1. 처분의 경위

다음 사실은, 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1, 2, 3, 갑제3호증의 1, 2, 갑제4호증, 갑제5호증의 1, 2, 갑제7호증, 갑제8호증, 갑제9호증의 1, 2, 갑제10호증, 갑제12호증의 1, 2, 5 내지 10, 갑제15호증, 갑제16호증, 갑제20호증, 갑제53호증의 1 내지 243, 갑제54호증의 1 내지 10, 갑제61호증, 갑제78호증, 을제1호증의 1 내지 7, 을제2호증의 1 내지 6, 을제3호증, 을제4호증의 1 내지 7, 을제5호증의 1 내지 6, 을제6호증, 을제7호증의 1 내지 7, 을제8호증의 1 내지 6, 을제9호증, 을제10호증의 1, 2, 을제12호증의 1, 32, 46, 47, 48, 을제13호증, 을제14호증, 을제18호증의 1, 2, 3, 을제19호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고는 1967. 4. 10. 설립되어 2001. 12. 24. 대동조선 주식회사에서 현재 상호로 변경하여 조선업 등을 영위하는 회사인데, 부산지방법원에서 1985. 1. 14. 회사정리절차개시결정, 1986. 5. 26. 회사정리계획인가결정, 1993. 10. 28. 회사정리절차종결결정을 받았고, 다시 서울중앙지방법원에서 1997. 10. 31. 회사정리절차개시결정, 1998. 8. 20. 회사정리계획인가결정, 2001. 12. 28. 회사정리절차종결결정을 받은 바 있다.

나. 원고는 한국자산관리공사를 통하여 1994. 4. 25. 주식회사 국보(이하 ‘국보’라 한다) 및 흥아해운 주식회사(이하 ‘흥아해운’이라 한다)와 사이에 원고가 국보 및 흥아해운에게 각 1/3지분 및 2/3지분 비율로 원고 소유의 별지1 기재 각 부동산(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 총 매매대금 14,868,000,000원에 매도하되, 계약금 1,486,800,000원은 계약 당일, 중도금은 1994. 10. 25.부터 1996. 10. 25.까지 사이에 총 5회에 걸쳐 6개월마다 금 2,230,200,000원씩, 잔금 2,230,200,000원은 1997. 4. 25. 각 지급받기로 하고 별지3 기재와 같은 내용을 포함한 매매계약을 체결하였다(이하 ‘매매계약’이라 한다).

다. 이 사건 부동산은 원래 원고가 1988. 4. 12. 국보에게 임대보증금 17억원, 임대기간 1991. 4. 11.까지로 정하여 임대하여 국보가 그 명의로 보세장치장 영업을 하고 있던 사업장 건물 및 부지인데, 임대결과 이 사건 부동산이 비업무용으로 부동산으로 평가되면서 조세부담이 커지게 되고, 원고의 주 채권은행인 부산은행으로부터 매각에 의한 자구노력(매수인이 임대차보증금 반환채무는 인수하지 않고 매매대금을 전액 지급하여 이를 원고가 부산은행의 채무 변제에 사용하고, 다만 임대차보증금 반환문제는 원고와 국보사이에 해결하기로 하는 조건)을 촉구 받고 우선 매각할 때까지 조세부담을 피하고 임대차보증금 반환문제를 해결하기 위하여, 원고는 국보와의 위 임대차계약을 해지하고, 1993. 3. 1. 국보와 사이에 별지 4기재와 같은 내용(국보가 대외적으로 원고명의로 이 사건 부동산으로 보세장치장 사업을 하되 사업장 수익과 경비의 수납과 지출을 직접 맡아보는 방식으로 운영하여 영업이익을 원고와 똑 같이 나누어 가지고, 위 임대차보증금반환채권 17억원을 대여금으로 전환하여 원금과 이자 연15%에 대하여 원고가 갖게 될 보세장치장 운영수익에서 상계하는 방식)으로 공동운영계약을 체결하고 국보가 원고 명의의 보세구역설영특허 및 사업자등록을 이용하여 종전과 같이 이 사건 부동산에서 보세장치장 영업을 하게 되었다. 국보가 대여금으로 전환한 임대차보증금반환채권은 1994. 6. 30.까지 전부 지급받았는데, 그 내역은 원고의 2004. 10. 25. 자 준비서면 10쪽과 같다.

