본세인 지방세의 환급의 예에 의하도록 하고 있다는 점, 지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 국세가 아니라 지방세법의 예에 의하도록 규정하고 있는 점 등을 종합하여 보건대, 농어촌특별세의 불복절차는 국세의 예에 의할 것이 아니라, 본세인 지방세법에 의하도록 하는 것이 상당하다. 따라서 원고가 자신에게 경정청구권이 있다는 전제에서 통지를 거부처분으로 보고 그 취소를 구하고 있는 것은 부적법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 항공운송업을 영위하는 법인으로서 항공운송사업에 사용하기 위하여 아일랜드에 소재한

‘코리안 에어 리스 앤드 파이낸스 컴퍼니 리미티드(Korea Air Lease and Finance Co. Ltd)’라는 회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)로부터 소외 회사 소유의 항공기 2대(형식 : 각 B737-900, 등록기호 : HL7717, HL7718, 이하 ‘이 사건 제1, 제2 항공기’라 하고 이들을 합하여 ‘이 사건 각 항공기’라 한다)를 리스기간을 2003. 6. 20.부터 2013. 6. 20.까지로, 분기 리스료를 각 미화 107만 달러로 하고, 기간종료시 이 사건 항공기를 소외 회사에 반환하는 것을 내용으로 하는 리스계약을 체결하였고, 원고는 위 리스계약에 따라 이 사건 제2 항공기를 2003. 6. 22., 이 사건 제1 항공기를 2003. 7. 18. 각 반입하여 서울 강서구 공항동 소재 김포공항에 정치한 다음, 이를 원고의 항공운송사업에 사용하고 있다.

나. 원고는 2003. 6. 25. 이 사건 제2 항공기의 시가 52,780,883,215원을 과세표준으로 한 취득세 1,055,617,660원에 대하여

지방세법 제284조 제1항의 규정에 따라 피고에게 감면신청을 하여 승인을 받은 다음, 같은 날 면제되는 위 취득세에 대한 농어촌특별세 221,123,530원을 피고에게 신고하고, 2003. 7. 22. 이를 납부하였다.

다. 또한, 원고는 2003. 7. 29. 이 사건 제1 항공기의 시가 52,420,459,971원을 과세표준으로 한 취득세 1,048,409,190원에 대하여

지방세법 제284조 제1항의 규정에 따라 피고에게 감면신청을 하여 승인을 받은 다음, 같은 날 면제되는 위 취득세에 대한 농어촌특별세 209,681,830원을 피고에게 신고하고, 2003. 8. 18. 이를 납부하였다(이하 원고가 각 신고․납부한 농어촌특별세를 ‘이 사건 농어촌특별세’라고 한다).

라. 원고는 착오로 이 사건 농어촌특별세를 신고․납부하였다고 주장하면서, 2005. 7. 20. 피고를 상대로 이 사건 농어촌특별세액을 0원으로 하는 감액경정청구를 하였으나, 피고는 2005. 8. 31. 원고의 경정청구가 이유 없다는 내용의 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 통지’라 한다).

마. 피고는 이 사건 통지를 거부처분으로 보아, 2005. 11. 7. 농어촌특별세법 시행령 제9조 본문의 규정에 따라 서울특별시장에 대하여 이의신청을 하였으나, 서울특별시장은 2005. 12. 12. 원고의 경정청구권 자체가 인정되지 않는다는 이유로 위 이의신청을 각하하였다.

바. 피고가 이에 불복하여 2006. 3. 14. 행정자치부장관을 상대로 심사청구를 제기하였으나, 행정자치부 장관은 2006. 5. 2. 위와 같은 이유로 위 심사청구를 각하하였다.

[인정근거] 갑 제1호증의 1 내지 갑 제8호증의 2, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

원고는 이 사건 농어촌특별세의 세목이 국세이고, 신고납부 방식으로 확정되는 국세에 대하여는

국세기본법 제45조의2에 따라 납세자가 과세관청에 대하여 경정청구를 할 수 있으므로, 원고는 피고에 대하여 이 사건 농어촌특별세의 세액경정을 청구할 권리가 있다고 주장함에 반하여, 피고는 이 사건 농어촌특별세가 국세이기는 하나 그 본세가 취득세로 지방세이므로, 이 사건 농어촌특별세의 불복절차에 대하여는 국세기본법이 적용되지 아니하여 원고에게 경정청구권 자체가 인정되지 아니하므로 이 사건 소는 부적법하다고 항변한다.

나. 관계 법령

별지와 같다.

다. 이 사건 농어촌특별세에 대하여 경정청구가 허용되는지 여부에 관하여

이 사건 농어촌특별세가 세목상으로는 국세에 포함되어 있기는 하나 이는 징수된 세금이 최종적으로 국고에 납입되어야 한다는 의미일 뿐이고, 이 사건 농어촌특별세의 부과근거가 되는 본세는 지방세인 취득세이며, 그 부과 및 징수절차의 주체도 지방자치단체로서 신고․납부를 본세인 취득세의 예에 의하도록 하고 있는 점(

농어촌특별세법 제7조), 이 사건 농어촌특별세의 과오납금 등에 대한 환급에 관한 절차는 국세가 아니라 본세인 지방세의 환급의 예에 의하도록 하고 있다는 점(

농어촌특별세법 제12조), 지방세를 본세로 하는 농어촌특별세에 대한 이의신청 및 심사청구에 관하여는 국세가 아니라 지방세법의 예에 의하도록 규정하고 있는 점(

농어촌특별세법 시행령 제9조) 등을 종합하여 보건대, 이 사건 농어촌특별세의 불복절차는 국세의 예에 의할 것이 아니라, 본세인 지방세법에 의하도록 하는 것이 상당하다.

나아가 지방세법에서 신고확정방식의 조세에 대한 불복절차에 있어 수정신고제도(

지방세법 제71조)와 이의신청 제도(지방세법 제72조)에 관한 규정 및 법인세할 주민세의 수정신고납부에 관한 규정(

지방세법 제177조의3)만을 두고 있을 뿐,

국세기본법 제45조의2에서 인정되는 경정청구제도에 관한 규정을 따로 두고 있지 않다는 점 등을 고려하면, 지방세법의 입법취지는 신고납부 방식으로 확정되는 지방세에 있어서 위에서 살펴 본 수정신고 등의 불복절차 이외에 국세기본법에서 정하고 있는 바와 같은 경정청구제도를 인정하지 않겠다는 뜻으로 해석되고, 달리 조리에 의한 경정청구권이 인정된다고 볼 여지도 없다(

대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결 참조).

그렇다면, 세법에 근거하지 아니한 납세의무자의 경정청구에 대하여 과세관청이 이를 거부하는 취지의 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분이 있었다고 할 수 없으므로, 원고가 자신에게 경정청구권이 있다는 전제에서 이 사건 통지를 거부처분으로 보고 그 취소를 구하고 있는 것은 부적법하다.

3. 결론

따라서, 이 사건 소는 부적법하여 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.