1. 원 처분의 요지

청구인 ㅇㅇㅇㅇ주식회사는 2003. 4. 3. 서부산업단지 내인 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 782-12에 있는 공장용지 8,215.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득하고, 같은 해 8. 29. 동 지상에 ‘ㅇㅇㅇㅇ(주) ㅇㅇ공장’이라는 명칭의 공장용 건축물 2,889.37㎡(이하 “이 사건 건물”이라 한다)를 신축한 후, 구 「지방세법(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제 276조 제1항의 규정에 의하여 산업단지 안에서 산업용 건축물을 신축하는 자가 취득한 토지와 건축물(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)로 인정받아 취득세와 등록세를 면제 받았다가, 2005. 5. 20. 이 사건 부동산을 매각함에 따라 같은 해 6. 20. 이 사건 건물을 취득한 데 대하여 면제받았던 취득세 등 47,028,550원을 그 사용일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 인정하여 위 구 「지방세법」 제276조 제1항의 단서규정에 따라 신고납부하였으나, 이 사건 토지를 취득한 데 대하여 면제받았던 취득세 등 190,266,130원은 신고납부하지 아니하였다.

이에 대하여 처분청은 이 사건 토지도 이 사건 건물과 같이 그 사용일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아 2005. 7. 15. 취득세 65,963,290원, 농어촌특별세 7,216,990원, 계 73,180,280원, 그리고 같은 해 7. 18. 등록세 99,181,140원, 지방교육세 19,836,220원, 계 119,017,360원, 합계 192,197,640원(가산세 포함)을 각각 부과 · 고지(이하 위 2건의 부과 · 고지를 “이 사건 부과처분”이라 한다) 하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

(1) 이 사건 토지의 경우 행정자치부의 심사결정례인 ‘행심 2000-514(2000. 6. 27.)’ 등에서 판시하는 바와 같이 사용기산일이 건축물 착공일인 2003. 4. 7.로서 그 사용일로부터 2년 이상 사용하다 매각하였고

(2) 구 「지방세법 시행령(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하같다)」 제230조에 ‘토지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접 사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’라고 명쾌하게 정의하고 있으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

산업단지 안에서 산업용 건축물 신축 용도로 취득한 토지의 사용일을 동 지상 건축물의 착공일로 보아야 할 것인지 또는 사용승인일로 보아야 할 것인지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2003. 4. 3. 이 사건 토지를 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 947-3에 있는 ㅇㅇㅇㅇㅇ 주식회사(대표이사 ㅇㅇㅇ ㅇㅇㅇㅇ)로부터 3,280,450,800원에 취득하였다.

(2) 청구인은 2003. 3. 10. ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ공단(이사장 ㅇㅇㅇ)과 구 「공업배치 및 공장설립에 관한 법률(2002. 12. 30. 법률 제6841호, 「산업집적활성화및공장설립에관한법률」로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제38조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 토지가 소재한 서부산업단지에 입주하여 압연강재 등을 제조하는 것으로 입주계약을 체결하였다.

(3) 청구인은 2003. 4. 2. 구 「지방세법」 제276조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 토지를 산업기술단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 토지임을 사유로 ㅇㅇ시장에게 취득세 72,169,910원과 등록세 118,096,220원을 면제신청하여 같은 날 위 금액을 면제받았다.

(4) 청구인은 2003. 3. 31. 이 사건 토지에 이 사건 건물을 신축하는 것으로 ㅇㅇ시장으로부터 건축허가를 받아 같은 해 4. 7. 착공하였고, 같은 해 8. 29. 사용승인을 받았다.

(5) 청구인은 인정사실 제(4)항에 따라 2003. 9. 15. 구 「지방세법」 제276조 제1항의 규정에 의하여 이 사건 건물을 산업기술단지 안에서 공장용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 건축물임을 사유로 ㅇㅇ시장에게 취득세 29,764,910원과 등록세 11,905,960 원을 면제신청하여 같은 날 위 금액을 면제받았다.

