상고이유(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 각 상고이유보충서 등 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 상고이유 제1점(정당한 사유의 존부에 관한 법리오해 등)에 관하여

가. 지방세법은 대도시의 인구집중 억제 및 환경보존 등을 위하여 대도시 지역 내에 설립된 법인이 그 설립 후 5년 이내에 취득하는 부동산의 등기에 대하여 그 등록세를 일반세율의 3배로 하여 중과한다고 규정하는 한편 그에 대한 예외로 주택건설사업자가 주택건설용으로 부동산을 취득한 경우에는 위와 같은 중과를 하지 아니하되, 그 경우에도 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 그 부동산을 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당 부분에 대하여는 위 규정에 따른 중과를 하도록 규정하고 있다[구 지방세법(2010. 1. 1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 제3호, 제3항 및 그 시행령(2009. 5. 21. 대통령령 제21498호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호, 제2항].

따라서 주택건설사업자가 주택건설용으로 취득한 부동산을 그 등기일로부터 3년 이내에 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에도 ‘정당한 사유’가 있으면 중과대상에서 제외된다 할 것인데, 이때의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 따른 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 주택건설사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다는 등의 내부적인 사유도 포함하며, 이러한 정당한 사유의 존부를 판단함에 있어서는 등록세 중과 제도의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 주택건설사업에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 주택건설사업에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애의 정도, 당해 법인이 토지를 주택건설사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 1998.11.27. 선고 97누5121 판결 등 참조). 그리고 위와 같은 중과세율에 의한 등록세의 추가 부과요건은 특별한 사정이 없는 한 위 지방세법령에 규정된 유예기간의 경과일 또는 다른 업종에 사용한 날 충족된다 할 것이다.

한편 법인이 합병한 때에는 합병 후 존속하는 법인은 합병으로 인하여 소멸된 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방세와 가산금 등을 납부 또는 납입할 의무를 진다(구 「지방세법」제15조). 이러한 합병으로 인한 납세의무 승계제도의 취지와 대도시지역 내 부동산등기에 대한 중과제도의 입법 목적 및 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 어느 법인이 주택건설용으로 부동산을 취득하기는 하였으나, 아직 3년의 유예기간이 경과하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하지 아니하고 있던 상태에서 다른 법인에 합병됨으로써 합병 시까지는 등록세 중과요건이 충족되지 아니한 경우에도, 합병 후 존속법인은 소멸법인에 이미 발생한 등록세 중과와 관련된 법률상의 지위를 승계한다고 봄이 타당하다. 따라서 합병 후 존속법인이 소멸법인의 부동산 취득 등기일로부터 3년 이내에 이를 주택건설사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용한 경우에는 합병 후 존속법인이 중과세율에 의한 등록세를 추가 납부할 의무를 부담한다고 보아야 하고, 그 흡수합병이 기업의 구조개선 등을 위하여 불가피하였다는 등의 사정은 위와 같은 중과 대상에서 제외되는 ‘정당한 사유’에 해당하는지 여부의 판단에서 고려될 수 있을 뿐이라 할 것이다.

나. 원심판결 이유 및 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다. 즉, ① 원고는 2000. 3. 17. 서울특별시 내에 설립된 회사로서 2006. 4.경부터 서울 중구 장교동 일대에 있는 이 사건 도시환경정비구역 내에 주상복합건물을 신축하는 사업을 추진하였고, 그 과정에서 원고와 그 대표이사 등이 주도하여 2006. 10. 10. 주식회사 파크에이엠씨(이하 ‘파크에이엠씨’라고 한다)를 서울특별시 내에 설립하였다. ② 파크에이엠씨는 2006. 12. 15. 주택건설사업자로 등록한 후 2007. 2. 28. 이 사건 도시환경정비구역 내의 토지 중 일부인 이 사건 토지를 취득하면서 그 용도를 주택건설용으로 하여 일반과세율을 적용한 등록세 661,313,280원을 신고·납부하였다. ③ 그런데 원고와 파크에이엠씨는 새로운 시공사가 사업목적을 업무용 건물 신축으로 변경할 것을 제안하는 점과 수익성 등을 고려하여 신축 건물을 주상복합건물에서 업무용 오피스텔로 변경하기로 하고, 2007. 5. 17. 서울특별시 중구청에 이 사건 도시환경정비구역의 정비계획 중 건축물의 주용도를 주거에서 업무시설로 변경하는 내용의 정비계획변경을 서울특별시에 신청해주도록 요청하였으며, 서울특별시는 같은 해 8월 16일 원고가 서울특별시 중구청에 요청한 내용과 같이 건축물의 주용도를 업무시설로 변경하는 내용의 이 사건 도시환경정비구역 변경지정을 하였다. ④ 그런데 원고는 파크에이엠씨가 설립 후 5년이 되지 아니하였으므로 위와 같이 주택건설용으로 취득한 이 사건 토지를 다른 용도로 사용할 경우 등록세 중과 문제가 발생할 것이라고 보고, 이후의 오피스텔 신축 사업은 파크에이엠씨를 원고가 흡수합병하여 사업시행자가 되어 진행하기로 하였다. ⑤ 이에 따라 원고는 2007. 12. 5. 파크에이엠씨를 흡수합병하고 같은 달 20일 이 사건 도시환경정비구역의 사업시행자로서 정비사업시행인가를 받아 이 사건 토지 등 지상에 업무용 오피스텔 건축을 진행하였다.

