1. 처분의 경위 등

[인정 근거] 갑1호증, 갑2, 3호증의 각 1, 2, 갑10호증의 1, 2, 갑18호증, 을1호증의 1, 2, 3, 을2호증의 1, 2, 을3호증의 1 내지 4, 을4, 5, 6호증의 각 기재, 변론의 전취지

가. 원고는 한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관으로서(1978. 12. 5. 제정된 한국토지개발공사법에 의해서 한국토지개발공사로 설립되었다가, 1995. 12. 29. 개정된 한국토지공사법에 의하여 명칭이 변경되었다), 1990. 11. 14. 정부의 주택 200만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로, 고양시 화정동 일대의 토지 2,035,502.6㎡에 대하여 택지개발촉진법 제8조에 의하여 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받았는데, 그 후 원고는 위 개발사업을 시행하여 택지 1,413,099.8㎡ 및 공공시설용 국ㆍ공유지 622,402.8㎡에 대한 택지개발사업을 완료하고 1995. 12. 31. 위 택지개발사업의 준공인가를 받았다.

나. 원고는 위 준공인가를 받은 후 피고에게 위 택지개발사업에 대한 개발비용으로 공공시설용 토지가액(정상지가 상승분 포함) 159,866,385,232원과 공사비 197,149,594,374원(순공사비 51,164,842,709원 + 일반관리비 2,558,242,135원 + 조사설계비 1,287,019,450원 + 기타 경비 22,222,078,751원 + 기타 공제 27,757,716,542원 + 시설부담금 92,159,694,787원) 합계 357,015,979,606원(= 197,149,594,374원 + 159,866,385,232원)을 신고하였는데, 피고는 한국산업경영연구소에 위 개발비용에 대한 검토를 의뢰하였고, 위 연구소는 별지 제2 목록의 당초 처분의 인정액란 기재와 같이 원고가 신고한 순공사비 등 중 확정측량비 344,902,450원을 순공사비에서 제외하여 조사설계비로, 도시간선시설비 22,293,060,000원(상수도공사비 2,095,708,000 ＋ 하수도공사비 12,959,605,000 ＋ 배전시설공사비 7,237,747,000)을 순공사비에서 제외하여 상ㆍ하수도공사비는 기타 경비로, 배전시설공사비는 공공시설 가액으로 각 항목 조정하고, 직원인건비 및 복리후생비 3,516,066,833원, 농어촌특별세 4,172,972,042원, 종합토지세 1,244,313,695원, 용지부대비 1,008,321,793원을 개발비용에서 제외하는 등 총 16,206,960,764원을 감액하여 합계 340,809,018,842원(공사비 180,942,633,610 + 공공시설용 토지가액 159,866,385,232)을 개발비용으로 확인, 보고하였다.

다. 이에 피고는 1996. 6. 29. 구 개발이익환수에관한법률(1993. 6. 11. 법률 제4563호로 개정된 것, 이하 법이라고 한다)에 의거 별지 제1 목록의 당초 처분액란 기재와 같이, ① 위 택지 1,413,099.8㎡ 중 1,270,053.9㎡에 대하여는 최초 1회분 할부금 납입일(장기할부조건으로 양도한 경우) 또는 잔대금납입일을, 나머지 143,045.9㎡에 대하여는 주택건축공사의 착공신고일을 각 개발부담금 부과종료시점으로 보고서 위 택지의 처분가격인 712,375,128,356원을 부과종료시점지가로 정했고, ② 원고의 매입토지 1,931,014㎡에 대하여 원고가 신고한 매입가격 349,564,339,620원을 기준으로 하여 부과개시시점인 1990. 11. 14.자 지가를 309,458,258,142원으로 산정한 후, 이를 위 택지 및 공공시설용 용지의 면적 비율로 나누어 위 택지의 개시시점지가를 214,834,116,489원으로 정했으며, ③ 위 개발계획 승인일인 1990. 11. 14.부터 피고가 위 택지에 대하여 부과종료시점으로 정한 최초 1회분 할부금 납입일 또는 잔대금 납입일, 건축공사 착공신고일까지의 각 정상지가 상승기간에 대한 연도별 정상지가상승율을 곱하여 산정한 82,026,040,386원을 정상지가 상승분으로 정하였고, ④ 위와 같이 한국산업경영연구소가 확인, 보고한 340,809,018,842원에, 원고가 개발비용의 증액을 요청하면서 증빙자료를 제출한 조경공사비 139,894,000원 및 이에 대한 일반관리비 6,994,700원 등 합계 146,888,700원을 추가로 개발비용으로 인정하여, 총 개발비용을 340,955,907,542원(공사비 181,089,522,310원 + 공공시설용 토지가액 159,866,385,232원)으로 정한 다음, 위 부과종료시점지가에서 부과개시시점지가를 공제하고, 다시 개발사업시행기간 중의 정상지가 상승분 및 개발비용을 공제한 74,559,063,939원(= ① - ② - ③ - ④)을 개발이익으로 인정하여, 이를 부과기준으로 하여 산정한 개발부담금 18,639,765,980원(74,559,063,939×50/100×50/100, 국고금단수계산법 제1조에 의해 10원 미만 버림. 이하 같다)을 원고에게 부과ㆍ고지하는 처분을 하였고(을2호증의 1, 2), 그러자 원고는 그 무렵 고지된 위 개발부담금액을 전액 납부하였다.

라. 한편 원고는 이 사건 개발부담금의 부과종료시점을 위 준공인가일로 늦추어야 하고, 원고가 당초 신고한 개발비용 중 직원인건비 및 복리후생비, 확정측량비, 도시간선시설비를 순공사비에 산입하여야 하며, 개발비용에서 제외된 농어촌특별세, 종합토지세, 용지부대비 및 원고가 공공시설물의 인계와 관련하여 지출한 공공시설지원금도 모두 개발비용에 포함시켜 정당한 개발부담금을 재산정하여야 한다며 중앙토지수용위원회에 위 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였는데, 위 위원회는 1997. 4. 8. 원고의 주장사실 중 확정측량비를 조사설계비에서 빼서 순공사비에 산입하고, 직원인건비 및 복리후생비를 순공사비에 산입하여 개발부담금을 재산정하여야 한다고 하면서(다른 주장은 기각함) 이에 따른 정당한 개발부담금액을 산정하기 곤란하다는 이유로 위 처분 전체를 취소하는 재결(갑2호증의 2)을 하였다.

마. 그러자 피고는 1997. 12. 1. 위 재결의 취지에 따라 별지 제2 목록의 이 사건 처분의 인정액란 기재와 같이 직원인건비 등을 순공사비에 추가하고, 확정측량비를 조사설계비에서 순공사비로 항목을 이동하며, 이에 따라 증가된 일반관리비(순공사비의 5%)를 개발비용에 추가로 포함시켜 개발비용으로 3,709,115,297원을 증액한 총 344,665,022,839원(공사비 184,798,637,607원 + 공공시설용 토지가액 공공시설용 토지가액 159,866,385,232원)을 인정한 후, 별지 제1 목록의 이 사건 처분액란 기재와 같이 산정한 개발이익 70,849,948,642원을 부과기준으로 하여 개발부담금 17,712,487,160원을 산정한 다음, 당초 처분에 의하여 부과된 개발부담금 18,639,765,980원에서 위 금액을 뺀 나머지 927,278,820원의 환급금 지급통지서(갑3호증의 1)를 원고에게 발송하면서, 위 재결의 취지에 따라 산출한 위 개발부담금액, 그 산출근거 등이 자세히 명시된 개발부담금 재산정 내역서(갑3호증의 2)도 첨부하여 원고에게 함께 발송하였고, 위 통지서 및 내역서는 1997. 12. 11. 원고에게 송달되었다[아래에서는 1997. 12. 1.자 개발부담금 17,712,487,160원의 처분을 이 사건 처분이라고 한다, 피고는 제1심에서 위 1997. 12. 1.자 통지가 새로운 개발부담금 부과처분이 될 수 없음을 전제로 하여, 처분 자체가 존재하지 않고, 제소기간을 도과하였으며, 전치절차도 거치지 않았다는 등의 본안전 항변을 하였으나, 당심 제4차 변론기일(2000. 8. 25.)에서 위 본안전 항변을 철회하였다].