라. 원고는 국보 및 흥아해운으로부터 매매계약에 따른 계약금 및 제4회 중도금까지는 매매계약에서 정한 바와 같이 지급받았고, 제5회 중도금 및 잔금은 그 약정지급일 전인 1996. 9. 5. 지급받은 다음, 1997. 2. 3. 국보 및 흥아해운 앞으로 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

마. 원고는 1994 사업연도(1994. 1. 1.부터 1994. 12. 31.까지) 및 1995 사업연도(1995. 1. 1.부터 1995. 12. 31.까지)에 수령한 계약금 및 중도금은 각 선수금으로 회계처리하였을 뿐 익금으로 산입하지 않았다.

바. 1996년 당시 원고를 관할하던 종로세무서장은 1996. 12. 16. 이 사건 부동산의 양도가 첫회 부불금 지급일의 다음날부터 최종 부불금 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 장기할부조건부 매매에 해당한다는 전제하에 이 사건 부동산의 양도시기를 제1회 중도금 지급일인 1994. 10. 25.로 보아 1994 사업연도 귀속 법인세특별부가세 3,079,290,451원, 과소신고 가산세 307,929,045원(미납세액의 10%) 및 미납부 가산세 789,530,071원(1994 사업연도 귀속 법인세 납부기한부터 그 고지결정일까지 641일을 미납부일수로 하여 미납세액에 대해 일단위로 가산)을 부과·고지하고, 원고가 1995 사업연도에 국보 및 흥아해운으로부터 지급받은 제2, 3회 중도금 합계 4,460,400,000원을 당해 사업연도의 익금에, 그에 대응하는 경비 금 935,899,054원을 손금에 각 산입하여 1995 사업연도 귀속 법인세 2,343,829,100원(미납부 및 과소신고 가산세 406,788,637원 포함) 및 농어촌특별세 139,849,630원(가산세 12,713,603원 포함)을 부과·고지하였다(피고는 1994 사업연도에 국보 및 흥아해운으로부터 원고가 지급받은 계약금 및 제1회 중도금 합계 3,717,000,000원에 관하여도 마찬가지의 방법으로 손금 및 익금에 각 산입하였으나, 위 사업연도의 경우에는 원고의 손금 총액이 익금 총액을 초과하여 법인세 과세표준이 부(負)의 상태였으므로 과세하지 않았다).

사. 종로세무서장의 위 부과처분에 대하여, 당시 정리회사 원고의 관리인은 위 매매가 장기할부조건부 매매에 해당하지 않는다고 주장하면서 서울행정법원 99구30424호로 위 각 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 서울행정법원으로부터 2001. 2. 22. 원고패소 판결을 받았으나, 2002. 10. 17. 항소심인 서울고등법원 2001누4476호 판결에서 위 부과처분의 납세고지서에 과세표준과 세액, 그 산출근거, 계산명세 기타 필요한 사항의 기재가 누락되어 위 부과처분이 위법하므로 취소한다는 내용의 원고승소판결을 얻었고, 위 승소판결은 대법원 2003. 4. 11. 선고 2002두12045호 판결로 확정되었다.

