특별부가세 부과처분이 국세심판소의 결정 및 이에 따른 피고의 감액경정처분으로 취소되어 결국 피고의 법인세 및 특별부가세 합산 부과처분 중 법인세 부분만 남게 되었다 하여 피고가 당초의 납세고지서상 법인세와 특별부가세의 세목과 과세표준 및 세율 등 각 세액산출근거를 별도로 기재하지 아니한 채 고지한 하자가 소급하여 치유된 것으로 볼 수는 없다.

1. 이 사건 처분의 경위

아래 인정사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3 내지 7호증, 갑 제9 내지 12호증, 갑 제35호증의 1, 2, 을 제1호증의 1, 2, 을 제2호증의 1 내지 3, 을 제3 내지 7호증, 을 제 10호증의 1 내지 12, 을 제11호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면 이를 인정할 수 있고, 달리 위 인정을 뒤집을 증거가 없다.

가. 건물의 신축과 처분 경위

(1) 원고는 부동산임대업 등을 목적으로 하는 법인으로서, 서울

은평구 구산동 25-53 외 1필지 대지 673.8㎡(이하 이 사건 대지라 한다)와 그 지상 구건물 456.92㎡를 소유하면서 부동산임대업을 하던 중, 1991. 11. 29. 구건물을 헐고 위 대지상에 지하 2층, 지상 7층의 신건물(이하 이 사건 신건물이라 한다)을 세우기 위해

청하건설 주식회사(이하

청하건설이라고 한다)에게 이 사건 신건물의 신축공사를 1,530,000,000원(부가가치세 별도)에 도급주었다.

(2)

청하건설은 1992. 1. 17. 위 신축공사를 시작하였는데 위 공사 도중 원고와 공사대금의 지급방법을 둘러싸고 분쟁이 발생하자 1992. 9. 8. 공사를 중단하였고, 원고는

청하건설이 1993. 2.경 원고를 상대로

서울민사지방법원 93가합44123호로 위 신축공사의 공사대금 청구소송을 제기하자 위 도급계약을 해지한 다음, 1993. 4. 19.

덕화공영 주식회사(이하

덕화공영이라고 한다)와 사이에 도급금액을 1,350,000,000원으로 한 도급계약을 체결하여 위 신축공사를 계속하게 하였다.

(3) 이 사건 신건물은 1995. 2. 2. 준공되었는데, 원고는 그 전인 1994. 5. 10. 이 사건 대지 및 공사중인 신건물을 최청곡 등 4인에게 대금 1,530,000,000원에 양도하였다.

(4) 한편, 원고는 1994. 4. 6.

덕화공영과 사이에 ‘

덕화공영이 위 공사를 포기하는 조건으로 총공사비로 합계 640,000,000원을 지급받기로 하되, 이미 지급받은 90,000,000원을 제외한 잔액은 원고가 이 사건 대지 및 신건물의 매매계약 체결시 100,000,000원을, 위 신건물 준공 후 120,000,000원과 330,000,000원을 각 지급받는 방법으로 정산한다(특히 위 100,000,000원을 지급받음으로써 위 합의가 효력을 발생하고, 위 330,000,000원을 지급하지 못할 때에는 1층 점포 33평을 대물변제받는다)’고 합의하였다.

나. 피고의 부과처분

(1) 피고는 원고가 1994 사업연도(1994. 1. 1.부터 12. 31.까지) 법인세 신고시 이 사건 대지 및 신건물의 양도대금 1,530,000,000원을 법인소득금액으로 신고하지 않은 것을 적출하였다.

(2) 피고는 이에, 1997. 2. 15.

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제1항 내지

제3항,

구 법인세법시행령(1994. 12. 31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항에 의하여 위 양도대금을 전액 익금에 산입하고, 이 사건 대지의 취득가액 174,556,067원과 ‘신건물의 신축과 관련된 건설가계정 1,305,000,000원 중 공사비 285,000,000원’만을 손금에 산입한 다음, 위 대지와 이 사건 신건물의 양도를 특별부가세 과세대상으로 판단하여, 원고에 대하여 별지 세액계산표 ‘당초결정’란 기재와 같이 1994 사업연도 법인세 449,494,990원(실제는 이에 특별부가세 333,822,770원을 더한 783,317,760원을 합산하여 부과하였다) 및 농어촌특별세 12,460,150원을 부과처분하였다.