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 부과종료시점에 대하여

(1) 당사자의 주장

(가) 원고의 주장

원고는 이 사건 처분에 대하여, 먼저 피고가 이 사건 부과대상토지 중 준공인가 전에 주택건설업자들에게 분양되거나 이들에 의해 주택건축이 시작된 토지에 대하여 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외규정인 법 제9조 제3항 제2호, 시행령 제8조 제1항 제1호, 제2항 제1, 2호를 적용하여, 부과종료시점을 최초 1회분 할부금 납입일, 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일로 하여 부과기간 동안의 정상지가 상승분을 82,026,040,386원으로 계산하고 이에 터잡아 이 사건 처분의 개발부담금액을 산정하였는데, ① 개발사업의 준공 전 부과종료시점을 인정하는 예외조항인 시행령 제8조 제1항이 적용되려면, 그 전제로서 당해 사업지구 내 토지에 대한 절토, 성토 등 부지정지공사 뿐만 아니라 도로ㆍ상하수도ㆍ전기시설 등 기간시설공사 등이 마쳐짐으로써 더 이상의 가공공정이 필요치 않고, 택지사용에 어떠한 물리적 제한이 없을 정도로 개발부담금 부과대상사업의 개발이 사실상 완료되어야 하는데, 이른바 합동택지개발방식에 의한 이 사건 개발사업의 경우 원고는 사실상 개발이 완료되지 않은 시점에서 주택건설사업자들에게 분양택지를 선분양하고 이들에 의하여 택지개발과 동시에 주택건설이 이루어진 것이므로, 위 선분양에 의하여 대금의 일부가 지급되었다거나 건축공사를 위한 착공신고서가 제출되었다는 사실만으로는 사실상 택지로서의 개발이 완료되었다고 할 수 없어 위 예외조항이 적용된다고 할 수는 없고, 법 제9조 제3항 본문의 원칙규정으로 돌아가 위 택지개발사업의 준공인가일을 부과종료시점을 보아야 하고, ② 가사 그렇지 않다고 하더라도 원고는 위 택지개발사업을 시행함에 있어 각 사업지구를 공사시행의 최소 단위인 공구별로 나누어 시행하였으므로, 피고는 위 각 공구별로 사실상 택지로서 사실상 개발이 완료된 시점인 사실상 개발완료일(1공구의 경우 1995. 4. 30., 2공구의 경우 1993. 8. 13.)을 기준으로 하여 그 이전에 선분양된 토지의 경우에는 사실상 개발이 완료된 날을 부과종료시점으로, 사실상 개발이 완료된 이후에 분양된 택지의 경우 그 분양으로 인한 최초 1회분 할부금 납입일, 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일을 부가종료시점으로 인정하여야 하며, ③ 장기할부조건부 매매에 있어 양도의 시기를 정한 구 소득세법 시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제53조 제2항에 의하면, 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도하는 경우 그 대금청산일까지 자산이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는, 그 자산이 완성 또는 확정된 날을 양도일로 보도록 규정하고 있는데, 이 사건의 경우 원고가 주택건설업자들과 선수협약을 체결하고 이에 따라 택지를 가분할하여 주택건설사업자들에게 선분양한 뒤 준공인가를 받은 후에 실제 분양면적을 확정하여 그 증감에 따른 대금정산을 하였던 이상, 이는 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도한 경우에 해당하고, 따라서 그 양도일은 첫회 부불금의 지급일이 아닌 각 필지별 분양택지의 권리범위가 확정된 준공인가일이라고 보아야 할 것이며, ④ 원고는 토지만을 개발하는 사업시행자로서 부과대상토지의 전부 또는 일부를 개발사업의 목적용도로 사용하는 경우가 있을 수 없어, 법 시행령 제8조 제1항 제1호 나목에서 정한 부과종료시점인 건축공사 착공신고일을 부과종료시점으로 인정할 수 없을 것이므로, 피고가 이와 달리 이 사건 토지의 부과종료시점을 정하여 정상지가 상승분을 산정한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

(나) 피고의 주장

피고는 이 사건 처분 당시 이미 택지개발사업이 사실상 완료된 상태였으므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고, 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 토지가 타인에게 양도되거나 사용되었는지에 관계없이 원고가 각 공구별 개발사업이 사실상 완료되었다고 주장하는 시점(1993. 8. 13. 또는 1995. 4. 30.)을 부과종료시점을 인정하여 이를 기준으로 정상지가 상승분을 계산하여야 한다는 취지로 주장한다.

(2) 인정되는 사실

[인정 근거] 갑4 내지 6호증, 갑7호증의 1 내지 6(갑7호증의 3은 을14호증의 8, 갑7호증의 6은 을14호증의 3과 각 같다), 갑15, 16, 17호증의 각 1 내지 3, 갑18호증, 갑25호증, 갑26호증의 1 내지 16, 갑27호증의 1 내지 15, 갑28호증의 1 내지 15, 갑31호증의 1, 2, 갑33호증의 1 내지 갑49호증, 갑52호증 내지 갑55호증, 을4호증, 을6호증, 을7호증의 1 내지 3, 을8호증, 을9호증의 1 내지 11, 을10호증의 1 내지 7의 각 기재와 영상, 제1심 증인 이영제, 조동창의 각 증언(조동창의 일부 증언 제외), 변론의 전취지

(가) 원고는 고양화정지구 택지개발사업의 개발계획승인을 받아 그 개발사업을 시행하는 한편, 원고의 용지규정(갑5호증) 제26조의 2, 택지합동개발시행지침(갑4호증) 제8조에 의거 택지의 공급과 수요를 연계하여 사업시행 초기에 택지의 수요자인 공공기관 또는 주택건설사업자를 참여시킴으로써 택지개발과 주택건설을 동시에 추진하는 택지개발방식인 이른바 ‘합동개발방식’을 채택함으로써, 택지개발사업이 완료되는 경우 이에 대한 준공인가를 받기 전이라도 위 택지를 주택건설사업자들에게 선공급하기로 하고, 주식회사 신안 등 주택건설사업자들과의 사이에 미리 용지매도를 위한 선수협약(갑15, 16, 17의 각 1)을 체결하여 일부 선수금을 수령하기도 하였다.

