토지에 대한 취득세 중과분이 특별부가세의 양도차익 계산시 취득가액에 포함되지 아니함을 전제로 납세자가 1993. 9. 25.자로 제출한 위 과세표준 수정신고를 받아들이지 아니하기로 한 처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

원고는 은행금융업을 주업으로 하는 상사법인으로서 1989. 6. 1. 대구 중구

문화동 12의 18, 21, 22, 23 등 4필지 대지 합계 1,329.3㎡(이하 위 4필지 대지를 통칭하여 이 사건 토지라고 한다)를 금 4,510,000,000원에 취득하였다가 1992. 9. 16. 이를 금 6,321,875,000원에 양도한 사실, 원고는 1993. 3. 25. 원고의 1992.사업연도분(1992. 1. 1.부터 1992. 12. 31.까지) 법인세 과세표준신고를 함에 있어 이 사건 토지가 법인의 비업무용 토지에 해당함으로 말미암아 원고가

지방세법 제112조 제2항의 규정(15%)에 의하여 이 사건 토지에 관하여 납부한 취득세 중에서

같은 법 제112조 제1항의 규정(2%)에 의한 세액을 초과하는 금액(이하 취득세 중과분이라고 한다)인 금 589,573,590원을 취득가액에 산입하지 아니하고, 특별부가세의 양도차익을 산정하여 계산한 금 234,785,460원을 피고에게 특별부가세액으로 자진납부한 사실, 그리고 원고는 1993. 9. 25.에 이르러 위 취득세 중과분을 취득가액에 산입하지 않은 것은 잘못이라며 취득세 중과분을 취득가액에 포함하여 당초 신고한 특별부가세 과세표준 및 세액을 감액수정하는 내용의 신고서를 피고에게 제출하였으나, 피고는 1993. 12. 9. 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분은 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어 취득가액에 포함되지 않는다는 이유로 원고의 위 수정신고를 받아들이지 아니하는 결정(이하 피고의 원고에 대한 위 과세표준 수정신고를 기각하는 취지의 결정을 이 사건 처분이라고 한다)을 한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제1호증, 갑 제2호증, 갑 제5호증의 각 기재 및 변론의 전취지에 의하여 인정할 수 있다.

2. 처분의 적법 여부

가. 주장

피고는 이 사건 처분이 관계 법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라고 주장함에 대하여, 원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

즉,

법인세법 제59조의2 제1항, 제3항,

법인세법시행령 제124조의2 제2항,

제48조 제2항 제1호, 기업회계기준

제96조 제1항 등에서 취득세는 특별부가세의 양도차익 계산시 취득가액에 포함된다고 규정하고 있을 뿐이고, 취득세를

지방세법 제112조 제1항에 의한 일반과세분과 취득세 중과분으로 구분하여 그 취급을 달리 하고 있지 아니하므로 조세법률주의 및 실질과세의 원칙상 이 사건 토지에 관하여 원고가 납부한 취득세 중과분도 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서 취득가액에 당연히 포함되어야 할 것임에도 불구하고, 이와 다른 견해를 전제로 한 이 사건 처분은

국세기본법 제18조 제1항에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

법인이 토지 등을 양도함으로 인하여 발생하는 양도차익에 대하여 과세하는 특별부가세와 관련하여 법인세법 제59조의2 제1항, 제3항은 특별부가세의 과세표준으로 삼는 양도차익은 토지 등의 양도가액에서 취득가액 등을 공제한 금액으로 한다는 취지로 규정하고 있고, 같은 법 제16조 제16호는 토지초과이득세와 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세(동법 동조 제1항의 규정에 의한 세액을 초과하는 금액에 한한다)는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 또한 법인세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제124조의2 제2항은 법 제59조의2 제3항에서 “취득가액”이라 함은 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 같은 시행령 제48조 제2항 제1호는 감가상각에 있어서의 취득가액은 매입한 고정자산의 경우 매입 당시의 그 대가(등록세ㆍ취득세 기타 부대비용을 포함한다)에 의한다고 규정하고 있다.

그리고, 지방세법 제112조 제1항은 취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다고 규정하고, 같은 조 제2항 본문은 대통령령으로 정하는 별장ㆍ골프장ㆍ고급주택ㆍ고급오락장ㆍ법인의 비업무용 토지ㆍ고급자동차ㆍ고급선박을 취득할 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제84조의4 제1항은 법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있다.

다. 판단

그러므로 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분이 특별부가세의 양도차익 계산시 취득가액에 포함되는지 여부에 관하여 살피건대, 법인이 토지를 취득하면

지방세법 제112조 제1항의 규정에 의하여 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20에 상응하는 세액을 일단 취득 당시의 취득세로 납부하여야 하고, 이어 그 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 이를 직접 사용하지 아니한 경우에는 다시

지방세법 제112조 제2항에 의한 세액(15%) 중에서 위 제1항에 의한 취득 당시의 일반과세분(2%)을 초과하는 세액, 즉 취득세 중과분(13%)을 추가로 납부하도록 규정되어 있으므로 결국 취득세 중과분은 법인이 토지를 취득하고서도 일정한 기간 내에 정당한 사유없이 고유업무에 사용하지 아니하여 비업무용 토지에 해당하게 됨으로써 법인이 추가적으로 부담하게 되는 일종의 제재적(制裁的) 성격이 있는 세금으로 보아야 할 것이다.

나아가, 법인이 대통령령이 정하는 토지 등을 양도하는 경우에

법인세법 제59조의2 내지

제59조의5 규정에 의하여 특별부가세를 납부하게 되는데, 특별부가세의 과세표준인 양도차익은 토지 등의 양도가액에서 취득가액 등을 공제하여 산정하며, 매입한 고정자산의 경우 그 취득가액은 취득세 등을 포함하여 매입 당시의 그 대가에 의하도록 규정되어 있는바,

법인세법 제16조 제16호에서 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세 중과분은 각 사업연도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니하도록 규정하고 있으므로 특별부가세의 양도차익을 계산함에 있어서도 취득세 중과분은 앞서 본 그 성격 등에 비추어 볼 때 이와 마찬가지의 취지로 해석하여 취득가액에 포함되지 않는 것으로 봄이 상당하다고 할 것이다. 만일 그렇지 아니하다면,

지방세법 제112조 제2항 등에서 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과세하여 이를 통하여 비업무용 토지의 취득을 억제하려고 하는 입법취지 및 그 제재효과는 현저히 감소되고 말 것이고, 한편으로 원고 제출의 갑 제6호증의 1, 2의 각 기재는 위와 같이 해석함에 있어 별다른 장애가 되지 아니한다.

따라서, 피고가 이 사건 토지에 대한 취득세 중과분이 특별부가세의 양도차익 계산시 취득가액에 포함되지 아니함을 전제로 원고가 1993. 9. 25.자로 제출한 위 과세표준 수정신고를 받아들이지 아니하기로 한 이 사건 처분은 결국 정당하다고 할 것이므로 원고의 주장은 이유가 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각하고, 소송비용은 패소자인 원고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다.