아. 이에 피고는 2003. 6. 17. 다시 원고에 대하여 납세고지서에 세율 등을 기재하여 절차상 하자를 정정하고 납부기한을 2003. 6. 30.로 정하여, 원고에게 1994 사업연도 귀속 법인세특별부가세 6,385,832,230원(특별부가세액과 과소신고가산세액은 1996년 부과처분한 금액과 동일하나, 미납부 가산세액이 2,209,082,670원 증액됨)과 1995 사업연도 귀속 법인세 3,804,163,560원(법인세액과 과소신고가산세액은 1996년 부과처분 금액과 동일하나, 미납부 가산세액이 1,460,334,460원 증액됨) 및 농어촌특별세 249,037,260원(농어촌특별세는 1996년 부과처분 금액과 동일하나, 가산세가 109,187,630원 증액됨)을 부과하였다가, 2004. 1. 15. 직권으로 위 2003년도 부과처분에서 증액하였던 과소신고 가산세 금액을 전액 감액하기로 하고 원고에게 위 1996년도 부과처분하였던 1994 사업연도 귀속 법인세특별부가세 및 그 가산세 합계 4,176,749,560원, 1995 사업연도 귀속 법인세 및 그 가산세 합계 2,343,829,100원과 농어촌특별세 및 그 가산세 합계 139,849,635원의 납부를 고지하였다(이하 위 2003. 6. 17. 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 원고의 주장

가. 구 법인세법(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)의 법률규정에 의하면, 특별부가세의 과세표준이 되는 양도의 의미를 그 토지 등이 ‘유상으로 사실상 이전되는 것’이라고 규정하고 있는바, 이는 ‘양수인이 그 토지 등을 인도받거나 사용ㆍ 수익하는 등 사실상 이전된 것과 동일한 경제적 실질이 있는 경우’로 해석해야 되고 매매계약이 장기간에 걸친 할부매매계약이라고 하여 달리 볼 필요가 없으며, 구 법인세법상 익금의 귀속사업연도를 정하는데 사용되는 양도의 개념 역시 특별부가세에서 규정하는 양도의 개념과 동일하게 보아야 한다. 구 법인세법의 관련법령에서 위와 같이 실질적인 의미와 달리 양도시기를 규정한 부분은 단지 양도차익을 계산하기 위한 편의상의 기준에 불과하며, 그와 같은 규정을 유추하여 양도개념을 해석하는 것은 조세법률주의 및 실질과세의 원칙에 위반하는 것이다.

위 매매계약의 경우 잔대금 완납후에야 매수인이 이 사건 부동산을 점유ㆍ사용할 수 있으므로 원고는 매매계약에 의하여 매수인인 국보와 흥아해운에게 이 사건 부동산을 인도한 바 없고, 다만 국보가 공동운영계약에 의하여 이 사건 부동산을 이용하였을 뿐이었으므로 경제적인 실질에서 있어서 이 사건 부동산의 양도는 국보 등이 매매잔금을 전액 지급한 1996. 9. 5. 이루어진 것으로 보아야 하는데, 피고는 매매계약의 첫회 부불금 지급일인 1994. 10. 25.을 이 사건 부동산의 양도시기로 인정하고 그를 전제로 이 사건 부과처분에 이르렀으므로, 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 특별부가세 부분과 관련하여, 피고는 구 법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되어 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항을 근거로 이 사건 처분을 하였으나, 헌법재판소가 이미 2000. 1. 27. 위 법률규정에 대하여 헌법에 불합치하므로 적용중지를 명하는 헌법불합치결정을 내려 위 법률규정을 더 이상 적용할 수 없음에도 위 헌법불합치결정이 내려진 법률규정을 근거조문으로 적시하여 이루어진 이 사건 처분은 당연무효의 처분으로서 최소한 무효선언의 의미에서라도 취소되어야 한다.

다. 특별부가세와 관련하여, 그 과세표준에 대한 위 구 법인세법 제59조의 2 제1항에 대한 헌법재판소의 헌법불합치결정 이후 2000. 2. 23. 그 결정취지에 따라 위헌성이 제거된 법률의 개정이 이루어졌던 이상, 원고에 대하여 부과할 특별부가세에 대해서는 위 2000. 2. 3. 개정된 법인세법과 당시의 관련 법률규정이 전면적으로 적용되어야 할 것이고, 그에 따르면 이 사건 매매계약은 장기할부조건부 매매에 해당하지 않아 그 양도시기를 1994. 10. 25.로 볼 수 없으며, 설사 그 양도시기를 1994. 10. 25.로 본다고 하더라도 적용하여야 할 세율은 2000. 2. 23. 당시에 하락된 특별부가세 세율인 15%가 적용되어야 하므로 그 범위 내에서 이 사건 부과처분은 위법하다.