(나) 원고는 위 선수협약에 의하여 위 준공인가일 전에 미리 주택건설사업자들에게 이 사건 개발택지 중 고양시 지도읍 화정리 851(개발사업이 완료된 이후 확정된 지번이다, 이하 같다) 외 597필지 1,270,053.9㎡를 분양하면서, 그 대금을 택지개발촉진법 제18조, 한국토지개발공사법 제18조에 따라 건설부장관의 공급가격결정 승인 및 토지처분심의위원회의 심의를 거쳐 택지조성이 완료된 것을 전제로 평가한 각 용지별 가격으로 하되, 주택사업자들로부터 지급받은 선수금을 분양대금으로 대체하고 나머지 잔대금은 3회 이상 분할하거나 1년 이상의 기간을 두고 이를 지급받기로 약정하였고, 또 일부 주택건설업자들은 위 준공인가일 이전에 위 개발택지 중 같은 리 849 외 78필지 143,045.9㎡의 택지에 관하여 건축허가를 받아 건축착공신고서를 제출하고 주택신축공사에 착공하였다.

(다) 피고는 이 사건 개발부담금을 산정함에 있어서, 준공인가 전에 분양된 위 1,270,053.9㎡의 택지에 대하여는 최초 1회분 할부금 납입일(장기할부조건 매매의 경우) 또는 대금청산일인 잔대금납입일을, 주택신축공사가 개시된 위 143,045.9㎡의 택지에 대하여는 건축공사 착공신고일을 각 부과종료시점으로 보고 그때까지의 정상지가 상승분을 산정하였다(을4호증).

(라) 그런데 원고와 주택건설사업자간에 체결된 공동주택지공급협약서, 용지매매계약서(갑7호증의 1 내지 6, 갑15, 16, 17호증의 각 2, 3)의 각 기재에 의하면, 사업시행자인 원고는 부지정지를 위한 토공사, 이에 필요한 표면배수 처리시설, 간선배수로, 법면 등 기본적인 시설의 설치공사인 용지의 조성공사를 담당하고, 분양대상자는 분양토지와 접한 도로 부대시설인 대지경계석, 가로수분, 보도블록 등을 시공할 수 있도록 되어 있으며, 또 사업시행자가 합동개발방식에 따라 주택건설사업자에게 공급하는 토지의 대금은 계약금 납부 후 몇 차례 중도금을 납부하고 그 잔대금은 당해 토지의 사용가능시기에 납부하여야 하는바, 이때 당해 토지의 사용가능시기라 함은 해당 필지에 대한 용지 취득 및 공사진척상황으로 보아 건축공사착공이 가능하다고 원고가 정하는 시기를 말하고, 사용가능시기가 정해진 대금납부기일보다 먼저 도래하는 경우에는 주택건설사업자는 즉시 착공에 들어가며 미납 잔대금 전액을 지급하고, 잔대금 미지급시에는 잔금에 대한 이자를 지급하여야 하는 것으로 되어 있으며, 준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 규정되어 있다.

(마) 이 사건 토지들 중 일부 토지에 대한 건축허가 여부를 결정하는 과정에서 피고 측에서 현장확인을 하지는 않았고, 원고로부터 건축허가를 하여도 좋다는 취지의 회신만을 받고 건축허가를 하였는데, 이 사건 택지개발사업과 같이 택지의 개발과 건축물의 시공이 동시에 이루어지는 택지합동개발지침에 따른 개발사업의 경우, 사업지구내 토지상의 건축물에 대한 건축허가는 택지로서의 개발이 완료되었는지 여부와는 무관하게 택지개발업자가 승인만 해주면 피고는 건축허가를 하였으며, 1993. 2. 24.경에는 도시계획 도면제작(항공측량 및 상황판 제작)을 위한 항공사진을 촬영하였는데 위 항공사진상 부지조성이 상당 부분 이루어진 상황이었으며(을8호증), 이 사건 택지를 분양받아 아파트건축공사를 시행하던 주택건설사업자들은 1993. 10.경부터 같은 해 11.경까지 사이에 아파트공사의 일부분을 완성하고 피고에게 중간검사를 신청하기도 하였다(을9호증의 1 내지 11, 을10호증의 1 내지 7).

(바) 이 사건 택지개발사업은 1공구와 2공구로 나누어져 시행되었고, 2공구에 속하는 토지는 957 내지 960, 962, 987 내지 999 토지 등 모두 18필지였는데, 그 중 962, 989 등 2필지의 토지는 개발부담금 부과대상에서 제외되었고, 한편 996 토지에서 996-1, 996-2 토지가 분할되어, 결국 이 사건 개발부담금 부과대상이 되는 2공구의 토지는 모두 18필지이고, 나머지 토지는 1공구에 속한 토지이다.

(사) 이 사건 택지개발사업은 상하수도 시설 등 기부시설 등으로 인정된 부분을 제외하고는 크게 부지조성공사, 가로등공사, 조경공사, 기타 부대공사 등으로 나뉘어져 시행되었는데, 그 중 부지조성공사에 대한 공사비는 1공구의 경우 1992. 7. 9.부터 1995. 5. 26.까지 9차례에 걸쳐서 나누어 지급되었고, 2공구의 경우 1992. 7. 8.부터 1993. 9. 13.까지 3차례에 걸쳐서 나누어 지급되었으며, 한편 가로등공사비는 1993. 9. 27.부터 1995. 5. 26.까지 4차례에 걸쳐서, 조경공사비의 경우 1995. 11. 8.부터 1995. 6. 22.까지 사이에 8차례로 나뉘어 공사대금이 지급되었다(조경 1공구의 경우 1993. 11. 8.부터 1994. 12. 19.까지 사이에, 조경 2공구의 경우 1993. 12. 30.부터 1995. 6. 22.까지 사이에 각 4차례에 걸쳐서 공사대금이 지급되었고, 조경 2공구의 공사비가 조경 1공구의 공사비에 비하여 20배 이상이 되는 것으로 기재되어 있는 점에 비추어 볼 때, 부지조성공사와 조경공사의 공구 구분은 서로 일치하지 않는 것으로 보인다).

(아) 한편 원고는 이 사건 택지개발사업 중 1공구의 부지조성공사는 1995. 4. 30. 개발이 완료되고, 2공구의 부지조성공사는 1993. 8. 13. 개발이 완료되었다고 인정하여 그에 대한 준공검사를 한 바 있으며, 앞서 본 바와 같이 1공구의 경우 1995. 5. 26.까지, 2공구의 경우 1993. 9. 13.까지 기성대금을 나누어 지급하였는데, 이러한 기성대금의 지급정도에 따라 공사진행률을 계산할 경우, 피고가 이 사건 처분 당시 인정한 부과종료시점의 부지조성공사가 50%에도 미달한 상태에 있었던 토지가 상당수 있었으며(갑50호증 참조), 위와 같은 부지조성공사의 준공검사일 이후에도 조경공사 등의 공사를 추가로 시행한 다음 1995. 12. 31. 이 사건 택지개발사업 전체의 준공인가를 받게 되었다.

