등록세를 자진신고납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없는 이상 교육세에 대하여도 역시 납세자에게 자진납부의무가 있다고 할 수 없으므로, 납세자가 교육세를 자진납부할 의무가있음을 전제로 한, 부과처분 중 교육세에 관하여 가산세 금 18,510원을 부과한 부분은 위법하다.

1. 부과처분의 경위

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 각 성립에 다툼이 없는 갑 제1호증의 1(을 제7호증의 6과 같다), 2(을 제7호증의 8과 같다), 갑 제15호증, 갑 제16호증의 4, 5, 갑 제34호증(을 제12호증과 같다), 을 제3호증의 1, 2, 을 제6호증의 1, 2, 을 제7호증의 1 내지 4, 을 제11호증의 1 내지 4, 을 제14호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

가. 원고는 1990. 9. 3. 선교사 훈련 및 파송, 국내외 제자훈련, 농촌사회 개발훈련 및 지원을 통한 선교 등 종교를 목적으로 하여

민법 제32조에 의하여 설립된 비영리법인이다.

나. 원고는 1992. 1. 10.

소외 최창근, 같은

최병칠, 같은

의화농림기술학교로부터 경기 양평군

양동면 쌍학리 산 4의 1 임야 39,669㎡, 같은 리 산 2의 1 임야 26,182㎡, 같은 면

석곡리 산 99 임야 198㎡, 같은 리 산 100 임야 48,893㎡를 각 증여받아 위 각 임야에 관하여 1992. 1. 30. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 또한 원고는 1992. 1. 10.

소외 의화농림기술학교로부터 경기 양평군 양동면

삼산리 산 4 임야 104,707㎡를 증여받아 1992. 4. 30. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다(이하 위 5필지의 임야를 ‘이 사건 각 임야’라 한다).

다. 원고는 원고의 목적사업에 직접 사용하기 위하여 이 사건 각 임야를 취득하였다는 이유로 위

삼산리 산 4 임야 104,707㎡의 취득을 제외한 이 사건 각 임야의 취득 및 등록에 관하여 취득세 및 등록세를 자진신고납부하지 아니하였고, 다만 경기 양평군 양동면

삼산리 산 4 임야 106,116㎡는 1991. 2. 24.

삼산리 산 4 임야 104,707㎡와

삼산리 산 4의 1 임야 1,409㎡로 분할되었는데, 원고는 분할전

삼산리 산 4 임야 106,1

16㎡의 취득에 관하여 피고에게 취득세 금 1,135,010원을 납부하였다.

라. 피고는, 원고가 이 사건 각 임야를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 원고의 고유업무에 직접 사용하지 아니하였고 또한 산림업을 주업으로 하지 아니하는 원고가 이 사건 각 임야를 취득한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 지목을 변경하여 원고의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하지 아니함으로써, 이 사건 각 임야가 원고의 비업무용 토지가 되었다는 이유로, 1996. 3. 3. 원고에 대하여 이 사건 각 임야의 과세시가표준액의 합계 금 115,697,524원(뒤에서 보는 바와 같이 실제로는 115,697,224원이나 피고가 착오를 일으켰다)에 구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제112조 제2항 소정의 세율(1,000분의 20×100분의 750)을 곱하여 산출한 취득세 금 17,354,620원에서 원고가 이미 납부한 위 취득세 금 1,150,290원 중 위

삼산리 산 4 임야 104,707㎡에 해당하는 취득세 530,690원을 공제하고 이에 가산세 금 3,364,780원을 합한 금 20,188,710원을 취득세로 부과하였다. 그리고 피고는, 원고가 이 사건 각 임야의 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 각 임야를 목적사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 1996. 3. 3. 원고에 대하여 이 사건 각 임야의 과세시가표준액의 합계 115,697,524원(뒤에서 보는 바와 같이 실제로는 115,697,224원이나 피고가 착오를 일으켰다)에

구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것) 제131조 제1항 제2호단서 소정의 세율(1,000분의 8)을 곱하여 산출한 등록세 금 925,580원 및 이에 대한 가산세 금 185,110원을 합하여 등록세로 금 1,110,690원을, 위 등록세액 금 925,580원에 구 교육세법(1995. 12. 29. 법률 제5037호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제5조 제1항 제4호 소정의 세율(100분의 20)을 곱하여 산출한 교육세 185,110원 및 이에 대한 가산세 금 18,510원을 합하여 교육세로 금 203,620원을 각 부과하였다.