라. 특별부가세의 가산세와 관련하여, 피고의 이 사건 부과처분 중 특별부가세에 대하여 최초의 특별부가세 납입기 다음날부터 최초의 특별부가세 납입고지일까지의 기간에 대한 법인세 납부불성실가산세를 부과한 부분은, 그 근거법령에 대하여 위와 같이 적용중지의 헌법불합치결정이 선고되어 원고가 그 특별부가세를 납부할 법적 의무도 인정되지 않거나 적어도 특별부가세에 관련된 법령이 개정될 때까지는 그 특별부가세를 납부하지 않은데 정당한 이유가 있다고 할 것이므로 그 범위 내에서 이 사건 부과처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

4. 판단

가. 특별부가세 부분에 대한 적용법령

(1) 이 사건 부과처분 중 특별부가세 관련 부분에 대하여 적용할 법령에 대하여 본다. 헌법재판소는 2000. 1. 27. 96헌바95, 97헌바1․36․64(병합) 전원재판부결정으로 법인세 특별부가세의 근거규정인 구 법인세법 제59조의2 제1항(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되었다가 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)이 포괄위임 입법금지원칙 및 조세법률주의에 반한다는 이유로 그 적용중지를 명하는 내용의 헌법불합치결정을 하였다. 위 구 법인세법 제59조의2 제1항은 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정된 구 법인세법 제99조 제1항에서 동일하게 규정되어 있었는데, 국회는 헌법재판소의 위 헌법불합치결정 취지에 따라 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 대통령령에 포괄적으로 위임되었던 과세대상과 비과세대상의 내용을 법률에 구체적으로 규정하는 것으로 위 구 법인세법 제99조 제1항 및 제100조(특별부가세 비과세소득), 제105조(국외자산 양도에 대한 과세표준)를 개정하였고, 그 부칙 제2항에서 위 개정 법률을 시행일 후 최초로 특별부가세의 과세표준을 신고하거나 특별부가세를 결정 또는 경정하는 분부터 적용하도록 정하였으며, 다시 위 부칙 제2항을 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정하면서 부칙 제3항을 신설하여 위 법률 제6259호는 “종전의 법인세법(법률 제5581호로 개정되기 전의 법률을 말한다) 제59조의2 제1항의 규정을 적용하여 행하여진 처분(이의신청·심사청구·심판청구 또는 행정소송이 제기된 것에 한한다)에 관하여 이를 적용한다”고 규정하였다.

위와 같은 헌법재판소 결정과 그에 따른 입법경과를 종합하면, 2003. 6. 17. 이루어진 이 사건 부과처분 중 특별부가세 부과에 관련된 과세표준 부분에 대해서는 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 구 법인세법 제59조의2 제1항을 적용할 수 없으며, 2000. 2. 3. 법률 제6259호 개정된 구 법인세법 제99조 제1항이 적용되어야 할 것이다.

(2) 원고는 이 사건 부과처분 중 특별부가세의 과세표준뿐만이 아니라 양도시기 및 세율에 대해서도 2000. 2. 3. 개정된 구 법인세법이 적용되어야 한다고 주장하나, 위 헌법불합치결정을 받은 법령이나 위 제6259호 개정법률에 특별부가세의 양도시기나 세율에 대한 부분은 포함되어 있지 않았으므로, 위 주장은 이유 없다.