(자) 원고는 위와 같이 택지개발사업이 완료되지 않은 토지를 사전에 분양하면서 준공 후 분양택지 면적의 증감이 있는 경우 그 증감분에 대하여 계약체결 당시의 매매단가에 의하여 정산을 하도록 한 규정에 따라, 면적의 증감이 발생한 토지에 대하여 확정된 면적에 대한 용지매매변경계약을 체결하고, 대금을 정산하기도 하였다(갑25호증, 갑26호증의 1 내지 16)

(3) 판단

(가) 부과종료시점의 판단방법

법 제9조 제3항 제2호, 시행령 제8조 제1항 제1호, 제2항 제1, 2호 및 구 소득세법 시행령 제53조 제1항 제3호는, 원칙적으로 관계 법령에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 개발사업의 준공인가 등을 받은 날을 개발부담금의 부과종료시점으로 하고, 다만 납부의무자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양 등 처분하는 경우로서, 토지만을 개발하는 개발사업의 경우 사실상 개발이 완료된 토지를 타인에게 양도한 때에는 대금청산일인 잔대금납입일을(다만 장기할부조건의 양도의 경우 첫회 부불금의 납입일, 이하 잔대금납입일로만 기재한다), 건축물을 건축하는 등으로 토지의 사용을 개시하는 때에는 건축법 제16조의 규정에 의한 착공신고일을 각 부과종료시점으로 보도록 규정하고 있는바, 이와 같이 토지만을 개발하는 개발사업에 있어 준공인가 등을 받은 날 이전의 시점을 부과종료시점으로 보기 위해서는 법 제9조 제3항 제2호, 시행령 제8조 제1항 제1호, 제2항 제1호, 제2호의 규정에 따라, 구 소득세법 시행령 제53조의 규정에 해당하게 된 날 또는 건축법 제16조의 규정에 의한 착공신고를 한 날 당시에 당해 토지에 대하여 사실상 개발이 완료되어야 하고, 만일 그 당시까지 사실상 개발이 완료되지 아니한 경우에는 그 이후 사실상 개발이 완료된 날이 그 부과종료시점이 된다 할 것이다(대법원 2000. 6. 23. 선고 97누19328 판결, 2002. 1. 22. 선고 99두8923 판결 등 참조).

한편 택지조성을 완료한 후 타에 분양하는 방식과는 달리 이 사건에 있어서와 같은 합동개발방식에 의한 택지개발사업에 있어서는 공사의 중복을 방지하고 주택건설기간을 단축하기 위하여 택지조성이 완료되기 전에 미리 주택건설사업자 등에게 택지를 선공급하고, 그 후 택지개발사업자가 택지를 선공급받은 주택건설사업자 등과 함께 택지개발사업의 남은 부분을 수행하므로, 합동개발방식에 의하여 택지개발사업을 할 경우에 있어서 택지개발사업자가 주택건설업자 등에게 장차 조성될 택지를 선공급하고 그 분양잔대금을 모두 지급받았거나, 주택건설업자 등이 건축공사에 착공하였다 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이로써 곧 그 택지가 잔대금납입일 또는 착공신고일 당시에 사실상 개발이 완료되었다고 볼 수는 없다.

따라서 이 사건에서 준공인가일 이전에 택지의 사용을 개시하거나, 택지를 분양하는 등으로 처분한 토지의 경우, 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 이전에 사실상 개발이 완료되었다면 그 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일이 개발부담금의 부과종료시점이 되고, 그 당시까지 사실상 개발이 완료되지 않았다면 사실상 개발사업이 완료된 날이 개발부담금의 부과종료시점이 된다고 할 것이므로, 결국 피고가 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었는지의 여부에 따라 부과종료시점에 관한 이 사건 처분의 적법 여부가 결정된다고 할 것이다.

(나) 준공인가일을 부과종료시점으로 보어야 한다는 원고의 주장에 관한 판단

이 사건에서 준공인가일 이전에 택지개발사업이 사실상 완료되었다는 점은 아래에서 보는 바와 같고, 다만 이 경우 사실상 개발완료시점이 언제인지에 관하여 원고와 피고 사이에 다툼이 있으며(원고는 1공구의 경우 1995. 4. 30., 2공구의 경우 1993. 8. 13.에 각 공구의 개발이 사실상 완료되었다고 주장하고 있고, 피고는 그 이전인 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일에 사실상 개발이 완료되었다고 주장하고 있다), 한편 준공인가일 전에 사실상 개발이 완료된 토지가 분양 등으로 처분되거나 목적에 따른 사용이 개시된 경우에는 준공인가일 전이라도 개발부담금의 부과종료시점이 도래하였다고 보아야 함은 앞서 본 바와 같으므로, 비록 일부 공사가 이 사건 택지개발사업의 사실상 개발완료일 이후에 이루어졌다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧 이 사건 토지의 부과종료시점을 일률적으로 준공인가일로 보아야 한다고는 할 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(다) 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 시점에 관한 판단

① 사실상 개발완료일이 문제가 되는 토지

㉮ 원고는 이 사건 택지개발사업이 1공구의 경우 1995. 4. 30., 2공구의 경우 1993. 8. 13.에 사실상 그 개발이 완료되었음을 전제로 하여, 그 이전에 분양되거나 건축공사에 착공된 토지에 대한 부과종료시점에 관하여 이 사건 처분 당시 인정한 시점과 달리 위와 같은 사실상 개발완료일을 부과종료시점으로 인정하여야 한다고 주장하고 있을 뿐이고, 위와 같은 사실상 개발완료일 이후에 분양되거나 공사에 착공된 토지 및 이 사건 택지개발사업의 준공인가일까지 처분되지 아니한 토지들에 대한 부과종료시점에 대하여는, 앞서 본 바와 같이 준공인가일 자체를 부과종료시점으로 인정하지 않는 한 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 및 준공인가일과 동일하게 부과종료시점을 인정하고 있으므로, 결국 이 사건에 있어서는 위와 같이 원고가 주장하는 사실상 개발완료일 이전에 처분되거나 공사에 착공한 토지들만이 그 토지들의 사실상 개발완료일을 언제로 인정할 것인지에 따라 부과종료시점이 달라진다고 할 것이고, 한편 원고와 피고는 이 사건에서, 원고가 주장하는 위 사실상 개발완료일 및 피고가 주장하는 이 사건 처분 당시 인정된 부과종료시점 이외의 다른 시점을 사실상 개발완료일로 주장, 입증하지는 않고 있으므로, 결국 이 사건에서 원고의 주장과 같은 일시를 사실상 개발완료일로 인정하게 되면, 그 사실상 개발완료일이 부과종료시점이 될 것이고, 피고의 주장과 같이 이 사건 처분 당시 인정하였던 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일을 사실상 개발완료일로 인정하게 되면, 위 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일이 부과종료시점이 될 것이다.

이와 같이 이 사건 토지의 부과종료시점을 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 날 이후로 인정하는 이상, 비록 사후에 정산과정을 거쳤다고 하더라도, 위 부과종료시점 당시 이 사건 토지는 이미 완성 또는 확정된 것이라고 보아야 할 것이므로, 이 사건 토지 중 준공인가일 이전에 양도한 토지들이 완성 또는 확정되지 아니한 토지들로서 그 양도시기도 준공인가일로 보아야 한다는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

㉯ 한편 피고는, 원고의 주장과 같이 사실상 개발완료일을 기준으로 정상지가 상승분을 계산하려면, 개별 토지들의 실제로 처분되었는지에 관계없이 1공구에 속한 토지들의 경우 1995. 4. 30., 2공구에 속한 토지들의 경우 1993. 8. 13.을 기준으로 하여 정상지가 상승분을 계산하여야 한다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 법 및 시행령에서, 개발부담금을 산정함에 있어서의 부과종료시점은 개발사업의 준공인가일을 원칙으로 하고, 다만 준공인가일 이전에 개발사업자가 개발사업의 목적용도로 사용을 개시하거나 타인에게 분양 등 처분하는 경우로서 사실상 개발이 완료된 토지를 양도하는 경우에만 잔대금납입일 또는 착공신고일을 부과종료시점으로 인정할 수 있도록 규정하고 있으므로, 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었다는 사정만으로 곧 부과종료시점에 도래하였다고 인정할 수는 없고, 사실상 개발이 완료된 토지라고 하더라도 준공인가일 이전에 실제로 타인에게 양도를 하고 그 대금(할부금 포함)을 수령하였거나, 건축물의 착공신고를 한 경우에만 준공인가일 이전의 시점을 부과종료시점으로 인정할 수 있을 것이므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

② 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료된 시점

㉮ 피고는 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금지급일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 이 사건 택지개발사업이 사실상 개발이 완료되었다고 주장하면서, 이에 부합하는 증거로 을7호증의 1 내지 을10호증의 7의 각 기재와 제1심 증인 조동창의 증언을 내세우고 있다.

