세금계산서의 공급가액 상당을 손금 부인하여 익금에 산입한 후 법인세의 과세표준과 세액을 정한 피고 남양주세무서장의 법인세 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가.

원고 경동건설 주식회사(당초 상호가

세민토건 주식회사였으나, 2001. 2. 21. 주식회사

교림토건으로, 2002. 3. 25. 현재의 상호로 각 변경되었다., 이하 원고회사라 한다)는 건설업을 영위하는 법인이고, 원고 서상철은 1999. 1. 29.부터 2001. 1. 26.까지 원고회사의 대표이사로 재직하였다.

나. 원고회사는 소외 수홍건설기계 주식회사(이하 수홍건설이라 한다) 명의의 1999. 4. 30.자 공급가액 22,000,000원의 세금계산서를 비롯하여 공급가액 합계 130,100,000원 상당의 세금계산서 9장(이하 이 사건 세금계산서라 한다)을 수취한 후 이 사건 세금계산서상의 공급가액 합계액을 모두 손금에 산입하여 1999 사업연도 귀속 법인세를 신고하였다.

다. 중부지방국세청장은 2002. 3. 18.부터 같은 해 5. 27.까지 수홍건설에 대한 세무조사를 실시한 결과

수홍건설이 실물거래 없이 가공의 세금계산서만 발행하는 이른바 자료상이고,

수홍건설 명의의 이 사건 세금계산서 또한 원고회사와의 실물거래 없이 교부된 가공의 세금계산서임을 밝혀낸 후 조세범처벌절차법에 의하여

수홍건설을 고발하는 한편, 그와 같은 사실을 피고 남양주세무서장에게 통보하였다.

라. 이에 피고 남양주세무서장은 이 사건 세금계산서상의 공급가액을 모두 손금 부인하고 익금에 산입하여 2004. 1. 2. 원고회사에게 1999 사업연도 법인세 56,724,440원을 부과․고지하는 한편(이하 이 사건 법인세 부과처분이라 한다), 위 익금에 산입된 금액이 사외에 유출되었고 그 귀속이 불분명한 것으로 보아 원고회사의 대표이사인 원고 서상철에게 상여 처분하여 2004. 1.경 원고 서상철에게 1999년도분으로 143,110,000원의 소득금액 변동통지를 하였다. 이에 따라 피고 동대문세무서장은 2004. 7. 1. 원고 서상철에게 1999년 귀속 종합소득세 92,576,170원 및 주민세(소득세할) 9,257,610원을 부과․고지(이하 이 사건 소득세 등 부과처분이라 한다)하였다.

마. 원고회사는 피고 남양주세무서장의 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 2004. 7. 30. 국세심판원에 위 법인세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나 2005. 1. 28. 국세심판원으로부터 기각결정을 받게 되자 그 제소기간 내인 같은 해 4. 26. 원고 서상철과 함께 이 사건 소를 제기하였다. 한편 원고 서상철은 이 사건 소득세 등 부과처분에 대하여 따로 전심절차를 거치지는 아니하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑1호증의 1, 2, 갑17호증의 1~3, 갑18호증의 1, 2, 갑19호증의 1, 2, 갑20호증의 1~3, 을8, 9호증, 을10호증의 1~3, 을11호증의 1~4, 을12호증의 1~3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 서상철의 피고 동대문세무서장에 대한 소의 적법여부

가. 당사자의 주장

피고 동대문세무서장은 원고 서상철이 이 사건 소득세 등 부과처분에 관하여 전심절차를 거치지 아니하고 이 사건 소를 제기하였으므로 원고 서상철의 소는 부적법하다고 주장함에 대하여 원고 서상철은, 이 사건 각 부과처분은 모두 동일한 법인 소득에 근거를 둔 것으로서 원고회사가 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 전심절차를 거친 이상 이 사건 소득세 등 부과처분에 관하여도 전심절차의 효력이 미친다고 주장한다.