나. 장기할부조건부 매매와 양도시기

(1) 앞서 본 바와 같이 매매계약의 체결시기 및 그 첫회 부불금의 지급시기는 모두 1994년이므로, 당시 구 법인세법(1994. 12 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제59조의 2 제2항, 제4항의 양도시기에 대한 관련 규정이 적용된다고 할 것인데, 구 법인세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제124조의 2, 구 소득세법 시행령 (1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것) 제53조, 제108조에 의하면, 자산의 양도로서 ① 3회 이상으로 분할하여 대금을 수입하고, ② 당해 목적물의 인도기일(부동산의 경우에는 첫회 부불금 지급일)의 다음 날부터 최종 부불금 지급일까지의 기간이 1년 이상인 경우를 ‘장기할부조건’이 있는 양도로서 그 양도시기는 첫회 부불금의 지급일이라고 규정하고 있다.

그런데 매매계약은 앞서 본 바와 같이 그 중도금과 잔금이 6회로 분할되어 지급되고, 중도금 첫 분할대금의 지급과 매매잔금의 지급 사이의 기간이 2년 6개월에 이르러 위 법령에서 규정한 장기할부조건부 매매계약에 해당하므로 이 사건 부동산의 양도시기는 첫회 부불금의 지급일인 1994. 10. 25.로 볼 것이다.

설령 그 양도시기에 대하여도 헌법재판소의 위 헌법불합치결정에 따라 특별부가세 관련 법률규정을 개정한 2000. 2. 3. 당시의 구 법인세법 및 관련법령을 적용한다고 하더라도{원고는 이 사건과 같이 구 법인세법(법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항이 적용된 특별부가세의 쟁송사건에 대하여는 2000. 12. 29. 법률 제6293호로 신설된 부칙조항에 의하여 법인세법이 적용되도록 되었으니 2000. 12. 29. 당시의 관계법령이 적용되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부과처분에 대하여 적용될 법률은 2000. 2. 3. 법률 제6293호로 개정된 구 법인세법이라고 할 것이므로 관련법령 역시 2000. 2. 3. 당시의 것이 적용되어야 할 것이어서 위 주장은 이유 없다}, 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제140조, 구 소득세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제162조, 구 소득세법 시행규칙(2000. 4. 3. 재정경제부령 제138호로 개정되기 전의 것) 제78조를 종합하면, ① 양도대금이 2회 이상 분할하여 지급되고, ② 양도하는 자산의 인도 여부에 관계없이 첫회 부불금 지급일의 다음날부터 최종 부불금 지급일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 그 첫회 부불금의 지급일을 양도시기로 정하고 있으므로, 그에 따르더라도 이 사건 부동산의 양도시기는 1994. 10. 25.로 보아야 한다.

(2) 원고는, 장기할부조건부 양도의 경우 첫회 부불금의 지급일을 토지 등의 양도시기로 정하고 있는 위 구 법인세법 제59조의2 제4항 및 그 관련 법률규정은 자산의 양도 대가가 절반도 지급되지 않은 상태에서 토지 등이 사실상 유상으로 이전되었다고 간주하는 조항으로서, 토지 등이 사실상 유상으로 이전된 경우만을 특별부가세의 부과대상이 되는 양도로 보고 있는 위 구 법인세법 제59조의2 제2항의 규정과 실질과세의 원칙에 위반되어 무효라고 주장한다.

그러나 위 구 법인세법 제59조의2 제4항 및 그 관련 법인세법 시행령 및 소득세법 시행령의 규정은, 장기할부조건으로 토지 등을 양도할 때 그 토지 등이 사실상 유상으로 이전되어 양도가 이루어졌다고 인정되는 경우에 그 양도차익을 계산함에 있어 양도나 취득의 시기를 의제하는 규정에 불과하고, 그 토지 등이 사실상 유상으로 양수인에게 이전되었는지 여부를 묻지 않고 첫회 부불금의 지급일에 자산의 유상양도가 이루어졌다고 의제하는 규정이 아니어서 위 구 법인세법 제59조의2 제2항에 위반된다고 볼 수 없다(자산의 양도와 양도시기에 대하여 특별부가세와 유사하게 규정하고 있는 양도소득세와 관련한 대법원 2001. 9. 28. 선고 2001두3990 판결 등 참조). 또한 자산의 양도가 인정되는 경우 그 구체적인 양도시기에 대하여는 거래유형에 따라 다양한 형태로 양도가 이루어지므로 이를 참작하여 별도로 규정할 필요가 있다고 할 것이며, 대금청산이 장기간에 걸쳐 조금씩 이루어지는 것을 특징으로 하는 장기할부조건부 양도의 경우에 일반적으로 그 최종 대금청산일 이전에 사용수익 혹은 인도가 이루어지며 중도금의 지급 이후에는 다른 당사자가 임의로 해제할 수 없는 거래실정을 참작하여, 양도계약의 체결 이후 객관적이고 일정한 시점을 당해 자산의 양도시기로 별도로 규정하였다고 하여 이를 조세법률주의 원칙, 실질과세의 원칙 내지 위임입법의 한계에 반하는 법률규정으로 볼 수는 없다. 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