그러나 먼저 위 증인 조동창의 증언에 관하여 보면, 위 조동창은 1989년경부터 이 사건 택지개발사업 부지에서 건축공사가 착공되어 1992년경에 이미 완공된 아파트에 입주를 시작하였다는 취지로 증언하고 있으나, 이 사건 개발부담금 산정의 전제가 되는 부과개시시점이 1990. 11. 14.인 점, 원고로부터 이 사건 택지를 선분양받은 주택건설업자들이 건축공사를 착공하기 시작한 것이 1993년 7월 이후였던 점(갑27호증의 1 내지 15, 을9호증의 1 내지 11, 을10호증의 1 내지 7) 등에 비추어 볼 때, 위 증언 부분을 그대로 믿을 수는 없다.

한편 을7호증의 1 내지 10호증의 7의 각 기재와 위 증인 조동창의 일부 증언에 의하면, 1993. 2. 24. 항공사진 촬영 당시 상당 부분의 부지조성공사가 이루어진 것으로 보이는 사실 및 이 사건 토지를 공급받은 건설업자들이 1993. 7.경 이후 아파트 건설을 위한 공사를 시작하여 1993. 10.경에는 일부 중간검사를 받기도 한 사실은 인정된다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 택지개발사업이 합동개발방식에 의한 것으로서 사실상 개발이 완료되지 않은 상태에서 선분양이 이루어졌고, 그와 같이 분양 등이 이루어진 이후에도 계속하여 부지조성공사 등이 시행된 점, 이에 따라 피고가 주장하는 부과종료시점 이후 준공인가일인 1995. 12. 31.경까지도 원고가 이 사건 택지개발공사를 시행하면서 공사비용을 투입하였고, 피고 역시 위 기간 동안에 지출된 비용을 개발비용으로 인정하여 개발부담금 산정시 이를 공제하기도 하였던 점, 이 사건 택지개발사업 중 부지조성공사대금은 1공구의 경우 1995. 5. 26.까지 9차례, 2공구의 경우 1993. 9. 13.까지 3차례로 나누어 지급하였으며, 원고의 준공검사결과 이 사건 개발사업에 대한 부지조성공사는 1995. 4. 30.(1공구) 또는 1993. 8. 13.(2공구)에 사실상 완료되었던 점, 위 부지조성공사가 완료된 이후에도 조경공사 등은 별도로 시행하였던 점, 피고가 부과종료시점으로 인정한 당시를 기준으로 한 부지조성공사의 진행률(기성대금 지급 정도에 따라 산정한 것)이 50%에 미달한 토지도 상당수 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 피고가 내세우는 위 을7호증의 1 내지 을10호증의 7의 각 기재와 위 증인 조동창의 일부 증언만으로 피고가 주장하는 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시에 이 사건 택지개발사업이 사실상 완료되었다고 인정할 수는 없을 것이다.

㉯ 오히려 위와 같은 이 사건 택지개발사업이 합동개발방식에 따라 시행된 점, 피고가 주장하는 부과종료시점 이후에도 개발사업이 진행되고, 그에 따라 지출된 개발비용이 개발부담금 산정 당시 공제된 점, 원고가 이 사건 택지들에 대한 부지조성공사에 대한 공사대금을 나누어 지급하고, 준공검사를 한 후 잔대금을 지급한 점, 부지조성공사 이후에도 조경공사 등의 추가공사가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 이 사건 택지개발사업은 원고가 부지조성공사에 대한 준공검사를 시행한 시점인 1993. 8. 13.(2공구) 및 1995. 4. 30.(1공구)경에 사실상 개발이 완료되었다고 봄이 상당할 것이다.

한편 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업은 1공구와 2공구로 나누어 개발사업이 진행되고, 그에 따라 준공검사 및 기성대금도 공구별로 별도로 지급된 점 및 부지조성공사가 완료된 이후에도 조경공사 등이 계속 진행된 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 처분 당시 부과종료시점으로 인정한 잔대금납입일 또는 건축공사 착공신고일 당시의 부지조성공사 진행률이 상당한 정도에 이른 토지가 일부 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧 그 토지의 부지조성공사 등 개발사업이 사실상 완료되었다고 인정할 수는 없다고 할 것이고, 앞서 본 바와 같이 최소한 공구별로 사실상 개발이 완료되었는지의 여부를 판단하는 것이 타당하다고 할 것이다.

(라) 고양시 지도읍 화정리 961 토지의 부과종료시점에 관한 판단

별지 기재와 같이 구 소득세법 시행령 제53조 제1항 제3호, 제108조에 의하면, 판매대금을 3회 이상 분할하여 납입하는 것으로서, 당해 목적물의 인도시기로부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 경우에는 장기할부조건으로 양도한 것으로서, 첫회 부불금의 납입일을 양도시기로 규정하고 있으나, 1993. 12. 31. 대통령령 제14083호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제53조 제1항 제3호, 제108조 제2항에서는 판매대금을 3회 이상 분할하여 납입하는 것으로서, 당해 목적물의 인도시기로부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 2년 이상인 경우에만 연불조건부로 양도한 것으로 인정하여, 첫회 부불금의 납입일을 양도시기로 인정하고 있으며, 1993. 12. 31.자 구 소득세법 시행령 부칙 제5조에서는, 제108조의 개정규정을 시행령이 시행된 후 최초로 판매, 양도하는 것부터 적용하도록 규정하고 있다.

그런데, 을4호증의 기재에 의하면, 이 사건 개발부담금 부과대상 토지 중 고양시 지도읍 화정리 961 토지의 경우 피고가 위 토지의 최초 할부금 납입일인 1992. 11. 7.을 부과종료시점으로 보고 정상지가 상승분을 산정한 사실이 인정되고, 한편 갑55호증의 2, 4, 5의 각 기재에 의하면, 위 961 토지의 경우 원고가 1992. 5. 1. 부영주택흥산 주식회사에게 공급하면서, 그 대금 중 1회 선수금은 위 계약체결일에, 2호 선수금은 1992. 11. 1.에, 3회 선수금은 1993. 5. 1.에, 4회 선수금은 토지사용가능시기에 각 지급하기로 약정하였다가, 1993. 6. 14. 용지매매계약을 체결하면서, 계약금 및 1, 2차 중도금은 기수령한 선수금으로 대체하기로 하고, 나머지 잔금은 1993. 7. 31. 지급하기로 약정하였는데, 위 부영주택흥산 주식회사가 잔금의 지급을 지체하여 1994. 2. 5. 잔금을 지급한 사실이 인정된다.

