 보아야 할 것이므로 종합토지세에 대한 전산처리가 2005년도부터 시작되었으므로 그전에 전산처리된 종합토지세 전산자료를 종합토지세 과세대장으로 볼 수 없고 이 사건 부과처분 당시에는 종합토지세 과세대장이 없으므로 재산세과세대장을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 이유가 되지 아니한다.

또한 처분청이 2001. 6. 1. 이 사건 토지에 건물이 신축 중이므로 그 지목을 대지로 조사하고 6. 15.까지 이를 공람하였는데도 공람기간이 종료된 날부터 10일 이내에 이의신청을 하지 아니하여 2001년도분 종합토지세를 대지로 과세하여 그 부과처분이 적법하게 확정된 이상 비록 전산자료 외에 물리적인 종합토지세 과세대장이 없다 하더라도 이 사건 토지가 2001. 6. 14. 등기 당시 농지라고 할 수는 없어 이 사건 토지가 농지에 해당한다는 청구인의 주장도 받아들일 수 없다. 그리고 등록세와 같은 신고납세 방식의 조세에 있어서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행일 뿐이므로 처분청의 등록세신고 겸 자진납부세액계산서의 출력 및 교부행위는 납세의무자의 신청 내용대로 납세의무를 도와주는 소극적인 행위에 불과하여 청구인이 신고 당시 처분청 직원으로부터 납세지도를 받았다고 하더라도 납세의무자의 신고행위를 단순히 도와주었을 뿐이어서 이 사건 토지에 대한 등록세 부과에 영향을 미쳤다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 처분청이 이 사건 토지를 농지로 보지 아니하고 기타부동산으로 보아 등록세 부족세액을 청구인에게 추가로 부과한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.