1. 원처분의 요지

  처분청은 2004. 10. 8. 2004년도 종합토지세 과세기준일(6. 1.) 현재 청구인이 소유하고 있는 △△△△시 △△구 △△동 142-3 외 74필지 토지(면적 7,574㎡) 중 00 동 143-3 외 62필지 토지(면적 6,784.6㎡, 이하 “이 사건 사업부지”라 한다)에 대하여는 과세기준일 현재 위 토지상에 건축물이 존재하지 아니하므로 종합토지세 종합합산과세의 대상으로 보고, 00 동 142-3 외 11필지 토지(면적 789.4㎡)에 대하여는 건축물의 부속토지에 해당하므로 종합토지세 별도합산과세의 대상으로 보아 2004년 종합토지세 698,584,360원, 도시계획세 37,072,090원, 지방교육세 139,716,870원, 농어촌특별세 103,883,490원, 합계 979,256,810원을 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

  가. 청구취지

    이 사건 부과처분을 경정하여 달라는 취지의 청구

  나. 청구이유

    청구인이 도시환경정비사업을 진행하던 중 문화재가 발견되어 문화재보호법상의 규제를 받아 불가피하게 이 사건 사업부지 위의 건축물 착공이 지연되었으므로 이 사건 사업부지를 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 종합토지세 별도합산과세의 대상으로 보아야 하고, 설령 이 사건 사업부지가 “건축 중인 건축물의 부속토지”에 해당하지 아니한다 하더라도 2004년도 종합토지세 과세기준일 현재(6. 1.) 이 사건 사업부지 위에 견본주택이 존재하고 있고 위 견본주택의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3을 초과하고 있으므로 적어도 이 사건 사업부지 중 위 견본주택의 부속토지에 해당하는 부분(4220.07㎡)은 종합토지세 별도합산과세의 대상으로 보아야 한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    문화재보호법상의 규제를 받아 이 사건 사업부지 위의 건축물 착공이 지연된 경우 이 사건 사업부지를 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 별도합산과세의 대상으로 볼 수 있는지 여부 및 이 사건 사업부지 중 위 견본주택의 부속토지에 해당하는 부분의 과세표준 판단기준이 되는 구 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호의 「부속토지의 시가표준액」의 의미

  나. 인정사실

    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구 외 ○○○ 외 1인은 2001. 7. 6. 처분청으로부터 △△△△시 △△구 △△동 166 외 77필지(이 사건 사업부지인 63필지 포함)를 정비구역으로 하는 「□□구역 제6지구 도시환경정비사업」의 시행인가를 받았다.

    (2) 청구인은 2003. 12. 29. 청구 외 ○○○ 등으로부터 이 사건 사업부지를 취득한 후, 2004. 2. 20. 처분청으로부터 위 도시환경정비사업 시행자를 청구인으로 변경하는 내용의 인가를 받았다.

    (3) 청구인이 위 도시환경정비사업을 위하여 기존 건축물을 철거하는 과정에서 문화재가 발견되자, 문화재청의 2004. 1. 26.자 「도심지 재개발지역 문화재보존대책 통보」에 의하여 처분청은 같은 달 29일 청구인에게 “향후 공사 진행시 전문가 입회하에 이 사건 사업부지의 건물철거 및 폐기물 반출작업을 실시하고, 향후 입회과정에서 유물 등이 확인될 경우 즉시 공사를 중지하고 전문가의 자문을 받아 적절한 대책을 수립한 후 공사진행 여부를 결정하여야 한다”는 내용의 통보를 하였다.

    (4) 청구인은 2004. 3. 30. 처분청에 이 사건 사업부지 위에 견본주택(대지위치 △△△△시 △△구 △△동 164 외 3필지, 이하 “이 사건 견본주택”이라 한다)을 건축하기 위하여 가설건축물축조신고(건축물 바닥면적 1,406.69㎡, 연면적 2,788.16㎡, 지상 3층, 존치기간 2004. 3. 30. ~ 2005. 3. 29.)를 한 후 같은 해 4. 20. 이 사건 견본주택의 건축공사를 완료하고, 같은 동 154-1 외 28필지를 주차장으로 사용하는 등 4220.07㎡(이 사건 견본주택의 바닥면적의 3배, 이 사건 사업부지 내에 포함)를 이 사건 견본주택의 부속토지로 사용하다가 같은 해 10. 3. 이 사건 견본주택을 철거하였다.

