병원 건물의 대수선 공사를 하게 된 목적,경위,이용상황 등에 비추어 원고가 건물에 대하여 대수선 공사를 하였다고 하더라도 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 볼 수 없으며, 해당 병원이 보훈병원에 해당하므로 이 사건 건물에 대하여 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세가 면제된다. 따라서 원고에게 부과한 세액 중 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세는 부당하므로 취소되어야 한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 국가유공자 등에 대한 진료와 의학적, 정신적 재활 및 직업 재활을 행하며 그 자립 정착을 도모하고 복지증진에 기여하는 것을 목적으로 하여 한국보훈복지의료공단법에 의하여 설립된 공공법인이다.

나. 원고는 1983. 12.경

한국보훈복지의료공단법 제7조 제1항에 따라 서울 강동구

둔촌동 6-2지상에

중앙보훈병원(이하 ‘이 사건 병원’이라 한다)을 건축하여 사용승인을 받은 후 이 사건 병원에서 진료 업무를 하는 등 이 사건 병원을 고유 목적 사업에 직접 사용해왔고, 지방세특례제한법 등에 따라 이 사건 병원 건물이 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당한다는 이유로 재산세 등을 면제받았다.

다. 이 사건 병원은 본관(연면적 22,216㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다), 신관(연면적 8,071㎡), 별관(연면적 5,218㎡), 재활센터(연면적 7,372㎡), 장례식장(연면적 2,467㎡) 등으로 이루어져 있다.

라. 원고는 2011년경 이 사건 병원 건물을 단계적으로 리모델링하기로 결정하고, 피고에게 이 사건 건물에 관하여 대수선{큰보 보강(142개소), 작은보 보강(32개소), 기둥 보강(7개소), 제진댐퍼 설치(48개소)}을 위한 건축허가신청을 하여 2011. 11. 23. 건축허가를 받아 2012. 2. 3. 착공신고를 하였다.

마. 피고는 원고가 2012년 재산세 과세기준일(2012. 6. 1.) 현재 이 사건 건물에 관하여 대수선 공사 중인 사실을 확인하고, 원고가 이 사건 건물을 고유 목적 사업에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 2012. 8. 10. 원고에게 재산세 15,197,900원, 재산세 과세특례분 8,510,820원, 지역자원시설세 14,454,410원, 지방교육세 3,039,580원을 각 부과·고지하였다(이하 위 부과처분 및 뒤에서 보는 바와 같이 감액되고 남은 재산세 13,928,790원, 재산세 과세특례분 7,800,120원, 지역자원시설세 13,236,420원, 지방교육세 2,785,760원의 각 부과처분을 합쳐서 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 피고는 2012. 9. 28. 이 사건 건물 중 일부(2,155㎡)에 관하여 대수선 공사를 하지 않고 신체검사장, 전산실, 전기실, 수면검사실 등 의료 업무에 직접 사용하고 있는 것으로 보아 위 부과처분 중 재산세 1,269,110원, 재산세 과세특례분 710,700원, 지역자원시설세 1,217,990원, 지방교육세 253,820원을 감액 경정하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2012. 10. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 2. 25. 기각되었다.

아. 한편 원고는 2012.말경 이 사건 건물에 관한 대수선 공사를 마치고 현재 이 사건 건물을 진료 업무 등에 사용하고 있다.

[인정 근거] 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 건물이 너무 낡아 환자들에게 좀 더 나은 의료서비스를 제공하기 위하여 대수선 공사를 하게 되었고, 공사 기간 동안 일시적으로 대수선 중인 부분을 진료 업무에 사용할 수 없게 되었으나, 일부 공간은 여전히 진료 업무에 직접 사용하고 있었으며, 대수선 중인 부분도 공사가 끝나면 당연히 진료 업무에 사용될 것이므로, 대수선 공사는 진료 업무의 연장선에 있다고 볼 수 있어 대수선 공사 중이라 하더라도 원고가 이 사건 건물을 고유 목적 사업에 직접 사용하고 있다고 보아야 한다.

또한, 서울특별시 강동구 구세 감면 조례는 건축물을 건축하는 경우 재산세를 면제하게 되어 있는데, 여기서 말하는 건축에는 증축이나 개축뿐만 아니라 대수선도 포함된다고 봄이 타당하므로, 대수선 중인 이 사건 건물에 대한 재산세도 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 처분 중 재산세 및 지방교육세 부과처분

구 지방세특례제한법(2012. 10. 2. 법률 제11487호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제1항은 한국보훈복지의료공단법에 따라 설립된 한국보훈복지의료공단이 같은 법 제6조 제1호부터 제8호까지의 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 재산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있고,

구 지방세법(2013. 1. 1. 법률 제11617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제151조 제1항 제6호는 지방교육세는 이 법에 따라 납부하여야 할 재산세액(제112조 제1항 제2호 및 같은 조 제2항에 따른 재산세액은 제외한다)의 100분의 20을 그 세액으로 한다고 규정하고 있는바, 여기서 국가유공자 등에 대한 진료 등을 목적으로 하는 한국보훈복지의료공단이 그 재산을 해당 사업에 직접 사용하는 것인지 여부는 당해 단체의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다.

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 건물은 재산세 과세기준일(2012. 6. 1.) 현재 해당 사업에 직접 사용되는 부동산이라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분 중 재산세 및 지방교육세 부과처분은 위법하다.

