1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 4. 4. 구 도시 및 주거환경정비법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘도시정비법’이라 한다) 제28호 제1항의 규정에 따라 피고로부터 0000시 0구 고시 제2008-22호로 00 0구 00동 50번지 일대 5,101.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 사업시행구역으로 하는 ‘을지로 2가 구역 제12지구 도시환경정비사업’(이하 ‘이 사건 정비사업’이라 한다)의 사업시행인가(이하 ‘이 사건 사업시행인가’라 한다)를 받았다.

나. 원고는 이 사건 정비사업을 시행하여 2010. 6. 30. 이 사건 토지 위에 원고의 새 사옥 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 완공하여 피고로부터 건축물 사용승인을 받은 다음, 2010. 7. 21. 이 사건 토지 및 건물에 대한 이전고시를 한 후 2010. 8. 6. 이 사건 건물에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 이 사건 건물의 취득에 대하여 2010. 7. 27. 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 3,732,990,360원, 2010. 8. 30. 취득세, 농어촌특별세 합계 112,425,330원, 2010. 10. 20. 취득세, 농어촌특별세 합계 25,659,200원, 2010. 10. 26. 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 619,071,380원, 2010. 11. 30. 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 919,957,960원, 2011. 2. 20. 취득세, 농어촌특별세, 등록세, 지방교육세 합계 50,190,500원을 각 신고·납부하였다{구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항에 의하면 지방세를 신고납부한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 의제하고 있으므로, 이하 원고의 위 각 신고행위를 ‘이 사건 처분’이라 한다}.

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제2 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 건물은 도시환경정비사업 구역 내의 토지의 소유자인 원고가 도시환경정비사업의 시행으로 인하여 취득하는 건축물에 해당하므로 구 「지방세법」제109조 제3항, 제127조의 2 제2항에 의하여 취득세, 등록세 등이 면제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 원고는 이 사건 사업시행인가 이전부터 이 사건 토지 및 그 지상건물 모두를 단독으로 소유하고 있었다.

2) 위와 같이 원고는 이 사건 정비사업 구역 내의 토지 전부를 소유하고 있었던 관계로 대지 또는 건축물에 관한 관리처분계획을 수립하거나 그에 대한 인가를 받지 아니하고 이 사건 정비사업을 시행하였으며, 공사를 완료한 다음 2010. 7. 21. 이 사건 건물의 소유권을 단독으로 취득하는 내용의 이전고시를 하였다.

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

구 「지방세법」제109조 제3항은 도시정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위와 같이 구 「지방세법」제109조 제3항이 도시정비법에 의한 정비사업의 시행으로 소유자가 토지 및 건축물을 취득하는 경우에 취득세를 부과하지 않는 이유는 그 취득의 성질이 법적으로 종전의 대지 또는 건축시설에 대한 권리변환으로 종전의 권리와 동일성이 있는 것으로 취급된다는 점과 정비사업의 원활한 수행을 세제적으로 뒷받침하려고 함에 있다(대법원 1994. 4. 26. 선고 93누9170 판결 참조).

한편 관리처분계획이란 정비사업 시행구역 내에 있는 종전의 토지 또는 건축물의 소유권을 정비사업으로 새로이 조성된 토지와 축조된 건축시설에 관한 권리로 일정한 기준 아래 변환시켜 배분하는 일련의 계획, 즉 사업완료 후 분양처분의 내용을 미리 정하는 계획이라고 볼 수 있으므로, 사업시행자 외의 토지 등 소유자가 없는 경우와 같이 정비사업의 시행결과 건립될 건축물에 대한 소유권의 귀속이 명백히 정하여져 있는 경우에는 별도의 관리처분계획이 필요하지 않기 때문에 도시정비법에서 구 도시재개발법과 같은 명문의 규정을 두고 있지 않더라도 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 관리처분계획의 수립 및 인가를 받지 않아도 된다고 봄이 타당하다.