    (5) 청구인은 2004. 7. 2. □□구역 제6지구 도시환경정비사업 착공신고서를 처분청에 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 2004. 7. 14.자 「□□6지구 도시환경정비사업 착공신고에 대한 회신」으로 “발굴조사가 완료된 후 본 공사를 착수하고, 원활한 발굴조사를 위하여 공사여부 및 공사일정 등은 발굴조사단과 협의 후 시행하며, 발굴조사에 방해가 되지 않도록 조치할 것” 등을 조건으로 수리하였다.

    (6) 처분청은 2004. 10. 8. 2004년도 종합토지세 과세기준일 현재(6. 1.) 이 사건 사업부지 위에 건축물이 존재하지 않으므로 이 사건 사업부지를 종합합산과세의 대상으로 보아 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

  다. 관계 법령 등의 규정

    (1) 구 지방세법 제234조의15 제2항(2004. 12. 31. 법률 제7311호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다)에는 “종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지 중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 제5항에는 “제2항 내지 제4항의 규정에 의한 토지의 가액은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가(개별공시지가가 없는 토지의 경우에는 시장·군수가 동법 제10조의 규정에 의하여 건설교통부장관이 제공한 토지가격비준표를 사용하여 산정한 지가를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다”라고 규정하고 있다.

    (2) 구 지방세법시행령(2004. 6. 29. 대통령령 제18445호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법시행령”이라 한다) 제194조의14 제1항에는 “법 제234조의15 제2항 본문에서 「대통령령이 정하는 건축물의 부속토지」라 함은 건축물(법 제104조 제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축 중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다”라고 규정하고 있고, 같은 항 제3호에는 “제1호 및 제2호 외의 건축물로서 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물”이라고 규정하고 있으며, 제2항에는 “제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다”라고 하면서, 도시지역 중 상업지역의 적용배율을 3배로 규정하고 있다.

    (3) 구 지방세법시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18194호로 개정되기 전의 것) 제194조의16 제3항에는 “행정자치부장관은 법 제234조의15 제5항의 규정에 의하여 종합토지세 과세표준액 적용비율의 결정에 관한 기준을 정하여 지방자치단체의 장에게 통보하여야 하며, 지방자치단체의 장은 그 기준에 따라 이를 결정고시하여야 한다”라고 규정하고 있다.

    (4) 구 지방세법시행규칙 제104조의9(2005. 2. 1. 행정자치부령 제266호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법시행규칙”이라 한다)에는 “영 제194조의14 제1항 제3호에서 「건축물의 시가표준액」이라 함은 당해 건축물이 과세기준일 현재 신축된 것으로 보아 계산한 시가표준액을 말한다”라고 규정하고 있다.

    (5) 행정자치부 세정13407-264에는 “지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호에서 규정하고 있는 토지의 시가표준액은 지방세법 제234조의15 제5항의 규정에 의하여 당해 토지의 개별공시지가에 시장·군수가 결정고시한 적용비율을 곱하여 산정된 가액으로 봄이 타당하다”라고 질의회신하였다.

  라. 판단

    이 사건 사업부지에 대하여 문화재 발견으로 불가피하게 건축물 착공이 지연되었음을 이유로 과세기준일 당시 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 종합토지세 별도합산과세의 대상으로 볼 수 있는지 여부 및 이 사건 견본주택의 부속토지에 대한 종합토지세 산정과 관련하여 구 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호의 “부속토지의 시가표준액”이 구 지방세법 제234조의15 제5항의 토지가액을 의미하는지가 문제된다.

    (1) 먼저 청구인은 이 사건 사업부지 위에 건축물을 건축하려 하였으나 기존 건축물을 철거하는 과정에서 문화재가 발견되어 문화재보호법상의 규제를 받아 과세기준일(2004. 6. 1.)을 지나 착공을 신청하였는바 이는 처분청의 지시로 불가피하게 건축물 착공이 지연된 것이므로 이 사건 사업부지는 위 과세기준일 당시 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 별도합산과세의 대상이 된다고 주장한다.

      그러나 종합토지세는 보유하는 토지 자체에 담세력을 인정하여 과세하는 수익세적 성격을 지닌 재산제세의 일종으로서 당해 토지를 보유하는 동안 매년 독립적으로 납세의무가 발생하는 것이고 과세표준도 매년 과세기준일 현재 토지의 현황이나 이용상황에 따라 구분되는 것이므로, 종합합산 과세대상에서 제외하도록 규정한 구 지방세법시행령 제194조의14 제1항의 “건축 중인 건축물”이라 함은 과세기준일 현재 공사에 착수한 경우만을 의미하고 착공에 필요한 준비작업을 하고 있는 경우까지 포함한다고 할 수 없고, 과세기준일 현재 착공도 하지 않은 경우에는 설령 착공을 하지 못한 데에 정당한 사유가 있다 하더라도 건축하고자 하는 건축물의 부속토지가 위 시행령 제194의14조 제1항에서 정한 “건축 중인 건축물의 부속토지”에 해당한다고 볼 수 없다.