(3) 나아가, 원고의 주장과 같이 장기할부조건부 매매에 있어 적어도 매수인이 당해 목적물을 인도받거나 사용수익을 개시하는 등 실질적인 양도가 이루어졌다고 볼 수 있는 때를 양도시기로 보아야 하고, 첫회 부불금에 대한 위 법률규정을 단지 양도차익의 산정기준으로 활용하여야 한다고 하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 매수인의 1인인 국보가 대여금으로 전환된 임대차보증금을 원고로부터 전액 회수한 무렵인 1994. 6. 30.경에 매수인인 국보나 흥아해운이 매매계약에 기하여 이 사건 부동산을 인도받아 사용하였거나 사용할 수 있었다고 봄이 상당하므로, 그 양도시기는 여전히 첫회 부불금의 지급일(1994. 10. 25.)로 보아야 할 것이다.

즉 ① 갑제13호증의 1, 2, 갑제60호증의 1, 2, 갑71호증의 4, 을제12호증의 17, 18, 19의 각 기재와 변론 전체 취지에 의하면, 원고와 국보, 흥아해운은 매매계약 체결당시 윤호중 등이 대주주이고, 상호 주식을 보유하고 있는 관계회사이던 사실(1996. 9. 5.경 이러한 특별관계가 해소된다)이 인정되는 점, ② 앞서 본 바와 같이 원래 원고가 국보에게 이 사건 부동산을 임대차보증금 17억원에 임대하였다가 조세부담을 피하고 주거래은행이 제시한 매각조건을 맞추기 위하여 임대차계약을 해지하고 종전 임차인이던 국보와 사이에 공동운영계약을 체결하여 국보가 대외적으로는 원고명의로 이 사건 부동산을 이용하여 보세장치장 사업을 하고 원고에게 지급할 영업이익을 대여금으로 전환된 임대차보증금의 회수자금으로 사용하는 것이어서, 위 공동운영계약은 관계회사를 돕고 이 사건 부동산의 원만한 매각을 대비한 한시적 방책으로 이루어져 매수인의 한 사람인 국보의 입장에서는 대여금을 회수한 후로는 매매계약을 체결한 마당에 불리한 공동운영계약을 유지할 필요가 없었고{매수인이 그 부동산을 이미 사용하고 있는 상태에서 부동산의 매매계약을 체결한 경우에 보통의 경우 매수인은 그 매매계약을 이행하는 과정에서 이를 점유ㆍ사용할 권리를 가지고 그 사용ㆍ수익료를 부당이득으로 반환할 필요가 없다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95다12682, 12699 판결 참조)}, 매도인인 원고의 입장에서도 세금문제와 임대차보증금 반환문제가 해결된 마당에 굳이 관계회사인 국보나 흥아해운에게 불리한 공동운영계약을 존치시킬 필요가 없었던 점, ③ 위와 같은 이유로 매매계약 체결시점은 대여금으로 전환한 임대차보증금의 전액 회수가 임박한 시점이어서(매매계약체결 후 2개월이 경과되기 전에 임대차보증금이 전액 정산된다) 매매계약에서 공동운영계약을 전혀 고려하지 아니하였고, 매매계약 체결 후에도 원고와 국보사이에 이미 약정기간이 경과한 공동운영계약의 갱신에 관한 자료나 공동운영계약에 따른 보세장치장의 영업종료일이라고 원고가 주장하는 1996년 12월말까지 공동운영계약에 따른 정산이 전혀 없었으며(원고가 정산관계 서류라고 주장하는 원고 제출의 2005. 9. 25.