위 인정사실에 의하면, 위 961 토지는 당해 목적물의 인도시기로부터 최종의 부불금 납입일까지의 기간이 2년에 미달되므로, 1993. 12. 31.자로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제108조에서 정한 연불조건으로 양도된 토지에 해당하지 않는다고 할 것이고, 따라서 위 961 토지는 첫회 부불금의 납입일이 아닌 잔대금납입일(대금청산일)이 그 양도일이 된다고 할 것이며, 한편 위 961 토지가 2공구에 속한 토지인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 위 961 토지의 부과종료시점은 위 토지의 사실상 개발이 완료된 이후로서 잔대금납입일인 1994. 2. 5.이 된다고 할 것이다.

(마) 이와 같이 이 사건 택지개발사업 중 1공구는 1995. 4. 30., 2공구는 1993. 8. 13.에 사실상 개발사업이 완료되었다고 보아야 하는 이상, ① 이 사건에서 위 각 개발사업 완료일 이전에 잔대금지급일 또는 착공신고일이 도래한 토지의 경우에는 개발사업 완료일인 1995. 4. 30.(1공구) 또는 1993. 8. 13.(2공구)이 개발부담금의 부과종료시점이 된다고 할 것이고, ② 개발사업 완료일 이후에 택지 등을 처분하여 그 잔대금지급일 또는 착공신고일이 도래한 경우에는 그 잔대금지급일 또는 착공신고일이 개발부담금의 부과종료시점이 되며, ③ 이 사건 택지개발사업의 준공인가일까지 분양 등이 이루어지지 않고 원고의 소유로 그대로 남아 있는 토지의 경우에는 준공인가일인 1995. 12. 31.이 개발부담금의 부과종료시점이 된다고 할 것이다(앞서 본 바와 같이 ①항의 경우만이 이 사건 처분 당시와 그 부과종료시점과 서로 다르고, ②, ③항의 경우 이 사건 처분 당시의 부과종료시점과 동일하다).

이에 따라 개별 토지들의 구체적인 부과종료시점 및 당시의 정상지가 상승률을 보면, 별지 제5 목록의 ‘부과종료시점’란 및 ‘정상지가상승률’란 기재와 같으며, 이에 기초하여 정상지가 상승분을 계산하면 같은 목록 ‘정상지가상승분’란 기재와 같이 모두 126,087,218,859원이 된다(위 목록의 수치에 따라 계산한 금액보다 작은 금액을 원고가 정상지가 상승분으로 구한 경우에는 원고가 구하는 바에 따른다).

나. 개발비용 산정에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고는, ① 이 사건 개발부담금의 산정에 있어 개발비용 중 기타경비 등으로 처리된 상수도공사비 2,095,708,000원, 하수도공사비 12,959,605,000원, 배전시설공사비 7,237,747,000원 등 도시간선시설비 합계 22,293,060,000원은 이 사건 택지개발지구 자체의 존립을 위한 간선시설비용으로서, 이 사건 이 사건 택지개발사업의 순공사비로 항목이 조정되어야 하고, ② 개발비용에서 제외된 같은 농어촌특별세 3,903,712,074원은 특별부가세 감면과 관련된 제세공과금으로서, 종합토지세 1,244,313,695원은 위 택지개발과 관련하여 당해 개발토지에 대하여 납부한 제세공과금으로서, 용지부대비 1,008,321,793원은 개발사업에 공하여지는 토지를 매입하거나 개발사업구역안의 건물, 입목 등을 철거, 이전하는 과정에서 필요불가결하게 지출된 각종 공과금, 등기소송비용 등으로서 각 이 사건 택지개발사업의 순공사비에 산입되어야 하며, ③ 개발비용에서 제외된 공공시설지원금 2,285,000,000원은 위 사업지구내의 공공시설물의 인계와 관련하여 시설물 유지관리비, 도로유지관리 관련 장비구입비 등으로 집행된 것으로서 법시행령 제10조 제1항 제5호 소정의 기타경비에 산입되어야 하며, 만약 위 시행령 제10조 제1항 제5호의 규정이 위와 같은 공공시설지원금을 기타경비에서 배제하는 취지라면 이는 모법의 위임취지에 위배되는 것으로 무효로 보아야 할 것이고, ④ 앞서 본 각종 지출비용이 순공사비에 산입됨에 따라 함께 증액된 일반관리비 1,442,390,128원을 개발비용에 포함시켜 개발부담금을 재산정하여야 한다고 주장한다.

(2) 판단

(가) 관계법령 및 개발비용의 판단기준

개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제4 목록 기재와 같은바, 법 제2조, 제8조에 의하면, 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가 상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하며, 그 부과기준은 『(부과종료시점의 지가) - (부과개시시점의 지가 + 정상지가 상승분 + 개발비용)』으로 산정하도록 되어 있으므로, 따라서 개발비용은 사업개시시점의 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.

한편 법 제11조 제1항 제1호와 법시행령 제10조 제1항 제1호, 예산회계법시행령(1995. 7. 6. 대통령령 제14710호로 개정되기 전의 것) 제78조와 국가를당사자로하는계약에관한법률시행령(1995. 7. 6. 대통령령 제14710호) 제9조(예산회계법시행령 제78조와 내용이 거의 동일하다), 계약사무처리규칙(1995. 7. 6. 총리령 제511호로 폐지되기 전의 것) 제6조 및 제8조와 국가를당사자로하는계약에관한법률시행규칙(1995. 7. 6. 총리령 제511호로 제정된 후 1999. 9. 9. 재정경제부령 제104호로 개정되기 전의 것) 제6조(계약사무처리규칙 제6조와 내용이 거의 동일하다), 원가계산에의한예정가격작성준칙(갑9호증, 재무부회계예규 2200.04-105, 1995. 7. 10., 이하 예정가격준칙이라 한다)상의 공사원가계산에 관한 규정 등 관련 규정에 의하면, 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 예정가격준칙상의 재료비(직접재료비 및 간접재료비 등)ㆍ노무비(직접노무비 및 간접노무비)ㆍ경비를 합한 이른바 공사원가와 제세공과금을 그 구성요소로 하는 것인바, 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것인 이상, 위와 같은 공사원가와 제세공과금은 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것으로 볼 수 있는 경우에만 순공사비로서 개발비용에 해당한다고 할 것이다(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566 판결 참조).

(나) 도시간선시설비를 순공사비 항목으로 조정하여야 한다는 주장에 관한 판단

갑11, 12호증의 각 1 내지 7, 갑13호증의 1 내지 12, 을6호증의 각 기재에 의하면, 원고는 위 택지개발사업을 시행하면서 상수도공사비 2,095,708,000원, 하수도공사비 12,959,605,000원, 배전시설공사비 7,237,747,000원 등 도시간선시설비로 모두 22,293,060,000원을 지출한 사실, 피고는 이 중 상, 하수도공사비를 기타 경비에, 배전시설공사비를 공공시설 가액에 포함시켜 개발부담금을 산정한 사실이 인정된다.