위와 같은 사정을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 도시환경정비구역 내 건축물의 주용도 변경은 원고와 파크에이엠씨의 요청이 주된 원인이 되어 이루어진 것으로서, 원고와 파크에이엠씨의 합병이 거기에 어떠한 영향을 미친 것은 아니고 오히려 원고와 파크에이엠씨는 이 사건 토지를 주택건설 이외의 용도에 사용함에 따라 부과될 등록세 중과 처분을 피하는 것을 주된 목적으로 하여 위와 같은 흡수합병에 이르렀다고 보이므로, 이러한 건축물의 주용도 변경이나 흡수합병이 있었다고 하여 합병 후 존속법인인 원고가 이 사건 토지를 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항 본문에서 정한 3년의 유예기간 내에 주택건설사업에 사용하지 못하거나 다른 용도로 사용한 것에 대하여 정당한 사유가 있었다고 볼 수는 없다.

다. 원심판결에는 파크에이엠씨를 실체가 없는 법인이라고 단정한 점 등 일부 부적절한 설시가 있기는 하지만, 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항의 정당한 사유가 있다는 원고의 주장을 배척한 결론에 있어서는 정당하다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 위 규정의 정당한 사유 등에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 아니한 위법이 있다고 할 수 없다. 이 부분 상고이유의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

2. 상고이유 제2점(신뢰보호원칙에 관한 법리오해 등) 및 제3점(비과세 관행 주장에 관한 판단 누락)에 관하여

가. 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다(대법원 2004.7.22. 선고 2002두11233 판결 등 참조). 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록 과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한 사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수 없다.

또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 등 참조).

나. 원심판결 이유 및 적법하게 채택된 증거에 의하면, ① 원고의 세무 관련 자문을 담당한 소외인이 2007. 3. 2.경 행정자치부에 "서울특별시에서 설립된 지 5년이 경과되지 아니한 신설법인이 주택건설용 토지를 취득하여 일반과세율에 의한 등록세를 납부한 후 서울특별시에서 설립된 지 5년이 경과한 기존법인에 흡수합병되었고, 합병 후 존속법인인 기존법인이 위 토지에 주택이 아닌 오피스텔을 신축한 경우, 존속법인인 기존법인에 대하여 등록세 중과세가 적용되는지 여부"에 관하여 질의하였는데, 그 질의 내용에 위 흡수합병의 경위나 목적에 대해서는 아무런 설명이 없었고, ② 행정자치부는 2007. 3. 8.경 위 질의에 대하여 "대도시 내에서 주택건설사업을 목적으로 설립된 지 2년이 경과된 신설법인이 같은 대도시 내에서 설립된 지 5년이 경과한 기존법인으로 흡수합병됨에 따라 취득 후 3년 이내에 사용하지 못하고 기존법인에 이전되는 부동산은 3년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 당초 일반과세로 납부한 등록세의 중과세 추징대상이 되지 않는다고 할 것이나, 이에 해당하는지 여부는 과세권자가 사실관계를 확인하여 판단할 사항이다."는 취지로 회신하였음을 알 수 있다.