가) 국가유공자 등에 대한 진료 등을 목적으로 하는 한국보훈복지의료공단이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세를 면제하는 취지는 한국보훈복지의료공단에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 과세하지 아니하는 혜택을 주려는 것이다.

나)

한국보훈복지의료공단법 제6조 제1호는 공단은 국가유공자 등의 진료·보호 및 의학적·정신적 재활의 사업을 한다고 규정하고 있고,

같은 법 제7조 제1항은 제6조 제1호의 사업을 수행하기 위하여 공단에 보훈병원을 둔다고 규정하고 있는바, 이 사건 병원은 국가유공자 등에 대한 진료 등을 하기 위하여 설립되었고, 이 사건 건물은 이 사건 병원 건물의 일부이므로, 이 사건 건물이 다른 용도로 사용되지 않는 이상 이 사건 건물은 그 자체로 보훈병원의 일부로서 원고의 사업에 직접 사용되는 부동산이라고 볼 수 있다.

다) 비록 원고가 이 사건 건물에 대하여 대수선 공사를 함으로써 과세기준일 현재 이 사건 건물이 공실 상태였기는 하나, 이 사건 건물은 지은 지 30년이 다 되어가는 노후화된 건물이어서 국가유공자 등에게 안정적이고 보다 나은 의료서비스를 제공하기 위해서는 대수선 공사가 반드시 필요하였고, 대수선 공사 중에 그 부분을 진료 업무 등에 사용하지 못하는 것은 불가피하였으며, 원고는 대수선 공사를 마친 후 곧바로 이 사건 건물을 진료 업무 등에 사용하고 있는바, 위와 같이 원고가 대수선 공사를 하게 된 목적, 경위, 이용 상황 등에 비추어 볼 때, 원고가 이 사건 건물에 대하여 대수선 공사를 하였다고 하여 원고가 이 사건 건물을 해당 사업에 직접 사용하지 않은 것으로 볼 수는 없다.

라) 피고는, 서울특별시 강동구 구세 감면 조례 제15조는 토지에 대한 재산세 감면규정을 적용할 때 직접사용의 범위에는 해당 감면대상 업무에 사용할 건축물을 건축하는 경우를 포함한다고 규정하고 있는바, 건축법에서 ‘건축’과 ‘대수선’을 구분하고 있으므로 원고가 이 사건 건물에 대하여 대수선 공사를 한 이상 재산세를 감면할 수는 없다고 주장한다. 그런데 위 조례는 ‘토지’에 대한 재산세 감면규정을 적용할 때 직접사용의 범위를 규정한 것이어서 ‘건축물’에 대한 재산세 감면이 문제 되는 이 사건에는 적용될 수 없다. 즉,

건축법 제2조 제1항 제8호는 "건축"이란 건축물을 신축·증축·개축·재축하거나 건축물을 이전하는 것을 말한다고, 같은 항 제9호는 "대수선"이란 건축물의 기둥, 보, 내력벽, 주계단 등의 구조나 외부 형태를 수선·변경하거나 증설하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정하고 있는바, 위 조례는 ‘토지’ 위에 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축(신축·증축·개축 등) 중인 경우에 ‘토지’에 대한 재산세를 감면한다는 내용이고, 이 사건은 이미 건축된 건축물을 대수선하는 경우 그 ‘건축물’에 대한 재산세를 감면할 수 있는지가 문제 되므로 그 논의의 평면을 달리한다.

한편 건축물을 대수선하기 위해서는 건축물을 건축하는 경우와 마찬가지로

건축법 제11조 제1항에 따라 특별자치도지사 또는 시장·군수·구청장으로부터 건축허가를 받아야 하는 점,

건축법 제2조 제1항 제10호는 "리모델링"이란 건축물의 노후화를 억제하거나 기능 향상 등을 위하여 대수선하거나 일부 증축하는 행위를 말한다고 하여 대수선과 증축 행위를 함께 규정하고 있는 점, 대수선은 내력벽·기둥·보 등을 증설 또는 해체하는 행위 등을 내용으로 하는바 증축·개축과 마찬가지로 기존 건축물에 상당한 변화를 가져오는 점 등에 비추어 보면, 건축물에 대한 재산세 감면 여부를 판단함에 있어서 대수선과 증축·개축을 달리 취급하여야 할 이유는 없어 보인다.

2) 이 사건 처분 중 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세 부과처분

구 지방세특례제한법 제30조 제2항은

한국보훈복지의료공단법 제7조 제1항에 따른 보훈병원에 대하여는

지방세법 제112조 제1항 제2호에 따른 재산세(재산세 과세특례분)와

같은 법 제146조 제2항에 따른 지역자원시설세, 주민세 재산분 및 지방소득세 종업원분을 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다고 규정하고 있는바,

구 지방세특례제한법 제30조 제2항은 앞서 본 같은 조 제1항과는 달리 ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’이라는 요건을 두고 있지 않으므로, 당해 부동산이 한국보훈복지의료공단법에 따른 ‘보훈병원’에 해당한다면 그 부동산이 해당 사업에 직접 사용되는지 여부와 관계 없이 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세 등이 면제된다고 봄이 타당하다.

이 사건 건물이 이 사건 병원 건물 중 하나로서 이 사건 병원이

한국보훈복지의료공단법 제7조 제1항에 따른 보훈병원에 해당함은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 건물에 대하여 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세가 면제된다. 따라서 이 사건 처분 중 재산세 과세특례분 및 지역자원시설세 부과처분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.