한편 수도권정비계획법 제19조, 제20조의 규정에 의하면, 수도권 안에서 대규모개발사업을 시행하고자 하는 관계행정기관의 장은 대통령령이 정하는 광역적 기반시설의 설치계획을 수립하여야 하고, 광역적 기반시설의 설치비용은 수도권정비위원회의 심의를 거쳐 대규모개발사업을 시행하는 자에게 이를 부담시킬 수 있다고 규정하고 있고, 시행령 제25조 제1항은 광역적 기반시설은 대규모사업개발지구와 그 사업지구 밖의 지역을 연계하여 설치하는 다음 각 호의 시설을 말한다고 규정하면서, 1. 대규모개발사업지구와 주변 도시간의 교통시설, 2. 환경오염방지시설 및 폐기물처리시설, 3. 용수공급계획에 의한 용수공급시설, 4. 기타 광역적 정비가 필요한 시설 등을 규정하고 있다.

위와 같은 규정에 비추어 보면, 이 사건 택지개발사업과 같은 대규모개발사업에 있어서 광역기반설치의무는 사업시행자에게 있는 것이 아니라 관계행정기관에게 있는 것이고, 다만 관계행정기관은 그 시설설치에 필요한 비용을 사업자에게 부담시킬 수 있는 것에 불과한데, 따라서 이 사건에 있어서도 원고는 도시간선시설의 설치의무는 없고, 다만 위 법령의 규정에 따라 이 사건 화정지구 택지개발사업계획승인을 받을 당시 피고가 부담하여야 할 상, 하수도 및 배전시설 공사비를 원고가 부담한다는 조건에 따라(을11호증의 1 내지 을13호증), 원고가 상, 하수도 및 배전시설 공사비 등의 도시간선시설비를 지출한 것이므로, 이러한 비용은 법령의 규정이나 개발사업에 대한 인가의 조건 등에 의하여 국가, 지방자치단체에 납부한 금원 또는 관계법령의 규정 또는 인가 등의 조건의 의하여 납부의무자가 국가 또는 지방자치단체에 기부하는 공공시설 또는 토지 등의 가액으로서 법시행령 제10조 제1항 제5호 소정의 기타 경비 또는 제6호 소정의 비용에 해당한다고 할 것이다(대법원 1999. 11. 12. 선고 97누11850 판결 참조).

한편 이 사건 택지개발사업이 수도권지역의 주택난 해소를 위한 신도시 건설과 관련된 기반조성사업에 해당하고, 원고의 회계규정시행세칙(갑8호증) 제7조 별표 제1호 소정의 조성사업원가를 구성하는 조성비에 위 도시간선시설비 항목이 포함되어 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 곧 위와 같은 비용을 기타 경비가 아닌 순공사비에 해당한다고는 인정할 수 없으므로, 원고의 위 부분 주장은 이유 없다.

또한 이주단지 배전시설공사비가 당해 사업지구와 그 사업지구 밖의 지역을 연계하는 시설인 광역기반시설과는 관련이 없다고 하더라도 위 6호 소정의 비용에 해당함에는 아무런 장애가 없으며, 앞서 본 바와 같이 피고 스스로도 이를 위 6호 소정의 비용으로 인정한 바 있으므로, 위 공사비가 개발비용 자체에 포함되지 않는다는 취지의 피고의 주장도 이유 없다.

(다) 농어촌특별세를 순공사비로 인정하여야 한다는 주장에 관한 판단

원고는 정부투자기관으로서 조세감면규제법에 의하여 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 법인세 특별부가세의 50%가 감면되게 됨에 따라, 농어촌특별세법 제5조 제1항에 의거 그 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 3,903,712,074원이 부과ㆍ고지되어 이를 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

그런데 법 제12조는 부과개시시점 후 개발부담금의 부과 전에 토지 또는 사업의 양도 등으로 인하여 발생한 소득에 대하여 양도소득세 또는 특별부가세가 부과된 경우에는 2중 부담의 방지 차원에서 원래는 개발비용에 해당할 수 없는 위 양도소득세 또는 특별부가세에 대하여 법 제11조의 규정에 불구하고 당해 세액 중 부과개시시점부터 양도 등의 시점까지에 상당하는 세액을 법 제11조의 규정에 의한 개발비용에 계상할 수 있도록 규정하고 있는 점, 비록 위 농어촌특별세가 특별부가세와는 그 부과목적이 달리하고, 특별부가세의 경우와 같이 개발비용에 계상하도록 한 명문의 규정이 없기는 하나, 위 농어촌특별세는 위 택지의 분양에 대하여 부과되는 특별부가세의 일부 감면에 따라 그 감면세액을 과세표준으로 하여 부과되는 것이어서 그 자체가 위 택지분양과 직접적인 관련이 있는 점, 위 특별부가세는 위와 같이 순공사비로 인정되므로, 특별부가세가 면제되지 아니하는 경우 부과된 특별부가세 전체를 순공사비로 인정받을 수 있는 반면, 위 특별부가세가 면제되는 경우에 부과되는 농어촌특별세를 순공사비로 인정받지 못한다면 그 형평에 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 사업대상 토지의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 특별부가세의 50%를 감면받으면서 위 감면세액의 20%에 상당하는 농어촌특별세를 부과받아 이를 지출한 이상, 위 농어촌특별세는 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 제세공과금으로서 순공사비에 포함하여야 할 것이므로(대법원 2001. 11. 27. 선고 2001두2362 판결), 원고의 위 주장은 이유 있다.

(라) 종합토지세를 순공사비로 인정하여야 한다는 주장에 관한 판단

원고가 위 개발토지에 대하여 부과된 종합토지세 1,244,313,695원을 납부한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 종합토지세는 기본적으로 개발사업 유무에 관계없이 토지의 보유와 관련하여 매년 부과되는 재산세이므로, 원고가 이 사건 개발사업을 시행하면서 이 사건 토지에 대한 종합토지세를 납부하였다고 하더라도 이를 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 순공사비에 해당한다거나, 기타 경비에 해당한다고 할 수는 없고(위 98두15566 판결, 99두8923 판결 등 참조), 원고가 토지를 개발하는 과정에서 보유하게 된 기간은 개발사업에 필연적으로 수반되는 것으로서, 이로 인한 종합토지세는 개발사업을 직접적인 원인으로 하여 발생하는 것이고, 정부투자기관관리기본법 제20조에 의한 회계규정에서도 조성사업원가를 구성하는 것으로 규정되어 있다고 하더라도, 종합토지세를 개발비용에 해당하는 것이라고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

(마) 용지부대비를 순공사비로 인정하여야 한다는 주장에 관한 판단

1) 인정되는 사실

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑8호증, 갑19 내지 24호증의 각 기재, 변론의 전취지

① 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정시행세칙, 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고, 정부투자기관관리기본법 등 관계 법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.

② 원고의 회계규정시행세칙(갑8호증) 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.

제7조【계정과목】

규정 제14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로 분류하며 별표 제1호와 같다.

별표 제1호 제5절 제조원가명세서 과목 중

가. 조성사업

9100000관 조성사업원가

9110000항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)

9110100목 순용지비(토지취득비)

9110200목 보상비(지장물보상비, 손실보상비용 등)

9110300목 용지부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9110400목 종합토지세

9120000항 조성비

9120100목 도급공사비 : 부지조성공사비, 지급자재비, 가로등공사비, 전기전기공사비, 가스공사비, 조경공사비, 시설부담금, 기타 …

9120200목 조성조사설계비

9120300목 조성교육훈련비(IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)

9120400목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)

9120500목 확정측량비

9120600목 조성부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

제101조【예산편성 방법】

① 예산관리자는 정부투자기관관리기본법 제21조의 규정에 의거 경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.

