1) 각 산학협력단을 설립했다고 하더라도 각 산학협력단이 아닌 한국산업기술대학이 소유하고 있는 각 부동산에 대하여 구 지방세특례제한법 제42조 제3항을 적용할 수 없고, 같은 법 제60조 제3항 제1호를 적용함이 상당하므로, 재산세 부과처분은 적법하다. 2) 부속시설도 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 학교의 범위에 포섭되므로, 각 건물이 비과세 대상임에도 농어촌특별세를 부과한 농특세 부과처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 1996. 1. 12. 대한민국 교육이념에 입각하여 산업사회에서 필요로 하는 학술 또는 전문적인 지식, 기술의 연구와 연마를 통한 산업계의 요구에 부합할 수 있는 현장 적응력이 강한 전문기술자 및 중견기술자를 양성하여 국가기술 경쟁력 향상에 이바지함을 목정으로 하여 설립된 학교법인이다.

나. 원고가 설립인가를 받아 운영하던 전문대학인

경기공업대학은 1999. 2. 27.,

한국산업기술대학교는 1999. 8. 5. 각각 중소기업청장으로부터 창업보육센터사업자로 지정되었으며, 원고는 2004. 2. 25. 별도의 법인인

한국산업기술대학교 산학협력단을, 2004. 3. 27. 별도의 법인인

경기과학기술대학교(전

경기공업대학) 산학협력단을 각 설립하였다.

다. 원고는 아래 표 기재와 같이 토지와 건물을 취득하여 소유하고 있다.

라. 피고는 위 각 산학협력단이 창업보육센터로 사용한 부분인 시흥시

정왕동 2121-1학교용지 중 1,786.3㎡ 및 그 지상 창업보육센터, 공학관피동 2,406.6㎡,

같은 동 2121-3학교용지 중 2,147.2㎡ 및 그 지상 건물 1,346㎡,

같은 동 2122-2 학교용지 9,173.7㎡(중소기업관 제2호 신축 이전인 2008. 및 2009.은 5,138.8㎡, 2010.은 4,472㎡) 및 지상 중소기업관 제1호 3,728㎡, 중소기업관 제2호 4,285㎡(이하 위 각 부동산을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 대하여 원고가 위 각 부동산을 학교용으로 직접 사용하는 것으로 보아 당초 재산세를 비과세하였다가, 원고의 각 산학협력단이 창업보육센터로 사용하는 부분임을 이유로 재산세 50% 감면대상으로 보아 2011. 10. 7.

구 지방세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11618호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항을 적용하여 2007.부터 2011.까지의 재산세(건축물분) 58,261,590원, 재산세(토지분) 57,559,670원 합계 115,821,260원을 부과고지하고(이하 ‘이 사건 재산세 부과처분’이라 한다), 중소기업관 제1호에 대하여 창업보육센터 면적을 당초 2,631.33㎡로 보았으나, 실제 창업보육센터 사용면적은 3,728㎡로 차이면적 1,096.7㎡에 대하여 취득세와 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세 7,796,330원 및 중소기업관 제2호에 대하여 당초 학교용도로 취득세 등을 비과세하였으나, 일부면적(4,285㎡)이 학교용도가 아닌 창업보육센터로 사용되는 것으로 보아 취득세와 등록세 감면분에 대한 농어촌특별세 29,182,310원 합계 36,978,640원을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 농특세 부과처분’이라 하고, 위 재산세부과처분과 함께 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 자세한 부과내역은 아래와 같다.

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2012. 12. 13. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5, 7, 8, 9, 11, 12호증, 을 제3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 재산세 부과처분에 관하여

구 지방세특례제한법 제42조 제3항은 재산세의 면제와 관련하여 단지 산학협력단이 고유업무에 직접 사용하는 부동산이라고만 규정하고 있을 뿐 취득에 관한 요건을 규정하고 있지 않으므로, 비록 이 사건 각 부동산을 원고가 소유하고는 있으나, 원고가 설립한 산학협력단이 이 사건 각 부동산을 고유업무에 사용하는 이상

구 지방세특례제한법 제60조 제3항이 아닌, 같은 법 제42조 3항이 적용되어 재산세가 전부 면제되어야 한다.

