1. 원 처분의 요지

가. 청구외 000는 1992. 5. 1.부터 0000시 0구 00동 1600-5번지에서 000000이라는 상호로 볼트너트 및 선박 배관자재 제조업을 영위하던 개인사업자로서 2005. 1. 24. 사업장을 이전하기 위하여 「산업입지 및 개발에 관한 법률」(이하 “「산업입지법」”이라한다)에 따라 0000시에서 조성·분양한 0000시 0구 00동 산31-1 소재 「0000 산업단지」 안에 있는 공장용지 2-18블럭 3,306㎡(확정측량결과에 따라 3,243.9㎡로 면적이 감소하였고 준공 후 00동 347-1번지로 등재됨, 이하 “이 사건 공장용지”라 한다)를 분양받고 2006. 2. 6. 그 지상에 청구외 000 명의로 공장(2동) 건축허가(건축연면적 : 3,297.08㎡, 이하 “이 사건 건축물”이라 한다)를 받아 2006. 4. 4. 청구외 000000주식회사와 공사도급계약(최종 공사계약금액 : 1,496,000,000원, 부가가치세 136,000,000원 포함)을 체결하고 이 사건 건축물을 건축하던 중이던 2006. 6. 28. 청구외 000가 개인기업으로 운영하던 위 000000을 「조세제한특례법」 제32조의 규정에 따른 사업양수도 방법을 통해 법인으로 전환하기 위하여 “000000 주식회사(대표이사 : 000, 이하 “청구인”이라 한다)를 설립하고 다음 날인 2006. 6. 29. 000000의 모든 권리와 의무를 위 000000 주식회사에 포괄양도하는 내용의 사업양수도계약을 체결하고 개인사업자인 000000은 2006. 8. 31.자로 폐업하였다.

나. 그 후 청구외 000는 자기 명의로 건축 중이던 이 사건 건축물의 건축주 명의를 법인인 000000 주식회사로 변경하지 아니한 채 완공하여 2006. 9. 21. 000 명의로 사용승인신청을 하자 처분청은 2006. 9. 28. 승인신청한 대로 청구외 000 명의로 사용승인을 하였다. 이에 따라 청구외 000는 2006. 10. 30. 사용승인한 대로 000 개인명의로 소유권보존등기를 하고 같은 날 바로 법인인 청구인 명의로 소유권이전등기를 하고서는 청구인이 이 사건 건축물을 원시취득한 것으로 보아 「지방세법」 제276조 제1항에 따라 산업단지 내 취·등록세 감면신청을 하려 하였으나, 처분청은 청구외 000의 경우는 개인사업자로서 폐업한 이후에 취득한 것이므로 산업단지 안에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자에 해당되지 않아 감면대상에 해당되지 아니하고, 청구인의 경우도 청구외 000로부터 이 사건 건축물을 이전받아 승계취득하였으므로 감면대상에 해당되지 않는다고 하자, 청구외 000는 2006. 10. 30. 이 사건 건축물의 공사도급금액 1,360,000,000원(부가가치세 제외)을 과세표준으로 하여 취득세 29,919,980원(농어촌특별세 포함)과 등록세 13,055,980원(지방교육세 포함)원을 신고납부 하고 같은 날 청구외 000 개인명의에서 청구인 명의로 소유권이전등기가 된 데 대하여 다시 청구인 명의로 위 공사도급금액을 과세표준으로 하여 취득세 29,919,980원(농어촌특별세 포함)과 등록세 32,639,980원(지방교육세 포함)을 신고납부하자 처분청은 이를 각각 징수결정(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다)하였다.