(3) 한편, 피고는 같은 날 ‘위와 같이 익금에 산입된 위 양도대금이 모두 사외유출되어 당시 원고의 대표이사인

김재성에게 귀속되었다’는 전제 아래, 원고에게

구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제142조 제1항,

제143조의 규정에 의한 소득세 원천징수의무가 있다는 이유로

같은 법 제21조 제1항 제1호 (가)목에 의하여 1994년 갑종근로소득세 677,216,000원을 부과처분하였다.

다. 원고의 국세심판 제기와 피고의 처분변경

(1) 원고는 피고의 위 각 처분에 대하여 다음과 같은 이유를 들어 국세심판소에 국세심판을 제기하였다.

㈎ 이 사건 신건물 신축공사와 관련된 건설가계정 1,305,000,000원 중 피고가 인정한 공사비 285,000,000원 이외에도 구건물 철거보상금 1,020,000,000원을 손금에 산입하여야 하고, 원고가

청하건설에 지급한 신축공사비 361,161,000원,

덕화공영에 지급한 나머지 공사비 355,000,000원(정산합의금 640,000,000원 - 손금인정 공사비 285,000,000원), 인근주민에 대한 피해보상금 21,200,000원을 추가로 손금에 산입하여야 한다.

㈏ 이 사건 신건물은 양도될 당시에는 거의 완성된 상태였고 그 중 주택의 면적이 상가의 면적보다 큰 경우이므로,

구 법인세법시행령 제124조의3에 의하여 특별부가세의 과세대상에 해당하지 않는다.

㈐ 익금에 산입한 위 양도대금 1,530,000,000원은 사외유출되어 당시 원고의 대표이사인

김재성에게 귀속되지 않았으므로 이를 전제로 한 피고의 위 갑종근로소득세 부과처분은 위법하다.

(2) 이에 대하여 국세심판소는 1999. 5. 31. 피고의 원고에 대한 1994 사업연도 법인세와 특별부가세 및 농어촌특별세 부과처분과 관련하여 법인소득금액을 계산함에 있어서 공사비 541,931,210원을 추가로 손금에 산입하고, 위 대지 및 이 사건 신건물의 양도는 특별부가세 과세대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하며, 1994년도 귀속 갑종근로소득세의 징수처분은 그 근로소득금액에서 915,000,000원을 차감하여 과세표준과 세액을 경정하라는 내용의 결정을 하였는데, 그 사유는 아래와 같다.

㈎ 원고가 주장하는 구건물 철거보상비와 인근주민에 대한 피해보상금 등은 이를 인정하기 어렵고, 원고가

청하건설에 지급한 공사비 321,931,210원 및

덕화공영에 지급한 공사비 220,000,000원(앞서 본 정산합의금 640,000,000원을 기준으로 하면,

덕화공영에 지급한 공사비는 이미 인정된 285,000,000원과의 합계액 505,000,000원이 인정되는 셈이다)이 각 인정되므로, 위 각 공사비 합계 541,931,210원을 추가로 손금에 산입하여야 한다.

㈏ 이 사건 신건물은 양도될 당시 지붕, 기둥, 벽 등이 형성되었을 뿐만 아니라 내장공사 등도 상당히 진행되어 마무리 공사만 남은 상태였던 것으로 인정되어 건축물로 볼 수 있고, 또한 주택 면적이 주택 외의 면적보다 큰 것으로 확인되므로,

구 법인세법시행령 제124조의3 제5항에 의하여 위 신건물의 양도는 특별부가세의 과세대상이 아니다.

㈐ 이 사건 대지 및 신건물의 양도대금 1,530,000,000원 중 915,000,000원은 그 매수인인 최청곡 등이 원고에게 직접 지급한 것이 아니라 원고의 차입금 500,000,000원 및 공사대금 415,000,000원의 합계액 915,000,000원의 반환채무를 대위변제한 것이므로, 위 915,000,000원은 사외유출되어 당시 원고의 대표이사인

김재성에게 귀속되었다고 볼 수 없다.