      또한 청구인이 2004. 7. 2. 이 사건 사업부지에 대하여 착공신고를 하자 그로부터 12일 후인 같은 달 14일 처분청이 조건부로 착공신고를 수리한 사정에 비추어 보면 과세기준일(2004. 6. 1.) 전에 미리 착공신고를 하였더라면 과세기준일 전에 착공이 가능하였던 점, 청구인이 2004. 4. 20. 이 사건 사업부지 위에 이 사건 견본주택의 건축공사를 완료한 후 분양을 실시하다가 같은 해 10. 3.경 이 사건 견본주택을 철거하였는바 이에 비추어 볼 때 과세기준일 전의 본 건물 착공이 현실적으로 곤란하였으리라는 점 등을 종합적으로 고려하면 이 사건 사업부지를 “건축 중인 건축물의 부속토지”라고 의제할 수는 없다고 할 것이다.

      따라서 문화재 발굴로 인한 착공 지연을 이유로 이 사건 사업부지를 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 별도합산과세의 대상으로 보아야 한다는 청구인의 위 주장은 이유가 없다.

    (2) 다음으로 청구인은 종합토지세 과세기준일(2004. 6. 1.) 현재 이 사건 사업부지 위에 건축물인 이 사건 견본주택이 존재하고 구 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호의 “건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물”에 해당하지 않으므로 이 사건 견본주택의 부속토지에 해당하는 부분은 별도합산과세의 대상이라고 주장한다.

      구 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호에서 건축물의 시가표준액이 당해 부속토지의 시가표준액의 100분의 3에 미달하는 건축물의 부속토지는 종합합산과세의 대상이 된다고 규정하고 있다. 그런데 「건축물의 시가표준액」에 관하여는 구 지방세법시행규칙 제104조의9에서 “당해 건축물이 과세기준일 현재 신축된 것으로 보아 계산한 시가표준액”을 말한다고 명시적으로 규정하고 있으나, 「부속토지의 시가표준액」의 의미에 관하여는 별도로 규정하고 있지 않아 이것이 종합토지세와 관련된 구 지방세법 제234조의15 제5항의 토지가액(개별공시지가 X 과세표준액 적용비율 38.4% X 면적)을 의미하는 것인지 아니면 취득세와 관련된 구 지방세법 제111조 제2항의 시가표준액(개별공시지가 X 과세표준액 적용비율 100% X 면적)을 의미하는 것인지가 문제된다.

      살피건대 취득세는 거래세의 성격을 지니는 반면에 종합토지세는 보유세로서의 성격을 지니고 있어 서로 다른 성격의 세금이라는 점, 행정자치부 세정13407-264에서 “지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호에서 규정하고 있는 토지의 시가표준액은 지방세법 제234조의15 제5항의 규정에 의하여 당해 토지의 개별공시지가에 시장·군수가 결정고시한 적용비율을 곱하여 산정된 가액으로 봄이 타당하다”라고 질의회신한 점 등을 고려하면 구 지방세법시행령 제194조의14 제1항 제3호의 「부속토지의 시가표준액」이란 종합토지세와 관련한 구 지방세법 제234조의15 제5항의 규정에 의한 토지가액으로 당해 토지의 개별공시지가에 지방자치단체의 장이 결정고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 가액을 의미한다고 할 것이다.

      따라서 이 건의 경우 이 사건 견본주택의 2004년도 과세시가표준액은 893,623,775원이고, 이 사건 견본주택의 부속토지의 시가표준액은 11,731,960,320원(개별공시지가×과세표준액 적용비율 38.4%×면적)으로 건물의 시가표준액이 토지의 시가표준액의 3%를 초과(893,623,775원/11,731,960,320원=7.6%)하므로 이 사건 견본주택의 부속토지는 별도합산과세의 대상에 해당한다고 할 것이다.

4. 결 론

  그렇다면 문화재 발굴로 인한 착공 지연을 이유로 이 사건 사업부지를 “건축 중인 건축물의 부속토지”로 의제하여 별도합산과세의 대상으로 보아야 한다는 청구인의 위 주장은 이유가 없으나, 처분청이 2004. 10. 8. 청구인에게 이 사건 견본주택의 부속토지를 종합합산과세의 대상으로 판단하여 종합토지세 등을 부과한 이 사건 처분은 부당하고, 이 사건 견본주택의 부속토지를 별도합산과세의 대상으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하여야 할 것이어서 이 사건 심사청구는 일부 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.