(2) 이 사건 농특세 부과처분에 관하여

(가) 피고는 이 사건 농특세 부과처분을 하면서 부과의 근거법령을 전혀 기재하고 있지 않은바,

구 지방세법 제25조 제1항,

같은 법 시행령 제8조의 규정에 의한 필요적 기재사항을 누락한 것으로 위법하다.

(나) 중소기업관 제1호, 제2호(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 한다)는

사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설로서

구 농어촌특별세법 제4조 제12호에 따라 농어촌특별세가 비과세된다고 보아야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 재산세 부과처분의 적법 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(

대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결,

2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

구 지방세특례제한법 제42조 제3항은

산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제25조에 따라 설립·운영하는 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 지방세법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2012. 12. 31.까지 면제한다고 규정하고, 같은 법 제60조 제3항 제1호는 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 2012. 12. 31.까지 취득세를 면제하고 재산세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.

살피건대, 재산세의 납부의무자는 부동산의 소유자임에 비추어 재산세 감면요건을 규정한

구 지방세특례제한법 제42조 제3항의 산학협력단은 부동산 사용의 주체인 동시에 부동산의 소유자여야 함은 위 조항의 당연한 전제이다. 따라서 위 조항에서 규정하는 재산세 면제대상은 산학협력단이 소유하면서 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산이라고 봄이 상당하고, 소유자를 불문하고 산학협력단이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산이기만 하면 모두 재산세 면제대상에 해당한다고 보기는 어렵다.

따라서 비록 원고가 각 산학협력단을 설립했다고 하더라도 각 산학협력단이 아닌 원고가 소유하고 있는 이 사건 각 부동산에 대하여

구 지방세특례제한법 제42조 제3항을 적용할 수 없고,

같은 법 제60조 제3항 제1호를 적용함이 상당하므로, 위 규정에 의거하여 한 피고의 이 사건 재산세 부과처분은 적법하다.

(2) 이 사건 농특세 부과처분의 적법 여부

(가) 절차적 위법 여부

구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제25조,

같은 법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 개정되기 전의 것) 제8조는 ‘납세의 고지’에 대한 규정이기는 하나, 위 각 법령은 처분일이 2011. 10. 7.인 이 사건 각 처분에 적용되는 것이 아닐 뿐만 아니라, 위 각 조항에 의하더라도 부과의 근거법령은 납세고지서 또는 납입통지서의 필요적 기재사항은 아니다(위 각 조항에 의하면, 납세고지서 또는 납입통지서의 필요적 기재사항은 납부 또는 납입할 지방세의 연도와 세목, 납부 또는 납입기한과 금액, 세액의 산출근거와 납부 또는 납입장소이다).

현재는 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된

지방세기본법 제55조 제1항 및

같은 법 시행령 제36조에서 지방세 납세 고지에 관하여 규정하고 있는바, 원고가 위 법령에 근거하여 이 사건 농특세 부과처분의 절차적 위법 주장을 하고 있는 것으로 선해하여 살펴보기로 한다.

