1. 원 처분의 요지

청구인은 2001. 9. 28. 설립된 00광역시 00구 00동 509-13에 있는 청구외 0000주식회사(대표이사 000, 이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 총 발행주식 20,000주의 45%인 9,000주를 취득한 후, 2004. 12. 31. 유상증자를 통하여 주식 30,000주를 추가로 취득함으로써(총 주식 50,000주 중 39,000주 보유) 이 사건 법인의 과점주주(78%)가 되었다.

이에 대하여 처분청은 이 사건 법인의 취득세 과세대상물건의 장부상 가액 중 소유주식비율(78%)에 해당하는 금액 1,212,857,641원을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 30,738,660원, 농어촌특별세 2,620,360원 합계 33,359,020원을 2005. 9. 14. 부과 · 고지 하였다. (이하 ‘이 사건 부과처분’ 이라 한다.)

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구인은 2005. 3월 이 사건 법인이 법인세 신고를 하면서 청구외 000, 000가 취득한 주식을 청구인이 취득한 것으로 주식등변동상황명세서를 잘못 기재함에 따라 청구인이 과점주주가 된 사실을 같은 해 7월 세무조사시에 발견하고, 관할세무서에 주식인수증을 첨부하여 법인세 수정신고를 하였으므로, 처분청에서 청구인을 과점주주로 보아 취득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장함.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

처분청이 청구인을 과점주주로 보고 취득세를 부과한 것이 정당한지 여부

나. 인정사실

이 사건 일건 기록에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 법인은 2001. 9. 28. 00광역시 00구 00동 509-13에 본점을 두고 플라스틱 사출성형업, 전자부품 제조업, 부동산 임대업 등을 사업목적으로 하여 설립된 중소기업이다.

(2) 이 사건 법인은 2001. 11. 23. 00광역시 00동 509-13(면적 2,962.5㎡) 및 509-14 토지(면적 1,992.7㎡)를 취득하여 그 지상에 각각 공장용건축물 (연면적 1,943.5㎡, 연면적 1,022㎡)을 신축하였다. (3) 청구인은 이 사건 법인 설립당시 당해법인의 전체주식총수 10,000주의 48%인 4,800주를 소유하고 있었으나 2002. 8. 23. 법인합병으로 발행주식 총수 20,000주의 45%인 9,000주를 소유하게 되었고, 2004. 12. 30. 00지방법원에 제출된 이 사건 법인의 등기신청서 첨부서류(신주식인수권포기서, 주식인수증, 주금납입보관증명)에는, 같은 해 12. 29. 이사회결의로 신주 30,000주의 보통주식을 발행하기로 결의하고 기존 주주인 000, 000 외 5인으로부터 신주식인수권포기서를 받은 후, 청구인이 신주 30,000주의 보통주식을 청약 · 인수한 것으로 되어 있다.(이 사건 법인의 유상증자로 인한 신주 30,000주를 취득한 것을 청구인과 이 사건 법인의 다른 주주들이 날인하여 법무법인 000종합법률사무소의 인증을 받음) 그리고 2005. 3월 이 사건 법인이 관할 세무서에 제출한 법인세과세표준 및 세액신고서에 첨부된 주식이동상황명세서에 별첨 ‘주주명부’(2004. 12. 29.)와 같이 발행주식 총 50,000주의 78%인 39,000주를 소유하게 되어 과점주주가 된 것으로 되어 있다.

(4) 처분청은 세무조사 결과 위 인정사실 (3)항에서와 같이 청구인이 과점주주(78%)가 된 것으로 보아 토지 등 취득세 과세예고 통지(2005. 7. 18.)를 하였고, 위 인정사실 (2)항의 이 사건 법인이 취득한 토지장부가액 716,299,187원, 건물 810,723,672원, 차량운반구가액 27,922,835원 계 1,554,945,694원 중 청구인의 소유주식(78%)에 해당하는1,212,857,641원을 과세표준으로 취득세 30,425,740원, 농어촌특별세 2,620,360원 합계 33,046,100원을 2005. 9. 14. 부과 고지하였다.

(5) 청구인은 2005. 8. 5. 유상증자한 30,000주를 000, 000가 각각 15,000주씩 인수한 것으로 작성된 주식인수증을 주식등변동상황명세서 수정신고서에 첨부하여 관할세무서인 000세무서에 제출하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1)「지방세법」 제22조 2호에 “과점주주란 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다.”고 규정하고 있다.

(2)「지방세법」 제29조 제1항 제1호의 규정에는 취득세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립한다고 규정하고 있다.

(3)「지방세법」 제105조 제6항에는 “법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권· 콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

(4)「지방세법시행령」 제78조 제1항에 “법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.”라고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 주식등변동상황명세서가 잘못 기재되어 관할세무서에 수정신고를 하였는데도 처분청이 과점주주로 보아 취득세를 부과한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

먼저 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 주주로 보이는 경우에도 실제주주명의를 도용당하였다던지 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에 주주가 아님을 주장할 그 명의자가 입증하여야 할 것이다.

위 인정사실에서와 같이 이 사건 법인이 세무서와 관할법원에 제출한 주식이동상황명세서와 법인등기신청서에 첨부된 기존주주의 신주인수권포기각서와 청구인의 주식인수증 및 주금납입증명서 등 자료에 의해서 청구인이 기존주주 000외 5인으로부터 30,000주의 신주인수권을 인수하여 증자를 함에 따라 과점주주(주식소유비율 78%)가 된 것으로 입증된다.

그런데 처분청이 2005. 7. 8. 이 사건 법인에 대한 세무조사를 실시하면서 청구인이 과점주주가 된 사실을 확인하고 같은 해 7. 15. 취득세 과세대상임을 통지하자 기존 주주 000, 000가 주식 30,000주를 인수받은 것으로 주식인수증과 주식이동상황명세서를 수정하여 제출하였으나 이를 입증할 주금납입증명원 등의 증빙자료를 제시하지 못한 점 등을 고려할 때 당초 청구인이 과점주주에 해당되지 않는데도 과점주주에 해당되는 것으로 주식이동상황명세서, 주식인수증 등을 잘못 작성하여 관할 법원, 세무서에 제출하였다는 청구인의 주장은 믿기 어렵다 할 것이므로 청구인의 주장은 이유가 없다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 부과처분은 정당하고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 감사원법 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.