1. 원처분의 요지

가. 처분청은「ㅇㅇㅇㅇ조합법」에 의하여 설립된 청구인이 2004. 2. 9.부터 같은 해 5. 28.사이에 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ읍 ㅇㅇ리 ㅇㅇ외 ㅇㅇ필지 4,928㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지로 보아 취득세 등을 면제하였다.

나. 2005. 10. 7. 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 취득한 후 1년이 경과하도록 고유업무에 직접 사용하지 아니하였고, 청구인이 이 사건 토지에 건축 중인 판매시설(이하 “ㅇㅇㅇ마트”라 한다)은 조합원 이외에 불특정 다수인이 이용하는 시설이기 때문에 이 사건 토지를 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 취득세 77,630,110원, 농어촌특별세 6,842,180원, 등록세 116,445,170원, 지방교육세 21,422,950원 계 222,340,410원을 청구인에게 부과(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

이 사건 토지에 건축 중인 ㅇㅇㅇ마트는 아직 사업을 개시하지 않고 있어 고유업무에 직접 사용하는지 여부를 판단할 수 없는데도 처분청이 위 ㅇㅇㅇ마트 사업을 고유업무가 아니라고 단정하여 취득세 등을 부과한 것은 부당하며, 이 사건 토지 일부의 불법 건축물 등으로 인해 강제 철거 및 토지인도청구소송으로 인해 어쩔 수 없이 유예기간인 1년 이내에 직접 사용하지 못한 것이므로 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는데도 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하므로 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 이 사건 토지를 2004. 2. 9.부터 같은 해 5. 28.사이에 취득하고 같은 해 2. 10.부터 같은 해 5. 30.사이에 위 토지에 ㅇㅇㅇ마트를 신축하다는 이유로「지방세법」제266조 제5항 등의 규정에 따라 취득세 등의 면제 신청을 하자, 처분청은 취득세 등 159,305,500원을 면제하였다.

(2) 청구인이 2004. 4. 17. 및 같은 달 28. 등에 이 사건 토지 매도자인 청구 외 ㅇㅇㅇㅇㅇㅇ법인 대표이사 ㅇㅇㅇ 등 및 이 사건 토지 일부를 불법 점유하고 있던 청구 외 ㅇㅇ유통 대표 ㅇㅇㅇ 등에게 이 사건 토지의 지상물 등을 철거해 줄 것을 통보하였다(2004. 4. 1. ㅇㅇㅇㅇ장도 위 ㅇㅇㅇ에게 불법 건축물을 같은 해 4. 30.까지 자진철거하도록 통보하였다).

(3) 청구인은 2004. 6. 29. 이 사건 토지 점유자인 청구 외 ㅇㅇㅇ 등을 피고로 ㅇㅇㅇㅇ법원 ㅇㅇ지원(이하 “ㅇㅇ지원”이라 한다)에 건물철거 및 토지인도청구 소송을 제기하여 같은 해 12. 23. 위 ㅇㅇ지원은 피고에게 건물 철거 및 토지 인도를 하도록 조정 결정을 하였으나 철거 등이 되지 않자 청구인은 2005. 3. 3. ㅇㅇ지원에 대체집행 신청을 하였고 같은 달 24. ㅇㅇ지원은 청구인이 집행관으로 하여금 위 건물을 철거할 수 있다는 대체집행 결정을 하였다.

(4) 청구인은 2005. 5. 17. 집행관을 통해 이 사건 토지의 불법 건물을 철거하고 같은 날 이 사건 토지에 대해 처분청에 개발행위허가를 신청하자, 처분청은 같은 해 5. 27. 개발행위허가를 하였고, 청구인은 같은 해 7. 1. 건축허가를 신청하여 같은 달 11에 건축허가를 받아 같은 해 12. 10.에는 ㅇㅇㅇ마트 건축 공정률이 85%에 이르고 있는 것으로 확인되고 있다.