그리고 위와 같이 사업시행자 이외의 토지 등의 소유자가 없어 관리처분계획을 수립하지 않고서 사업시행자이자 토지 등의 소유자가 소유권 취득의 일반 법리에 따라 원시취득하는 경우, 비록 관리처분계획이 수립된 바 없어 ‘관리처분계획’에 의하여 취득한다는 구 「지방세법」제109조 제3항의 문언에 그대로 들어맞는 것은 아니지만, 위와 같은 입법 목적에 비추어 보거나 위와 같은 토지 등의 소유자를 굳이 다른 토지 등의 소유자와 달리 취급할 합리적 이유가 없다는 점 등을 고려하면, 구 「지방세법」제109조 제3항의 적용을 받는다고 보아야 할 것이다.

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 사업시행자 겸 소유자로서 사업시행인가가 있기 이전에 이 사건 정비사업 구역 내에 있는 모든 토지 등의 소유권을 취득하고, 그에 따라 관리처분계획을 따로 수립함이 없이 정비사업을 시행하여 공사를 완료한 다음 이전고시에 따라 이 사건 건물의 소유권을 단독으로 취득한 이상, 이는 구 「지방세법」제109조 제3항이 규정하는 도시정비법에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자가 관리처분계획에 의하여 취득하는 건축물에 해당한다고 봄이 타당할 것이므로, 결국 이 사건 건물에 대하여는 구 「지방세법」제109조 제3항에 의하여 취득세를 부과할 수 없다고 할 것이고, 또한 취득세가 과세됨을 전제로 한 등록세 및 농어촌특별세와 지방교육세 역시 부과할 수 없다고 할 것이므로, 결국 이 사건 처분은 모두 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

※ 관계 법령

■ 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제72조 (청구대상)

① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

제105조 (납세의무자등)

① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

제109조 (토지수용등으로 인한 대체취득에 대한 비과세)

③「도시개발법」에 의한 도시개발사업과 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 정비사업(주택재개발사업 및 도시환경정비사업에 한한다)의 시행으로 인하여 당해 사업의 대상이 되는 부동산의 소유자(상속인을 포함한다)가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지, 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물(이하 이 항에서 "환지계획등에 의한 취득부동산"이라 한다)과 사업시행자가 취득하는 체비지 또는 보류지에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산에 대하여는 취득세를 부과한다.

1. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하여 「도시 및 주거환경정비법」등 관계 법령에 의하여 청산금을 부담하는 경우 그 청산금에 상당하는 부동산

2. 환지계획등에 의한 취득부동산의 가액의 합계액이 종전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산. 이 경우 사업시행인가(승계취득일 현재 취득 부동산 소재지가 「소득세법」 제104조의2제1항에 따른 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역지정 또는 정비구역지정) 이후 환지 이전에 부동산을 승계취득한 자에 한한다.

제127조의2 (대체취득등기에 대한 비과세)

② 제109조의 규정에 의하여 취득세가 비과세되는 부동산등의 등기·등록에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다.

제260조의2 (납세의무자)

지방교육의 질적 향상에 필요한 지방교육재정의 확충에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 이 법의 규정에 의한 등록세(제196조의2의 규정에 의한 자동차의 등록에 대한 등록세를 제외한다), 레저세, 주민세균등할, 재산세, 비영업용 승용자동차(비영업용 기타 승용자동차를 포함한다)에 대한 자동차세 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다.

■ 구 농어촌특별세법(2010. 12. 30. 법률 제10422호로 개정되기 전의 것)

제5조 (과세표준과 세율)

① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

6. 과세표준: 지방세법에 의하여 납부하여야 할 취득세액, 세율: 100분의 10

■ 구 도시 및 주거환경정비법(2010. 12. 27. 법률 제10416호로 개정되기 전의 것)

제28조(사업시행인가)

① 사업시행자(제8조제1항 내지 제3항의 규정에 의한 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에 의한 사업시행계획서(이하 "사업시행계획서"라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야 한다.

제46조(분양공고 및 분양신청)

① 사업시행자는 제28조제4항의 규정에 의한 사업시행인가의 고시가 있은 날(사업시행인가 이후 시공자를 선정한 경우에는 시공자와 계약을 체결한 날)부터 60일 이내에 개략적인 부담금내역 및 분양신청기간 그 밖에 대통령령이 정하는 사항을 토지등소유자에게 통지하고 분양의 대상이 되는 대지 또는 건축물의 내역 등 대통령령이 정하는 사항을 해당 지역에서 발간되는 일간신문에 공고하여야 한다. 이 경우 분양신청기간은 그 통지한 날부터 30일 이상 60일 이내로 하여야 한다. 다만, 사업시행자는 제48조제1항의 규정에 의한 관리처분계획의 수립에 지장이 없다고 판단하는 경우에는 분양신청기간을 20일의 범위 이내에서 연장할 수 있다.