자 준비서면 17 내지 20쪽에 기재된 각 증거는 믿기 어렵다), 공동운영계약에 따른 국보 명의의 부가가치세법에 의한 사업자등록, 부가가치세 징수, 법인세법에 따른 각종 회계처리 등의 절차가 제대로 이루어 지지 않았던 것으로 보이는 점, ④ 원고와 국보가 매매계약 체결후에도 공동운영계약을 유지하여 왔다면 공동운영계약에 따라 영업수입금의 관리자인 국보가 원고의 채무자로 됨이 마땅한데도, 오히려 국보가 1997. 12.경 원고에 대하여 거액의 정리채권을 신고하는 등(갑제21호증) 공동운영계약이 유지되는 것과는 모순되는 행동을 하였던 점, ⑤ 매매계약의 특약에서 매수인인 국보와 흥아해운은 이 사건 부동산의 점유ㆍ사용을 잔금완납 이후 하기로 정하고 있으나, 매수인은 매매계약 체결일 이후부터 토지초과이득세, 재산세 등 계약서 11조가 정하는 모든 세금을 부담하기로 되어 있고, 매매계약상으로 잔금완납일 이전에라도 매수인이 원고의 승인을 받아 이 사건 부동산을 사용ㆍ수익할 수 있는데 승인을 받은 경우 원고가 정하는 조건을 준수하고 점유ㆍ사용 이후 발생하는 수도료 등 공과금과 비용만을 부담하면 될 뿐 따로 사용료를 지급할 필요가 없었으므로(단 매수인의 귀책사유로 계약이 해제될 경우에만 점유사용기간에 대해 약정된 사용료를 지급하여야 한다) 매수인인 국보나 흥아해운이 관계회사인 원고로부터 사용승낙을 받지 못할 이유가 전혀 없었던 점, ⑥ 을제12호증의 18, 19, 56, 을제13호증의 각 기재에 변론의 전체 취지를 종합하면, 이 사건 부동산의 2/3지분 매수인인 흥아해운은 매매계약 체결 이후부터 이 사건 부동산을 해상운송용 컨테이너의 야적장으로 사용하거나 육상운송화물에 대한 적재작업장소로 사용하였던 사실, 그런데도 국보는 이 사건 부동산의 일부를 자신의 화물 적재로 사용한 것은 물론이고 흥아해운이 사용한 화물적재 사용료에 대하여도 원고와의 정산관계에 포함시키지 않고 있는 사실이 인정되는 점 등을 종합하면, 적어도 매수인 중 1인인 국보가 대여금으로 전환된 임대차보증금을 원고로부터 전액 회수한 무렵인 1994. 6. 30.경부터 매수인인 국보나 흥아해운이 이 사건 부동산을 점유ㆍ사용한 것은 매매계약에 의한 것으로 인정할 수 있거나, 매매계약에 의하여 점유ㆍ사용이 가능함에도 세금포탈 등 부정한 목적에서 기왕에 있던 공동운영계약을 내세워 점유ㆍ사용을 피한 것이라고 보일 뿐이다(그러므로 소유권이전등기접수일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 양도시기로 보는 구 소득세법 시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정된 것) 제162조 제1항 제3호를 적용하더라도, 매수인들의 첫회 부불금 지급일에 이미 양도된 것으로 보아야 할 것이다). 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없다.

(4) 따라서 피고가 매매계약에 따른 부동산의 양도시기를 1994. 10. 25.로 본 것은 관계법령에 따라 적법하다고 할 것이며, 이를 전제로 하여 이루어진 이 사건 부과처분 중 특별부가세 및 그 가산세에 대한 부분 역시 적법하다.

