1. 원 처분의 요지

청구인은 2006. 3. 15. 0000시 00구 000동 344-190 외 1필지 토지 397㎡와 동 지상 건축물 159.97㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 492,000,000원에 취득한 후, 같은 해 3. 16. 취득세 등을 신고하면서 「지방세법」 제107조 제1호와 같은 법 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산 취득으로 보아 취득세와 등록세 등을 비과세 신고 하였다.

처분청은 2007. 7. 13. 이 사건 부동산을 종교목적으로 직접사용하지 아니하고 어린이집으로 사용하고 있는 사실을 확인하고 위 부동산의 취득가액을 과세표준액으로 하고 각각의 세율을 적용하여 비과세했던 취득세 9,274,440원, 등록세 6,182,960원, 지방교육세 984,000원 합계 16,441,400을 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

2. 심사청구의 취지와 이유

가. 청구취지

이 사건 부과처분을 취소하게 하여 달라는 취지의 청구

나. 청구이유

청구인은 2001. 2. 20. 기독교 신앙을 바탕으로 한 선교·전도와 지역사회 봉사를 위한 교육 및 문화사업을 목적으로 설립된 교회로서 2005년 초부터 어린이집을 운영하고자 여러 후보지를 물색하던 중 이 사건 부동산을 취득하였으나 이 사건 부동산에 대한 취득세 등 비과세 신청을 하면서 지방세에 대한 무지 또는 착오로 건물사용 용도 확인서에 종교 활동 목적으로 사용한다고 잘못 기재하였는바 이를 근거로 위 부동산을 당해목적사업에 직접사용하지 아니한다고 보아 과세처분 함은 위법부당하다.

또한, 이건 부동산을 취득한 진정한 목적은 「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설(어린이집)을 설치·운영하기 위한 것이고 실지로 어린이집을 설치·운영하고 있어 「지방세법」 제272조 제5항의 규정에 의하여 취득세와 등록세 면제 대상에 해당하므로 실질과세원칙에 따라 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다.

3. 우리 원의 판단

가. 다툼

취득세와 등록세 면제대상인 영유아보육시설로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 취득세 비과세 대상인 종교목적에 직접 사용하는 것으로 잘못 신고했을 경우 비과세한 취득세와 등록세 등을 부과하는 것이 타당한지 여부

나. 인정사실

이 건 일건 기록에 따르면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 청구인은 2005. 2월부터 어린이집 운영을 모색하였으나 교회와 교회 주변지역은 어린이집이 과밀하여 인가를 받을 수 없어 거리제한 요건 등에 저촉되지 아니한 이 사건 부동산에 어린이집을 설치하기로 결정하고 2005. 12. 27. 매매 계약을 체결하고 같은 날 계약금 30,000,000원, 2006. 2. 15. 중도금 255,000,000원, 2006. 3. 15. 잔금 207,000,000원, 합계 492,000,000원을 지급하고 이 사건 부동산을 취득하였다.

(2) 청구인은 2006. 3. 16. 법무사를 통하여 위 부동산 등기신청 업무를 비롯한 지방세 비과세 신고업무를 대리하게 하였고 당시로서는 교회에서 운영하는 어린이집은 당연히 선교를 위한 종교목적의 일환이라고 생각하고 특별한 문제점을 인식하지 못하여 법무사사무소에서 제시하는 지방세 비과세 신청서(「지방세법」 제107조 및 같은 법 시행령 제79조에 따른 종교목적 사용에 의한 비과세), 건물용도확인서(종교활동 목적의 사용 확인) 등의 서류에 법무사가 작성한 대로 청구인의 인감을 날인하여 취득세 등 비과세 신청을 하였다.

