1. 원처분의 요지

처분청은 학교법인인 청구인이 2002. 5. 6.부터 같은 해 6. 28.사이에 취득한 △△△도 △△시 △△면 △△리 산17-1외 7필지 277,983㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 학교목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지로 보아 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 2005. 10. 5. 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 3년이 경과하도록 학교용으로 직접 사용하지 아니하였다는 이유 등으로 취득세 77,730,720원, 등록세 114,338,880원, 농어촌특별세 7,125,310원, 지방교육세 20,962,120원 계 220,157,030원을 청구인에게 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

청구인이 운영하는 □□대학교의 일부 학과를 이 사건 토지 소재지에 이전하기 위해 교육인적자원부에 여러 차례 대학 위치변경(일부 이전) 계획서를 제출하였으나 교육인적자원부에서 반려하여 어쩔 수 없이 유예기간인 3년 이내에 직접 사용하지 못한 것이므로「지방세법」제107조 제1호 등의 규정에 따라 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있으므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

학교목적사업에 사용하기 위해 취득한 토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1992. 2. 13. □□공과대학(1997. 12. 1. □□대학교로 학교 명칭 변경)을 설치할 목적으로 당시 교육부장관으로부터 학교법인 설립 허가를 받았다.

(2) 처분청은 청구인이 2002. 5. 6.부터 같은 해 6. 28.사이에 취득한 이 사건 토지를 학교목적사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지로 보아 취득세 및 등록세를 비과세 하였다.

(3) 청구인은 2002. 9. 30.부터 이 사건 토지에 □□대학교의 일부 학과를 이전하기 위해 교육인적자원부장관에게 위치변경계획 승인을 신청하였으나, 2003. 3. 26. 교육인적자원부장관은 특정지역으로 지방대학의 일부 이전이 집중됨에 따른 부작용 해소, 현지 입학자원의 수급 등 제반사정을 종합적으로 검토하여 추진할 사항이라는 이유로 청구인의 위치변경계획 승인 신청을 반려하였다.

(4) 2005. 9. 9. △△△도의 처분청에 대한 세무조사 결과, 이 사건 토지를 취득한 후 유예기간인 3년간 학교목적사업에 사용하지 않아 취득세 등의 부과 대상임을 처분청에 통보하자, 2005. 10. 5. 처분청은 취득세 77,730,720원, 등록세 114,338,880원, 농어촌특별세 7,125,310원, 지방교육세 20,962,120원 계 220,157,030원을 청구인에게 부과하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」제107조 및 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2호의 규정에 따르면「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 등의 취득에 대해서는 취득세를 부과하지 않되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세를 부과하도록 되어 있다.

(2) 「지방세법」제127조 및 같은 법 시행령 제94조 제1항의 규정에 따르면「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 등의 등기에 대해서는 등록세를 부과하지 않되, 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 부과하도록 되어 있다.

(3)「고등교육법」제4조 제3항, 같은 법 시행령 제2조 제5항 및「대학설립·운영 규정 시행규칙」제7조 등에 따르면 대학의 위치를 변경하고자 하는 경우에는 교육인적자원부장관의 인가를 받아야 하며 이 경우 교사와 교지를 갖추기 전에 대학의 위치변경계획서를 교육인적자원부장관에게 제출하도록 되어 있다.

라. 판단

청구인은 교육인적자원부의 학교 위치 변경(일부 이전) 불승인이라는 정당한 사유로 취득 후 3년간 학교용으로 사용하지 못했기 때문에 취득세 등의 부과는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

살피건대, 「지방세법」제107조 등에서 학교를 경영하는 자 등 비영리사업자가 공익사업에 사용하기 위한 부동산 등의 취득에 대해서는 취득세 등을 감면하되 3년 이내에 “정당한 사유” 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 등을 부과하도록 되어 있는 바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 목적에 비추어 공익목적사업에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 공익목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애 사유와 장애 정도, 청구인이 공익목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 및 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 판단하여야 한다. 청구인의 경우를 살펴보면, 관계법령 (3)에서와 같이 대학 위치를 변경하기 위해서는「대학설립·운영 규정 시행규칙」제7조 등에 따라 교사와 교지를 갖추기 전에 위치변경계획서를 교육인적자원부장관에게 제출하도록 되어 있으므로, 청구인이 조금만 주의를 기울여 이 사건 토지를 취득하기 전에 교육인적자원부장관에게 대학의 위치변경계획서를 제출하였더라면 이 사건 토지에 학교를 이전하는 것이 가능한지 여부를 알 수 있는 상황인데도 그러한 조치를 하지도 않고 이 사건 토지를 취득한 후 교육인적자원부장관에게 대학 위치변경계획서를 제출하였고, 교육인적자원부장관은 이에 대해 특정지역으로의 대학 이전이 집중됨에 따른 부작용 등을 고려하여 위 위치변경계획 신청을 반려한 것으로서, 이러한 교육인적자원부장관의 위치변경계획 신청 반려가 청구인이 유예기간인 3년 동안 학교목적사업에 이 사건 토지를 사용하지 못한 정당한 사유라고 보기 어려우므로 처분청의 이 사건 부과 처분에 달리 위법·부당한 점을 발견할 수 없다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 취득세 등 부과처분은 잘못이 없고, 청구인의 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.