각 토지의 실제 매입가액이 납세자의 위 주장과 같이 합계 487,387,928원임을 인정하기에 부족하고, 달리 위 각 기부채납토지의 실제 매입가액을 인정할 만한 증거가 없으므로, 처분은 적법하다.
1. 처분의 경위
가. 원고는 2003. 10. 2. 피고로부터 인천 서구
원당동(이하 ‘원당동’이라 한다) 442-5(변경 전 원당동 산 65-3) 임야, 442-6(변경 전 원당동 산 65-4) 임야 중 합계 대지면적 3,970㎡ 지상에 창고시설을 신축하기 위한 건축허가(이하 ‘이 사건 건축허가’라고 한다)를 받았다.
나. 원고는 2006. 8. 24. 피고로부터 이 사건 건축허가의 허가사항 중 용도를 창고시설에서 위험물저장 및 처리시설(주유소, 액화석유가스충전소)로 변경하고, 대지면적을 3,970㎡에서 3,882㎡(
원당동 442-5 토지중 3,798㎡,
원당동 442-6 토지 중 84㎡의 합계 면적)로 축소하며, 그 밖에 설계를 변경하는 내용의 건축변경허가(이하 ‘이 사건 변경허가’라고 한다)를 받았다.
다. 그 후 원고는 위험물저장 및 처리시설을 신축한 다음, 2007. 3. 16. 위 건축물에 대하여 사용승인을 받고, 2007. 3. 21. 위 건축물 대지의 지목을 임야에서 대지로 변경하였다.
라. 피고는 이 사건 개발사업이
구 개발이익환수에관한법률(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법‘이라 한다) 제5조 제1항 제10호 소정의 ’지목변경이 수반되는 사업‘에 해당한다는 이유로 2007. 8. 17. 원고에 대하여 이 사건 건축허가일인 2003. 10. 2.을 부과개시시점으로, 건축물사용승인일인 2007. 3. 16.을 부과종료시점으로 하여 산정한 개발부담금 444,045,190원을 부과하는 처분을 하였다가, 정상지가상승분 적용시 오류가 있음을 이유로 2008. 3. 17. 개발부담금을 435,735,150원으로 정정하여 부과하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1 내지 7, 9 내지 11호증의 각 기재
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
(1) 부과개시시점의 위법
이 사건 개발사업에 대한 개발부담금의 부과개시시점은 ‘지목변경이 수반되는 개발사업의 인가 등을 받은 날’이므로, 창고시설로 건축허가를 받은 2003. 10. 2.이 아니라 지목변경이 수반되는 위험물저장 및 처리시설(주유소 및 액화석유가스충전소)로 용도변경 허가를 받은 2006. 8. 24. 또는 주유소 및 액화석유가스충전소의 사용승인을 받은 2007. 3. 16.을 부과개시시점으로 보아야 할 것인데, 피고가 창고시설로 건축허가를 받은 2003. 10. 2.을 부과개시시점으로 정하여 개발부담금을 산정한 것은 위법하다.
(2) 개발비용(기부채납토지 가액) 산정의 위법
피고는 원고가 위 주유소 및 액화석유가스충전소 사업을 진행하면서 이 사건 변경허가 조건에 따라 피고에게 진입도로로 기부채납한
원당동 395-5, 442-8, 442-9 토지의 매익가액을 개발비용으로 인정함에 있어 공시지가를 기준으로 산정하였으나, 기부채납토지의 가액도 실제 매입가액이 인정되는 경우에는 실제 매입가액을 기준으로 산정하여야 한다. 따라서 원고가 위 기부채납한 토지들의 매입가액으로 합계 487,387,928원을 지출하였음이 인정됨에도 불구하고 공시지가를 기준으로 위 기부채납토지의 가액을 산정하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 판단
(1) 부과개시시점의 위법 여부
법 제5조 제1항 제10호는 개발부담금 부과대상이 되는 개발사업의 하나로 ‘지목변경이 수반되는 사업으로서 대통령령이 정하는 사업’을 들고 있고,
법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20722호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 [별표1]의
제9호는 지목변경이 수반되는 개발사업으로 ‘건설교통부령으로 정하는 건축물의 건축으로 사실상 또는 공부상의 지목변경이 수반되는 사업’을 규정하고 있으며, 법 시행규칙(2007. 12. 13. 건설교통부령 제594호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조의2 [별표2] 제1호는 법 시행령 [별표1] 제9호의 ‘건설교통부령이 정하는 건축물’로 건축법 시행령 [별표1]에 따른 건축물인 창고시설(다목), 위험물저장 및 처리시설(라목) 등을 규정하고 있다.