(3) 피고는 국세심판소의 위 결정에 따라, 특별부가세를 제외한 법인세는 별지 세액계산표 ‘경정결정’란 기재와 같이 211,472,630원으로, 농어촌특별세는 537,660원으로, 갑종근로소득세는 265,466,000원으로 각각 감액경정하였다(이하 처분일을 1997. 2. 15.로 하고 세액을 위와 같이 감액된 금액으로 하는 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 처분 중 원고가 그동안 주장해 온 아래와 같은 사유 및 금액을 반영하지 않은 부분(국세심판절차에서 인정되지 않은 부분)은 위법하다.

㈎ 법인세와 농어촌특별세에 대하여는, 구건물 철거보상금 1,020,000,000원,

청하건설에게 지급한 공사비 39,229,790원(361,161,000원 - 321,931,210원),

덕화공영에게 지급한 공사비 135,000,000원(355,000,000원 - 220,000,000원), 인근주민에 대한 피해보상금 21,200,000원 등은 각 추가로 손금으로 산입되어야 한다.

㈏ 갑종근로소득세에 대하여는, 이 사건 대지 및 신건물 양도대금 중 나머지 615,000,000원(1,530,000,000원 - 915,000,000원)이 사외유출되어

김재성에게 귀속된 일이 없고, 가사 위 금원이

김재성에게 귀속되었다 하더라도 이는 원고가 발행한 주식 매도대금으로서 실질적으로

김재성에게 귀속되어야 할 금원일 뿐 원고에게 귀속될 금원이 아니므로, 원고에게 당연히 귀속되어야 할 위 금원이 사외유출되어

김재성에게 귀속되었음을 전제로 한 피고의 이 사건 갑종근로소득세 부과처분은 위법할 뿐만 아니라, 피고는 원고에 대하여 위 근로소득세 부과처분에 앞서 소득금액변동통지를 한 바도 없으므로 원천납세의무자인

김재성에게 소득세법에 의한 지급의제가 있다고도 볼 수 없으므로, 결국 위 갑종근로소득세 부과처분은 어느 모로 보나 위법하다.

(2) 또한, 피고의 이 사건 각 처분은 아래와 같은 납세고지서 고지절차의 하자가 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

㈎ 법인세와 농어촌특별세에 대하여는, 법인세와 특별부가세는 그 과세표준과 세율이 서로 다르므로 피고로서는 원고에 대하여 이 사건 각 부과처분을 위한 납세고지를 함에 있어서는 그 납세고지서에 위 각 과세객체별로 세목과 과세표준 및 세율 등 그 각 세액의 산출근거를 별도로 기재하였어야 함에도 불구하고, 당초의 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 산출세액을 따로이 구분하지 아니한 채 합산하여 기재한 후 이에 농어촌특별세를 추가로 기재하여 고지하였을 뿐만 아니라 납세고지서에 그 각 세율도 정당하게 기재하지 아니하였으므로, 위 부과처분은 위법하다.

㈏ 갑종근로소득세에 대하여는, 피고는 원고에 대한 위 부과처분을 위한 납세고지를 함에 있어서는 납세고지서에 과세연도와 세목, 세액 및 그 산출근거를 명시하여야 함에도 불구하고 세율의 기재를 누락하고 고지하였을 뿐만 아니라, 원고가 원천징수의무를 부담하는 근로소득세의 원천납부의무자가 누구인지, 몇 명인지조차 기재를 하지 아니한 채 고지하였으므로, 위 부과처분 역시 위법하다.

나. 판 단

먼저, 원고의 다른 주장에 앞서서 이 사건 각 부과처분에 관한 납세고지절차의 하자 및 소득금액변동통지의 누락 주장에 대하여 본다.

(1)

국세징수법 제9조,

구 법인세법 제37조,

제59조의5,

구 법인세법시행령 제99조 등은 세무서장이 국세를 징수하고자 할 때는 납세자에게 그 국세의 과세연도, 세목, 세액 및 그 산출근거, 납부기한과 납부장소 등을 명시할 것을 규정하고 있는바, 위 각 규정은 단순한 세무행정상의 편의를 위한 훈시규정이 아니라, 헌법과 국세기본법에 규정된 조세법률주의의 원칙에 따라 과세관청의 자의를 배제하고 신중하고도 합리적인 과세처분을 하게 함으로써 조세행정의 공정을 기함과 아울러 납세의무자에게 부과처분의 내용을 자세히 알려주어 이에 대한 불복여부의 결정과 불복신청의 편의를 주려는데 그 근본취지가 있으므로, 이 규정들은 강행규정으로 보아야 하고, 따라서 납세고지서에 세액산출근거 등의 기재사항이 누락되었거나 과세표준과 세액의 계산명세서가 첨부되지 않았다면 적법한 납세의 고지라고 볼 수 없을 것이다(

대법원 1989. 11. 10. 선고 88누7996 판결등 참조).