(5) 청구인의 주장에 따르면 2005. 5. 17. 이 사건 토지에 대한 개발행위허가 신청 이전에도 2004. 4월부터 ㅇㅇ중앙회 등과 ㅇㅇㅇ마트 신축과 관련한 컨설팅, 적정 평수 등에 대한 논의를 하였으며, 같은 해 5. 28. ㅇㅇㅇ마트 건축설계 대상업체를 선정하고 같은 해 7. 2.에는 건축설계 현상공모 결과를 통보하는 등의 절차를 진행하였고, 2005. 4. 28. 및 같은 해 5. 10.에는 지질검사 및 오수관 연결공사를 각각 실시하는 등 불법 건물 철거 이전에도 ㅇㅇㅇ마트를 신축하기 위해 노력했다고 주장하고 있다.

(6) 2005. 4. 6. 청구인의 ㅇㅇㅇ마트 신축 및 운영계획(안)의 내용을 보면 총 매장면적 820.18평 중 주영업매장 225.84평(농·수·축산물 매장:177.24평(78.47%), 공산품 매장:48.6평(21.53%)), 농·수·축산물 보조매장 및 작업장 77.94평, 조합원 편익시설 72.84평, 창고 104.82평(공산품 창고:74.8평, 청과야채 보관 창고:30.02평), 방풍실 등 기타시설 117.43평, 사무실 99.42평, 편의시설 27.98평, 기계설비 93.91평으로 운영하는 것으로 계획되어 있다.

(7) 청구인은 2005. 7. 20. 처분청의 이 사건 부과처분 전 과세 예고에 대해 과세전적부심사를 청구하였고, 같은 해 9. 30. 처분청은 과세분적부심사를 불채택하는 결정을 하였는 바, 불채택 내용을 보면 “쟁점 토지가 취득세와 등록세 등의 감면 대상에 해당될 수 있는 조건은 쟁점토지를 취득한 후 취득일부터 1년 내에 고유업무에 직접 사용하여야 하나, 직접사용에 대한 사실관계를 판단하기 전에 쟁점토지가 감면대상에 해당하는지를 알아보면, 청구인이 설치코자 하는 판매시설은 일반 판매시설과 마찬가지로 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하고자 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라 일반 판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 보기도 어렵다”는 이유로 이 사건 부과처분의 과세예고는 적법하다는 결정을 하였고, 같은 해 10. 7. 청구인에게 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령 등의 규정

(1) 「지방세법」제266조 제5항의 규정에 따르면「ㅇㅇㅇㅇ조합법」에 의하여 설립된 조합이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 되어 있다.

(2)「ㅇㅇㅇㅇ조합법」제1조의 규정에는 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 이 법의 목적으로 규정하고 같은 법 제5조 제3항의 규정에는 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니 되는 것으로 되어 있다.

(3)「ㅇㅇㅇ조합법」제13조의 규정에는 지역ㅇㅇ의 목적은 조합원의 농업생산성을 제고하고 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위향상을 증대하는데 있는 것으로 되어 있으며, 이러한 지역ㅇㅇ의 목적을 달성하기 위하여 같은 법 제57조 제1항 제2호(경제사업)의 규정에는 지역ㅇㅇ은 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업(가목) 및 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업(나목) 등을 하는 것으로 되어 있고, 같은 법 제58조 제1항의 규정에는 지역ㅇㅇ은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위 안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있도록 되어 있고, 일부 사업에 대해서는 정관이 정하는 바에 따라 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 되어 있다.

(4)「ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ조합 정관」제2조의 규정에는 조합원의 농업생산성을 높이고 조합원이 생산한 농산물의 판로 확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술·자금·자재 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위를 향상시킴을 목적으로 하는 것으로 되어 있고(법인등기부의 목적란에도 동일 내용이 기재), 같은 정관 제5조 제1항 제2호의 규정은 위「ㅇㅇㅇㅇ조합법」제57조 제1항 제2호의 규정과 같은 내용으로 되어 있다. 그리고 같은 정관 제141조 제1항에 따르면 조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위 안에서 조합원이 아닌 자에게 위 제5조의 규정에 의한 사업을 이용하게 할 수 있으나, 같은 조 제2항의 규정에는 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수 없도록 되어 있다. 다만, 제5조 제1항 제2호 가목, 나목(농업인의 경우에 한한다) 등의 사업 및 그에 부대하는 업무에 있어서는 그 이용량을 제한하지 아니하는 것으로 되어 있다. 그리고 같은 조 제3항의 규정에는 제2항의 규정에 의하여 비조합원의 사업이용이 제한되는 경우에 있어서 비조합원의 사업이용이 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 3분의 1을 초과하는 부분에서 발생하는 수익의 일부는 회원의 균형발전과 사업활성화를 위하여 중앙회장이 정하는 바에 따라 중앙회에 출연하도록 되어 있다.