위와 같은 질의 및 회신의 내용을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 위 행정자치부의 회신만으로는 이 사건과 같이 등록세 중과 처분이 예상되는 상황에서 이를 피하는 것을 주된 목적으로 이루어진 법인합병에 대해서까지 존속법인에 대한 등록세 중과 처분을 하지 않을 것이라는 정당한 기대를 가지게 하는 신뢰를 부여하였다고 볼 수 없다. 또한 그 회신 내용이 그 후 행정자치부 산하 기관이 발행한 공무원 교육용 교재나 행정자치부의 지방세 종합정보시스템에 수록되었다고 하여 그러한 비과세 관행이 존재한다고 볼 것도 아니라고 할 것이다.

다. 원심이 같은 취지에서 이 사건 등록세 중과 처분이 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙에 위배된다는 원고의 주장을 배척한 것은 정당하다. 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행에 관한 법리를 오해하거나 원고의 주장에 관한 판단을 누락한 위법이 있다고는 인정되지 아니한다. 이 부분 상고이유의 주장도 모두 받아들일 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2011. 2. 15. 선고 2009누41099 판결】

【주문】 처분청승소

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고 회사(2007. 9. 7. 변경전 상호는 ‘주식회사 강호엔지니어링건축사사무소’)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2000. 3. 17.

(2) 목적 사업 : 건축설계업, 주택건설업 및 분양업 등

나. ㈜파크에이엠씨(이하 ‘소외 회사)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2006. 10. 10.

(2) 본점 : 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)

(3) 목적 사업 : 주택건설업 등

(4) 2006. 12. 15. 주택법 제9조가 정한 주택건설사업자로 등록

다. 원고 회사의 ㈜신일과 공사도급계약 체결

(1) 일자 : 2006. 4. 20.

(2) 내용 : 장교구역 제6지구 도시환경정비구역(이하 ‘이 사건 정비구역’) 내에 있는 서울 중구 장교동 (지번 1, 2 생략) 일원 지상에 사업부지면적 8,768.46㎡, 건축연면적 102,080,73㎡, 지하 6층, 지상 2층의 주상복합건물(공동주택 276세대, 근린생활시설, 운동시설)의 건축

(3) 공사 여부 : 시공사인 (주)신일은 2007. 6. 13. 부도처리되어 위 건설공사에 착수하지 못하였다.

라. 주택건설 부지의 취득 및 등록세 신고·납부

(1) 소외 회사

(가) 일자 : 2007. 2. 28.

(나) 대상 토지 : 이 사건 정비구역 내에 있는 서울 중구 장교동 (지번 3 생략) 외 3필지 토지 합계 1,123.85㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)

(다) 등록세 등 : 661,313,280원

○ 취득가액(과세표준) : 25,304,720,000원

○ 등록세 일반세율을 적용

(2) 원고 회사 : 2007. 2. 28. 이 사건 정비구역(토지 68필지) 중 45필지 토지 5,553.05㎡를 취득

마. 원고 회사의 소외 회사 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)

(1) 합병일 : 2007. 12. 5.

(2) 본점 : 소외 회사의 소재지인 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)로 이전

바. 원고 회사의 정비사업 추진

(1) 사업시행인가

(가) 일자 : 2007. 12. 20.

(나) 사업의 내용(주된 용도) : 업무시설인 건축물 신축

(2) 2007. 12. 1. 착공신고(건축물 용도 : 업무시설, 근린생활시설, 문화집회시설)

사. 피고의 등록세 중과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)

(1) 처분일 : 2008. 8. 11.

(2) 처분사유 : 이 사건 토지는 등록세 중과대상이다.

(가) 원고는 2007. 12. 5. 소외 회사를 흡수합병하면서 이 사건 토지의 소유권을 승계 취득하였는데, 그 후 이 사건 토지를 주택건설용이 아닌 업무시설인 건축물 용지로 사용하였다.

(나) 결국 소외 회사는 이 사건 토지 최초 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 않은 것에 해당하므로 「지방세법 시행령」제101조 제2항에 의하여 소급하여 등록세 중과세율이 적용된다.

(3) 고지 세액 : 이 사건 토지 취득가액에 중과세율 적용 후 기납부세액을 차감

(가) 등록세 1,281,127,650원(가산세 포함) 및 지방교육세 235,981,670원

(나) 각 부동산별 상세 내역은 아래와 같다.

