2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분 중 취득세 211,215,180원, 등록세 316,822,770원, 농어촌특별세 19,361,390원, 지방교육세 58,084,180원 계 605,483,520원을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

(1) 이 사건 토지는 청구인이 사업양수도에 의해 취득한 것으로서 장부상에 기재된 토지가액에는 아파트 사업시행권 가액 및 미성 공사가액이 포함되어 있는 바, 2005. 11월 감정평가법인의 감정 결과, 토지가액이 4,704,466,350원(제1사건 토지 : 1,593,025,850원, 제2사건 토지 : 3,111,440,500원)으로 평가되므로 장부상 가액과 위 평가액의 차이 8,800,632,436원〔사업시행권 가액 5,744,180,436원(제1사건 토지 : 2,606,974,150원, 제2사건 토지 : 3,137,206,286원) 및 미완성 건축물 가액 3,056,452,000원(제2사건 토지)〕은 취득세 등 과세표준에서 제외되어야 한다.

(2) 제2사건 토지는 당초 매도자인 청구 외 ○○○○○○ ○○○○와 합의하여 2004. 9. 8. 소유권이 위 ○○○○○○ ○○○○에 환원되었으므로 2003. 7. 8.에 취득 및 등기한 행위는 무효이므로 취득세 등의 부과는 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

(1) 청구인이 주장하는 아파트 사업시행권 가액이 토지 취득가액에 포함될 수 있는 지 여부

(2) 청구인이 주장하는 미완성 건축물 가액이 토지 취득가액에 포함될 수 있는지 여부

(3) 취득행위가 합의 해제된 경우 이미 성립한 취득세 등의 과세가 유효한지 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 2002. 6. 28. 청구인은 청구 외 주식회사 ○○○○○○과 “토지 매매 및 사업 양도·양수 계약”을 체결하여 제1사건 토지(총 금액 : 4,200,000,000원)를 취득 및 등기 이전하고, 위 금액을 법인 장부(용지 계정)에 기재하였다.

(2) 2003. 7. 8. 청구인은 청구 외 ○○○○○○ 주식회사와 “사업 시행권 양수도 계약”을 체결하여 같은 달 23. 제2사건 토지 등(총 금액 : 10,500,000,000원)을 취득 및 등기 이전하고, 제2사건 토지 해당액 9,305,098,786원을 법인 장부(용지 계정)에 기재하였다. 그 후 2004. 9. 7. 청구인과 위 ○○○○○○ 주식회사는 제2사건 토지 매매 계약을 해제하기로 하고 같은 달 8. 소유권을 ○○○○○○ 주식회사에 등기 이전하였다.

(3) 2005. 6월 ○○○○는 청구인에 대해 세무조사를 실시한 결과 청구인이 취득세 등의 과세표준을 위 용지 계정에 기재된 가액 13,505,098,786(제1사건 토지 : 4,200,000,000원, 제2사건 토지 : 9,305,098,786원)원 보다 10,603,698,786원을 과소 신고한 것이 밝혀져 처분청은 취득세 354,601,300원, 등록세 426,762,950원, 농어촌특별세 32,230,370원, 지방교육세 78,239,850원 계 891,834,470원을 같은 해 8. 16. 청구인에게 부과하였다.

(4) 처분청의 위 취득세 등 부과 후, 2005. 11. 11. 청구인의 의뢰에 의해 2개 감정평가법인에서 이 사건 토지를 취득 시점인 2002. 6. 28. 및 2003. 7. 23.을 기준으로 소급 감정평가한 결과, 평균 토지감정평가액이 4,704,466,350원(제1사건 토지 : 1,593,025,850원, 제2사건 토지 : 3,111,440,500원)으로 나타났으며, 청구인은 장부상 토지가액과 위 토지감정평가액의 차이 8,800,632,436원은 아파트 사업권 양수에 따른 권리에 대한 대가로 지급한 사업시행권 가액 5,744,180,436원(제1사건 토지 : 2,606,974,150원, 제2사건 토지 : 3,137,206,286원) 및 미완성 건축물의 가액인 미성 공사가액 3,056,452,000원(제2사건 토지)으로서 위 사업시행권 가액과 미성 공사가액은 취득세 등의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」제105조 제1항의 규정에 따르면 부동산 취득에 대해서는 취득자에게 취득세를 부과하도록 되어 있으며, 같은 법 제125조 제1호 등의 규정에 따르면 부동산 등기에 대해서는 등기를 받는 자에게 등록세를 부과하도록 되어 있다. 그리고 같은 법 제104조 제1호 등의 규정에 따르면 부동산은 토지 및 건축물을 말하는 것으로 토지는「지적법」의 규정에 의한 토지를 말하고 건축물은「건축법」제2조 제1항 제2호의 규정에 의한 건축물 등을 말하는 것으로 되어 있으며「건축법」제2조 제1항 제2호의 규정에 따르면 건축물이라 함은 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 부수되는 시설물, 지하 또는 고가의 공작물에 설치하는 사무소·공연장·점포·차고·창고 등이라고 정의하고 있다.

(2) 「지방세법」제111조 제5항 제3호 및 같은 법 제130조 제3항 등의 규정에 따르면 법인 장부에 의해 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상의 취득가액을 취득세 및 등록세 과세표준으로 하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제73조 제3항 등의 규정에 따르면 잔금 지급일 이전에 등기를 한 경우에는 등기일에 취득한 것으로 보며, 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일을 취득일로 보도록 되어 있다.

(3) 「지방세법 시행령」제82조의3의 규정에 따르면 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용 등 일체의 비용을 포함하는 것으로 되어 있다.

(4) 「지방세법」제121조 제1항 및 제151조 등의 규정에 따르면 취득세 등의 납세의무자가 같은 법 제120조 및 제150조의2의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 산출세액에 가산세를 합한 금액을 징수하도록 되어 있다.