다. 장기할부조건부 매매와 익금의 귀속시기

구 법인세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15192호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제5호는 장기할부조건부 매매에 있어서 각 사업연도에 회수하였거나 회수할 판매대금은 당해 사업연도의 익금에 산입하도록 되어 있고, 구 법인세법 시행규칙(1998. 8. 22. 재정경제부령 제41호로 개정되기 전의 것) 제14조의2는 ① 3회 이상 분할하여 판매대금을 수입하고, ② 당해 목적물의 인도기일(부동산의 경우에는 첫회 할부금 지급일)의 다음날부터 최종 할부금 지급일까지 기간이 1년 이상인 매매를 장기할부조건부 매매로 규정하고 있는 바, 위 법률규정은 자산의 양도를 전제로 하여 그에 따라 회수되는 양도대금의 익금산입시기를 의제하는 것이고, 앞서 본 바와 같이 매매계약 자체는 자산의 양도에 해당하므로, 그에 따른 매매대금의 익금산입시기는 위 법령에 따라 매매계약에 따라 그 매매대금을 ‘회수하였거나 회수할 수 있었을 때’라고 할 것이다.

그리고, 위 법령규정상으로 앞서 본 바와 같이 매매계약은 3회 이상 분할하여 대금이 지급되고, 첫회 할부금 지급일로부터 최종 할부금 지급일까지 1년 이상이므로, 위 시행규칙 제14조의2에서 정한 장기할부조건부 매매로서 그 할부금은 각 회수하였거나 회수할 사업연도의 익금에 산입되어야 할 것이니, 원고가 1995. 4. 25. 및 1995. 10. 25. 이 사건 부동산의 매매대금으로 수령한 합계 4,460,400,000원을 1995 사업연도의 익금에 산입하고 그에 따라 추가납부할 세금을 산정하여 이루어진 이 사건 부과처분 중 법인세 및 농어촌특별세 및 그에 대한 가산세 부분도 적법하다.

라. 기타 주장에 대한 판단

(1) 위헌결정된 법령을 근거조문으로 거시하여 무효라는 주장에 대하여

피고가 이 사건 부과처분 중 과세표준의 근거조문으로 위와 같이 헌법재판소의 헌법불합치결정 이후에 개정된 법령을 원고에게 정확하게 제시하지 않았다고 하더라도, 특별부가세와 같은 국세의 납세고지에 있어서 위법한 납세고지가 있었다고 볼 수는 없으며, 헌법불합치결정이 이루어진 법령과 그에 따른 개정법령 어느 쪽에 의하더라도 이 사건 부동산의 양도는 특별부가세의 과세표준에 해당하므로 단지 피고가 이 사건 소송 과정에서 근거법령을 잘못 주장하였다고 하여 이 사건 부과처분이 위법하게 되는 것도 아니다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 위법한 가산세 부과라는 주장에 대하여

이 사건 부과처분 중 특별부가세 관련 미납부 가산세는 원고가 1994 사업연도에 납부하지 않은 특별부가세에 대하여 그 납부기한으로부터 과세관청에서 원고에게 처음으로 특별부가세를 부과고지한 1996. 12. 16.까지의 기간만을 가산세로 부과하고 있고, 헌법재판소의 헌법불합치결정과 그에 따른 법령개정에 불구하고 원고가 납부하여야 할 특별부가세 금액에 변동이 없는 이상 납부하여야 할 특별부가세 미납부 자체가 정당화된다고 볼 수는 없으며(원고가 구 법인세법의 특별부가세 과세표준의 법률규정이 헌법에 위반됨을 이유로 특별부가세를 미납한 것도 아니다), 그 납부불성실가산세의 부과기간은 과세관청의 위 1996. 12. 16.자 부과처분의 적법여부를 떠나 그때까지의 기간이 납세자인 원고에게 가장 유리한 단기간이므로 위 기간에 대하여만 미납부 가산세를 부과한 것이 위법하다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 원고의 청구를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.