아. 기타 사항

(1) 이 사건 정비구역의 연혁

(가) 1973. 9. 6.(건설부 고시 제1973-368호) 재개발구역으로 지정

(나) 1976. 7. 14.(건설부 고시 제1976-104호) 도시환경정비구역으로 지정

(다) 건축계획상 주용도 변경 지정

○ 2007. 4. 12.(서울특별시장 고시 제2007-94호) 주거 및 근린생활시설

○ 2007. 5. 17.(서울특별시장 고시 제2007-132호) 주거

○ 2007. 8. 16.(서울특별시장 고시 제2007-274호) 업무시설

(2) 원고의 불복 : 심판청구 2009. 6. 18. 기각

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 11, 17호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 이 사건 합병으로 이 사건 토지를 취득하였으므로 구 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호가 적용되고, 이 조항에서와 같이 등록세 중과세율을 면제하는 규정만 있고 추징규정이 없는 경우에는 지방세법상 등록세 중과세율을 적용하여 등록세를 중과할 수 없다.

(2) 소외 회사는 시공사였던 (주)신일이 부도가 났고, 이 사건 정비구역의 건축계획상 주용도가 업무시설로 변경되어 더 이상 이 사건 토지를 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못하게 된 것이므로 이는 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항이 정한 정당한 사유에 해당된다.

(3) 피고는 이 사건 토지가 소급하여 등록세 중과대상이 되지 않는다는 내용의 질의회신을 하는 등으로 비과세를 하겠다는 공적 견해를 표명하였고, 행정안전부장관은 합병의 경우 등록세 중과 면제의 정당한 이유가 있다는 사례가 기재된 공무원교육교재로 일선 세무담당공무원에게 교육을 실시하는 등의 비과세관행이 있었기 때문에, 원고는 위 질의회신 및 비과세관행을 신뢰하여 이 사건 합병을 하였고, 이러한 신뢰에 반한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 관하여

구 조세제한특례법 제119조 제1항 제2호, 구 조세제한특례법 제116조 제1항에 의하면, 합병일 현재 소비성서비스업을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인간의 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기에 대하여는 등록세를 면제하고, 이 경우 「지방세법」제138조 제1항의 중과세율을 적용하지 아니하도록 되어있는바, 여기서 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기라 함은 합병을 원인으로 재산을 양수하는 경우를 의미하므로, 이 사건의 경우에는 위 조항에 따라 원고가 소외 회사를 합병함으로써 이 사건 토지를 원고 명의로 취득하는데에 따른 등록세를 면제한다는 것이지 주택건설사업자인 소외 회사가 합병 전에 이미 이 사건 토지를 취득한 데에 따른 등록세를 면제한다거나 소외 회사가 이 사건 토지를 취득한 후 구 「지방세법」제138조 제1항, 구 「지방세법 시행령」제101조 제1, 2항에 따라 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 당해 업종에 사용하지 아니함에 따라 소외 회사를 합병한 원고가 부담하여야 할 중과세율에 따른 등록세를 면제한다는 것은 아니고, 또한 이와 같은 중과세율에 따른 등록세 추징규정으로 위 구 「지방세법」제138조 제1항, 구 「지방세법 시행령」제101조 제1, 2항이 있으므로, 위 주장은 이유 없다.

(2) 두 번째 주장에 관하여

앞서 든 증거들 및 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 주택건설사업자인 소외 회사 및 소외 회사를 합병한 원고가 주택건설업에 사용하기 위하여 취득한 이 사건 토지를 그 등기일로부터 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 주택건설업에 사용하지 아니한 것에 구 「지방세법 시행령」제101조 제2항의 정당한 사유가 없다고 봄이 상당하므로 위 주장 또한 이유 없다.

① 이 사건 정비구역의 건축계획상 주용도가 2007. 8. 16. 주거에서 업무시설로 변경되어 이 사건 토지를 주거 또는 주상복합건물의 건축에 사용할 수 없게 되었으나, 그와 같이 건축계획상 주용도가 변경된 경위를 살펴보면, 사업시행자인 원고(당시의 상호는 ‘주식회사 강호엔지니어링건축사사무소’임)가 2007. 5. 17. 서울특별시 중구청에 상업지역의 입지특성과 도심기능 활성화 차원에서 건축물의 용도를 주거에서 업무시설로 변경하는 내용의 장교 도시환경정비구역 및 정비계획 변경신청을 제출하여 위 변경신청이 서울특별시 도시·건축공동위원회의 심의를 거쳐 통과되었으므로 원고의 행위로 인하여 건축계획상 주용도가 변경되었다.

