1. 원처분의 요지

가. 처분청은 청구인이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ-ㅇ 외 52필지에 삼성노블카운티 주거 B동 49,209.558㎡(유료노인복지시설. 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 신축하여 2006. 2. 28. 사용승인을 받은 후, 같은 해 3. 15. 이 사건 건축물의 취득가액 92,604,332,853원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정(유료노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감)을 적용하여 산출한 취득세 926,043,320원, 등록세 370,417,330원, 농어촌특별세 351,896,450원, 지방교육세 74,083,460원 합계 1,722,440,560원을 신고하고 같은 달 30. 납부하자 이를 수납(「지방세법」제72조 제1항은 신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 간주하고 있으므로, 청구인의 위와 같은 신고납부를 이하 “이 사건 제1 처분”이라 한다)하였다.

나. 그런데 청구인이 2006. 5. 30. 이 사건 건축물에 대한 공사비의 정산에 의하여 과세표준액이 변경되자 공사비 추가금액 3,392,000,000원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정을 적용하여 산출한 취득세 33,920,000원, 등록세 13,568,000원, 농어촌특별세 12,889,600원, 지방교육세 2,713,600원 합계 63,091,200원을 수정신고한 후 같은 날 납부하자 처분청은 이를 수납(청구인의 위와 같은 수정신고납부를 이하 “이 사건 제2 처분”이라 한다. 청구인의 경우 증액 수정신고납부를 하였는데 이는 증액경정처분의 일종으로 이 사건 제1처분은 이 사건 제2 처분에 흡수되어 소멸한다)하였다.

다. 한편, 청구인은 2006. 3. 25. 이 사건 건축물에 전력용량증설공사로 20㎾ 이상의 발전시설을 설치한 후, 같은 해 4. 14. 위 발전시설의 취득가액 94,622,000원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정을 적용하여 산출한 취득세 946,220원, 농어촌특별세 283,860원 합계 1,230,080원을 신고하고 같은 달 24. 납부하자 처분청은 이를 수납(이하 “이 사건 제3 처분”이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 제2 및 제3 처분(이하 “이 사건 처분”이라 한다. 다만, 청구인은 이 사건 처분 중 취득세 및 등록세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 268,978,960원을 제외한 1,517,782,880원에 대하여만 다투고 있음)을 경정하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

청구인이 이 사건 건축물을 포함한 유료노인복지시설의 사업계획 승인을 받을 당시(1996. 6. 13.)에는 구「ㅇㅇㅇ도세감면조례」(2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정되기 전의 것) 제9조에 의하여 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세가 전액 면제되었으나 이 사건 건축물의 취득(사용승인 당시) 이전에 위 감면규정이 2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정되어 취득세 및 등록세의 100분의 50만을 경감하도록 하면서 그 부칙에서 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 하고 있는바, 처분청이 종전 조례규정을 적용하여 청구인의 취득세 및 등록세 전액을 면제하지 아니하고 100분의 50만을 경감한 이 사건 처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 건축물의 사업계획 승인 당시 취득세 등을 전액 면제하는 것으로 규정하고 있던 감면 조례규정이 이 사건 건축물의 취득 이전에 취득세 등의 100분의 50만을 경감하도록 청구인에게 불리하게 개정된 경우 납세의무 성립 당시의 개정 조례규정을 적용한 이 사건 처분의 정당성 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 1996. 6. 13. ㅇㅇ시장으로부터 이 사건 건축물이 포함된 유료노인복지시설의 사업계획을 승인받아 같은 해 9. 9. 건축허가를 받은 후, 이 사건 건축물을 신축하여 2006. 2. 28. 사용승인을 받았다.

이에 대하여 청구인이 같은 해 3. 15. 이 사건 건축물의 취득가액 92,604,332,853원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호(유료노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세와 등록세를 전액 면제하다가 2003. 12. 29. 조례 제3307호로 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하는 것으로 개정되어 현재까지 적용되고 있음. 이하 같다)의 감면규정을 적용하여 산출한 취득세 926,043,320원, 등록세 370,417,330원, 농어촌특별세 351,896,450원(취득세에 대한 농어촌특별세 92,604,330원 + 취득세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 185,208,660원 + 등록세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 74,083,460원), 지방교육세 74,083,460원 합계 1,722,440,560원을 신고한 후 같은 달 30. 납부하자 처분청은 이를 수납하였다.

(2) 한편, 청구인은 위와 같은 자진신고납부를 하면서 처분청에 구「ㅇㅇㅇ도세감면조례」(2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정되기 전의 것) 제9조의 감면규정을 적용하여 취득세와 등록세 전액을 면제하여 줄 것을 신청하였으나, 처분청은 2006. 3. 22.「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정에 의하여 취득세 및 등록세의 100분의 50을 감면결정하고 이를 청구인에게 통지하였다.

(3) 또한 청구인은 2006. 3. 25. 이 사건 건축물에 전력용량증설공사로 20㎾이상의 발전시설(「지방세법」제104조 제10호, 같은 법 시행령 제76조 제2호)을 설치한 후, 같은 해 4. 14. 위 발전시설의 취득가액 94,622,000원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정을 적용하여 산출한 취득세 946,220원, 농어촌특별세 283,860원(취득세에 대한 농어촌특별세 94,620원 + 취득세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 189,240원) 합계 1,230,080원을 신고한 후 같은 달 24. 납부하자 처분청은 이를 수납하였다.

