토지가 재산세 별도합산과세대상이었던 기간은 지방세법과 시행령이 개정 시행된 2005. 1. 5.부터 토지의 양도시점인 2006. 10. 20.까지 약 1년 10개월이다.그렇다면 토지는 양도일인 2006. 10. 20. 직전 3년 중 재산세 별도합산과세대상이었던 기간이 2년 이상이 되지 않아 비사업용 토지에 해당하므로, 토지에 대한 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 산정한 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증 내지 갑8호증의 2, 을1호증의 1 내지 을3호증의 3, 을3호증의 9, 10, 11의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 1972년경 국유지인 부산

연제구 거제동 1037-3 답 445㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다) 지상에 무허가 공장 165㎡를 신축하여 이 사건 토지를 공장용지로 사용하여 왔다.

나. 원고는 1985년 1월경 이 사건 토지에 대한 소유권을 취득하였고, 2006. 10. 20. 이 사건 토지를 양도하였다.

다. 이 사건 토지에 대한 재산세(종합토지세)는 2002년부터 2004년까지는 종합합산과세 되었고, 2005년과 2006년은 별도합산과세 되었다.

라. 원고는 2006. 12. 23. 이 사건 토지가 2005년과 2006년에 별도합산 과세대상으로 재산세가 부과되어

소득세법 104조의3 1항,

소득세법 시행령 168조의6의 규정에 의하여 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 기준시가로 계산하여 양도소득세 67,500,630원을 예정신고․납부하였다.

마. 그런데 피고는 2007. 4. 3. 원고에게 이 사건 토지가

소득세법 104조의3 1항,

소득세법 시행령 168조의6 규정에 따라 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 실지거래가액으로 계산한 후 양도소득세 786,180,120원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다)하였다.

바. 원고는 2007. 7. 2. 국세심판원에 심판청구를 하였으나, 2007. 11. 16. 기각되었다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

(가)

소득세법 104조의3 1항에 의하면, 농지, 임야, 목장용지 외의 토지 중 지방세법상 재산세가 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지는 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

(나) 그런데 지방세법상 재산세부과는 지방세법 190조에서 매년 6월 1일을 과세기준일로 하여 과세기준일 현재 사용현황에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하는 시점별 과세방법을 채택하여 보유기간 전체 현황과는 무관하게 판단하고 있고, 과세기준일 이외에는 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상 토지 자체가 존재하지 않는다.

(다) 따라서, 보유기간별 기준에 의하여 비사업용 토지를 판정하도록 규정한

소득세법 시행령 168조의6에 따라 농지, 임야, 목장용지 외의 토지에 대한 비사업용 토지 해당여부를 판단하는 경우에는 기간계산을 연도별로 재산세를 부과한 내역에 따라 판단하는 것이 정당하다.

(라) 이 사건 토지는 양도일인 2006. 10. 20. 직전 3개년도 중 2005년, 2006년 2개년도에 별도합산과세대상 토지로 재산세가 부과되었으므로,

소득세법 시행령 168조의6 1호 나목의 규정에 의해 비사업용 토지에 해당되지 않는다.

(마) 그럼에도 피고는 이 사건 토지가 무허가공장의 부속토지로서 종합합산과세대상으로 재산세가 과세되다가, 2005. 1. 5.

지방세법 시행령 131조의2 신설로 별도합산과세대상이 되었으므로, 별도합산과세대상이었던 기간을 2005. 1. 5.부터 이 사건 토지의 양도시점인 2006. 10. 20.까지로 보아 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간이 비사업용 토지에 해당된다는 이유로 이 사건 토지를 비사업용 토지로 판정하였다.

(바) 그러나 이 사건 토지가 별도합산과세대상이었던 기간을 관련규정이 개정시행 된 2005. 1. 5.부터 이 사건 토지의 양도시점인 2006. 10. 20.까지로 볼 수 있기 위해서는, 지방세법과 달리 보유기간 중 전체기간의 현황에 의해 별도합산과세대상 토지에 해당하는지 여부를 판단할 수 있는 법적근거가 있어야 한다.

(사) 피고가 아무런 법적 근거도 없이 전체기간의 현황에 의해 별도합산과세대상 토지로 판단한 것은 법의 적용과 세법의 엄격해석 원칙에 위배되는 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

이 사건 토지는 무허가공장 부속토지로서 2005. 1. 5. 이전에는 종합합산과세대상으로 재산세가 부과되어 비사업용 토지에 해당하였는데 2005. 1. 5.부터 별도합산과세대상이 되었으므로, 이 사건 토지가 별도합산과세대상이었던 기간은 관련규정이 개정시행 된 2005. 1. 5.부터 이 사건 토지의 양도시점인 2006. 10. 20.까지 1년 10개월에 불과하여 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

이 사건의 쟁점은 이 사건 토지가 소득세법상의 비사업용 토지에 해당하는지와 그 전제로 비사업용 토지의 기간에 대한 규정인

소득세법 시행령 168조의6 1호 각 목의 기간을 재산세 과세연도로 해석할 수 있는지 여부이다.

구 소득세법 (2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 96조 2항 8호에 의하면 비사업용 토지의 경우에는 실지거래가액으로 양도소득세를 납부하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 104조의3 1항 4호 나목 및

구 소득세법 시행령 (2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 168조의6 1호에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’과 ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’ 및 ‘토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간’ 모두에 해당하는 기간 동안 지방세법 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 아닌 토지는 비사업용 토지에 해당한다고 규정하고 있으므로, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우 ‘양도일 직전 5년 중 3년 이상의 기간’ 또는 ‘양도일 직전 3년 중 2년 이상의 기간’ 또는 ‘토지의 소유기간의 100분의 80에 상당하는 기간 이상의 기간’ 중 어느 하나의 기간 동안 지방세법 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상인 토지는 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

살피건대, 구 소득세법 104조의3 1항 4호 나목 및 구 소득세법 시행령 168조의6 1호의 법 문언상 ‘기간’으로 되어 있는 점, 양도소득세는 보유기간 중 발생한 양도차익에 과세하는 것이므로, 사업용 토지인지 여부도 양도시점 뿐만 아니라 보유기간 중 사업용으로 사용된 기간을 고려하여 판단하여야 하는 점, 재산세 부과와는 별개로 이 사건 토지가 과세기준일이 아닌 다른 시점에 재산세 별도합산대상이 되는지에 대한 판단은 가능한 점 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 168조의6 1호에서 규정하고 있는 ‘기간’을 재산세 과세연도로 해석해야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

또한, 앞서 본 바와 같이 이 사건 토지는 무허가공장 부속토지로

구 지방세법 (2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것) 234조의15,

구 지방세법 시행령 (2005. 1. 5. 대통령령 제188669호로 개정되기 전의 것) 194조의14의 규정에 의하여 재산세(종합토지세) 종합합산과세대상이었다가 2005. 1. 5. 지방세법과 시행령이 개정되면서

시행령 131조의2 1항 1호에 의하여 재산세 별도합산과세대상이 되었으므로, 이 사건 토지가 재산세 별도합산과세대상이었던 기간은 지방세법과 시행령이 개정 시행된 2005. 1. 5.부터 이 사건 토지의 양도시점인 2006. 10. 20.까지 약 1년 10개월이다.

그렇다면, 이 사건 토지는 양도일인 2006. 10. 20. 직전 3년 중 재산세 별도합산과세대상이었던 기간이 2년 이상이 되지 않아 비사업용 토지에 해당하므로, 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 실지거래가액에 의하여 산정한 이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

따라서, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.