라. 판단

처분청은 건축 예정인 이 사건 ㅇㅇㅇ마트는 조합원 이외에 지역 주민도 이용하는 영리시설로 이용될 것으로 예상되어「ㅇㅇㅇㅇ조합법」제5조 제3항의 영리사업을 금지하고 있는 위 법 취지에 어긋나므로 이 사건 ㅇㅇㅇ마트 사업은 청구인의 고유업무가 아니고, 이 사건 토지 취득 당시 청구인이 불법 건축물이 있는 것을 알고 있었으며 청구인이 ㅇㅇㅇ마트를 신축하고자 하는 경우에는 인근의 창고형 할인마트인 ㅇㅇ유통(대표 ㅇㅇㅇ)과의 마찰을 충분히 예견할 수 있었으므로 취득일로부터 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있다고 할 수 없다고 하고 있다.

먼저 ㅇㅇㅇ마트 사업이 청구인의 고유업무에 해당하는지 여부에 대해 살펴보면, 「지방세법」제266조 제5항의 규정에 따르면「ㅇㅇㅇㅇ조합법」에 의하여 설립된 조합이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정되어 있다. 그리고「ㅇㅇㅇㅇ조합법」제5조 제3항에서 ㅇㅇㅇㅇ조합은 영리사업을 하지 못하도록 규정하고 있으나 위 관계 법령 등의 규정 (3), (4)에서 보는 바와 같이 지역ㅇㅇ은 조합원의 농업생산성 제고, 조합원이 생산한 농산물의 판로확대 및 유통원활화를 도모하며, 조합원이 필요로 하는 기술, 자금 및 정보 등을 제공함으로써 조합원의 경제적·사회적·문화적 지위향상을 증대하는데 있는 것으로 되어 있고 이러한 지역ㅇㅇ의 목적을 달성하기 위하여 지역ㅇㅇ은 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업 및 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업을 하는 것으로 되어 있으며 조합원의 이용에 지장이 없는 범위 안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있도록 되어 있다. 따라서 위 규정 등을 종합하여 볼 때「ㅇㅇㅇㅇ조합법」제5조 제3항의 규정은 지역조합은「ㅇㅇㅇㅇ조합법」이 규정하지 않은 영리적, 투기적 업무를 할 수 없다는 취지이지 같은 법에서 정하는 수익사업까지 할 수 없다는 취지로는 보여지지 않는 바, 청구인이 영위하고자 하는 ㅇㅇㅇ마트 사업에 대하여 비조합원이 조합원과 다름없이 이용되는 것이 허용되어 있다고 하더라도 비조합원의 사업이용량이「ㅇㅇㅇㅇ조합법」에서 정하는 범위 이내인 경우는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보아야 한다. 그러므로 이 사건 부과처분 당시에는 청구인이 ㅇㅇㅇ마트 건물 신축공사를 하고 있어 이 건 ㅇㅇㅇ마트 사업에 대한 비조합원의 사업이용량을 정확히 측정할 수 없어 고유업무에 직접 사용하는지 여부를 판단할 수 없을 뿐만 아니라 인정사실 (6)의 ㅇㅇㅇ마트 운영계획(안)에서 보는 바와 같이 청구인은 조합원 생산 농·축산물을 판매하기 위한 목적 등으로 주영업매장의 78.47%를 농·수·축산물 매장으로 이용하고자 계획하고 있었는데도 위 ㅇㅇㅇ마트 사업이 청구인의 고유업무가 아니라고 예단하여(ㅇㅇㅇ마트 사업 개시 후 고유업무가 아닌 경우로 확인되어 과세하는 것은 별론으로 함) 취득세 등을 과세한 것은 잘못이라 할 것이다.

