과세관청은 소외 회사의 2001년 제2기부터 2002년 제2기 동안의 모든 매출신고 액을 허위로 보아 관할 경철서에 조세범처벌법위반죄로 고발한 사실을 인정할 수 있으며, 인정사실 및 원고가 각 매입세금계산서에 기재된 거래와 관련한 매입대금을 소외 회사에 실제로 지급하였다는 아무런 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 피고가 각 매입세금계산서가 사실과 다른 것이라고 보고 한 부가가치세 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 2. 18.부터 서울 도봉구

도봉동 630-9에서 혜성시스템이라는 상호로 컴퓨터 주변기 판매업 등을 영위하였다.

나. 원고는 2001년 후반기에

돈부로스산업 주식회사(이하"소외 회사"라 한다)로부터 공급가액 합계 14,975,000원의 매입세금계산서 3장(이하"이 사건 각 매입세금계산서"라 한다)을 수취하여 2001년 제2기분 부가가치세 신고시에 관련 매입세액 1,497,500원을 매출세액에서 공제한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 2001년 귀속 종합소득세 신고시에도 위 공급대가 상당액을 필요경비에 산입하여 종합소득세 및 소득세할 주민세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 그런데 용산세무서장이 2004년 9월경 소외 회사에 대한 세무조사를 실시한 결과 위 회사가 실물 거래 없이 세금계산서만 발행하는 자료상이라는 사실을 확인하고 그 과세자료를 2004. 10. 1. 혜성시스템의 사업장 소재지를 관할하는 피고에게 통보하였으며, 피고는 이 사건 각 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 관련 매입세액을 불공제하여 2006. 1. 2.자로 원고에게 부가가치세 2,873,700원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하"이 사건 부가가치세 부과처분"이라 한다).

라. 한편 피고는 2005. 12. 1. 당시 원고의 주소지를 관할하는 성북세무서장에게 소득세 과세자료를 통보하였는데, 성북세무서장은 원고가 주소지를 서울 도봉구 방학동 643-19로 이전하였다는 이유로 2006. 6. 9. 피고에게 다시 위 소득세 과세자료를 통보하였다.

마. 이에 피고는 원고가 2001년 귀속 종합소득세 신고시에 필요경비로 신고하였던 14,975,000원에 대하여 필요경비 인정을 부인하고, 2006. 10. 2.자로 원고에게 2001년 귀속 종합소득세 4,166,760원(가산세 포함) 및 소득세할 주민세 416,670원을 각 부과ㆍ고지하였다(이하 각"이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세 부과처분"이라 한다).

바. 원고가 2006. 3. 25. 이 사건 부가가치세 부과처분에 불복하여 피고에게 이의신청을 하였으나, 2006. 4. 21. 기각결정을 받았고, 2006. 7. 20. 심사청구를 제기하였으나, 2006. 9. 25. 국세청장으로부터 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 갑 제1호증의 1 내지 갑 제2호증의 2, 갑 제4호증, 갑 제6호증, 을 제3호증의 1 내지 을 제4호증의 9, 을 제5호증의 3, 을 제6호증의 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세의 부과처분의 각 취소를 구하는 부분에 관한 판단

가. 종합소득세 부분에 관하여

국세부과처분의 취소를 구하는 행정소송은 일반적인 행정소송과는 달리 행정심판을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없는바(

국세기본법 제56조 제2항), 원고가 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하지 아니였음을 자인하고 있으므로, 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하며, 같은 쟁점을 가지고 있는 이 사건 부가가치세 부과처분에 대하여 전심절차를 거쳤다고 하여 달리 볼 것은 아니다(

대법원 2001. 6. 12. 선고 99두8930 판결 참조).

나. 주민세 부분에 관하여

또한

지방세법 제177조의4 제1항,

제2항,

제5항에 의하면, 소득세할 주민세는 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수(특별시·광역시의 경우에는 구청장, 이하 같다)에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정·결정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과ㆍ고지하더라도 이는 해당 시장·군수가 부과ㆍ고지한 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 원고의 소득세 납세지를 관할하는 구청장인 도봉구청장이 되어야 하는 것이다.

따라서 이 사건 소 중 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법성 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 소외 회사로부터 컴퓨터 및 주변장비 등을 매입하여 프로그램 개발 및 시스템을 제작한 다음 그 결과물을 주식회사 대두식품에 납품한 사실이 있으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 판단

을 제3호증의 1 내지 을 제4호증의 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태 보면, 용산세무서장은 소외 회사의 2001년 제2기부터 2002년 제2기 동안의 모든 매출신고 액을 허위로 보아 관할 용산경철서에 조세범처벌법위반죄로 고발한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실 및 원고가 이 사건 각 매입세금계산서에 기재된 거래와 관련한 매입대금을 소외 회사에 실제로 지급하였다는 아무런 금융자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보건대, 피고가 위 각 매입세금계산서가 사실과 다른 것이라고 보고 한 이 사건 부가가치세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분 및 이 사건 주민세 부과처분의 각 취소를 구하는 부분을 부적법하여 이를 모두 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.