1. 원 처분의 요지

  청구인은 ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 261-9외 1필지에 있는 부동산(대지 677.3㎡, 건축물 992.3㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 2001. 3. 28. 취득한 후 구 「지방세법시행령」(2001. 12. 31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전의 것) 제101조에서 규정하고 있는 대도시내 등록세 중과세 제외업종인 소프트웨어사업에 공여되는 부동산이라 하여 취득가액 1,933,000,000원을 과세표준으로 하여 같은 법 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등 69,588,000원을 신고납부하였으나, 처분청은 이 사건 부동산을 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 2002. 8. 28. 매각하였으므로 중과세 배제 요건을 상실하였다고 보아 「지방세법」 제138조 제1항의 세율(중과세)을 적용하여 산출한 세액에 이미 납부한 세액을 공제한 등록세 139,176,000원, 지방교육세 25,515,600원 계 164,691,600원(가산세 포함)을 2005. 8. 10. 부과고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 청구의 취지와 이유

  가. 청구 취지

    이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

  나. 청구 이유

    청구인은 2001. 3. 28. 이 사건 부동산을 경락에 의해 취득하였으나 기존 임차인들로부터 같은 해 12월경에야 명도를 받아 사업목적에 사용할 수 있게 되어 2002. 4월경 신·층축 설계를 하고자 하였으나 2002. 3월 지구단위계획 구역 내에서 2년간 건축허가를 제한한다는 처분청의 공고 때문에 건축 착공이 불가하게 되어 부득이 2002. 8. 28. 이 사건 부동산을 매각한 것이므로 이 사건 등록세 중과세 처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    건축법에 의한 건축허가 제한공고로 인하여 소프트웨어사업용 부동산을 당해 업종에 사용하지 못하고 매각한 경우 등록세 중과세 대상인지 여부

  나. 인정 사실

    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구인은 1996. 9. 3. 무역 수출입업 등을 목적으로 설립된 후 2000. 12. 26.소프트웨어 개발업 등으로 목적사업을 변경한 법인으로 2001. 3. 28. 이 사건 부동산을 취득한 후 대도시내 등록세 중과제외 업종인 소프트웨어사업에 사용한다는 이유로 일반세율을 적용하여 산출한 등록세 등 69,588,000원을 신고납부하였다.

    (2) 처분청은 2002. 3. 13. 이 사건 부동산이 포함된 ‘ㅇㅇ지역 지구단위계획’ 구역내에서는 공고일로부터 2년간 건축허가를 제한하는 공고(ㅇㅇㅇㅇ시 ㅇㅇ구 공고 제2002-100호)를 하였고, 청구인은 2002. 8. 28. 이 사건 부동산을 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각함에 따라 처분청은 등록세 중과 제외규정 적용을 배제하여 2005. 8. 10. 등록세 등 164,691,600원을 추가로 고지하였다.

  다. 관계 법령의 규정

    (1)「지방세법」제138조 제1항에서는 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(괄호안 일부 생략, 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종(중간 생략)에 관한 등기(중간 생략)에 대하여는 그러하지 아니하다.”고 규정하고 있다.

    (2) 구 「지방세법 시행령」(2001. 12. 31. 대통령령 제17447호로 개정되기 전의 것) 제101조 제1항 제14호에서는 “소프트웨어개발촉진법에 의한 소프트웨어사업 및 동법 제13조의 규정에 의하여 설립된 소프트웨어공제조합이 소프트웨어산업을 위하여 수행하는 사업”을 중과세 제외 업종으로 규정하면서 그 제2항에서 “제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(괄호안 생략)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다.”고 규정하고 있다.

  라. 판단

    (1) 청구인이 이 사건 부동산 취득이후 건축허가가 제한되어 본래 용도에 사용할 수 없는 상태에서 부득이 매각한 것이므로 매각에 정당한 사유가 있음에도 등록세를 중과한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

      위 관련 법령의 규정에 따르면 대도시 내에서 법인설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산에 대하여 등록세를 중과한다고 규정하면서, 그 예외의 하나로 소프트웨어사업용 부동산에 대하여 중과세를 배제하되 ① 등기일로부터 정당한 사유 없이 1년 이상 당해 업종에 사용하지 아니하거나 ② 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 등록세를 중과세한다고 규정하고 있다. 그런데 청구인은 대도시 내 법인설립 후 5년 이내인 2001. 3. 28. 이 사건 부동산을 취득하여 중과세제외 대상인 ‘소프트웨어사업용’이라는 이유로 등록세를 일반세율로 신고납부한 후 이 사건 부동산의 취득 등기일로부터 1년 이상 당해 업종에 사용하지 아니하다가 1년 5개월만인 2002. 8. 28. 청구외 ㅇㅇㅇ에게 매각한 것이 확인된다. 따라서 이 사건 부동산은 대도시 내에서 예외적으로 등록세 중과세를 배제한 사업(소프트웨어 사업)에 사용할 목적으로 일반세율로 취득등기하였다가 2년 이상 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각한 경우에 해당하므로 정당한 사유 여부를 따질 필요도 없다 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 처분청의 이 사건 부동산에 관한 등록세 부과처분은 정당하고 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.