(3) 청구인은 2006. 3. 15. 이 사건 부동산을 취득하였으나 위 부동산에 임차인의 임차기간이 남아 있어 바로 어린이집으로 활용하지 못하다가 2006. 12. 1. 처분청으로부터 보육시설인가(시설명칭 : 000어린이집, 시설종별 : 가정보육시설, 보육정원 19명)를 받아 어린이집 운영을 시작하였고 얼마 지나지 아니하여 돌보는 어린이가 늘어나 정원을 늘릴 필요가 있어 2007. 4. 2. 용도변경(주택→노유자시설)허가를 받았고, 같은 해 4. 13. 보육시설 변경인가(시설명칭 : 000어린이집, 시설종별 : 사립어린이집, 보육정원 : 39명)를 받아 어린이집을 운영하고 있다.

(4) 처분청은 2007. 4. 24. 청구인이 이 사건 부동산을 당초 종교활동 목적으로 사용할 것으로 신고하고 비과세 받았으나 어린이집으로 사용하고 있으므로 당초 비과세 받았던 취득세 등 추징사유가 발생하였음을 이유로 취득세 등 자진신고 안내공문을 발송하였고, 같은 해 5. 3. 과세예고통지를 하였다.

(5) 이에 대하여 청구인은 2007. 5. 28. 0000시에 과세전적부심사청구를 제기하였고, 0000시장은 같은 해 7. 4. 영유아보육사업은 종교단체의 본질적 사업내용이라고 볼 수 없다는 등의 이유를 들어 과세전적부심사청구에 대하여 불채택 결정을 하였다.

다. 관계 법령의 규정

(1) 「지방세법」 제107조는 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다.(단서생략)”고 규정하고 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고 있다.

(2) 「지방세법」 제127조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.(단서생략)”라고 규정하고 제1호에는 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있다.

(3) 「지방세법」 제272조 제5항은 “「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설 및 「유아교육법」에 의한 유치원을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 영유아보육시설 및 유치원에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세·공동시설세 및 사업소세를 면제한다. 다만, 부동산 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”라고 규정하고 있다.

(4) 구 「영유아보육법(2007. 7. 27. 법률 제8563호로 개정되기 전의 것)」 제10조의 규정에 따르면 영유아보육시설 종류로서 제4호에 “가정보육시설 : 개인이 가정 또는 그에 준하는 곳에 설치·운영하는 보육시설”과 제6호에 “민간보육시설 : 제1호 내지 제5호에 해당하지 아니하는 보육시설”을 규정하고 있다.

(5) 구 「영유아보육법」 제36조 제1항은 “국가 또는 지방자치단체는 대통령령이 정하는 바에 의하여 제10조의 규정에 의한 보육시설의 설치, 보육교사의 인건비, 초과보육 운영경비 등 운영에 소요되는 경비 또는 보육정보센터의 설치·운영, 보육시설종사자의 복지증진, 취약보육의 실시 등 보육사업에 소요되는 비용의 전부 또는 일부를 보조한다.”라고 규정하고 있다.

(6) 「지방세법」 제1조의2는 지방세 해석의 기준으로 “이 법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”규정하고 있다.

(7) 「지방세법」 제82조는 “지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 「국세기본법」과 「국세징수법」을 준용한다.”고 규정하고 있다.

(8) 「국세기본법」 제14조 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고, 제2항은 “세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 각각 규정하고 있다.

라. 판단

청구인은 위 부동산을 취득하면서 처음부터 어린이집을 운영하고자 취득 하였고 실질적으로 어린이집으로 사용하고 있으므로 「지방세법」 제272조의 규정에 따라 취득세 등이 면제 대상임에도 지방세법에 대한 무지로 법령을 잘못 적용하여 취득세 비과세 신고한 내용을 과세 근거로 이 사건 처분하였음은 위법·부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

살피건대, 위 인정사실에서 본 바와 같이 교회인 청구인이 어린이집을 설치·운영하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하고, 보육시설 인가 가능 여부와 관련하여 취득하기 전부터 처분청에 사전에 문의하고, 물색하고, 직접 처분청으로부터 보육시설 인가를 받아 동 시설을 운영하고 있음에 대하여는 다툼이 없다.

