1. 원처분의 요지

  청구인은 2002. 11. 29.부터 2003. 9. 8.사이에 △△△△시 △△구 △△동 △△△-△△외 6필지의 토지 7,376.7㎡ 및 동 지상 건물 2,732.99㎡(이 토지 및 건물을 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득·등기하면서 1년 이내에 대형할인점(건축연면적 59,449.83㎡, 이하 "이 사건 건물"이라 한다)을 신축할 목적이므로 구「지방세법」(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 단서의 규정에 따라 일반세율을 적용하여 등록세 등 825,844,650원을 신고·납부하였으나, 처분청은 2005. 5. 25. 청구인이 이 사건 부동산 등기일로부터 1년이 경과하도록 당해 업종에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 구 「지방세법시행령」(2005. 1. 5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제2항의 규정에 따라 중과세 대상에 해당한다고 보아 중과세 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 공제한 등록세 1,651,689,310원, 지방교육세 302,809,700원 합계 1,954,499,010원(가산세 포함)을 2005. 5. 25. 추가로 부과·고지하는 처분(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지와 이유

  가. 청구취지

    이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

  나. 청구이유

    이 사건 건물 신축은 대규모 공사에 해당되어 이 사건 부동산 취득 전에 건축계획심의신청, 도시관리계획(도시계획시설:도로)변경 입안요청 등을 하고, 이 사건 부동산 취득 후 교통영향평가를 받는 등 건축공사시행을 위하여 정상적인 노력을 다하였기 때문에 유예기간(1년)이 경과한 데 대하여 정당한 사유가 되므로 등록세 중과세 대상이 아니고, 설사 정당한 사유로 인정할 수 없다고 하더라도 건축허가조건을 이행하기 위하여 소요된 기간은 유예기간에서 제외되어야 할 것이므로 이 사건 부동산 중 건축허가이후 취득한 부동산은 중과세대상에서 제외하여야 한다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 사건 부동산을 유예기간 내에 청구인이 영위하는 업종에 직접 사용하지 못한 데 대하여 정당한 사유가 있는지 여부

  나. 인정사실

    이 사건 일건 기록에 의하면 다음 사실을 인정할 수 있다.

    (1) 청구인은 1999. 4. 20. 하이퍼마켓 상점의 개발과 운영 등을 목적사업으로 △△△△시 △△구 △△동 △△△-△에 설립된 법인이다.

    (2) 청구인은 2002. 11. 13. △△△△시에 이 사건 건물 신축을 위한 건축계획심의를 신청하여 같은 해 12. 18. “조건부 동의”로 심의되었다.

    (3) 청구인은 2002. 11. 29.부터 2003. 9. 8.사이에 이 사건 부동산을 취득하여 등기하였다.

    (4) 2002. 12. 20. 청구인은 이 사건 건물 사업부지의 중앙을 통과하는 △△△△시△△구 △△동 △△△-△△ 위의 4m도로(면적 : 904㎡, 이하 “이 사건 도로”라 한다)에 대한 용도폐지를 신청하여 2003. 2. 25. 처분청으로부터 이 사건 도로의 도시관리계획결정(변경)을 입안하여 신청하라는 통보를 받았다.

    (5) 청구인은 2003. 3. 25. 이 사건 도로에 대한 도시관리계획결정(변경) 입안(도시계획시설 폐지)을 처분청에 요청하였고, 처분청은 이 도시관리계획결정(변경)입안 제안에 대하여 공람 공고후 도시계획위원회의 심의를 거쳐 같은 해 8. 26. 도시관리계획(도로)을 변경하여 이 사건 도로가 폐지되었음을 고시하였다.

    (6) 청구인은 2003. 8. 22.부터 같은 해 12. 5.사이에 6차례에 걸쳐 서울특별시 교통영향심의위원회로부터 이 사건 건물을 신축하면서 △△로 진출입을 지양하라는 교통영향평가를 받았으며 2003. 12. 18. 교통영향평가 협의내용을 통보받았다.

    (7) 청구인이 2004. 1. 13. 처분청에 건축계획(변경)심의신청서를 제출한데 대하여 같은 해 1. 20. 건축대지 범위 및 대지 소유권 증명을 보완하도록 통보됨에 따라 같은 해 2. 19. 및 3. 10. 보완자료 및 추가보완자료를 각각 제출하였다.

    (8) 청구인은 2004. 3. 16. 및 4. 14. 처분청의 건축계획(변경)심의 관련 주차 및 도시계획방안 추가 보완 통보에 대하여 같은 해 4. 29. 및 5. 4. 보완대안을 제시하였고, 같은 해 5. 27. △△△△시 건축위원회로부터 주민용 지하주차장의 24시간 개방 등을 조건으로 하여 건축계획(변경)심의결과가 통보됨에 따라 같은 해 6. 17. 처분청에 건축허가신청서를 제출하여 같은 해 7. 19. 건축허가서를 교부받았으며, 같은 해 8. 19. 처분청으로부터 건축계획에 편입, 허가됨에 따라 용도폐지 절차가 이행된 이 사건 도로를 매입하여 소유권이전등기하였고, 지하주차장개방관련 이행확약서 제출 등 건축허가조건을 이행한 후 같은 해 9. 17. 착공신고필증을 교부받아 건축공사에 착공하였다.

    (9) 처분청은 청구인이 이 사건 부동산 등기일로부터 정당한 사유없이 1년 이내에 당해업종에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 2005. 5. 25. 구 「지방세법시행령」 제101조 제2항의 규정에 따라 등록세 중과세대상에 해당한다고 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

  다. 관계 법령 등의 규정

    (1) 구「지방세법」제138조 제1항은 "다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있다.