② 이 사건 정비구역 내 주상복합건물 신축공사의 시공사인 (주)신일과 공사도급계약을 체결한 것은 원고이지 소외 회사가 아니고, 소외 회사는 이 사건 도시환경정비사업 내의 토지 중 일부인 이 사건 토지만을 취득하여 애당초 소외 회사 단독으로는 사실상 주상복합건물의 신축이 불가능하였고, 위 (주)신일이 부도가 났다고 하여 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하지 못할 이유는 없다.

③ 소외 회사는 2006. 10. 10. 서울 서초구 서초동 (주소 1 생략)을 본점으로 하여 설립되었는데, 원고의 당시 본점소재지는 서울 서초구 서초동 (주소 2 생략)로 소외 회사와 같은 건물에 본점을 두고 있었고, 소외 회사가 설립된 후 구 조세제한특례법 시행령 제116조 제1항이 합병시 등록세를 면제해주는 사업기간인 1년이 지난지 얼마되지 않은 2007. 12. 5. 원고에 합병된 것으로 보아, 소외 회사는 실체가 없는 법인으로 원고가 등록세 중과를 피할 목적으로 합병을 예정하여 설립한 법인에 불과하여 소외 회사가 최종적으로 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하려고 한 것은 아닌 것으로 보인다.

④ 소외 회사가 이 사건 토지를 취득한 데에 따른 등록세를 일반세율에 의하여 부과할지 중과세율에 의하여 부과할지는 소외 회사 및 소외 회사를 합병한 원고가 정당한 사유 없이 3년이 경과할 때까지 이 사건 토지를 주택건설업에 사용하지 아니하였는가에 달려있는 것이지 원고가 소외 회사를 합병하였다는 사정만으로 소외 회사가 이 사건 토지를 주택건설업에 사용할 수 없게 된 것에 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없다.

(3) 세 번째 주장에 관하여

일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바, 어떠한 행정처분이 이러한 요건을 충족하는 때에는 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아닌 한 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. 한편, 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단함에 있어서는, 반드시 행정조직상의 형식적인 권한분장에 구애될 것은 아니고, 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 하고, 그 개인의 귀책사유라 함은 행정청의 견해표명의 하자가 상대방 등 관계자의 사실은폐나 기타 사위의 방법에 의한 신청행위 등 부정행위에 기인한 것이거나 그러한 부정행위가 없더라도 하자가 있음을 알았거나 중대한 과실로 알지 못한 경우 등을 의미한다고 해석함이 상당하고, 귀책사유의 유무는 상대방과 그로부터 신청행위를 위임받은 수임인 등 관계자 모두를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2008.1.17. 선고 2006두10931 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 갑 제4 내지 7호증의 각 기재에 의하면, 소외인의 질의에 대하여 행정자치부 지방세정팀장이 ‘대도시내에서 설립한지 5년 이상 경과된 A법인이 같은 대도시내에서 주택건설사업을 목적으로 설립한지 2년이 경과된 B법인을 흡수합병하는 경우 B법인이 소유하고 있던 부동산을 A법인이 양수하여 등기하는 경우는 등록세의 중과세 대상이 되지 않는 것이며, 대도시내에서 설립한지 5년이 경과된 A법인으로 흡수합병됨에 따라 B법인이 취득 후 3년 이내에 사용하지 못하고 A법인에게로 이전되는 부동산은 3년 이내에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이므로 당초 일반과세로 납부한 등록세의 중과세 추징대상이 되지 않는다 할 것이다’라고 회신한 사실은 인정되나, ① 위 질의는 원고가 아닌 소외인이 이 사건 처분의 권한이 있는 피고가 아닌 행정자치부 지방세정팀에 한 것으로 위 회신내용 및 형식으로 보아 관계법령의 일반적인 해석에 불과한 점, ② 위 회신에는 ‘등록세의 중과세 추징대상 여부는 과세권자가 사실관계를 확인하여 판단할 사항이다’라고 기재되어 있는 점, ③ 앞서 본 바와 같이 원고는 소외 회사를 등록세 중과를 피하기 위하여 설립하였고, 실체가 없는 소외 회사는 추후 원고와 합병이 예정되어 있었던 것으로 보임에도 그러한 사정은 질의내용에 포함되어 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때 위와 같은 사정만으로 피고가 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 한 것이라고는 보기 어렵고, 가사 피고가 공적인 견해를 표명한 것으로 본다 하더라도 피고의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 원고에게 귀책사유가 없다고 할 수도 없으므로, 위 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2009. 12. 3. 선고 2009구합37302 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 2008. 8. 11. 원고에 대하여 한 등록세 1,281,127,650원 및 지방교육세 235,981,670원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고 회사의 연혁

(1) 설립 일자 : 2000. 3. 17.