2. 청구 취지 및 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

직원의 실수로 건축주 명의변경신청을 하지 아니하여 청구외 000 명의로 사용승인이 된 데 대하여 처분청에 수차에 걸쳐 청구인 명의로 건축주를 변경해달라고 요청하였으나 받아들여지지 않아 어쩔 수 없이 청구외 000 명의로 소유권보존등기를 하였지만, 이 사건 건축물은 건축 중에 법인전환을 위한 포괄 사업양수도계약에 따라 청구인이 양수한 후 법인 자금으로 완공하였으므로 청구인이 이 사건 건축물의 원시취득자이고, 따라서 「지방세법」 제276조 제1항에 따른 취·등록세 면제대상인 산업단지 안에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자에 해당되는데도 처분청이 청구외 000가 이 사건 건축물을 원시취득한 후 청구인이 승계취득한 것으로 보아 청구외 000에게 취득세와 등록세를 부과하고 다시 청구인에게 취득세와 등록세를 부과한 것은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

개인 사업자인 청구외 000 명의로 허가받아 건축 도중 법인으로 전환하면서 포괄양수도계약에 따라 법인인 청구인에게 양수된 후 청구인의 자금으로 완공된 이 사건 건축물을 건축주 명의변경을 하지 아니하고 청구외 000 명의로 사용 승인을 받아 청구외 000 명의로 소유권보존등기를 한 후 다시 청구인 명의로 소유권이전등기를 한 경우 이 사건 건축물의 원시취득자를 누구로 보아야 하는지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구외 000는 1992. 5. 1.부터 0000시 0구 00동 1600-5번지에서 000000 이라는 상호로 볼트너트 및 선박 배관자재 제조업을 영위하던 자로서 2005. 1. 24. 사업장을 이전하기 위하여 0000시장으로부터 이 사건 공장용지를 분양받아 2005. 7. 6. 분양대금(482,014,800원)을 완납하고 2006. 2. 6. 그 지상에 공장(2동) 건축허가(건축연면적 : 3,297.08㎡)를 받아 2006. 4. 4. 청구외 000000 주식회사와 공사도급계약(최종 공사계약금액 : 1,496,000,000원, 부가가치세 포함)을 체결하고 2006. 4. 25. 착공하였다.

(2) 청구외 000는 이 사건 건축물을 건축하던 중이던 2006. 6. 28. 청구외 000 명의의 개인기업으로 운영하던 위 000000을 「조세제한특례법」 제32조의 규정에 따른 사업양수도 방법을 통해 법인으로 전환하기 위하여 000000 주식회사를 설립하고 다음 날인 2006. 6. 29. “000000은 2006. 8. 31.자로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 000000 주식회사에 포괄 양도한다”는 내용의 사업양수도계약을 체결하였고 개인사업자 명의의 000000은 2006. 8. 31.자로 폐업하였다.

(3) 청구외 000는 000 개인명의로 분양받은 이 사건 공장용지의 분양대금을 완납(2005. 7. 6.)한 후 법인전환 시 청구인에게 양도한 이 사건 공장용지를 청구인 명의로 변경하기 위하여 2006. 9. 29. 0000시장에게 분양권 양도양수계약 동의 신청을 하였고, 2006. 10. 4. 0000시장은 “000000 000의 모든 권리와 의무를 000000 주식회사가 승계하고, 양도가격은 당초 분양가격과 동일하게 적용하며 공장설립은 000000 주식회사의 계획에 의함”이라는 조건을 붙여 동의하였다.

(4) 이 사건 공장용지는 2006. 10. 30. 위 동의서를 근거로 청구외 000 명의를 거치지 않고 0000시장에서 바로 청구인 명의로 소유권이전등기를 하였다.

(5) 청구외 000가 법인전환 당시 자기 명의로 건축 중이던 이 사건 건축물의 건축주 명의를 청구인 명의로 변경하지 아니하고 완공하여 2006. 9. 21. 000 개인 명의로 사용승인신청을 하자, 2006. 9. 28. 처분청은 청구외 000 명의로 건축물 대장을 작성하고 000 명의로 사용승인서를 교부하였으며, 2006. 10. 30. 청구외 000는 자기 명의로 소유권보존등기를 한 후 같은 날 법인인 청구인 명의로 소유권이전등기를 하였다.