또한, 사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이므로 사업연도 소득에 대한 법인세부과처분과 토지 등 양도에 대한 특별부가세부과처분은 별개의 과세처분이라 할 것이어서, 법인의 부동산 양도소득에 대하여 법인세와 특별부가세를 부과, 고지할 경우 납세고지서에는 그 세목과 과세표준 및 세율 등의 세액산출근거를 별도로 기재하여 고지하여야 하는 것이다(

대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두1543 판결,

대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결 참조).

(2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제50호증, 갑 제51호증, 을 제25호증의 1의 각 기재에 변론의 전취지를 더하여 보면, 피고는 당초 원고에 대하여 법인세 및 특별부가세, 농어촌특별세의 부과처분을 1개의 납세고지서로 고지하면서, 그 납세고지서에 법인세와 특별부가세는 그 각 산출세액을 합산하여 일괄 기재하는 등 세액과 과세표준을 세목별로 구분하여 별도로 기재하지 아니하였고, 그 세율도 법인세의 세율(32%)만을 기재한 다음, 이에 단지 농어촌특별세 산출세액을 추가로 기재하여 고지한 사실, 피고는 또한, 원고에 대하여 위 갑종근로소득세를 부과함에 있어서도 그 납세고지서에 원고의 원천징수의무 대상인 원천납세의무자가 누구인지를 기재하지 않고 단순히 원고에게 부과되는 근로소득세 총액만을 기재하였고 그 세율을 제대로 기재하지 않은 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 피고의 원고에 대한 위 각 부과처분 중, 법인세와 특별부가세 및 농어촌특별세 부과처분은 그 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 과세표준과 세율 등 그 각 세목별 세액산출근거를 별도로 기재하여 고지하지 아니한 하자가 있고, 근로소득세 부과처분은 그 납세고지서에 원천징수의 대상이 되는 근로소득세의 원천납세의무자 및 세율을 기재하지 아니하고 고지한 하자가 있으므로, 피고의 원고에 대한 위 각 세금의 부과처분을 위한 각 납세고지는 모두 적법한 납세고지라고 볼 수 없다.

한편,

구 소득세법 제150조 제4항은 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 대통령령이 정하는 날에 지급하는 것으로 본다고 규정하고 있고,

구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다) 제198조 제1항은 ‘

법 제150조 제4항에 규정하는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 갱정하는 세무서장이 그 결정 또는 갱정일로부터 15일 내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다’고 규정하고 있으며, 그

제2항은 ‘

제1항의 상여는 당해 법인이 동항의 통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 본다’고 규정하고 있으므로, 위 각 규정에 의하면 법인세법의 규정에 따라 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 소득금액은 당해 법인이 소득금액변경통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되어 있는바, 피고가 원고에 대하여 위 갑종근로소득세를 부과함에 있어서

구 소득세법시행령 제198조 제1항에 의한 소득금액변동통지를 하였음을 인정할 아무런 증거가 없는 이 사건에 있어서 원고에게 그 대표자인

김재성에 대한 인정상여처분에 의한 원천징수의무가 성립하였다고 볼 수도 없으므로, 피고의 위 갑종근로소득세 부과처분은 이 점에서도 위법하다고 할 것이다.