한편, 청구인이 이 사건 토지를 유예기간 내에 건축물을 완공하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부에 대해 살펴보면, 「지방세법」제266조 제5항 단서 규정에 따르면 취득세와 등록세를 면제받은 토지를 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유 없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징하도록 되어 있는 바, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 부동산의 취득 목적에 비추어 고유업무에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유업무에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애 사유와 장애 정도, 청구인이 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 및 당해 법인이 영리법인인지 등을 참작하여 판단하여야 한다. 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 이 사건 토지 취득 당시 지상건축물은 매도인이 철거하는 조건으로 매입하였으나 위 건축물이 철거되지 않자, 위 인정사실 (2), (3)에서 보는 바와 같이 2004. 4. 17. 및 같은 달 28. 토지 매도자 및 이 사건 토지 불법 점유자에게 지상물을 철거할 것을 통보하였으나, 철거가 되지 않자 같은 해 6. 29. 이 사건 토지 점유자인 ㅇㅇㅇ 등을 피고로 ㅇㅇ지원에 건물철거 및 토지인도청구 소송 제기를 하였고 같은 해 12. 23. 위 ㅇㅇ지원은 위 ㅇㅇㅇ 등이 건물철거 및 토지인도를 하도록 조정결정을 하였다. 그러나 위 ㅇㅇㅇ 등이 조정결정의 내용을 따르지 않은 채 건출철거 등을 하지 않자, 청구인은 2005. 3. 3. ㅇㅇ지원에 대체집행신청을 하였고, ㅇㅇ지원은 같은 달 24. 청구인이 집행관으로 하여금 위 건물을 철거할 수 있다는 대체집행 결정을 하자, 청구인은 같은 해 5. 17. 에 위 불법 건축물을 철거하는 것과 아울러 처분청에 개발행위허가신청을 한 것으로 확인된다. 또한 청구인은 건물 철거 등과 별도로 2004. 4월부터 ㅇㅇ중앙회 등과 ㅇㅇㅇ마트 신축과 관련한 컨설팅, 적정 평수 등 논의, 같은 해 7. 2. 건축설계 현상공모 결과를 공모업체에 통보하는 등의 절차를 진행하는 등 청구인 나름대로 이 사건 토지를 ㅇㅇㅇ마트 사업에 사용하기 위해 노력을 하였다. 즉「ㅇㅇㅇㅇ조합법」에 의하여 농업인의 삶의 질 향상 등을 목적으로 설립된 청구인이 이 사건 토지의 불법 점유자에 대한 합법적인 소송절차를 거치느라 유예기간 내에 고유업무에 직접사용하지 못한 점, 불법 건축물 철거를 위해 소송·대체집행 등의 절차를 단절없이 연속해서 진행한 점, 강제철거 당일 곧바로 개발행위허가를 신청하고 신속히 공사를 수행하여 빠른 시일 내에 공사를 완료한 점, 소송 절차와는 별도로 내부적으로 고유업무에 사용하기 위하여 계속해서 노력한 점 등 전체적으로보아 청구인은 이 사건 토지를 고유업무에 사용하기 위해 진지한 노력을 다한 것으로 인정된다. 따라서 처분청이 청구인의 이러한 노력에 대해서는 검토하지 않고 단지 이 사건 취득 당시 불법 건축물이 있는 것을 청구인이 알고 있었고 인근에 ㅇㅇㅇ마트와 유사한 사업을 하는 할인매장이 있어 청구인의 ㅇㅇㅇ마트 사업 진행이 정상적으로 진행될 수 없다는 것을 청구인이 알 수 있었다는 사유로 청구인에게 ㅇㅇㅇ마트 사업을 하지 못한 책임을 지워 청구인이 이 사건 취득 후 1년 이내에 고유업무에 사용하지 못한데 정당한 사유가 없다고 보아 취득세 등을 추징한 것은 부당하다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 청구인이 이 사건 토지에 ㅇㅇㅇ마트 사업을 개시하지 않고 있어 고유목적에 직접 사용하는지 여부를 판단할 수 없는 상태에서 한 처분청의 이 사건 취득세 등 부과는 잘못이라 할 것이고 이 사건 취득세 등에 관한 심사청구는 이유 있다고 인정되므로「감사원법」제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.