(6) 이에 대하여 청구외 000는 이 사건 건축물의 사용승인을 받고 청구인 명의로 소유권보존등기를 하려 하였으나 건축물대장 및 사용승인서상의 명의 인과 다르게 소유권보존등기를 할 수 없다는 사실을 발견하고 처분청에 건축주 명의변경을 해달라고 수차 요청하였으나 사용승인 이후에는 건축주 명의변경을 할 수 없다는 이유로 명의변경을 해주지 않아 어쩔 수 없이 청구외 000 개인 명의로 소유권보존등기를 할 수밖에 없었다고 주장하고 있다.

(7) 이 사건 건축물을 시공한 청구외 000000 주식회사가 발행한 세금계산서에 따르면 총공사비 1,496,000,000원 중 420,200,000원(28.1%)은 2006. 4. 17. 및 같은 해 6. 7. 개인사업자인 000000 명의로 지급되었고, 나머지 1,025,800,000원(71.9%)은 같은 해 7. 10.부터 9. 30.까지 사이에 4차에 걸쳐 법인인 000000 주식회사 명의로 지급되었으며, 이러한 사실은 000000 및 000000 주식회사의 거래처 원장의 내용과 일치하고 있다.

(8) 청구외 000는 이 사건 건축물의 건축비를 마련하기 위하여 2006. 4. 3. 중소기업진흥공단(00지역본부장)에 중소기업구조개선사업자금을 신청하였고 같은 해 5. 2. 자금지원대상자로 선정되어 1,040,000,000원의 시설자금을 지원받아 이 사건 건축물을 신축하면서 법인전환에 따른 자금지원대상자 변경승인신청을 하자 위 공단에서는 2006. 11. 1. 위 시설자금의 지원대상자를 법인으로 전환하였으며, 위 시설자금을 대출해준 00은행 0000000지점의 대출금원장에도 000000 주식회사가 2006. 6. 16.부터 2006. 10. 30.까지 사이에 5차에 걸쳐 위 지원자금 전액을 대출실행 한 것으로 되어 있다.

(9) 이 사건 공장용지의 소유권이전등기는 위 인정사실 (4)에서 본 바와 같이 곧바로 법인명의로 경료되어 이에 따른 등록세 납세의무는 발생하지 않았으나 법인 전환 전에 개인사업자인 청구외 000 명의로 분양대금을 완납하였으므로 「지방세법 시행령」 제73조 제1항의 규정에 의하여 청구외 000가 분양대금 완납일에 취득한 것으로 됨에 따라 2006. 10. 24. 청구외 000 명의로 이 사건 공장용지 취득에 따른 취득세 자진신고를 하게 되었고, 신고를 하면서 「지방세법」 제276조 제1항(산업단지에 대한 감면)의 규정에 따른 취득세 감면신청을 한 데 대하여 처분청은 신청한 대로 취득세 면제결정을 하였다.

(10) 이 사건 건축물이 완공되자 청구인은 청구인이 이 사건 건축물을 원시취득한 것으로 보고 위 「지방세법」 제276조 제1항에 따라 산업단지 내 취·등록세감면신청을 하려 하였으나, 처분청은 이 사건 건축물은 청구외 000가 개인 사업자로서 폐업한 이후에 000 개인 명의로 소유권보존등기가 되었으므로 청구외 000의 경우 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자에 해당되지 않아 산업단지 내 취·등록세 감면대상에 해당되지 아니하고, 청구인의 경우도 청구외 000로부터 이 사건 건축물을 이전받아 승계취득하였으므로 취·등록세 감면대상에 해당되지 않는다는 이유를 들어 감면을 해주지 않았다.

