1. 원 처분의 요지

  가. 청구인은 1996. 8. 31. 0000시 00구 00동 81번지 0000빌딩 801호에 000000주식회사라는 상호로 설립된 법인으로서 설립일로부터 6년 5개월 후인 2003. 1. 28. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 「산집법」이라 한다)의 적용을 받는 산업단지인 0000000단지(구, 0000, 1965. 4. 15. 국가산업단지로 지정·고시됨, 이하 “이 사건 산업단지”라 한다) 내에 있는 0000시 00구 00동 235번지 토지상에 아파트형 공장(건물명 : 00 000 00)을 건설·분양한 0000회로부터 위 공장 1303호(279.39㎡, 이하 “이 사건 아파트형 공장”이라 한다)를 분양받아 2003. 5. 17. 소유권이전등기를 한 후 2003. 6. 2. 이 사건 아파트형 공장으로 법인을 이전하였다.

  나. 그러나 관리기관인 한국산업단지공단에서 위 산업단지 내 아파트형 공장은 「산집법」 제28조의5 제1항 및 제38조 제1항의 규정에 따라 제조업체, 연구개발업체, 지식산업체, 정보통신산업체 및 벤처기업체로서 한국산업단지공단과 입주계약을 체결한 업체만이 입주할 수 있으므로 건설업체인 청구인의 경우는 입주할 수 없는데도 입주계약을 체결하지 아니한 채 무단으로 입주하였다는 이유로 2004. 9. 22.부터 2006. 2. 13.까지 사이에 5차에 걸쳐 시정촉구 및 고발조치 경고공문을 발송하자 입주자격이 없는 청구인은 2006. 2. 7. 0000시 00구 000동 351-5 번지 상의 토지 및 건물(대지 : 1,426㎡, 건물 : 2,373.11㎡, 취득가액 : 60억 원, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 취득하여 같은 해 4. 13. 이 사건 부동산으로 법인을 이전하였다.

  다. 이에 대하여 처분청은 2006. 7. 25. 「지방세법」 제138조 제1항 단서규정에서 「산집법」의 적용을 받는 산업단지는 등록세 중과대상인 수도권 과밀억제권역(대도시)에서 제외하고 있으므로 청구인이 위 산업단지에서 대도시 지역인 0000시 내로 법인을 이전한 것은 「지방세법」 제138조 제1항에서 규정하고 있는 대도시 외의 지역에서 대도시 내의 지역으로 전입한 경우로 보아야 한다는 이유로 같은 해 10. 16. 이 사건 부동산에 대하여 중과세율(표준등록세율의 3배)을 적용하여 등록세 361,968,000원(지방교육세 및 가산세 포함)을 부과·고지하고 다시 3일 후인 같은 해 10. 19. 청구인의 자본금(750,000,000원)에 대하여도 중과세율을 적용하여 등록세 12,472,320원(지방교육세 및 가산세 포함)을 각각 부과·고지(이하 “이 사건 등록세 부과처분”이라 한다)하였다.

  가. 청구 취지

    이 사건 등록세 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

  나. 청구 이유

    청구인은 이 사건 아파트형 공장을 분양한 0000회에서 입주자격이 있다고 하여 분양을 받아 소유권이전등기를 하고 입주하였으나 이 사건 산업단지 관리기관인 한국산업단지공단에서 건설업은 산업단지 입주대상 업종이 아니라는 이유로 퇴거를 종용하여 할 수 없이 산업단지 밖으로 법인을 이전하였고, 이와 같이 청구인은 입주계약을 체결하지 않고 입주하였기 때문에 「산집법」의 적용을 받는 산업단지의 입주효력이 없으므로 단순히 행정구역상 동일한 대도시 내인 0000시 00구에서 00구로 이전하였다가 다시 0000시 00구로 이전한 것으로 보아야 하는데도 처분청이 대도시 지역에서 제외된 산업단지에 입주하였다가 대도시 지역 내로 전입한 것으로 보아 등록세를 중과한 것은 부당할 뿐만 아니라, 청구인은 설립 후 대도시 외의 지역으로 이전한 사실이 없으므로 청구인의 법인 이전으로 인하여 대도시 지역으로의 인구집중을 유발하지도 않았는데도 중과세하는 것은 대도시 지역으로의 인구집중을 억제하기 위해 도입한 등록세 중과 규정의 입법취지에도 반하는 부당한 처분이다.

3. 우리 원의 판단

  가. 다툼

    이 사건 산업단지 내 아파트형 공장에 대한 입주자격이 없는데도 무단으로 입주한 경우가 산업단지 내로 법인을 이전한 경우에 해당하는지 여부

  나. 인정 사실

    이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    (1) 청구인은 1996. 8. 31. 0000시 00구 00동 81번지 0000빌딩 801호에 000000 주식회사라는 상호로 설립된 법인으로서 2003. 1. 28. 「산집법」의 적용을 받는 산업단지인 0000000단지 내에 있는 0000시 00구 00동 235번지 토지상에 이 사건 아파트형 공장을 건설·분양한 0000회로부터 이 사건 아파트형 공장을 분양받아 2003. 5. 17. 소유권이전등기를 한 후 같은 해 6. 2. 위 주소지로 법인을 이전하였다.