    (2) 구 「지방세법시행령」제101조 제1항은 "법 제138조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다."라고 규정하고 그 제8호에 "유통산업발전법에 의한 유통산업, 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 의한 농수산물도매시장·농수산물공판장·농수산물종합유통센터·유통자회사 및 축산법에 의한 가축시장. 이 경우 유통산업발전법 등 관계법령에 의하여 임대가 허용되는 매장 등의 전부 또는 일부를 임대하는 경우에는 임대하는 부분도 당해 업종에 직접 사용하는 것으로 본다."라고 규정하고 그 제2항은 '제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, … 이하 생략 … "라고 규정하고 있다.

    (3) 구 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법 시행령」(2005. 9. 16. 대통령령 제19052호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항에 영향평가를 실시하여야 하는 대상사업의 범위를 [별표 1]로 규정하고 구 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법 시행령」(2004. 1. 29. 대통령령 제18267호로 개정되기 전의 것)[별표 1] 2. (1) (사)에 판매시설 중 건축연면적 6,000㎡ 이상의 대형점은 교통영향평가를 받도록 규정하고 있다.

    (4) 구 「서울특별시 건축조례」(2005. 12. 29. 조례 제4355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항 제1호 라목에 다중이용건축물 중 연면적 3만 제곱미터 이상인 건축물의 건축계획은 서울특별시건축위원회 심의대상으로 규정하고 있다.

  라. 판단

    청구인은 이 사건 부동산 위에 대규모 할인매장 신축을 위한 건축계획심의, 도시관리계획(도로)변경결정 승인고시, 교통영향평가 등이 지연됨에 따라 유예기간을 경과하였으므로 정당한 사유에 해당되고, 설사 이 사건 부동산 전부에 대한 정당한 사유가 인정되지 않는다 할지라도 건축허가 이후 착공신고일까지는 처분청의 건축허가조건을 이행하기 위한 불가피한 기간으로서 유예기간에서 제외되는 정당한 사유에 해당되므로 이 사건 부동산 중 동기간에 취득한 부동산은 중과세 대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

    살피건대, 구 「지방세법」 제138조 및 「같은 법시행령」 제101조의 규정에 따르면 대도시 안에서 「유통산업발전법」에 의한 유통산업을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 중과세하는 것으로 규정하고 있다. 그러므로 청구인이 유예기간(1년) 내에 그 지상건축물에 대한 사용승인을 받아 유통산업용 부동산으로 사용하고 있어야 당해 업종에 직접 사용하는 것이라 할 수 있으나 등기일로부터 1년이 되는 날(2003. 11. 29. ~ 2004. 9. 8.)까지 사용승인을 받지 못하였기 때문에 현실적으로 토지를 사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없다 할 것이다.

    다음으로 유예기간내에 이 사건 부동산을 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있었는지에 대하여 살펴본다.

    정당한 사유 유무는 중과세 하는 입법취지, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이다.

    그런데 이 사건 건물을 건축하기 위하여는 건축허가 전에 구 「환경·교통·재해 등에 관한 영향평가법 시행령」 제2조의 규정에 따라 교통영향평가를 받아야 하고, 구 「서울특별시건축조례」 제6조의 규정에 따라 △△△△시 건축위원회의 심의를 받아야 하며, 특히 사업부지내의 중앙을 통과하는 이 사건 도로를 매입하여야 하는데 현황도로인 이사건 도로는 도로용도폐지 및 건축허가가 선행되어야만 청구인의 매입이 가능하고 도로용도폐지는 도시계획위원회의 타당성 검토를 거쳐야 한다. 그런데도 청구인은 2002. 11. 29. 최초 부동산 취득 등기일이후 4월이 지난 2003. 3. 25.에서야 도시관리계획결정(변경)입안서를 제출함으로써 그로부터 5월이 지나서 도시관리계획(도로)변경결정 및 지형도면이 승인 고시되었고, 화곡로 진출입을 지양하라는 1차 △△△△시 교통영향심의위원회의 의결내용을 청구인이 사업수익성을 이유로 조기에 수용하지 아니함으로써 3월에 걸쳐 교통영향평가를 6차례나 받게 되었을 뿐 아니라 교통영향평가 후에도 주차 및 도시계획안 보완 등으로 건축심의가 늦어져 7월이 지나서야 건축허가를 받게 되었다. 그러므로 유예기간 내에 당해업종에 직접 사용하기 위한 건축공사에도 착수하지 못한 점 등을 고려할 때, 유예기간 내에 당해업종에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였음에도 부득이한 사유로 당해업종에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고도 보기가 어렵다 할 것이다.

    한편 부동산 등기일후 유예기간 내에 행정관청이 부가한 건축허가조건을 이행하기 위하여 착공할 수 없었던 기간(2월)이 있었다 하더라도 그 토지를 사용할 수 없게 된 기간의 사정은 토지를 고유업무에 직접 사용하지 아니한 데에 대한 정당한 사유가 있는지 여부에 관한 판단에 참작될 수 있을 뿐이고, 그 기간만큼 유예기간이 연장되는 것은 아니므로 현실적으로 사업에 직접 사용하지 아니한 이상 건축허가조건을 이행하기 위하여 소요된 기간을 유예기간에서 제외할 수는 없다 할 것이다.

4. 결 론

  그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.