16개 상가 부분에 대한 공동 지분을 원고 1인의 단독 소유로 한 것은 그 실질에 있어서 공동사업자들이 분양 목적으로 신축한 건물의 일부를 자신들이 직접 사용하는 것과 다르지 아니하므로 소득세법 제25조 제2항에 따라 그 때의 가액에 상당하는 금액을 그 날이 속하는 연도의 총수입금액에 산입하여야 할 것이다. 그러므로 부과처분 중 16개 상가 부분의 소유권 이전을 재고자산의 자가소비로 보아 종합소득세를 부과한 부분은 적법하다. 그러나 처분 중 2001년도 종합소득세 1,420,484,880원의 부과처분은 268,310,219원을, 2002년도 종합소득세 845,118,730원의 부과처분은 842,218,029원을 각 초과하는 부분이 위법하다.

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 설시할 이유는 제1심 판결 제2의 ‘라. 판단’ 중 (2)의 (나)항부터(12쪽 18줄부터)를 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결과 같으므로 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

가. 출자 당시의 가액 확정 방법

(1) 관련규정의 해석

소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2항은 ‘거주자가 매입ㆍ제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가격이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고,

소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호는 ‘타인으로부터 매입한 자산 및 자기가 행한 건설 등에 의하여 취득한 자산으로서 그 취득가액이 불분명한 자산과 그 외의 자산은 당해 자산의 취득 당시의 재정경제부령이 정하는 시가에 취득세, 등록세 기타 부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 본다’고 규정하고 있으며,

소득세법 시행규칙(2005. 3. 19. 재정경제부령 제424호로 개정되기 전의 것) 제48조는 ‘

소득세법 시행령 제89조 제1항 제3호에서 재정경제부령이 정하는 시가란

법인세법 시행령 제89조를 준용하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있고,

법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제89조 제2항은 시가가 불분명한 경우 우선 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 시가로 보고, 이러한 감정평가액이 없는 경우에는

상속세 및 증여세법 제38조,

제39조,

제61조 내지

제64조의 규정을 준용하여 평가한 금액을 시가로 보도록 하고 있으며,

상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 제1호는 토지의 경우 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가에 의하여 평가하도록 규정하고 있다.

이 사건에 돌아와 보건대, 위에서 본 바와 같이 사업이행약정서 상의 9,050,000,000원은 이 사건 토지의 취득가액으로 볼 수 없고, 이 사건에 있어서는 달리 그 취득가액을 알 수 있는 자료가 없어 취득가액이 불분명한 경우에 해당한다고 할 것인데, 소급감정액을 시가로 보더라도 반드시 개별공시지가를 시가로 보는 보충적 평가방법이 적용될 여지가 없어지는 것은 아닌 점, 소급감정액이 개별공시지가보다 시가를 덜 반영하는 것으로 볼 수 없는 점, 상속세 및 증여세법의 해석상으로도 소급감정액이 시가에 포함된다고 보고 있는 점(

대법원 2005. 9. 30. 선고 2004두2356 판결 등 참조) 등을 종합하여 보면,

법인세법 시행령 제89조 제2항에서 말하는 감정평가법인의 감정가액에는 소급하여 감정한 가액도 포함된다고 봄이 상당하다.

(2) 출자 당시의 가액

원고는, 이 사건 토지는 인접한

강호식 소유 토지와 하나의 토지로 합쳐져서 이 사건 건물의 공동사업부지로 사용되는 것을 조건으로 가격을 정하였던 것이므로, 합병을 조건으로 이 사건 토지의 출자 당시의 가액을 산정하여야 한다고 주장하나, 토지의 합병은 출자가 이행됨으로 인해 가능하게 되는 것이고, 원고의 주장에 따른다면 원고가 이 사건 토지를 가까운 시점에 제3자로부터 매수하여 출자한 경우와 비교하여 전혀 균형이 맞지 않는 결과를 낳게 되어 부당하므로, 합병을 전제로 하지 않는 정상가액을 출자 당시의 이 사건 토지의 가액으로 보는 것이 상당하다.

따라서 이 사건 토지의 출자 당시의 가액은 당심에서의 한국감정원에 대한 감정촉탁결과에 따른 6,121,271,500원으로 볼 수 있으므로(남진감정평가사무소의 정상가액 감정결과는 4,754,320,400원인데, 위 감정은 처음부터 합병을 조건으로 한 특정가격을 도출하기 위한 감정이었고, 한국감정원은 이 사건 토지를 감정함에 있어 기타요인으로 이 사건 토지와 대체·경쟁관계에 있는 인근 유사 토지의 평가 선례를 참작하여 위 남진감정평가사무소의 정상가액 감정결과보다 시가를 더 충실히 반영한 것으로 판단된다), 피고가 이 사건 토지의 취득가액을 4,159,755,000원으로 보고 이를 초과하는 필요경비를 인정하지 않은 조치는 위 가액과의 차액 한도 내에서 부당하다.