(2) 목적 사업 : 건축설계업, 주택건설업 및 분양업 등

나. ㈜00000(이하 ‘소외 회사)의 연혁

(1) 설립 일자 : 2006. 10. 10.

(2) 본점 : 서울 00구 00동 1444-1 00000빌딩 402호

(3) 목적 사업 : 주택건설업 등

(4) 2006. 12. 15. 주택법 제9조가 정한 주택건설사업자로 등록

다. 소외 회사의 ㈜00과 공사도급계약 체결

(1) 일자 : 2006. 4. 20.

(2) 내용 : 00구역 제6지구 도시환경정비구역(이하 ‘이 사건 정비구역’) 내에 있는 서울 0구 00동 22-22 외 3필지 토지 합계 1,123.85㎡(이하 ‘이 사건 토지’) 지상에 주상복합건물(공동주택 276세대, 근린생활시설, 운동시설)을 건축

(3) 공사 여부 : 시공사인 ㈜00은 2007. 6. 13. 부도처리되어 위 건설공사에 착수하지 못하였다.

라. 주택건설 부지의 취득 및 등록세 신고·납부

(1) 소외 회사

(가) 일자 : 2007. 2. 28.

(나) 대상 토지 : 이 사건 토지

(다) 등록세 등 : 661,313,280원

○ 취득가액(과세표준) : 25,304,720,000원

○ 등록세 일반세율을 적용

(2) 원고 : 2007. 2. 28. 이 사건 정비구역(토지 68필지) 중 45필지 토지 5,553.05㎡를 취득

마. 원고 회사의 소외 회사 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)

(1) 합병일 : 2007. 12. 5.

(2) 본점 : 소외 회사의 소재지인 서울 00구 00동 1444-1 00000빌딩 402호로 이전

바. 원고 회사의 정비사업 추진

(1) 사업시행인가

(가) 일자 : 2007. 12. 20.

(나) 사업의 내용(주된 용도) : 업무시설인 건축물 신축

(2) 2007. 12. 1. 착공신고(건축물 용도 : 업무시설, 근린생활시설, 문화집회시설)

사. 피고의 등록세 중과처분(이하 ‘이 사건 처분’)

(1) 처분일 : 2008. 8. 11.

(2) 처분사유 : 이 사건 토지는 등록세 중과대상이다.

(가) 원고는 2007. 12. 5. 소외 회사를 흡수합병하면서 이 사건 토지의 소유권을 승계 취득하였는데, 그 후 이 사건 토지를 주택건설용이 아닌 업무시설인 건축물 용지로 사용하였다.

(나) 결국 소외 회사는 이 사건 토지 최초 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 않은 것에 해당하므로 「지방세법 시행령」제101조 제2항에 의하여 소급하여 등록세 중과세율이 적용된다.

(3) 고지 세액 : 이 사건 토지 취득가액에 중과세율 적용 후 기납부세액을 차감

(가) 등록세 1,281,127,650원(가산세 포함) 및 지방교육세 235,981,670원

(나) 각 부동산별 상세 내역은 아래와 같다.

아. 기타 사항

(1) 이 사건 정비구역의 연혁

(가) 1973. 9. 6.(건설부 고시 제1973-368호) 재개발구역으로 지정

(나) 1976. 7. 14.(건설부 고시 제1976-104호) 도시환경정비구역으로 지정

(다) 건축계획상 주용도 변경 지정

○ 2007. 4. 12.(서울특별시장 고시 제2007-94호) 주거 및 근린생활시설

○ 2007. 5. 17.(서울특별시장 고시 제2007-132호) 주거

○ 2007. 8. 16.(서울특별시장 고시 제2007-274호) 업무시설

(2) 원고의 불복 : 심판청구 2009. 6. 18. 기각

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 토지는 등록세 중과대상에 해당하지 않는다.

