1. 부과처분의 경위

가. 원고는 서울 종로구 가회동 177-10에서 ‘박경재법률특허사무소’라는 상호로 특허관련 법무서비스업을 영위하는 사업자이다.

나. 남대문세무서장은 2006. 9.경 원고에 대하여 2003년～2005년 귀속 개인제세통합조사를 실시하여 원고가 종합소득세 및 부가가치세 신고를 하면서 외국의뢰인에 대한 변리사 용역대가 중 489,782,801원 및 국내 소송 용역대가 중 49,800,000원, 합계 539,582,801원을 신고누락하고, 필요경비로 184,453,698원을 과대 계상하였음을 확인하였다.

다. 이에 피고는 위 과세자료에 근거하여 2006. 11. 1. 원고에 대하여 별지 부과목록 기재와 같이 2003년～2005년도 귀속 각 종합소득세(이하 ‘이 사건 소득세’라 한다) 및 주민세(이하 ‘이 사건 주민세’라 한다), 2003년 1기～2006년 1기 각 부가가치세(이하 ‘이 사건 부가세’라 한다)를 경정․고지하였다(이하 이 사건 주민세 부과처분을 제외한 이 사건 소득세, 부가세 부과처분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2006. 12. 4. 국세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2007. 8. 28. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 1호증의 1 내지 13, 갑 2호증, 을 1 내지 3호증의 각 1 내지 7, 을 4 내지 10, 12호증, 을 13호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 소의 적법 여부

직권으로 살피건대, 구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제177조의4 제1항, 제2항, 제5항에 의하면, ‘소득세할 주민세는 소득세의 납세지를 관할하는 시장·군수(특별시·광역시의 경우에는 구청장, 이하 같다)에게 납부하여야 하는 지방세이고, 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 경정·결정 등에 따라 부과․고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우 그 소득세할 주민세를 함께 부과․고지하더라도 이는 해당 시장․군수가 부과․고지한 것으로 본다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송의 피고는 원고의 소득세 납세지를 관할하는 구청장인 서울특별시 종로구청장이 되어야 하는 것이다(대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 참조).

따라서 이 사건 소 중 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피고 적격이 없는 자를 상대로 한 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

외국의뢰인에 대한 변리사 용역대가의 수입시기는 원고가 외국의뢰인에게 청구서를 발행한 날이 아니라 외국의뢰인으로부터 용역대가가 입금된 날을 기준으로 하여야 하고, 이는 관행에 따라 용역대가의 수입시기를 입금일로 처리하여 온 원고의 신뢰가 보호받아야 하는 점, 수입시기를 청구서 발행일로 하는 경우 실제 입금받지 못하는 용역대가가 있으면 손비처리가 번거롭게 되는 점, 청구서 발행일과 용역대가 입금일 사이의 환차손이 발생하는 경우 부당한 결과가 발생하는 점 등에 비추어 보아도 수입시기를 용역대가의 입금일로 봄이 마땅함에도 이와 다른 전제에서 외국의뢰인에 대한 청구서 발행일을 용역대가의 수입시기로 삼아 한 이 사건 각 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

⑴ 변리사 겸 변호사인 원고는 외국의뢰인(대부분 외국에 소재한 특허법률사무소)으로부터 특허출원 대리 등에 관한 용역을 의뢰받으면 바로 위임받은 사무를 처리하기 위하여 특허청에 출원하는 서류를 제출하는 등 각 단계별로 업무를 마친 후, 대한변리사회에서 정한 각 단계별 최소보수기준과 그 때까지의 소요비용을 참고하여 작성한 요금표스케줄에 의하여 변리사 용역의 대가를 외국의뢰인에게 청구하는데, 외국의뢰인은 원고가 청구한 금액을 대부분 그대로 지급하고, 원고와 외국의뢰인 사이에 용역대가에관하여 사전이나 사후에 별도로 약정한 사실은 없다.

⑵ 원고는 요금표스케줄에 의해 산정한 금액으로 외국의뢰인에게 청구서를 송부하여 각 단계별 용역제공에 대한 대가(소요비용 및 변리사보수)를 청구하고, 청구내역을 청구서 번호순으로 청구일자, 청구금액, 입금일자, 입금액 등을 기재한 명세서를 작성하여 관리하고 있으며, 미수금에 대해서는 외국의뢰인에게 조속히 송금해 줄 것을 요구하는 메일을 보내어 독촉하는 등 미수금명세서에 의해 관리하였고, 국내기업으로부터 의뢰받아 외국에 특허관련 출원신청을 할 때는 국내기업으로부터 받은 외국의뢰인에게 지급할 용역대가를 당해 외국의뢰인으로부터 받을 미수금과 상계하고 지급한 사실도 있다.

⑶ 원고는 외국의뢰인으로부터 요청받은 변리사 용역을 제공함에 있어서 출원관련 특허청에 납부하는 관납금액, 번역료 및 조사비용 등 소요되는 비용 일체를 원고의 자금으로 지출하고 지출시점에 필요경비로 계상하여 종합소득세 등을 신고하였다.