② 대지 또는 건축물에 대한 분양을 받고자 하는 토지등소유자는 제1항의 규정에 의한 분양신청기간 이내에 대통령령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 사업시행자에게 대지 또는 건축물에 대한 분양신청을 하여야 한다.

제48조(관리처분계획의 인가 등)

① 사업시행자(주거환경개선사업을 제외한다)는 제46조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 제46조에 따른 분양신청의 현황을 기초로 다음 각호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 같으며, 이 경우 조합은 제24조제3항제10호의 사항을 의결하기 위한 총회의 개최일부터 1개월 전에 제3호부터 제5호까지에 해당하는 사항을 각 조합원에게 문서로 통지하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 신고하여야 한다.

1. 분양설계

2. 분양대상자의 주소 및 성명

3. 분양대상자별 분양예정인 대지 또는 건축물의 추산액

4. 분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물의 명세 및 사업시행인가의 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격(사업시행인가 전에 제48조의2제2항에 따라 철거된 건축물의 경우에는 시장ㆍ군수에게 허가 받은 날을 기준으로 한 가격)

5. 정비사업비의 추산액(주택재건축사업의 경우에는「재건축 초과이익 환수에 관한 법률」에 따른 재건축부담금에 관한 사항을 포함한다) 및 그에 따른 조합원 부담규모 및 부담시기

6. 분양대상자의 종전의 토지 또는 건축물에 관한 소유권 외의 권리명세

7. 세입자별 손실보상을 위한 권리명세 및 그 평가액

8. 그 밖에 정비사업과 관련한 권리 등에 대하여 대통령령이 정하는 사항

제52조(정비사업의 준공인가)

① 시장ㆍ군수가 아닌 사업시행자는 정비사업에 관한 공사를 완료한 때에는 대통령령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 시장ㆍ군수의 준공인가를 받아야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 준공인가신청을 받은 시장ㆍ군수는 지체없이 준공검사를 실시하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수는 효율적인 준공검사를 위하여 필요한 때에는 관계행정기관ㆍ정부투자기관ㆍ연구기관 그 밖의 전문기관 또는 단체에 준공검사의 실시를 의뢰할 수 있다.

③ 시장ㆍ군수는 제2항 전단 또는 후단의 규정에 의한 준공검사의 실시결과 정비사업이 인가받은 사업시행계획대로 완료되었다고 인정하는 때에는 준공인가를 하고 공사의 완료를 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

제54조(이전고시 등)

① 사업시행자는 제52조제3항 및 제4항의 규정에 의한 고시가 있은 때에는 지체없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에 정한 사항을 분양을 받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 한다. 다만, 정비사업의 효율적인 추진을 위하여 필요한 경우에는 당해 정비사업에 관한 공사가 전부 완료되기 전에 완공된 부분에 대하여 준공인가를 받아 대지 또는 건축물별로 이를 분양받을 자에게 그 소유권을 이전할 수 있다.

② 사업시행자는 제1항의 규정에 의하여 대지 및 건축물의 소유권을 이전하고자 하는 때에는 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시한 후 이를 시장ㆍ군수에게 보고하여야 한다. 이 경우 대지 또는 건축물을 분양받을 자는 고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물에 대한 소유권을 취득한다.

■ 구 도시재개발법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지되기 전의 것)

제34조 (관리처분계획의 인가등)

① 시장·군수 또는 구청장외의 시행자는 제33조의 규정에 의한 분양신청기간이 경과한 때에는 이 법이 정하는 바에 의하여 대지 및 건축시설에 관한 관리처분계획(이하 "관리처분계획"이라 한다)을 정하여 시장·군수 또는 구청장의 인가를 받아야 한다. 다만, 시행자 외의 토지 등의 소유자가 없는 경우에는 그러하지 아니하다.