(가) 원고는 이 사건 합병으로 이 사건 토지를 취득하여 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호에 따라 이 사건 토지에 관한 등록세를 면제받았는데, 면제받은 토지에 관한 등록세 추징을 위한 근거법규가 없다.

(나) 소외 회사가 이 사건 합병으로 인해 이 사건 토지를 3년 이내에 주택건설사업에 사용하지 못한 것은 「지방세법 시행령」제101조 제2항이 정한 정당한 사유에 해당된다.

(2) 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다.

(가) 피고는 이 사건 토지가 소급하여 등록세 중과대상이 되지 않는다는 내용의 질의회신을 하는 등으로 비과세를 하겠다는 공적 견해를 표명하였다.

(나) 행정안전부장관은 합병의 경우 등록세 중과 면제의 정당한 이유가 있다는 사례가 기재된 공무원교육교재로 일선 세무담당공무원에게 교육을 실시하는 등의 비과세관행이 있다.

(다) 원고는 위 질의 회신 및 교육관행에 근거하여 이 사건 합병을 하였다.

(라) 원고의 신뢰에 반한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 소외 회사의 이 사건 토지 취득시 등록세 납부 의무

(가) 원칙 : 소외 회사는 대도시 내에서 설립(2006. 10. 10.)된지 5년 이내인 2007. 2. 28. 이 사건 토지를 취득하였으므로 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

(나) 주택건설업자로서 예외적 일반세율에 의한 등록세 의무 부담

○ 요건(「지방세법」제138조 제1항 단서, 같은 법 시행령 제101조 제1항 제5호)

- 업종 : 주택법 제9조에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업

- 토지 : 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산으로서 취득 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다. 만약 3년 이내에 정당한 사유 없이 주택건설사업에 사용하지 않는 경우에는 「지방세법 시행령」제101조 제2항에 의하여 「지방세법」제138조 제1항 본문에 따라 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

○ 소외 회사 : 주택건설사업자로서 주택건설용으로 이 사건 토지를 취득하였으므로 「지방세법」제131조가 정한 부동산등기 일반세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다.

(2) 이 사건 합병으로 인한 이 사건 토지에 관한 등록세 납부 의무

○ 원고 : 원칙적으로는 합병을 원인으로 이 사건 토지를 양수하였으므로 그 부동산등기에 관하여 「지방세법」제131조가 정한 일반세율에 의한 등록세 납부의무를 부담하나(설립 후 5년이 경과한 법인), 조세특례제한법 제119조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제116조 제1항에 의하여 등록세 납부의무가 면제된다.

- 원고는 이 사건 합병으로 등록세를 면제받은 이 사건 토지에 관하여 등록세 추징을 위한 근거법규가 없으므로 이 사건 처분은 위법하다는 취지로 주장하나, 원고가 합병으로 인해 면제받은 등록세는 합병을 원인으로 이 사건 토지를 취득하는데 부담해야 할 일반세율에 의한 등록세일 뿐, 소외 회사가 이 사건 토지 취득 후 등록세 중과 제외 요건을 충족하지 못하여 부과되는 중과세율에 의한 등록세까지 위 각 규정에 의하여 당연히 면제되는 것은 아니다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

○ 소외 회사 : 이 사건 토지를 취득한 2007. 2. 28. 이후 주택건설사업을 추진하던 중 시공사인 (주)00의 부도 등으로 사업을 진행하지 못하고 있다가 2007. 12. 5. 원고와 합병하는 바람에 이 사건 토지를 더 이상 주택건설사업에 사용하지 못하게 된 사실, 원고가 이 사건 합병 후 이 사건 토지가 포함된 이 사건 정비구역에서 업무시설물의 신축에 관한 사업시행인가를 받고 2007. 12. 1. 용도가 업무시설·근린생활시설·문화집회시설인 건축공사에 착공함으로써 결국 소외 회사가 이 사건 토지를 최초로 등기한 때로부터 3년 이내에 주택건설공사에 사용하는 것이 불가능하게 된 사실은 앞서 인정사실에서 본 바와 같다.

위 인정사실에 의하면, 소외 회사는 이 사건 토지를 취득하여 주택건설사업을 추진하던 중 약 10개월 만에 이 사건 합병으로 더 이상 사업 추진이 불가능하게 되었으므로 소외 회사가 이 사건 토지를 주택건설사업에 사용하지 못한 데에는 「지방세법 시행령」제101조 제2항이 정한 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.

