각 부동산을 취득하게 되었다 하더라도 그 과정에서 과세관청인 과세관청이 취득세 등의 비과세에 관하여 공적인 견해를 표명하였다는 점에 관하여 납세자의 주장․입증이 없는 이상, 처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 정당하지 않으므로, 처분은 적법하다.
1. 처분의 경위
가. 원고는 간호 및 실업에 관한 전문교육 및 중등교육을 실시함을 목적으로 설립된 학교법인으로,
가천의과학대학교(이하 ‘
가천길대학’이라 한다) 등을 설치ㆍ경영하고 있다.
나. 원고는 2006. 6. 1.
가천길대학의 학교부지이던 인천
남동구 간석동 58-9 학교용지 331.3㎡ 외 7필지의 토지 및 그 지상 건축물(이하 ‘종전 학교부지’라고 한다)과 교환으로 인천
남동구 1141-26 대 592.2㎡, 같은 동 1200-1 대 1,692.7㎡ 및 위 대지 지상 건물(이하 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 취득하였고, 2006. 6. 12. 이 사건 각 부동산이 원고가 수행하는 교육사업에 사용하기 위한 것이라고 하여
지방세법 제107조 제1호,
제127조 제1항 제1호 등에 의한 비과세신청을 하여 취득세와 등록세 등을 비과세받았다.
다. 그런데 원고가 2007. 8. 7. 이 사건 각 부동산을 매각하였고, 이에 피고는
지방세법 제107조 단서 및
제127조 제1항 단서에서 정한 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에 해당한다는 이유로, 원고에 대하여 2008. 1. 11. 이 사건 각 부동산 중 인천
남동구 간석동 1141-26 대지의 취득ㆍ등기에 대하여 취득세 28,279,630원, 등록세 28,464,650원, 농어촌특별세 2,827,950원, 지방교육세 5,236,100원을 부과하는 처분을 하고, 2008. 5. 13. 이 사건 각 부동산 중 인천
남동구 간석동 1200-1 대지 및 그 지상 건물의 취득ㆍ등기에 대하여 취득세 177,230,330원, 등록세 181,110,350원, 농어촌특별세 15,807,450원, 지방교육세 33,347,980을 부과하는 처분을 하였다(위 각 처분을 이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 14, 16, 17호증, 을 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고가 경영하는
가천길대학은 2004. 8.경 종전 학교부지에서 인천
남동구 간석동 1200-1일원으로 이전하였는데, 이와 관련하여 원고는 2002. 12. 16. 관할청으로부터 종전 학교부지의 매각대금 전액을 이전사업비로 집행하여야 한다는 조건으로 이전사업계획 변경 승인을 받았다. 원고는 위 조건을 이행하기 위하여 종전 학교부지를 매각하려 하였으나 종전 학교부지를 관통하는 인천광역시 소유의
간석동 70 학교용지에 관한 소유권을 인천광역시의 매각거부로 취득하지 못하여 종전 학교부지의 매각에 어려움을 겪게 되었다. 그리하여 원고는 인천광역시가 소유하고 있던 이 사건 각 부동산을 종전 학교부지와 교환으로 취득한 후 다시 처분하여 그 대금을 이전사업비로 집행할 목적으로 인천광역시로부터 이 사건 각 부동산을 교환취득하게 되었고, 원고는 교육용 기본재산에 해당하는 종전 학교부지를 위와 같이 교환처분하기 위하여 관할청으로부터 교육용 기본재산 용도변경 및 교환허가를 받았는데, 위 허가에는 ‘교환취득하게 되는 이 사건 각 부동산을 매도하여 그 대금을 교비회계로 입금할 것’이라는 조건이 있었고, 이에 따라 원고는 관할청의 매각허가를 받아 이 사건 각 부동산을 매각하여 그 매각대금을 교비회계로 전출하였다.