(6) 청구인은 2005. 5. 20. 이 사건 부동산을 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 1281-7(ㅇㅇ 공단 3다-308호)에 있는 주식회사 ㅇㅇㅇ(대표이사 ㅇㅇㅇ)에게 5,760,000,000원에 매각하였다.

(7) 청구인은 인정사실 제(6)항에 따라 이 사건 건물을 취득한 데 대하여 면제받았던 취득세 등 47,028,550원은 구 「지방세법」 제276조 제1항의 단서규정에 따라 그 사용일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 인정하여 2005. 6. 20. 신고납부하였으나, 이 사건 토지를 취득한 데 대하여 면제받았던 취득세 등은 신고납부하지 아니하였다.

(8) 처분청은 이 사건 토지도 그 사용일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아 2005. 7. 15. 등에 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 구 「지방세법」 제 276조 제1항은 “「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지 안에서 공장용 건축물 · 연구시설 및 시험생산용 건축물(이하 이 조에서 "공장용 건축물 등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유 없이 공장용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 공장용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”고 규정하고 있다.

(2) 구 「지방세법 시행령」 제230조는 “법 제5장 중 종합토지세에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다”고 규정하고 있다.

(3) 구 「공업배치 및 공장설립에 관한 법률」 제38조 제1항은 “산업단지 안에서 제조업을 영위하거나 영위하고자 하는 자는 관리기관과 그 입주에 관한 계약을 체결하여야 한다”고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 이 사건 토지의 경우 행정자치부의 심사결정례인 ‘행심 2000-514(2000. 6. 27.)’ 등에서 보여주는 바와 같이 사용기산일이 건축물 착공일인 2003. 4. 7.로서 그 사용일로부터 2년 이상 사용하다 매각하였고, 구 「지방세법 시행령」 제230조에 ‘토지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접사용의 범위에는 당해 법인의 고유 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’라고 명쾌하게 정의하고 있으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

‘건축공사에 착공한 때에는 토지를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 본다’는 규정이 없는 경우에는 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 고유업무에 직접 사용하기 위한 준비단계에 불과하여 당해 토지를 현실적으로 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 이 건 ‘토지 사용일’은 ‘건축물 착공일(2003. 4. 7.)’이 아닌 ‘건축물 사용일(2003. 8. 29.)’이므로 처분청이 이 사건 토지에 대해 그 사용일로부터 2년 이내에 매각한 것으로 보아 면제해 주었던 취득세 등을 추징한 것은 정당하다 할 것이므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

한편, 청구인은 행정자치부의 심사결정례인 ‘행심 2000-514(2000. 6. 27.)’ 등의 사례를 면밀히 살펴보면 토지의 사용기산일은 건축물의 착공일인 것으로 판시하고 있고, 구 「지방세법 시행령」 제230조에는 ‘토지에 대한 감면규정을 적용함에 있어 직접 사용의 범위에는 당해 법인의 고유 업무에 사용할 건축물을 건축 중인 경우를 포함한다’라고 명쾌하게 정의하고 있다고 주장하고 있다. 그러나 청구인이 인용한 위 행정자치부의 심사결정사례들은 “토지를 그 취득일로부터 3년 이내에 공장용 건축물의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 원칙적으로 면제된 세액의 추징대상에 해당되나, 토지취득일로부터 3년 이내에 건축물을 착공은 하였으나 IMF 등의 사유로 준공하지 못한 경우에는 ‘정당한 사유’로 인정하여 면제된 취득세 등을 추징하지 않는다”는 내용으로 이 건 심사청구 내용과는 사안이 다르고, 구 「지방세법 시행령」 제230조의 규정은 종합토지세 감면에 국한해서 적용되는 것으로 이 사건 부과처분 대상인 취득세 및 등록세 등의 면제에는 해당되지 않는다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.