1. 원 처분의 요지

가. 청구인은 2003. 7. 7. ○○○○시 ○○ ○○ ○○○-○○○ 대지 330㎡ 및 ○○○-○○○ 대지 99㎡를 종교용으로 사용할 목적으로 취득하고 추가로 같은 해 7. 21. 같은 동 ○○○-○ 답 20㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 취득한 후 다음날7. 22. 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 면제 받았다.

나. 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 취득일로부터 유예기간인 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 않았다는 사유로 2007. 2. 10. 이 사건 토지의 취득가액 168,117,000원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조 제1항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등 합계 11,887,580원을 부과·고지(이하 “이 사건 부과처분”이라 한다) 하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구 취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구 이유

이 사건 토지를 취득한 이후 유예기간인 3년 이내에 종교시설로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였지만 건축행위에 필요한 인·허가 등을 추진하는 과정에서 담당공무원으로부터 정당하게 받을 수 있는 적절한 행정서비스를 받지 못하여 유예기간내에 직접 사용하지 못한 것이므로 이 사건 부과처분은 부당하다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

이 사건 토지를 취득하고 유예기간 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 존재하는지 여부

나. 인정 사실

이 사건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 청구인은 2003. 7. 7. ○○○○시 ○○ ○○ ○○○-○○○ 대지 330㎡ 및 ○○○-○○○ 대지 99㎡를 종교용으로 사용할 목적으로 취득하고 추가로 같은 해 7. 21. 같은 동 ○○○-○ 답 20㎡를 취득한 후 다음날 7. 22. 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 따라 취득세 등을 면제 받았다.

(2) 청구인이 대표자로 있는 ○○○○○○교회는 2003. 7. 14. 사단법인 ○○○○○○○○협회(이사장 ○○○ ○○○)로부터 소속단체로 인증받아 비영리사업단체가 되었다.

(3) 청구인이 2003. 9. 9. 이 사건 토지에 연면적 400.74㎡의 종교집회장(이하 “이 사건 건축물”이라 한다)을 건축하기 위하여 처분청에 건축허가 신청을 하였고, 처분청은 청구인의 건축허가신청서상 진입도로로 사용하고자 하는 이 사건 토지와 연접한 도시계획 예정도로인 ○○○○시 ○○ ○○ ○○○-○○○ 토지소유자와 같은 동 ○○○-○○○ 토지소유자의 토지사용승락서 및 인감증명을 첨부하도록 2차례에 걸쳐 보완요구를 하였다.

(4) 청구인은 위 토지사용승락서를 받지 못하자 2003. 10. 1. 위 건축허가 신청을 취하하였다.

(5) 청구인이 2005. 5. 25. 이 사건 건축물의 진입도로를 ○○○○시 ○○ ○○ ○○○-○○ 구거로 변경하여 재차 건축허가를 신청하였다.

(6) 처분청은 위 구거부지가 배수기능이 없는 나대지 상태로 있으나 구거부지와 연접한 ○○○○시 ○○ ○○ ○○○-○ 토지소유자의 피해가 예상되는 것으로 판단하여 토지사용승낙서와 구거 점용에 따른 관련서류를 보완하도록 청구인에게 요구하였다.

(7) 청구인은 위 구거부지와 연접한 ○○○-○ 토지소유자인 ○○○○에 토지사용승낙서를 받으려고 4차례에 위 ○○○○을 방문하였으나 토지사용승낙서를 받지 못하여 2005. 7. 5. 위 건축허가 신청을 취하하였다.

(8) 청구인이 이 사건 토지를 취득하고 3년이 거의 다된 2006. 6.(일자미상)에 위 ○○○○으로부터 토지사용승낙서를 받아 2006. 7. 3. 위 구거부지를 이 사건 건축물의 진입도로로 사용하기 위한 공유수면 점용허가 신청을 하자 다음 날 처분청은 위 점용허가를 하였고, 청구인은 이 사건 토지를 취득한 후 3년 2개월이 지난 2006. 9. 18. 이 사건 건축물의 건축허가를 받고 2007. 5. 9. 사용승인을 받아 2008. 4월 현재까지 종교용 건물로 사용하고 있다.

(9) 처분청은 청구인이 이 사건 토지를 취득일로부터 유예기간인 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 않았다는 사유로 2007. 2. 10. 이 사건 토지의 취득가액 168,117,000원을 과세표준으로 하여 이 사건 부과처분을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」 제107조의 규정에 따르면 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득이라고 정하고, 「지방세법시행령」 제79조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하고 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체라고 되어 있다.

(2) 「지방세법」 제127조 제1항의 규정에 따르면 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기라고 정하고, 「지방세법시행령」 제94조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 같은 법 시행령 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 되어 있다.

(3) 구 「공유수면관리법」 제7조의 규정에 따르면 관리청은 점·사용허가를 하거나 제6조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 협의 또는 승인을 함에 있어 당해 허가·협의 또는 승인으로 인하여 피해가 예상되는 권리로서 대통령령이 정하는 권리를 가진 자가 있는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 허가하거나 협의 또는 승인하여서는 아니된다고 하고 그 1호에 당해 권리를 가진 자가 공유수면의 점·사용에 동의한 경우로 규정하고 있다.

(4) 구 「공유수면관리법 시행령」 제11조 제1항의 규정에 따르면 법 제7조 본문에서 “대통령령이 정하는 권리를 가진 자”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다고 하고 그 7호에 인접한 토지·공작물의 소유자 또는 점유자로 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 이 사건 토지를 취득한 이후 유예기간인 3년 이내에 종교시설로 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였지만 건축행위에 필요한 인·허가 등을 추진하는 과정에서 담당공무원으로부터 정당하게 받을 수 있는 적절한 행정서비스를 받지 못하여 유예기간내에 직접 사용하지 못한 것이므로 이 사건 부과처분은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 위 지방세법 제107조 등에서 종교단체 등 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하나 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우에는 이를 추징하도록 하고 있는 바, 여기서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 청구인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 청구인이 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 부득이하게 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함된다 할 것이지만, 토지취득 당시부터 이미 법령 등의 규정에 의하여 사용금지 또는 제한된 토지를 취득하고 그 제한 및 사용금지가 계속됨으로써 유예기간이 지나도록 고유업무에 직접 사용하지 못하게 된 경우까지를 포함하는 것은 아니라고 할 것이다. 위 인정사실 ‘(3)항’부터 ‘(8)항’까지에서 보는 바와 같이 청구인이 진출입로가 확보되지 않은 이 사건 토지를 취득한 후 2차례에 걸쳐 건축허가를 신청하였고 처분청이 공유수면관리법에 따라 인근 토지소유자의 토지사용승낙서를 받도록 하였으나 이를 받지 못하여 건축허가신청을 자진 취하하였으며 유예기간이 2개월 정도 지난 2006. 9. 18.에야 건축허가를 받은 사실 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 이 사건 토지에 건축물을 신축하기 위해서는 진출입로 확보가 당연한 것인데도 이를 확보하는데 있어 인근 토지소유자들로부터 토지사용승낙서를 받는데 시일을 보내 3년의 유예기간을 넘긴 것이므로 이러한 사유는 청구인이 이 사건 토지를 취득목적대로 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였다고 보기는 어렵다 할 것이다.

따라서 처분청이 청구인에게 이 사건 토지 취득 후 3년 이내에 고유업무에 사용하지 못한데 정당한 사유가 없다고 보아 취득세 등을 추징한 것은 정당하다 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 청구인에게 한 이 사건 부과처분에는 잘못이 없어 이 사건 심사청구는 이유없다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.