나. 판단

같은 목적을 가진 2개 이상의 행정처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에, 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이나, 이 사건 법인세 부과처분과 소득세 등 부과처분은 비록 동일한 법인소득에 근거를 둔 것이라고는 하나 이들은 각기 독립한 별개의 처분으로서 세목뿐 아니라 과세관청과 납세의무자도 전혀 달라 원고회사의 법인세를 대상으로 한 심판청구의 효력이 원고 서상철에 대한 종합소득세 부과처분에 대하여까지 미칠 수 없고, 위에서 본 바와 같이 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 아니하므로(

대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조), 원고 서상철의 위 주장은 이유 없다. 따라서 원고 서상철의 피고 동대문세무서장에 대한 소는 전심절차를 거치지 아니한 채 제기된 것으로서 부적법하다.

3. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 원고회사의 주장

(1) 원고회사는, 1998. 8. 20. 발주자인

대한주택공사로부터 경기 가평읍

읍내리 270 가평주공아파트 건설공사를 도급받은

소외 호산건설 주식회사로부터 위 건설공사 중 철근콘크리트 공사, 토공사, 포장 및 상하수도 공사 (이하 이 사건 공사라 한다)를 하도급 받았다.

(2) 원고회사는 이 사건 공사를

이명훈에게 다시 하도급 주었는데, 이 사건 세금계산서는 원고회사가

이명훈에게 공사대금을 지급하고 교부받은 것이고,

이명훈이 당시 사업자등록이 없는 관계로

수홍건설의 세금계산서를 원고회사에게 교부하였을 뿐이다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서는 실질거래에 기초한 것이어서 그 가액 상당을 손금으로 인정하여야 하는데도 이와 달리 보고 한 피고 남양주세무서장의 원고회사에 대한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로 법인세의 과세표준인 소득세 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다 할 것이다. 그러나 이 사건의 경우와 같이 원고회사가 제출한 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성된 가공의 세금계산서임이 이미 밝혀졌고, 원고회사 또한 이 사건 세금계산서를 발행한

수홍건설이 아니라

소외 이명훈에게 중기 및 운반비 등의 공사대금을 지급하였다고 주장하면서 이 사건 세금계산서가 허위임을 시인하고 있는 상태라면, 원고회사가 이 사건 세금계산서가 허위이나 그 세금계산서의 금액과 같은 금액만큼 실제로 다른 비용이 소요되었다고 주장하고자 하는 경우에는 그와 같은 다른 비용의 존재와 액수에 대하여는 납세의무자인 원고회사가 이를 입증할 필요가 있다.

(2) 그러므로 원고회사가 그 주장과 같이

이명훈에게 이 사건 세금계산서의 금액과 같은 금액의 공사대금을 지급하였는지 여부에 대하여 살피건대, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑13호증의 1, 2, 갑21호증, 갑22호증의 1, 갑25호증의 1~4의 각 기재와 증인

홍기석,

권기흥의 각 증언은 원고회사가

이명훈에게 공사대금으로 지급하였다는 약속어음의 배서란에 원고회사 대표이사였던

원고 서상철의 배서만이 기재되어 있을 뿐

이명훈의 배서가 전혀 없는 점,

이명훈이 작성한 영수증의 발행일자와 위 각 약속어음 발행일자가 상당기간 차이가 있어 서로 연관되지 아니하고 자금의 흐름과 관련한 금융자료도 전혀 없는 점, 국세청의 근로소득자료현황에 의하면

이명훈은 1999년 원고회사의 직원으로 근로소득세를 납부한 바 있고 원고 회사가 사실확인서를 제출하고 있는 오시명 또한 1999년 원고회사에 근무하였던 것으로 나타난 점,

이명훈이 이 사건 공사의 시공사실을 부인하고 있는 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 갑24호증의 1~6, 갑26호증, 갑30호증의 1~4, 갑31호증의 각 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(3) 따라서 이 사건 세금계산서의 공급가액 상당을 손금 부인하여 익금에 산입한 후 이 사건 법인세의 과세표준과 세액을 정한 피고 남양주세무서장의 이 사건 법인세 부과처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 원고 서상철의 피고 동대문세무서장에 대한 소는 부적법하여 이를 각하하고, 원고회사의 피고 남양주세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.