한편,
건축법 제16조,
제22조,
제79조,
제110조 제2호 등에 의하면, 건축허가를 받은 자는 그 허가 신청시 제출한 설계도서 등에 따라 허가된 대로 시공하여야 할 것이고, 설계도서대로 시공하지 못할 사정이 있을 경우에는 사전 변경허가 등을 받아야 할 것이며, 사전 변경허가 등을 받지 아니한 채 설계도서 등과 다른 시공을 하게 되면 이는 형사처벌의 대상이 될 뿐만 아니라 허가관청으로서는 그 위법 시설물이나 건축물의 철거 등을 명할 수 있고, 건축허가에 있어서의 설계변경허가는 사용승인 전에 원래의 허가사항이나 설계도서대로 시공하지 못할 사유가 발생한 경우에 그로 인한 위법상태를 방지 또는 시정하기 위하여 거치는 절차로서 종전의 건축허가의 변경에 해당하는 것일 뿐, 원래의 허가가 실효되는 등의 특별한 사정이 없는 한 개발부담금 부과대상이 되는 새로운 건축허가에 해당하는 것이 아니라 할 것이다(
대법원 1998. 5. 26. 선고 96누17103 판결참조).
또한,
법 제9조 제1항 제3호,
법 시행령 제6조의2 제3항의 규정을 종합해 보면, 부과개시시점은 원칙적으로 사업시행자가 국가 또는
지방자치단체로부터 개발사업의 인가 등을 받은 날이고, 다만 인가 등의 변경으로 부과대상토지의 면적이 변경된 경우에도 부과대상토지에 새로이 편입된 토지에 대하여만 인가 등의 변경일 등을 기준으로 할 것이며, 인가 등의 변경이 있더라도 당초부터 인가 등의 대상토지에 포함되어 있던 토지의 경우에는 인가 등의 변경일이 아니라 여전히 최초로 인가 등을 받은 날이 부과개시시점이 된다고 할 것이다.
위와 같은 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 규정 내용에 의하면 창고시설을 건축하기 위한 용도로 토지를 개발하는 사업이나 위험물저장 및 처리시설을 건축하기 위한 용도로 토지를 개발하는 사업 모두 지목변경이 수반되는 개발사업에 해당하고, 따라서 이 사건 개발사업의 경우 이 사건 건축허가의 변경으로 건축물의 용도가 창고시설에서 위험물저장 및 저장시설로 변경되고 이 사건 건축허가의 대지 면적이 축소되었을 뿐이므로 이 사건 변경허가로 인하여 새로이 지목변경이 수반되는 개발사업으로 되었다고 볼 수는 없으며, 또한 새로이 부과대상토지에 편입된 토지도 없으므로, 이 사건 개발부담금의 부과개시시점은
법 제9조 제1항본문의 규정에 따라 당초 창고시설을 신축하기 위한 건축허가를 받은 2003. 10. 2.로 봄이 타당하다고 할 것이다.
따라서 이와 다른 전제에서 부과개시시점이 위법하다는 원고의 주장은 이유 없다.
(2) 개발비용(기부채납토지 가액) 산정의 위법 여부
원고는, 기부채납토지의 실제 매입가액이 인정되는 경우에는 공시지가가 아닌 실제 매입가액으로 개발비용을 인정하여야 한다고 주장하면서, 원고가 ① 2005. 12. 12.
이정수에게 60,000,000원을 지급하고 동인으로부터
원당동 395-5 토지 15㎡에 관한 토지사용승락을 받았다가 위 토지를 피고에게 기부채납하는 조건으로 30,000,000원을 추가 지급함으로써 결국 90,000,000원에 위 토지를 매수하여 기부채납한 것이고, ② 2005. 12. 12.
문용규로부터
원당동 442-9토지 중 117㎡를 324,000,000원에 매수하여 분할한 뒤 기부채납하였으며, ③ 2005. 9. 1.
이재순으로부터 매수한
원당동 442-6 토지 중 86㎡를 분할(원당동 442-8)하여 기부채납한 것인데 그 매입가액은 73,387,928원 상당이므로, 피고에게 기부채납한 위 토지들의 가액은 위 실제 매입가액으로 인정되어야 한다는 것이다.
살피건대, 갑 제15호증의 1 내지 3, 갑 제21호증의 1 내지 3, 갑 제23호증의 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 개발사업 진행과정에서 이 사건 변경허가 조건에 따라
이정수로부터
원당동 395-5토지 15㎡를,
문용규로부터
원당동 442-9 토지 177㎡를,
이재순으로부터
원당동 442-6 토지 중 86㎡(원당동 442-8 토지)를 각 매수하여 피고에게 위 각 토지를 진입도로로 기부채납한 사실은 인정되나, 나아가 갑 제12 내지 14호증, 갑 제20, 22, 24호증의 각 기재만으로는 위 각 토지의 실제 매입가액이 원고의 위 주장과 같이 합계 487,387,928원임을 인정하기에 부족하고, 달리 위 각 기부채납토지의 실제 매입가액을 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 나머지 점에 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
3. 결론
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.