1. 원처분의 요지

  처분청은 청구외 해양산업주식회사(이하 "청구외 제1법인"이라 한다)가 2003. 7. 18. △△△도 △△시 △△동 △△-△에 있는 공장용지 49,586.4㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 데 대하여 구 「조세특례제한법」(2004. 7. 26. 법률 제7216호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및 「같은 법」 제120조 제3항의 규정에 의하여 창업중소기업이 취득·등기하는 사업용 재산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 청구인이 같은 해 9. 1. 청구외 제1법인을 흡수합병하면서 이 사건 토지를 승계취득한 다음 2004. 5. 12. 이 사건 토지를 청구외 △△△△주식회사(이하 "청구외 제2법인"이라 한다)에게 현물출자하였으므로 그 취득·등기일부터 2년 이내에 정당한 사유없이 매각한 것으로 보아 「지방세법」 제112조 제1항 및 구 「지방세법」(2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 312,852,930원, 농어촌특별세 28,678,170원, 등록세 469,279,400원, 지방교육세 86,034,550원 합계 896,845,050원(가산세 포함)을 2005. 7. 4. 부과·고지하는 처분(이하 “이 사건 부과처분” 이라 한다)을 하였다.

2. 청구의 취지와 이유

  가. 청구취지

    이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

  나. 청구이유

    청구인이 2003. 4. 11. △△분야와 △△분야의 △△△△△사업의 일환으로 선박용 디젤엔진과 데크하우스(Deck/House) 등 조선기자재를 제작·설치·판매하는 청구외 제1법인을 설립하였으나, 청구인의 주식을 상장하는 과정에서 한국증권거래소로부터 청구외 제1법인과의 합병을 권고받아 부득이 같은 해 9. 1. 합병하였다가 2004. 2. 18. 청구외 제1법인과 동일한 목적사업을 영위하는 청구외 제2법인을 설립한 다음 이 사건 토지를 현물출자하였는바, 청구외 제1법인에서 청구외 제2법인으로 법인격이 변동되는 과정에서 그 실체의 변동이 없고 고용증대효과와 지역 및 국가경제발전에 기여하고 있으므로 창업중소기업 및 산업단지안에 있는 공장용 건축물에 대한 세제지원을 목적으로 하는 구 「조세특례제한법」 제119조 및 제120조와 구 「지방세법」 제276조 제1항의 입법취지에 어긋나지 아니할 뿐만 아니라 현물출자 역시 당초 취득자가 제3자에게 매각한 것이 아니라 청구인에 합병되었다가 다시 분리되어 나오는 과정에서 불가피하게 발생한 것이므로 이는 이 사건 토지를 매각한 정당한 사유에 해당되므로 처분청이 이 사건 부과 처분을 한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    창업중소기업이 취득세 등을 면제받은 산업단지내 토지를 청구인이 그 법인을 합병하면서 승계하였다가 신설 자회사에 현물출자한 것이 면제받은 세액의 추징 사유에 해당되는지 여부

  나. 인정사실

    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구외 제1법인은 2003. 4. 11. 조선기자재 제작업·설치업·판매업 등을 목적으로 설립되었고 같은 해 7. 18. 이 사건 토지를 취득하였다.

    (2) 청구외 제1법인은 2003. 7. 25. 구 「지방세법」제276조 제1항의 규정에 따라 이 사건 토지취득에 따른 취득세와 등록세에 대한 감면신청을 하였다가 이를 구 「조세특례제한법」제119조 제3항 제1호 및 「같은 법」 제120조 제3항의 규정에 의한 감면으로 변경신청하고 처분청은 같은 해 8. 22. 취득세 등을 감면결정하였다.

    (3) 청구인은 2003. 9. 1. 청구외 제1법인을 흡수합병하면서 이 사건 토지를 승계취득하였다.

    (4) 청구인은 2004. 2. 18. 조선기자재 제작업·설치업·판매업 등을 목적으로 하는 청구외 제2법인을 설립한 후 같은 해 5. 12. 이 사건 토지를 현물출자하였다.

    (5) 청구외 제2법인은 2004. 8. 13. 그 상호를 △△△△△△△업주식회사로 변경한 후 그때까지 사용하지 않고 있던 이 사건 토지위에 공장용 건축물을 신축하고 2005. 2. 2. 공장등록(업종 : △△△△△△△제조업)을 하였다.

    (6) 처분청은 2005. 7. 4. 청구인이 취득세 등을 면제받은 토지를 정당한 사유없이 매각하였다는 이유로 취득세 312,852,930원, 농어촌특별세 28,678,170원, 등록세 469,279,400원, 지방교육세 86,034,550원 합계 896,845,050원(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

  다. 관계 법령 등의 규정

    (1) 구 「조세특례제한법」 제119조 제3항은 "다음 각 호의 1에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다."라고 규정하고, 그 제1호는 "창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기"라고 규정하고 있다.

    (2) 구 「조세특례제한법」제120조 제3항은 "창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분(임대를 포함한다)하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다."라고 규정하고 있다.

  라. 판단

    청구인은 이 사건 토지를 신설 자회사에 현물출자한 것은 유예기간 내에 당해 재산을 당해 사업에 직접 사용하지 못한 데 대한 정당한 사유에 해당되어 면제한 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장한다.

    살피건대, 구「조세특례제한법」제119조 제3항 및 제120조 제3항에는 창업중소기업 이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 2년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되 취득 및 등기일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징하도록 규정하고 있으므로 그 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 규정의 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 토지를 당해 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 판단하여야 할 것이다.

    청구인은 청구외 제1법인을 흡수합병하면서 승계취득한 이 사건 토지를 피합병법인과 목적사업(조선기자재 제작·설치·판매업)이 동일한 계열기업인 청구외 제2법인을 설립한 다음 공장운영의 효율성을 높이기 위하여 이 사건 토지를 현물출자하여 그 신설회사로 하여금 공장을 건설하여 청구외 제1법인이 하고자 하였던 사업을 승계하여 청구외 제1법인이 당초 사업계획서에 의하여 생산하고자 한 조선기자재의 제작 등을 하기로 한 것이므로 청구인이 이 사건 토지를 중소기업인 청구외 제2법인에 현물출자한 것은 당초 이 사건 토지를 취득한 사용목적을 포기한 것이 아니고 그가 신설한 자회사로 하여금 취득 당시 목적하였던 사업계획을 승계하여 공장을 신축하여 직접 사용하게 한 것으로서 당초 취득세 등을 면제한 취지를 벗어난 것이라고 할 수 없으므로, 그 현물출자는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다.

4. 결 론

  그렇다면 처분청이 이 사건 토지를 정당한 사유없이 유예기간 내에 사용하지 아니하였다고 보고서 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이라 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.