위와 같은 이 사건 각 부동산의 교환ㆍ취득경위, 매각의 경위, 매각대금의 사용처 등의 제반사정을 종합하여 보면, ①원고가 경영하는
가천길대학의 이전사업비의 충당 내지 교비회계로의 전출을 위하여 이 사건 각 부동산을 매각한 것은 그 자체로 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 것에 해당하고, ②설령 이에 해당하지 않는다 하더라도 이 사건 각 부동산을 취득한 후 직접 사용하지 않고 매각한 데에는 정당한 사유가 있다 할 것이며, ③한편 이 사건 각 부동산의 교환취득, 매각은 피고의 상급기관인 인천광역시의 행정과오로 인하여 발생한 결과이므로 이 사건 각 처분은 신의칙에 반하여 위법하다.
나. 관계 법령
■ 지방세법
제107조 (용도구분에 의한 비과세)
다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득
제127조 (용도구분에 의한 비과세)
① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기
제260조의2 (납세의무자)
지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세[국가, 지방자치단체 및 「초·중등교육법」에 따라 학교를 경영하는 학교법인(목적사업에 직접 사용하는 자동차에 한정한다)을 제외한다] 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.
■ 지방세법 시행령
제79조 (비영리사업자의 범위)
① 법 제107조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체
제94조 (비영리사업자의 범위)
① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.
■ 농어촌특별세법
제3조(납세의무자)
다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.
5. 지방세법에 의한 취득세 또는 경주ㆍ마권세의 납세의무자
다. 판 단
(1)
지방세법 제107조 제1호,
제127조 제1항 제1호,
지방세법 시행령 제79조 제1항 제2호,
제94조 제1항에 의하면, 교육사업을 목적으로 고등교육법에 따른 학교 등을 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하고, 다만 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 취득 부동산의 전부 또는 일부를 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과하도록 되어 있고,
지방세법 제260조의2,
농어촌특별세법 제3조 제5호에 의하면, 지방세법에 의한 등록세 납세의무자는 지방교육세를, 취득세 납세의무자는 농어촌특별세를 각 납부할 의무를 지도록 되어 있다.
(2) 먼저, 원고가 이 사건 각 부동산을 매각하여 그 대금을 학교부지의 이전사업비로 사용한 것이 원고의 고유 목적사업에 직접 사용한 것에 해당하는지 여부에 관하여 본다.
지방세법 제107조 및
제127조 제1항의 비영리사업자가 ‘그 사업에 사용’한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다 할 것이므로, 학교법인이 교육용 기본재산에 편입된 부동산을 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치·경영하는 사립학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 부동산의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다(
대법원 1994. 10. 28. 선고 94누224 판결 참조).
이 사건의 경우, 갑 제1 내지 5, 7, 9, 10, 11, 12, 14, 19, 20호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고는 2004. 8.경
가천길대학을 종전 학교부지에서 인천
남동구 간석동 1200-1일원으로 이전하였는데, 위 이전과 관련하여 관할청인
교육인적자원부장관은 2002. 12. 16. 종전 학교부지의 매각대금 전액을 이전사업비로 집행하여야 한다는 조건으로 이전사업계획 변경 승인을 한 사실, 그런데 원고는 종전 학교부지를 관통하는 인천광역시 소유의 인천 남동구
간석동 70 학교용지의 소유권을 취득하지 못하여 종전 학교부지의 매각에 사실상 어려움을 겪게 된 사실, 이로 인하여 원고는 2004. 8.경
가천길대학의 이전이 이루어졌음에도 위 학교이전 승인조건을 이행하지 못하고 있던 중, 인천광역시에 요청하여 2006. 6. 1. 인천광역시와 사이에 원고 소유의 종전 학교부지와 교환으로 인천광역시 소유의 이 사건 각 부동산을 취득한 사실, 한편 원고는 교육용 기본재산에 해당하는 종전 학교부지의 교환처분과 관련하여 2006. 7. 13. 교육인적자원부장관으로부터 ‘교환취득하게 되는 이 사건 각 부동산을 매도하여 그 대금을 교비회계로 입금할 것’이라는 조건으로 교육용 기본재산 용도변경 및 교환 허가를 받았고, 위 교환허가 조건을 이행하기 위하여 2007. 4. 10. 교육인적자원부장관의 매각허가를 받아 2007. 8. 7. 의료법인 길의료재단에 이 사건 각 부동산을 매각한 후 그 매각대금 전액을 교비회계로 전출한 사실이 인정된다.