그렇다면, 이 사건 부동산은 「영유아보육법」에 의한 영유아보육시설을 설치·운영하기 위하여 취득되었고 실지로 어린이집(보육시설)으로 운영되고 있으므로 「지방세법」 제272조 제5항의 규정에 따라 취득세와 등록세 등 면제요건을 갖춘 부동산임을 알 수 있다.

다만, 청구인은 이 사건 부동산을 취득한데 따른 취득세 등 신고 시 「지방세법」 제272조 제5항에 따른 취득세 등 면제신청을 하지 아니하고 같은 법 제107조와 제127조 제1항의 규정에 따른 취득세 등 비과세 신청을 하게 되었으나 이는 청구인이 교회로서 교회에서 운영하는 어린이집은 당연히 선교를 위한 종교목적의 일환이라고 생각하고 특별한 문제점을 인식하지 못하여 취득세 등 신고를 잘못 했을 뿐이고, 신고를 잘못했다고 하여 신고내용에 따라 사실관계와 과세요건이 달라진다고 할 수는 없다 할 것이다.

「지방세법」 제107조 등의 규정에 의한 종교목적 사용 부동산에 대한 취득세 등의 비과세이든, 같은 법 제272조 제5항의 규정에 의한 취득세 등의 면제이든 간에 납세의무자가 취득세 등을 부담하지 아니한 것은 결과적으로 같다고 할 것이므로 이 사건에서와 같이 어린이집을 설치·운영하는 것이 처분청 주장대로 종교단체의 본질적 사업내용이 아니라 하더라도 「지방세법」 제272조 제5항의 규정에 의한 취득세 등의 면제요건을 충족한 부동산이라면 이에 대한 취득세 등은 부과하여서는 아니 된다 할 것이다.

한편, 「지방세법」 제272조 제5항의 규정은 국가 또는 지방자치단체 등 공적단체가 운영해야 할 보육시설 등의 일부를 민간에게 위탁하여 운영하게 할 목적으로 그 비용의 일부 또는 전부를 지원까지 하면서 동 시설을 확충하기 위한 조세정책적 목적에 따라 사회교육시설 등에 대하여 취득세 등을 면제하고자 하는 것인 바, 취득세 등 면제대상은 납세의무자(인세)가 아니라 영유아보육시설로 사용되는 부동산(물세)이라 할 것이므로 그 운영주체가 누구인지 여부와는 상관없이 동 시설로 사용되는 부동산에 대한 취득세 등은 면제대상으로 보아 취득세 등을 면제하여야 할 것이다.

또한, 지방세 과세는 실질내용에 따라 과세하여야 할 것이고 세법을 해석·적용함에 있어서는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 할 것이므로 이 사건의 경우와 같이 교회인 청구인이 이 사건 부동산을 취득하여 관련법령의 규정에 따라 보육시설인가를 받고 어린이집으로 운영하고 있는데도 취득세 등을 신고하면서 법령적용착오로 잘못 신고하였다고 하여 취득세 등 면제요건을 갖춘 이 사건 부동산에 대한 취득세 등의 면제를 배제할 수는 없다 할 것이다.

따라서 청구인이 이 사건 부동산을 취득하여 종교목적에 직접 사용하지 아니 한다는 이유로 취득세 등을 부과한 이 사건 부과 처분은 취소되어야 할 것이다.

4. 결론

그렇다면 처분청이 이 사건 부동산을 「지방세법」 제272조 제5항의 규정에 따른 취득세 등 면제대상에 해당함에도 같은 법 제107조 제1호와 제127조 제1항의 규정에 따른 비과세 요건에 해당되지 아니한다고 보아 청구인에게 취득세 등을 부과한 이 사건 처분은 지방세법의 법리를 오해하고 법령적용의 착오에 기인하여서 한 위법한 처분이라는 비난을 면할 수 없다 할 것이고 이 사건 심사청구는 이유 있다고 인정되므로 「감사원법」 제46조 제2항의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.