    (2) 「산집법」의 적용을 받는 산업단지 내에 있는 이 사건 아파트형 공장은 「산집법」 제28의5 제1항의 규정에 따라 제조업, 연구개발업, 벤처기업, 지식산업 및 정보통신산업만이 입주할 수 있고 산업단지에 입주하기 위해서는 같은 법 제38조 제1항 및 같은 법 시행규칙 제34조 제1항의 규정에 따라 공장 등을 취득하기 전에 미리 관리기관인 한국산업단지공단과 입주계약을 체결하여야 하나 청구인의 경우는 건설업을 주 업종으로 하는 법인으로서 입주대상 업종이 아닌 데도 입주계약을 체결하지 아니한 채 분양받은 이 사건 아파트형 공장을 취득 하고서는 무단으로 입주를 하였고 입주 후 3개월이 지난 2003. 9. 8. 입주대상 업종인 토목엔지니어링 서비스업을 법인의 사업목적에 추가하였다.

    (3) 이에 대하여 한국산업단지공단에서는 2004. 9. 22.부터 2006. 2. 13.까지 사이에 5차에 걸쳐 입주계약을 체결하라는 시정촉구 및 고발조치 경고공문을 발송하였다.

    (4) 입주자격이 없어 입주계약을 체결할 수 없었던 청구인은 법인을 이전하기 위하여 2006. 2. 7. 0000시 00구 000동 351-5 번지 상의 토지 및 건물 (대지 : 1,426㎡, 건물 : 2,373.11㎡, 취득가액 : 60억 원)을 취득한 후 같은 해 4. 13. 위 건물로 법인을 이전하였고, 위 아파트형 공장은 같은 해 5. 8. 000도 00시 00면 00리 36번지 소재 청구외 0000주식회사에 임대하였다.

    (5) 이에 대하여 처분청은 2006. 7. 25. “청구인이 전입 이전에 소재한 이 사건 아파트형 공장은 「산집법」의 적용을 받는 산업단지로서 「지방세법」 제138조 제1항 단서규정에 따라 수도권 과밀권역(대도시)에서 제외된 지역에 소재하고 있으므로 청구인은 대도시 외의 지역에서 대도시 내의 지역으로 본점을 이전한 경우에 해당되고 이러한 경우 「지방세법」 제138조 제1항의 규정에 따라 대도시 내의 법인의 설립으로 보아 등록세를 중과하도록 되어 있으므로 청구인이 취득한 이 사건 부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 과세할 것”이라는 내용의 과세예고통지를 한 후 2006. 10. 16. 이 사건 부동산에 대하여 중과세율을 적용하여 등록세 361,968,000원(지방교육세 및 가산세 포함)을 부과·고지하고 다시 3일 후인 같은 해 10. 19. 청구인의 자본금(750,000,000원)에 대하여도 중과세율을 적용하여 등록세 12,472,320원(지방교육세 및 가산세 포함)을 각각 부과·고지하였다.

  다. 관계법령의 규정

    (1) 「지방세법」 제131조 제1항 제3호의 규정에 따르면 상속 및 무상 취득 이외의 원인으로 인한 소유권의 취득 중 농지 이외의 부동산에 대한 등기를 받을 때에는 부동산가액의 1,000분의 20에 해당하는 등록세를 납부하여야 하는 것으로 규정되어 있다.

    (2) 「지방세법」 제137조 제1항 제1호의 규정에 따르면 상사회사 기타 영리법인의 설립등기를 할 때에는 불입한 주식금액이나 출자금액 또는 현금 이외의 출자가액의 1,000분의 4에 해당하는 등록세를 납부하여야 하는 것으로 규정되어 있다.

    (3) 「지방세법」 제138조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산집법」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다) 안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 「외국인 투자촉진법」에 의한 외국인 투자기업이 2003. 12. 31.까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기에 대하여는 그러하지 아니하다”라고 규정하고, 그 제1호에 “대도시 안에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기”라고 규정하고, 그 제2호에 “대도시 외의 법인이 대도시 내에로의 본점 또는 주사무소의 전입에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.”라고 규정하고, 그 제3호에 “대도시 내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주 사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라고 규정하고 있다.

    (4) 「지방세법 시행령」 제102조 제2항은 “법 제138조 제1항 제3호에서 ‘법인의 설립과 지점 또는 분사무소 설치 및 대도시 내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기’라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말하며 ‘그 설립·설치· 전입 이후의 부동산등기’라 함은 법인 또는 지점 등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산등기를 말한다.”라고 규정하고 있다.