위 인정사실에 나타난 바와 같이 원고가 당초 이 사건 각 부동산을 취득한 목적이 이 사건 각 부동산 자체를 직접 교육사업에 사용하기 위한 것이 아니라 이를 처분하여 그 매각대금을 이전사업비에 충당하기 위한 것이었고, 실제로 이 사건 각 부동산을 취득한 때부터 처분할 때까지 이 사건 각 부동산을 교육사업에 직접 사용하지 않은 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 부동산을 그 목적사업인 교육사업에 직접 사용한 것이라 볼 수 없고, 비록 원고가 이 사건 각 부동산의 매각대금을 원고가 경영하는 대학의 학교교비로 입금하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.
한편,
지방세법 제107조 단서,
제127조 제1항 단서의 ‘취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우’라 함은 그 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과한 경우 뿐만 아니라 취득 후 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 않은 채 3년 이내에 이를 타에 매각처분하는 등으로 당해 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 경우도 포함된다고 할 것이므로(
대법원 2005. 2. 9. 선고 2005누4212 판결 등 참조), 원고가 2006. 6. 1. 이 사건 각 부동산을 교환취득한 후 2007. 8. 7. 이 사건 각 부동산을 매각처분한 것은 위 각 규정 소정의 ‘취득일부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우‘에 해당한다고 할 것이다.
(3) 나아가 이와 같이 목적사업인 교육사업에 직접 사용하지 않은 것에 정당한 사유가 있는지 여부에 관하여 본다.
지방세법 제107조 단서,
제127조 제1항 단서의 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지, 제한 등 당해 비영리사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유로 인한 것이거나 내부적으로 고유 목적사업이 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 그 유예기간을 넘긴 경우에 한한다고 보아야 할 것이다(
대법원 1996. 1. 26. 선고 95누13104 판결 등 참조).
이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 원고는 처음부터 이 사건 각 부동산을 교육사업에 직접 사용하기 위한 목적이 아니라 이를 처분하여 그 대금을 사용할 목적으로 취득하였고, 이후 교육사업에 사용함이 없이 이를 매각처분한 것인 이상 이 사건 각 부동산을 원고의 목적사업인 교육사업에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 비록 이 사건 각 부동산의 교환취득 당시 관할청이 이 사건 각 부동산을 매각하여 그 대금을 교비회계로 세입조치하여야 한다는 조건으로 교환허가를 함에 따라 이 사건 각 부동산을 매각한 것이라 하더라도, 앞서 본 바와 같이 애당초 종전 학교부지와 이 사건 각 부동산을 교환하게 된 이유가 종전 학교부지의 매각이 어렵다는 원고의 내부적 사정에 의하여 원고의 요청으로 인천광역시와 사이에 종전 학교부지와 이 사건 각 부동산을 교환하게 된 것인 점에 비추어 볼 때 위와 같은 사정만으로 원고가 이 사건 각 부동산을 직접 사용하지 아니하고 매각한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 수도 없다.
(4) 나아가 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙에 반하는지 여부에 관하여 보건대, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 한편 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(
대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결 등).
그런데 이 사건의 경우 원고가 앞서 인정한 바와 같은 경위로 이 사건 각 부동산을 취득하게 되었다 하더라도 그 과정에서 과세관청인 피고가 취득세 등의 비과세에 관하여 공적인 견해를 표명하였다는 점에 관하여 원고의 주장ㆍ입증이 없는 이상, 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.
(5) 그렇다면, 이 사건 각 처분은 적법하고, 원고의 주장은 모두 이유 없다.
3. 결 론
그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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