나. 원고가 취득한 상가 부분이 재고자산의 자가소비에 해당되는지 여부

(1)

소득세법 제25조 제2항이 재고자산을 가사용(家事用)으로 소비하거나 이를 종업원 또는 타인에게 지급한 경우 이를 소비 또는 지급한 때의 가액에 상당하는 금액을 그날이 속하는 연도의 사업소득금액 등의 계산에 있어서 이를 총수입금액에 산입하도록 규정하고 있는 이유는, 거주자가 사업과는 관계없이 개인적인 목적으로 재고자산을 소비하거나 지급한 경우 경제적으로는 그 거주자가 재고자산의 가액 상당의 사업소득을 취한 것과 동일하기 때문에 그 가액 상당의 금액을 수입금액으로 보아 과세하기 위한 것이라고 할 것이므로, 위 조항이 적용되기 위해서는 당해 자산이 사업용 재고자산이어야 할 뿐만 아니라 그 자산이 원래의 사업용도와 달리 사업자의 개인적 용도로 소비되어야 할 것이다. 그러므로 건물의 신축ㆍ분양을 사업목적으로 한 공동사업자의 1인이 그 소유 대지를 다른 공동사업자에게 제공한 대가로 그 신축된 건물의 특정 부분에 대한 소유권을 이전받기로 한 약정에 따라 소유권을 취득한 경우에 그 특정부분은 당초부터 공동사업의 목적인 분양판매의 대상에서 제외된 것으로서 판매 목적으로 보유한 재고자산에 속하지 않는다고 보아야 할 것이다(

대법원 2005. 12. 22. 선고 2004두534 판결참조).

(2) 먼저, 이 사건 상가 103호(은행점포) 부분의 소유권 이전에 관하여 보건대, 위에서 본 바와 같이 이 사건 은행점포 부분은 이 사건 사업이행약정 당시부터 원고가 이 사건 토지의 출자에 대한 대가로서 현금과 함께 정산받기로 한 것이어서 당초부터 공동사업의 목적인 분양대상에서 제외되었다고 할 것이므로 이는 이 사건 사업장의 분양용 재고자산에 해당한다고 볼 수 없다. 그러므로 이 사건 부과처분 중 이 사건 상가 103호(은행점포) 부분의 소유권 이전을 재고자산의 자가소비로 보아 종합소득세를 부과한 부분은 위법하다.

다음으로, 202호 등 16개 상가 부분의 소유권 이전에 관하여 보건대, 이는 은행점포(상가 103호)와는 달리 당초 사업이행약정 시에 원고에게 이 사건 토지의 출자 대가로 지급하기로 약정된 것으로 볼 수 없으므로 이는 공동사업의 목적인 분양대상에 해당된다 할 것이다. 따라서 202호 등 16개 상가 부분에 대한 원고와

강호식의 공동 지분을 원고 1인의 단독 소유로 한 것은 그 실질에 있어서 공동사업자들이 분양 목적으로 신축한 건물의 일부를 자신들이 직접 사용하는 것과 다르지 아니하므로

소득세법 제25조 제2항에 따라 그 때의 가액에 상당하는 금액을 그 날이 속하는 연도의 총수입금액에 산입하여야 할 것이다. 그러므로 이 사건 부과처분 중 상가 202호 등 16개 상가 부분의 소유권 이전을 재고자산의 자가소비로 보아 종합소득세를 부과한 부분은 적법하다.

다. 정당한 세액의 계산

그러므로 원고에게 부과할 정당한 세액은, ① 피고가 이 사건 토지의 취득원가로 신고된 9,050,000,000원(부대비용 포함이전)과 개별공시지가인 4,159,755,000원과의 차액인 4,890,245,000원(2000년 귀속 3,975,769,185원, 2001년 귀속 704,195,280원, 2002년 귀속 210,280,535원)을 과다계상한 것으로 보아 이 사건 사업장의 필요경비에서 부인한 것을 바로 잡기위해 앞에서 이 사건 토지의 정당한 가액으로 본 6,121,271,500원과 개별공시지가와의 차액인 1,961,516,500원의 원고 지분 1/2에 해당하는 980,758,250원 만큼을 종합소득금액에서 공제(이월결손금을 고려하여 2001년 938,585,645원, 2002년 42,172,605원씩 귀속)하고, ② 이 사건 건물 중 상가 103호에 관한 분양예정가액(시가)과 원고에게 이전된 가액인 20억 원과의 차액 829,439,000원의 1/2에 해당하는 414,719,500원(당초 피고가 1/2에 해당하는 금액을 원고의 소득금액으로 통보하였다)을 2001년 귀속 종합소득금액에 산입하지 아니하며, ③ 상가 202호 등 16개의 상가에 관한 분양예정가액(시가) 4,284,701,000원과 원고에의 이전가액인 2,868,000,000원의 차액 1,427,459,649원의 1/2분에 해당하는 금액을 양도일이 속하는 연도의 귀속 종합소득금액으로 산입하고, ④ 그에 따라 가산세액과 이월결손액을 정정하면, 별지 계산표와 기재와 같이 계산된다.

3. 결론

그렇다면 피고의 이 사건 처분 중 2001년도 종합소득세 1,420,484,880원의 부과처분은 268,310,219원을, 2002년도 종합소득세 845,118,730원의 부과처분은 842,218,029원을 각 초과하는 부분이 위법하므로, 이를 각 취소할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.