지방세기본법 제55조 제1항은 지방세를 징수하려면 지방자치단체의 장은 납세자에게 그 지방세의 과세연도·세목·세액 및 그 산출근거·납부기한과 납부장소를 구체적으로 밝힌 문서로 고지하여야 한다고 규정하고,

같은 법 시행령 제36조는 법 제55조에 따른 납세의 고지는 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한(제1호), 세액의 산출근거와 납부장소(제2호)를 적은 납세고지서 또는 납부통지서로 하여야 한다고 규정하고 있는바, 원고가 주장하는 부과의 근거법령은 납세고지서 또는 납부통지서의 필요적 기재사항에 해당하지는 않는다. 나아가 갑 제4, 7, 9호증의 각 기재에 의하면, 2011. 8. 9.자 지방세 과세예고서 및 첨부된 과세예고내역에 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한, 세액의 산출근거가 기재되어 있는 사실, 2011. 10. 7.자 지방세 부과고지서 및 첨부된 부과고지내역서, 고지서에 납부할 지방세의 과세연도와 세목ㆍ세액ㆍ납부기한, 세액의 산출근거와 납부장소가 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 피고는 관련 법령에서 규정하는 필요적 기재사항을 모두 기재한 납세고지서 또는 납부통지서로서 원고에게 납세의 고지를 한 것으로, 부과의 근거법령을 기재하지 아니하였다고 하여 이 사건 농특세 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다.

(나) 이 사건 각 건물이 농어촌특별세 비과세 대상인지 여부

구 농어촌특별세법(2011. 12. 31. 법률 제11127호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제12호,

같은 법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23603호로 개정되기 전의 것) 제4조 제6항 제5호,

지방세법 제9조 제2항,

구 사회기반시설에 대한 민간투자법(2011. 6. 7. 법률 제10789호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1호 조목,

고등교육법 제2조 제1호,

제4호에 의하면, 대학 및 전문대학에 해당하는 학교는 농어촌특별세의 비과세 대상에 해당하고,

구 대학설립·운영규정(2013. 3. 23. 대통령령 제24423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항[별표 2]에 의하면, 산학협력단의 시설과 그 부대시설은 부속시설로서 교사에 포함되는바,

구 대학설립·운영규정 제2조 제1항 제1호,

제4조의 규정이 대학 설립인가의 필수적인 요건으로서 교사 및 교지의 확보를 규정하고 있는 점 등을 고려해 보면 구 사회기반시설에 대한

민간투자법 제2조 제1호 조목의 ‘학교’란 교사와 교지를 필수적인 요소로 하고 있다고 볼 수 있다. 그렇다면 산학협력단의 시설과 그 부대시설에 해당하는 이 사건 각 건물은 교사로서 학교를 구성하고 있는 것으로 봄이 상당하므로, 이 사건 각 건물은

구 농어촌특별세법 제4조 제12호 및 관련규정에 의하여 농어촌특별세 비과세 대상에 해당한다.

이에 대하여 피고는 위 각 관련법령에 의하여 농어촌특별세 비과세 대상으로 규정되는

구 사회기반시설에 대한 민간투자법 제2조 제1호 조목에서의 학교란 교육기본시설만을 의미하는 것일 뿐 지원시설 및 연구시설, 부속시설은 이에 해당하지 않는다고 주장하나, 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 학교의 범위를 피고의 주장과 같이 교육기본시설만으로 제한할 명확한 근거가 없다. 오히려

고등교육법 제4조 제1항,

구 대학설립·운영규정 제2조 제1항,

제6항,

제4조 제2항 제3호에 의하면, 대학을 설립하려는 자는 시설·설비 등 설립기준을 갖추어야 하는데, 대학의 설립인가기준의 하나로 설립주체가 그 소유의 교사 및 교지를 확보하도록 하고 있고, 교사 중 부속시설은 학교헌장에서 정하는 바에 따라 갖추어야 하는 것으로 각 규정되어 있는바, 이와 같이 학교헌장에 따른 부속시설 교사의 확보가 학교 설립인가기준의 하나인 점에 비추어 보면, 부속시설도 농어촌특별세 비과세 대상에 해당하는 학교의 범위에 포섭된다고 봄이 상당하므로, 피고의 주장은 이유 없다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 재산세 부과처분은 적법하고, 이 사건 각 건물이 비과세 대상임에도 원고에게 농어촌특별세를 부과한 이 사건 농특세 부과처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.