나아가 소외 회사를 합병한 원고는 대도시 내에서 설립한지 이미 5년이 경과된 법인인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 합병으로 소외 회사의 3년 이내에 주택건설사업을 추진할 의무까지 그대로 승계한다거나 대도시 내에서 설립된지 5년 이내인 법인이 토지를 취득하는 경우에 적용되는 「지방세법」제138조 제1항 제3호에 의하여 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담한다고 할 수도 없다.

(3) 소결론

원고가 이 사건 토지 취득과 관련하여 지방세법이 정한 중과세율에 의한 등록세 납부의무를 부담함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 나머지 원고 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용한다.

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【관계법령】

◆ 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것)

제119조(등록세의 면제등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기 또는 등록에 대하여는 등록세를 면제(제13호·제28호 및 제29호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우 「지방세법」제138조 제1항의 세율을 적용하지 아니한다. <개정 1999.8.31, 1999.12.28, 1999.12.31, 2000.10.21, 2000.12.29, 2001.8.14, 2001.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2004.1.20, 2004.12.31, 2006.12.30>2. 제49조의 규정에 의한 합병 또는 영업의 전부양도 기타 대통령령이 정하는 합병으로 인하여 양수하는 재산에 관한 등기

◆ 조세특례제한법 시행령

제116조 (지방세면제)

①법 제119조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 합병"이라 함은 합병일 현재 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 합병일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 법인(이하 이 항에서 "합병법인"이라 한다)간의 합병을 말한다. 이 경우 소비성서비스업을 1년 이상 영위한 법인이 합병으로 인하여 소멸하고 합병법인이 소비성서비스업을 영위하지 아니하는 때에는 당해 합병을 포함한다.<개정 2001.12.31, 2006.2.9>

◆ 지방세법

제138조 (대도시 지역내 법인등기등의 중과)

①다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 「수도권정비계획법」제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 「외국인투자촉진법」에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.<개정 1981.12.31, 1986.12.31, 1993.12.27, 1998.12.31, 2000.12.29, 2001.12.29, 2002.12.30, 2005.12.31, 2006.12.30>

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

2. 대도시외의 법인이 대도시내에로의 본점 또는 주사무소의 전입(전입후 5년이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용한다.

3. 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소 지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기

4. 대도시(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 적용을 받는 유치지역 및 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 적용을 받는 공업지역을 제외한다)안에서의 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기

②제1항제1호 및 제2호의 규정은 제137조제1항제6호의 경우에는 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의한 등록세 중과세의 범위와 적용기준 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정하고, 제1항제4호의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.<개정 1995.12.6, 1998.12.31, 2008.2.29>

◆ 지방세법 시행령

제101조 (대도시내 법인 중과세의 예외)

①법 제138조제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.<개정 1977.9.20, 1979.12.31, 1981.12.31, 1984.4.6, 1986.12.31, 1987.7.1, 1988.5.7, 1988.12.31, 1990.6.29, 1993.3.6, 1994.12.23, 1994.12.31, 1995.12.30, 1996.12.31, 1997.10.1, 1997.12.31, 1998.6.24, 1998.7.16, 1998.12.31, 1999.12.31, 2000.3.13, 2000.12.29, 2001.12.31, 2002.12.30, 2003.6.30, 2003.11.29, 2003.12.30, 2004.2.25, 2005.1.5, 2005.3.8, 2005.10.7, 2005.12.31, 2006.4.27, 2007.3.27, 2007.9.10, 2007.10.23, 2008.2.29, 2008.9.30, 2009.5.6, 2009.5.21>

5. 「해외건설촉진법」의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(당해연도에 해외건설실적이 있는 경우의 해외건설에 직접 사용하는 사무실용 부동산에 한한다) 및 「주택법」제9조의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득ㆍ등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)

②제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조 제1항 본문의 규정을 적용한다. 다만, 제1항제6호의 규정에 의한 전기통신사업자가 「전기통신사업법」제34조의3의 규정에 의하여 전기통신설비 또는 시설을 다른 전기통신사업자와 공동으로 사용하기 위하여 임대하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다.<신설 1981.12.31, 1984.4.6, 1986.12.31, 1988.12.31, 1993.12.31, 1994.12.31, 1998.12.31, 2000.12.29, 2005.10.7>. 끝.

【참조조문】

구 지방세법 시행령 제101조제1항제5호(현 지방세법 시행령 제26조제1항제3호)