라. 판단

(1) 첫째 및 둘째 다툼에 대한 판단

청구인은 이 사건 토지의 장부가액에 포함된 아파트 사업시행권 가액과 미성 공사가액은 토지 취득가액에서 제외되어야 한다고 주장하면서 그 근거로 취득 후 3년 4개월 또는 2년 3개월이 지나 평가한 토지감정평가액을 토지 취득가액으로 보아 장부가액에서 토지감정평가액을 제외한 금액 중 미성 공사가액은 평당예상건축비(200만 원) 및 추정공사진행율(10%) 등을 감안하여 산정하고 그 나머지를 아파트 사업시행권 가액으로 산정하여, 미성 공사가액과 아파트 사업시행권 가액은 취득세 등의 과세대상이 아니라고 주장하고 있다.

그러나 「지방세법」제111조 제5항 제3호 등의 규정에 따르면 법인 장부에 의해 취득가액이 입증되는 경우에는 사실상의 취득가액을 취득세 등의 과세표준으로 하도록 되어 있고, 같은 법 시행령 제82조의3의 규정에 따르면 취득세의 과세표준이 되는 취득가액은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(부가가치세 제외) 등 일체의 비용을 포함한다고 되어 있는 바, 청구인이 이 사건 토지 취득 당시에는 아파트 사업시행권 가액 및 미성 공사가액을 장부에 기재하지 않고 있다가 아파트 사업 부지인 이 사건 토지를 취득 후 3년 4개월 또는 2년 3개월이 지나 취득 당시 지목인 전·답·임야 등의 지목으로 평가한 감정평가액을 위 토지의 취득가액이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라 설령 청구인의 주장대로 장부상 취득가액에 아파트 사업시행권 가액이란 명목의 금액이 포함될 수 있다고 하더라도 이 사건 토지는 청구인이 취득하기 전에 이미 전 소유자가 아파트 사업승인을 받은 경우로서 청구인이 취득할 당시에는 전 소유자의 토지 취득가액 이외에 아파트 사업에 따른 기대이익 및 아파트 사업을 가능하게 하는 제반비용 등이 토지가액에 포함되어 있다고 볼 수 있으며 이러한 제반비용 등은 이 사건 토지와 직·간접적으로 관련되었다고 보는 것이 합리적이어서 청구인이 주장하는 아파트 사업시행권 가액 명목의 금액도 토지 취득가액에 포함된다고 할 것이므로 아파트 사업시행권 가액을 토지 취득가액에서 제외하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 힘들다 할 것이다.

다만, 제2사건 토지 취득 당시 지상에 건축 중인 건축물의 가액(미성 공사가액)은 취득가액에서 제외되어야 한다는 청구인의 주장에 대해 살펴보면, 건축물의 경우에는 「지방세법」제104조 제4호 및 같은 법 시행령 제89조 제3항에 토지와는 별개의 취득세 및 등록세 과세 객체로 정하고 있으며, 같은 법 시행령 제73조 제4항에 따라 사용승인서 교부일 등을 건축물에 대한 취득세 과세시기로 보도록 되어 있으므로 토지 위에 사용승인서가 교부되지 않은 미완성 건축물이 있는 경우에는 그 미완성 건축물은 토지의 취득세 및 등록세 과세표준에 포함되지 않는 것으로 보아야 한다. 처분청의 의견에 따르면 취득 당시 제2사건 토지 위에는 청구인의 주장과 마찬가지로 미완성 건축물이 있다고 인정하고 있는 바, 법인 장부가액과 달리 사실상의 가액이 확인된 경우에는 사실상의 가액을 기준으로 취득세 및 등록세를 과세하여야 하므로 미완성 건축물의 취득가액을 장부상의 토지 취득가액에 포함되어 있다는 이유로 위 미완성 건축물 취득가액을 토지 취득가액에 포함하여 취득세 및 등록세를 부과한 것은 타당하지 않다. 따라서 처분청이 법인 용지 계정에 기재된 금액 9,305,098,786원 중 미완성 건축물 취득가액에 해당하는 금액을 감안하지 않고 위 금액 전체를 토지 취득가액으로 보아 취득세 및 등록세 등을 부과한 것은 잘못이라 할 것이다.

(2) 셋째 다툼에 대한 판단

청구인은 제2사건 토지는 2003. 7. 8. 청구인이 취득 및 등기를 하였으나 당초 매도자인 청구 외 ○○○○○○ 주식회사와 합의하여 2004. 9. 8. 소유권이 위 ○○○○○○ 주식회사에 환원되었으므로 취득세 등의 부과는 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

그러나 취득세는 취득행위를 과세객체로 하여 부과되는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하는 것이며, 등록세도 등기행위가 있으면 그 과세요건이 충족되는 것으로서 일단 적법하게 취득 및 소유권이전 등기가 된 이후에 당사자간의 합의로 계약이 해제되고 소유권이전 등기가 환원된다고 하여 이미 성립한 취득세 및 등록세의 과세 요건에 소급하여 영향을 미친다고 볼 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 사업시행권 가액을 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구인의 주장 및 제2사건 토지 매매 계약의 합의 해제를 이유로 취득세 등의 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다 할 것이나 처분청이 청구인에게 한 이 사건 취득세 등의 부과처분 중 취득 및 등기 당시 제2사건 토지에 있던 미완성 건축물 가액을 취득세 및 등록세 과세표준에 포함한 것은 잘못이므로 위 미완성 건축물 가액을 조사한 후 미완성 건축물 가액은 토지의 취득세 등의 과세표준에서 제외하여 취득세, 등록세, 농어촌특별세 및 지방교육세액을 경정하여야 한다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.