제129조【원가의 구성요소와 구분】

① 원가의 구성요소는 직접비와 간접비로 구분한다.

② 직접비는 용지비, 조성비, 재개발보상비, 건축비로 한다.

③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비, 동ㆍ하계단련비, 학자금, 복지보험료 등)로 한다.

③ 원고는 1996년 실행예산편성지침에서 부대비 과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.

(ａ) 법정부대비

○지급수수료 : 감정평가수수료, 측량수수료, 법무사수수료, 기타 지급수수료, 용역수수료

○지급임차료 : 사무실 임차료(사업단, 사업소의 임대료 및 관리비)

○광고선전비 : 신문광고료(취득ㆍ개발의 법정 공고 또는 불가피한 신문공고료)

○등기소송비 : 등기수수료, 소송비용

○세금과 공과 : 원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성

(ｂ) 소모성부대비 : 일용잡급비(사무보조, 경비, 토지관리), 여비교통비(시내외 출장비, 현장체재비, 교통보조비), 통신비(사업소 비용 및 지사 공통비용), 전력수도료, 연료유지비, 소모품비, 피복비, 도서인쇄비, 지급임차료(차량임차료 등), 수선유지비, 차량비, 보험료, 지급수수료, 운반 및 보관료, 광고선전비, 등기소송비, 협회비, 협력비, 잡비.

(ｃ) 업무추진비 : 기획조정실에서 일괄 편성

④ 원고는 이 사건 개발사업 기간을 전후한 1990년부터 1995년까지 사이에 용지의 취득 또는 개발사업구역 안의 건물, 입목 등의 철거, 이전 등과 관련된 부대비용으로 합계 1,080,624,853원을 지출하였는데(원고는 이 중 1,008,321,793원만을 순공사비로 포함시킬 것을 주장하고 있다), 위 용지부대비의 항목별, 연도별 지출내역은 별지 제3 목록 기재와 같고, 용지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하여 증가하고 있다.

2) 판단

살피건대, 원고의 회계규정시행세칙 등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것이 아니므로 원고의 회계규정시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용항목이 외견상 순공사비 등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일ㆍ유사하다고 하더라도, 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연 법 제11조가 정하는 ‘개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용’인가 여부에 따라 판단하여야 할 것이며, 앞서 본 바와 같이 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 예정가격준칙상의 재료비(직접재료비 및 간접재료비 등)ㆍ노무비(직접노무비 및 간접노무비)ㆍ경비를 합한 이른바 공사원가 등을 그 구성요소로 하지만, 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것이어서, 위와 같은 세가지 항목의 공사원가라 하더라도 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것이라야 순공사비로서 개발비용에 해당될 수 있다고 할 것이다.

그런데 위 인정사실에 의하면, 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수는 없고, 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료, 광고선전비, 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 별지 제3 목록 기재와 같이 용지부대비의 약 60% 정도에 이르며, 이 사건 택지개발사업과 병행하여 사업지구내 토지를 취득하기 위한 순용지비가 계속하여 지출되었고, 대체로 그에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 보면, 비록 용지부대비가 정부투자기관관리기본법의 규정에 의하여 지출되는 비용이고, 택지조성원가구성비목에서도 직접비로서 원가에 포함되어 분양가격의 일부를 이룬다고 하더라도, 용지부대비는 사업시행 대상토지의 취득에 관련된 부수비용에 불과할 뿐이고, 당해 대상토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 개발비용에 해당하지 않는다고 할 것이므로(위 98두15566 판결, 2001두2362 판결 등 참조), 용지부대비를 개발비용으로 인정하여야 한다는 원고의 위 부분 주장도 이유 없다.

(바) 공공시설지원금을 기타경비로 인정하여야 한다는 주장에 관한 판단

갑14호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하면, 원고가 이 사건 택지개발사업을 시행하면서 공공시설물의 인계와 관련하여, 피고와의 협의 하에 시설물 유지관리비, 도로유지관리 관련 장비구입비 등 공공시설지원금으로 2,285,000,000원을 지출한 사실이 인정되나, 이러한 비용이 택지개발사업 토지의 편익을 증진시키기 위하여 지출된 비용이라고 할 수 없을 뿐만 아니라, 위 비용은 어디까지나 원고와 피고 사이의 합의에 의하여 원고가 임의로 위 비용을 부담하기로 한 데 따른 것으로서 법 제11조 제1항 제2호, 시행령 제10조 제1항 제5호 소정의 법령의 규정이나 개발사업의 인가의 조건 등에 의하여 국가 등에 납부한 부담금의 일종으로 볼 수는 없고, 위와 같은 해석한다고 하여 위 시행령의 규정이 상위법의 위임취지에 반하는 것이라고도 할 수 없으므로, 원고가 지출한 위 공공시설지원금을 개발비용으로 인정하여야 한다는 주장도 받아들일 수 없다.

(사) 일반관리비 증액부분

법시행령 제10조 제2항, 예산회계법시행령 제78조, 계약사무처리규칙 제8조, 예정가격준칙 제19조에 의하면, 개발비용에 포함되는 일반관리비는 일률적으로 순공사비 가액에 5/100를 곱하여 산정하도록 규정되어 있으므로, 앞서 인정한 바와 같이 원고가 지출한 농어촌특별세 3,903,712,074원을 순공사비로 산입하게 되면, 일반관리비는 별지 제2 목록의 ‘정당한 개발비용’란 중 일반관리비 항목의 기재와 같이 195,185,603원이 증액된 1,868,102,505원이 된다.

다. 부과종료시점의 지가

피고가 이 사건 부과종료시점지가를 산정함에 있어서 고양시 지도읍 화정리 885-5 토지의 처분가격이 58,458,960원임에도 불구하고, 85,458,960원으로 잘못 계산하여 그 차액인 27,000,000원을 과다하게 산정한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이를 공제하여 이 사건 토지의 부과종료시점지가를 계산하면 712,348,128,356원이 된다.

라. 정당한 개발부담금

이 사건 처분에는 이와 같이 이 사건 토지의 정상지가 상승분을 적게 인정하고, 농어촌특별세를 순공사비에서 제외하였으며, 부과종료시점의 지가를 과다하게 산정한 잘못이 있다고 할 것인데, 이를 시정하여 정당한 개발부담금을 계산하면, 이 사건 처분 당시 개발비용에서 제외되었던 농어촌특별세를 순공사비에 산입하면 순공사비는 37,362,050,120원이 되고, 이로 인한 일반관리비 증액분을 계산에 넣어 정당한 개발비용을 산정하면, 별지 제2 목록의 ‘정당한 개발비용’란 기재와 같이 합계 348,763,920,516원이 되며, 부과종료시점의 변경에 따른 정상지가 상승분은 126,087,218,859원이고, 한편 부과종료시점의 지가는 712,348,128,356원이 되므로, 이에 따라 개발이익을 산정하면 별지 제1 목록의 ‘정당한 부담금액’란 ⑤항의 ‘개발이익’ 항목과 같이 22,662,872,492원이 되고, 따라서 원고가 부담하여야 할 정당한 개발부담금은 같은 목록 ⑥항의 ‘개발부담금’ 항목과 같이 5,665,718,123원이 된다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 5,665,718,123원을 초과하는 부분은 위법하다 할 것이므로, 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.