(3) 피고는 이에 대하여, 원고가 이 사건 처분 전인 1996. 9. 6. 피고로부터 이 사건 처분에 관하여 결정전통지를 받고 같은 달 20. 피고에게 과세적부심사청구를 하였을 뿐만 아니라, 당초의 부과처분에 대하여 그 각 세액의 산출내역에 관하여 충분히 인지하고 있었으므로 위 부과처분에 대한 징수유예신청, 심사청구와 심판청구의 제기 등 불복신청에 전혀 지장을 받지 않았고, 과세전적부심사청구 당시 익금산입에 대한 소득처분의 귀속자가 원고의 전대표이사인

김재성인 사실을 적극적으로 주장하여 피고로부터 그 내용이 반영된 과세전적부심사결정을 통지받음으로써 원천납세의무자가

김재성인 사실을 이 사건 처분 전에 이미 알고 있었으며, 법인세의 세율은 32%이고 특별부가세의 세율은 25%로서 같은 세율이 아닌 데다가 특별부가세는 세목코드도 별도로 분류되어 있지 않으며 법인세에 합산되어 고지되므로 납세고지서에는 특별부가세를 별도로 기재할 수 없는 등의 부득이한 사정이 있었는바, 위와 같은 제반사정에 비추어 보면 피고의 위 각 부과처분을 위한 납세고지서에 원고의 주장과 같은 일부 필요적 기재사항이 누락된 하자가 있다고 하더라도 그와 같은 하자는 원고의 불복신청에 아무런 장애가 되지 않았거나 모두 치유되었다는 취지로 주장한다.

살피건대, 앞서 본 바와 같은 납세고지절차의 하자는 납세의무자가 그 나름대로 산출근거를 알고 있다거나 사실상 이를 알고서 쟁송에 이르렀다 하더라도 치유되지 않는다고 할 것인바(19

대법원 85. 2. 26. 선고 83누629 판결 등 참조), 피고가 이 사건 처분 전인 1996. 9. 6. 원고에게 결정전통지를 하면서 그 결정통지서에 법인세와 특별부가세, 근로소득세 등의 각 세목과 과세표준 및 세율 등의 세액산출근거를 구분하여 별도로 기재하는 등으로 위 납세고지서에서 누락된 필요적 기재사항이 제대로 기재되어 있어 원고가 위 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없는 이 사건에 있어서(이 부분에 대한 입증책임은 피고에게 있다고 할 것이다), 원고가 나름대로 위 법인세 및 특별부가세, 근로소득세 등의 산출근거를 알고 위 부과처분을 전후하여 과세적부심사청구, 징수유예신청, 심사청구와 심판청구 등을 제기하였거나 그 각 불복절차를 거치는 과정에서 누락된 세액산출근거 등을 비로소 알게 되었다고 하여 납세고지절차상의 위와 같은 하자가 치유된다고는 할 수 없을 뿐더러, 세목별 코드의 미분류 등의 사유로 납세고지서에 특별부가세를 따로이 기재할 수 없었다는 점은 그 위법을 정당화할 만한 사정이 되지 못한다고 할 것이므로, 피고의 위 각 주장은 모두 이유 없다.

(4) 피고는 또한, 국세심판소가 1999. 5. 31. 이 사건 대지 및 신건물의 양도에 대하여 이를 특별부가세 과세대상에서 제외하여 그 과세표준과 세액을 경정하라는 결정을 하였고, 피고가 국세심판소의 위 결정에 따라 1999. 6. 8. 법인세 173,417,987원 및 특별부가세 333,822,771원 합계 507,140,758원을 감액경정하였다가, 1999. 6. 16. 가산세를 재계산하여 법인세 64,404,376원을 추가로 감액경정하였는바, 이로써 피고가 한 당초의 법인세 및 특별부가세 합산 부과처분 중 특별부가세 부과처분이 모두 취소되고 결국 법인세 부분만 남게 되었으므로 납세고지서의 그 각 산출세액 일괄기재 등으로 인한 하자는 치유된 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 위 특별부가세 부과처분이 국세심판소의 위 결정 및 이에 따른 피고의 감액경정처분으로 취소되어 결국 피고의 법인세 및 특별부가세 합산 부과처분 중 법인세 부분만 남게 되었다 하여 피고가 당초의 납세고지서상 법인세와 특별부가세의 세목과 과세표준 및 세율 등 각 세액산출근거를 별도로 기재하지 아니한 채 고지한 하자가 소급하여 치유된 것으로 볼 수는 없다고 할 것이므로, 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 피고의 원고에 대한 이 사건 이 사건 처분은 위법하여 이를 모두 취소하여야 할 것이므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 변경하고, 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.