(4) 그리고 청구인은 2006. 5. 30. 이 사건 건축물에 대한 공사비의 정산에 의하여 과세표준액이 변경되자 공사비 추가금액 3,392,000,000원을 과세표준으로 하고「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호의 감면규정을 적용하여 산출한 취득세 33,920,000원, 등록세 13,568,000원, 농어촌특별세 12,889,600원(취득세에 대한 농어촌특별세 3,392,000원 + 취득세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 6,784,000원 + 등록세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 2,713,600원), 지방교육세 2,713,600원 합계 63,091,200원을 수정신고(「지방세법」제71조)한 후 같은 날 납부하자 처분청은 이를 수납하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1)「지방세법」제29조 제1항의 규정에 따르면 취득세를 납부할 의무는 취득세 과세물건을 취득하는 때에 성립하는 것으로 되어 있고, 등록세를 납부할 의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 성립하는 것으로 되어 있다.

(2)「지방세법」제71조 제1항의 규정에 따르면「지방세법」에 의한 신고납부기한 내에 지방세를 신고납부한 자가 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우에는 수정신고를 할 수 있는 것으로 되어 있다.

(3)「지방세법」제104조 제8호의 규정에 따르면 “취득”이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성 등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상ㆍ무상을 불문한 일체의 취득을 말하는 것으로 되어 있고, 제10호의 규정에 따르면 “개수”란「건축법」제2조 제1항 제10호의 규정에 의한 대수선과 건축물에 부수되는 시설물 중 대통령령이 정하는 시설물의 1종 이상을 설치하거나 수선하는 것을 말하는 것으로 되어 있으며, 같은 법 시행령 제76조 제2호의 규정에 따르면 위「지방세법」제104호 제10호에서 “대통령령이 정하는 시설물”에 20킬로와트 이상의 발전시설이 포함되는 것으로 되어 있다.

(4)「지방세법 시행령」제73조 제4항의 규정에 따르면 건축허가를 받아 건축하는 건축물에 있어서는 사용승인서 교부일을 취득일로 보는 것으로 되어 있다.

(5) 구「ㅇㅇㅇ도세감면조례」(2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제9조 본문은 “노인복지법에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정하고 있다.

(6)「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조(2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정되어 현재까지 적용되고 있음) 본문은 “노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다”라고 규정하면서, 제2호는 “유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다”라고 규정하고 있다. 한편, 2003. 12. 29. 조례 제3307호 부칙 제1조는 “이 조례는 2004년 1월 1일부터 시행한다”라고 규정하고 있고, 제2조는 “이 조례는 2006년 12월 31일까지 그 효력을 가진다”라고 규정하고 있으며, 제4조는 “이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”라고 규정하고 있다.

라. 판단

이 사건 건축물의 사업계획 승인 당시 취득세 등을 전액 면제하는 것으로 규정하고 있던 감면 조례규정이 이 사건 건축물의 취득 이전에 취득세 등의 100분의 50만을 경감하도록 청구인에게 불리하게 개정된 경우 납세의무 성립 당시의 개정 조례규정을 적용한 이 사건 처분의 정당성 여부를 살펴본다.

먼저 관련 규정을 살펴보면 구「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 본문은 “노인복지법에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다”라고 규정하고 있다가, 2003. 12. 29. 조례 제3307호로 개정된「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조는 “노인복지법 제31조의 규정에 의한 노인복지시설을 설치하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 다음 각호에서 정하는 바에 따라 취득세와 등록세를 감면한다”라고 규정하면서 유료노인복지시설에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하는 것으로 하되, 이를 2004. 1. 1.부터 시행하여 2006. 12. 31.까지 그 효력을 가지는 것으로 하면서(2003. 12. 29. 조례 제3307호 부칙 제1조 및 제2조) “이 조례 시행당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면하여야 할 도세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”는 경과규정(2003. 12. 29. 조례 제3307호 부칙 제4조)을 두었다.

청구인은 위와 같이 감면 조례규정이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우 개정 조례의 부칙 제4조에 따라 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 조례규정을 적용하여야 하므로 이 사건 취득세 및 등록세 전액이 면제되어야 한다고 주장하고 있다.

살피건대 조세법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 위와 같이 개정된 조례 부칙 제4조와 같은 경과규정을 근거로 하여 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 조례규정을 적용할 경우가 있다고 하더라도, 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시에 유효하였던 종전 조례규정에서 이미 장래의 한정된 기간 동안 그 원인행위에 기초한 과세요건의 충족이 있는 경우에도 특별히 비과세 내지 면제한다거나 과세를 유예한다는 내용을 명시적으로 규정하고 있지 않는 한 설사 납세의무자가 종전 조례규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다할 것이다.

청구인의 경우 청구인이 주장하는 납세의무가 성립하기 전의 원인행위시인 이 사건 건축물의 사업계획 승인 당시에 유효하였던 종전 조례규정에서 장래 과세요건을 충족하는 경우에도 일정한 기간 내에는 특별히 취득세 등을 면제한다는 취지로 규정되어 있지 아니하므로, 청구인이 종전 조례규정으로 인하여 기득권에 갈음하는 신뢰를 가졌다고 보기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 납세의무 성립 당시 시행되고 있던「ㅇㅇㅇ도세감면조례」제9조 제2호를 적용하여 취득세 및 등록세의 100분의 50만을 경감한 이 사건 처분에 달리 부당한 점을 발견할 수 없다.

4. 결론

그렇다면 처분청의 이 사건 처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되어「감사원법」제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.