⑷　 피고는 2003. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지 기간에 원고가 외국의뢰인에게 변리사 용역대가로 청구한 5,518,356,000원(1,000원 미만 버림, 이하 같다)에서 수입금액으로 신고한 5,028,573,000원을 공제한 489,783,000원을 매출누락액으로 보았는데, 매출누락액 중 미수금으로 계상한 금액은 101,365,000원이므로, 원고가 실제 외국의뢰인으로부터 변리사 용역대가로 지급받고도 신고하지 않은 금액만 해도 388,418,000원에 이른다.

⑸ 피고는 이 사건 각 부과처분을 경정․고지함에 있어 외국의뢰인에 대한 청구서 발행일과 용역대가 입금일 사이의 환차손에 대하여 각 해당연도에 필요경비로 추가 계상하여 세액을 산출하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 2호증, 을 12호증, 을 13호증의 1 내지 8, 을 14호증, 변론 전체의 취지

라. 판단

⑴ 이 사건 소득세 부과처분 부분

㈎ 소득세법 제39조 제1항은 “거주자의 각 연도의 총수입금액과 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 연도로 한다”고 규정하여 총수입금액의 귀속시기에 관하여 권리확정주의를 채택하고 있는데, 소득세법상 소득의 귀속시기(총수입금액의 수입시기)를 정하는 원칙인 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로서, 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 할 것이다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 참조).

㈏　 권리확정주의에 기초하여 인적용역 제공에 따른 총수입금액의 지급시기에 관하여 정하고 있는 소득세법 시행령 제48조 제8호는 ‘용역대가를 지급받기로 한 날 또는 용역의 제공을 완료한 날 중 빠른 날’을 수입시기로 규정하고 있고, 앞서 본 사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 원고는 외국의뢰인으로부터 의뢰받은 변리사 용역에 관하여 각 단계별로 용역제공을 완료한 후 요금표스케줄에 의하여 외국의뢰인에게 그에 대한 대가를 청구하였으므로 청구한 날 이전에 용역의 제공을 완료하였을 뿐만 아니라, 외국의뢰인에게 제공하는 용역과 관련하여 사전이나 사후에 용역대가에 대하여 별도로 약정한 사실이 없었고, 대부분 원고의 청구대로 지급되었던 점에 비추어 원고와 외국의뢰인 사이에 변리사 용역에 대한 대가는 원고가 정한 요금표스케줄에 따르기로 하는 약정이 있었다고 볼 수 있는 점, 외국의뢰인에게 제공하는 용역과 관련하여 발생하는 비용은 모두 지출한 시점에서 필요경비로 처리하였던 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고가 외국의뢰인에게 제공한 변리사 용역대가는 원고가 각 단계별로 용역제공을 완료하고 그 대금을 청구한 시점에서 그 소득의 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 할 것이므로, 원고가 용역제공을 완료하고 외국의뢰인에게 청구서를 송부한 날을 변리사 용역대가의 수입시기로 보고 한 이 사건 소득세 부과처분은 적법하다.

㈐ 원고는 대법원 1994. 8. 12. 선고 94누4608 판결을 근거로 실제 입금일이 변리사 소득의 확정시기라고 주장하나, 위 판례는 1998. 12. 31. 대통령령 제15967호로 개정되기 이전의 구 소득세법 시행령 제48조 제8호에 관련된 판례로서 이 사건 소득세 부과처분에 직접 적용된다고 보기 어렵고, 외국의뢰인에게 제공한 변리사 용역대가 수입시기와 관련하여 실제 대가의 입금일을 기준으로 한다는 국세행정의 관행이 있었다고 볼 아무런 자료가 없으며, 용역대가 청구서 발행일과 입금일 사이의 환차손은 필요경비로 계상하였고, 단지 손비처리가 번거롭다는 사유만으로 용역대가의 수입시기를 달리 볼 수는 없으므로, 변리사 용역대가의 수입시기를 실제 용역대가의 입금일로 하여야 한다는 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 이 사건 부가세 부과처분 부분

부가가치세법 제9조 제2항, 부가가치세법 시행령 제22조 제1호, 제3호는 용역의 공급시기에 관하여 통상적인 공급인 경우에는 역무의 제공이 완료된 때로 하고, 이를 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때로 규정하고 있는데, 앞에서 본 바에 의하면, 원고가 외국의뢰인으로부터 의뢰받은 변리사 용역을 제공하고 이에 따른 용역대가를 청구한 시점에는 이미 부가가치세 과세대상인 변리사용역이 제공완료되고 그 대가까지 확정되었다고 할 것이므로, 원고가 용역제공을 완료하고 외국의뢰인에게 용역대가에 관한 청구서를 송부한 날을 변리사 용역의 공급시기로 보고 한 이 사건 부가세 부과처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 주민세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 나머지 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 받아들이지 아니하기로 하여 주문과 같이 판결한다.