(11) 이에 따라 청구외 000가 2006. 10. 30. 이 사건 건축물에 대하여 위 공사도급금액 1,360,000,000원(부가가치세 제외)을 과세표준으로 하여 취득세 29,919,980원(농어촌특별세 포함)과 등록세 13,055,980원(지방교육세 포함)원을 신고납부하고 같은 날 000 명의에서 청구인 명의로 소유권이전등기가 된 데 대하여 다시 청구인 명의로 위 공사도급금액을 과세표준으로 하여 취득세 29,919,980원(농어촌특별세 포함)과 등록세 32,639,980원(지방교육세 포함)을 신고납부(취득세는 2006. 11. 9. 납부)하자 처분청은 이를 각각 징수결정하였다.

다. 관계법령의 규정

(1) 「지방세법」 제105조 제1항은 “취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄 회원권 또는 종합체육시설이용 회원권의 취득에 대하여 그 취득자에게 부과한다.”라고 규정하고 있다

(2) 「지방세법」 제124조는 “등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다.”라고 규정하고 있다.

(3) 「지방세법」 제276조 제1항은 「산업입지법」에 의하여 지정된 산업단지 안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다.”라고 규정하고 있다.

(4) 「부동산등기법」 제131조 본문은 “미등기건물의 소유권보존등기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 신청할 수 있다.”라고 규정하면서 그 제1호에 “건축물대장등본에 의하여 자기 또는 피상속인이 건축물대장에 소유자로서 등록되어 있는 것을 증명하는 자”라고 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 이 사건 건축물은 건축 중에 법인전환을 위한 포괄 사업양수도 계약에 따라 법인인 청구인에게 양도되어 청구인이 원시취득한 것인데도 청구외 000가 원시취득한 것으로 보아 청구외 000에게 취득세와 등록세를 부과하고 또 청구인에게 취득세와 등록세를 부과하는 것은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 위 관계법령의 규정에 따르면 행정관청으로부터 건축허가 등을 받아 건축물을 신축함으로써 부동산을 취득하는 경우에 취득세는 그 취득자에게 부과하고, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과하되, 「산업입지법」에 의하여 지정된 산업단지 안에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 되어 있는바

여기서 건축허가는 행정관청이 건축행정상 목적을 수행하기 위해 수허가자에게 일반적으로 행정관청의 허가없이는 건축행위를 하여서는 안 된다는 상대적 금지를 관계법규에 적합한 경우에 해제하여 주는 행정처분일 뿐 수허가자에게 어떤 새로운 권리나 능력을 부여하는 것이 아니고, 건축허가서는 허가된 건물에 관한 실체적인 권리의 득실변경의 공시방법이 아니므로, 자기 비용과 노력으로 건물을 신축한 자는 그 건축허가가 타인의 명의로 된 여부에 관계없이 그 소유권을 원시취득한다 할 것이다.

위 인정사실에서 본 바와 같이 청구인은 법인전환에 따른 포괄 사업양수도계약에 따라 청구외 000로부터 그 소유의 이 사건 공장용지와 공사대금이 28.1% 지급된 상태의 이 사건 건축물을 양도받아 법인 자금으로 나머지 공사를 완공 하였으나 「부동산등기법」 제131조의 규정에 따라 건축명의인 앞으로 소유권보존등기를 할 수밖에 없었던 점 등을 종합해 볼 때, 건축허가 및 사용승인이 청구외 000명의로 나왔다거나, 건축물대장과 건물등기부에 청구외 000가 소유자인양 올라있었다 하더라도 이 사건 건축물을 완공하여 원시취득한 자는 청구외 000가 아닌 청구인이라 할 것이고, 따라서 이 사건 건축물은 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 해당된다고 보아야 하는데도 처분청이 청구외 000를 이 사건 건축물의 원시취득자로 보아 000에게 취득세와 등록세를 부과하고 이를 전제로 하여 다시 청구인에게 이 사건 취·등록세 부과처분을 한 것은 잘못이라 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 청구외 000를 이 사건 건축물의 원시취득자로 보고 이를 전제로 하여 청구인에 대하여 한 이 사건 부과처분은 위법하다 할 것이어서 그 취소를 구하는 이 사건 심사청구는 이유있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.