    (5) 「수도권정비계획법」 제2조 제7호는 “산업단지라 함은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조·제7조·제7조의2 및 제8조에 따라 지정·개발된 국가산업단지· 일반산업단지·도시첨단산업단지 및 농공단지를 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제6조 제1항 제1호는 “과밀억제권역은 인구 및 산업이 과도하게 집중되었거나 집중될 우려가 있어 그 이전 또는 정비가 필요한 지역”이라고 규정하고 있다.

    (6) 「산집법」 제28조의4 제1항은 “아파트형 공장을 설립한 자가 아파트형 공장을 분양 또는 임대하고자 하는 경우에는 공장건축물 착공 후 산업자원부령이 정하는 바에 의하여 모집 공고안을 작성하여 시장·군수 또는 구청장의 승인을 얻어 공개로 입주자를 모집하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

    (7) 「산집법」 제28조의5 제1항은 “아파트형 공장에 입주할 수 있는 시설은 다음 각호의 시설로 한다.”라고 규정하면서 그 제1호 내지 제3호에 “제조업, 연구개발업 그 밖의 대통령령이 정하는 사업을 영위하기 위한 시설, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 영위하기 위한 시설, 기타 입주업체의 생산활동을 지원하기 위한 시설로서 대통령령이 정하는 시설”이라고 규정하고 있다.

    (8) 「산집법」 제38조 제1항은 “산업단지 안에서 제조업을 영위하거나 영위하고자 하는 자는 산업자원부령이 정하는 바에 의하여 관리기관과 그 입주에 관한 계약을 체결하여야 한다.”라고 규정하고 있고 그 제3항은 “제1항의 규정은 산업단지 안에서 제조업 외의 사업을 영위하거나 영위하고자 하는 자에 대하여 이를 준용한다.”라고 규정하고 있다.

    (9) 「산집법 시행규칙」 제34조 제1항 및 제2항의 규정에 따르면 입주계약을 체결하고자 하는 자는 산업용지 또는 공장 등을 취득하거나 임대받기 전에 미리 산업단지 입주계약신청서에 사업계획서를 첨부하여 관리기관에 제출하여야 하고 관리기관은 입주계약신청일로부터 5일 이내에 계약체결 여부를 결정하여야 하며 계약체결이 이루어진 때에는 신청인에게 입주계약확인서를 교부하여야 하는 것으로 규정되어 있다.

  라. 판단

    청구인은 이 사건 아파트형 공장을 분양을 받아 관리기관과 입주계약을 체결하지 않고 입주하였다가 입주자격이 없어 퇴거를 하였기 때문에 「산집법」상으로는 산업단지 입주효력이 없으므로 「산집법」의 적용을 받는 산업단지가 아닌 일반 대도시 내인 0000시 00구에서 같은 대도시 내인 0000시 00구로 이전한 경우에 해당되어 중과세 대상이 아니라고 주장한다.

    살피건대, 위 관련 규정에 따르면 「산집법」의 적용을 받는 산업단지는 등록세 중과대상인 대도시 지역에서 제외함으로써 대도시 외의 지역으로 분류하고 있고, 이러한 전제 하에 대도시 외의 법인이 본점을 대도시 내로 전입함에 따른 등기는 법인의 설립으로 보아 표준세율의 3배를 적용하여 등록세를 중과하며, 대도시 내에서의 법인의 설립에 따른 부동산등기와 대도시 내로의 법인의 전입에 따른 부동산등기 및 그 설립·전입 이후 5년 이내에 취득하는 부동산등기에 대하여도 표준세율의 3배를 적용하여 등록세를 중과하도록 되어 있다.

    청구인은 입주계약을 체결하지 않고 입주를 하였으므로 이 사건 산업단지 내로 법인을 이전한 경우에 해당되지 않는다고 주장하나, 위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 2003. 1. 28. 국가산업단지 내에 있는 이 사건 아파트형 공장을 분양받아 소유권이전등기를 경료하고 2003. 6. 2. 이 사건 아파트형 공장 소재지로 회사를 이전하였고, 이전 후 2년 10개월 동안 이 사건 아파트형 공장에서 사업을 영위하다가 2006. 2. 7. 0000시 00구 000동에 있는 이 사건 부동산을 취득하고 2006. 4. 13. 이 사건 부동산 소재지로 법인을 이전하였을 뿐만 아니라, 법인등기부상에도 이 사건 아파트형 공장 소재지로 법인을 이전하였다가 다시 이 사건 부동산 소재지로 이전한 것으로 등재되어 있는 점 등을 종합해 볼 때 청구인은 산업단지 내로 법인을 이전하여 사업을 영위하다가 다시 산업단지 밖인 0000시 00구 000동으로 이전하였다고 보아야 할 것이다.

    따라서 입주계약을 체결하지 않고 입주하였으므로 산업단지 내로 법인을 이전한 경우에 해당하지 않는다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

4. 결론

  그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분은 잘못이 없고, 이 사건 심사청구는 이유 없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.