마. 그 후 피고는 위 취득세 산출세액에서 기납부세액을 공제하는 과정에서 기납부세액을 잘못 계산한 것을 발견하고 기납부세액을 금 1,135,010원(=1,150,290원×104,707㎡/106,116㎡, 10원 미만은 버림, 이하 같다)으로 다시 계산한 다음, 위 기납부세액을 위 취득세 산출세액 금 17,354,620원에서 공제하고 이에 가산세 금 3,243,920원을 합하여 취득세액을 금 19,463,530원으로 감액(금 725,180원을 감액)경정하기로 결정하고, 1997. 8. 19. 원고에게 위 감액경정결정을 통지하였다(이하 위 1996. 3. 3.자 등록세 및 교육세 부과처분과 같은 날짜 취득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 금 19,463,530원 부분을 '이 사건 각 부과처분'이라 한다).

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는, 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 각 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 첫째, 이 사건 각 임야의 대부분에는 밤나무 8,000여 그루가 식재되어 있고 일부에는 버섯재배시설과 지렁이양식장 및 물저장시설이 있으며, 원고는 매년 10회 이상 제자훈련 및 농촌연수과정을 실시하면서 위 밤나무단지와 버섯재배시설을 농업기술지도 실습장으로 사용하고 왔고, 더욱이 위 밤나무단지에서 수확한 밤을 판매하여 그 수입을 원고의 수입금으로 계상하여 왔으므로, 원고는 이 사건 각 임야를 원고의 목적사업에 직접 사용하여 왔다 할 것이고 이에 따라 이 사건 각 임야는 원고의 비업무용 토지에 해당하지 아니한다 할 것이니 피고의 이 사건 각 부과처분은 위법하고, 둘째, 이 사건 각 부과처분 중 등록세 및 교육세에 관하여 가산세를 부과한 부분은 위법하다고 주장한다.

나. 관계법령

(1) 취득세에 대한 관계법령

구 지방세법(1995. 12. 6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조는 “다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”고 규정하면서, 그

제1호로 “제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득”을 들고 있고,

구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항 제1호는

법 제107조 제1호에서의 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’의 하나로 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 들고 있다.

그리고

구 지방세법 제112조 제1항은 “취득세의 세율은 취득물건의 가액 또는 연부금액의 1,000분의 20으로 한다”고,

제2항은 “대통령령으로 정하는 별장․골프장․고급주택․고급오락장․법인의 비업무용 토지․고급자동차․고급선박을 취득한 경우의 취득세율은

제1항의 세율의 100분의 750으로 한다”고 각 규정하고 있으며,

구 지방세법시행령 제84조의4 제1항은 “

법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지는 법인이 토지를 취득한 날로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지를 말한다”고,

제2항은

제1항에서 ‘법인의 고유업무’라 함은 1. 법령에서 개별적으로 규정한 업무, 2. 법인 등기부상 목적사업으로 규정한 업무, 3. 행정관청으로부터 인․허가를 받은 업무를 말한다고 각 규정하고 있고,

같은 조 제3항은 “다음 각호에 정하는 토지는

제1항 및

제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 본다. 다만 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하면서, 그

제4호로 “농업․축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전․답․과수원․목장용지 및 임야. 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우............ 를 제외한다”를 들고 있으며,

같은 조 제4항은 “다음 각호의 1에 해당하는 토지는

제1항 내지

제3항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용 토지로 보지 아니한다”고 규정하면서, 그

제1호로 “비영리법인이 고유의 업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지로서 취득후 3년간 연평균 수입금액이 당해 토지 가액의 100분의 7 이상인 토지”를 들고 있다.

(2) 등록세에 대한 관계법령

구 지방세법 제127조 제1항은 “다음 각호의 1에 해당하는 것(

제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”고 규정하면서, 그 제1호로 “제사․종교․자선․학술․기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”를 들고 있고,

같은 시행령 제94조 제1항은 “

법 제127조 제1항 제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은

제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”고 규정하고 있다.

그리고

구 지방세법 제131조 제1항 제2호 단서는

민법 제32조의 규정에 의하여 설립된 법인(학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단)이 상속 이외의 사유로 무상으로 소유권을 취득하는 때의 등록세율은 부동산가액의 1,000분의 8로 한다고 규정하고 있다.

다. 판단

(1) 원고의 첫째 주장 중 이 사건 취득세 부과처분에 대한 판단

과연 이 사건 각 임야가 원고의 비업무용 토지에 해당하는지에 관하여 보기로 한다.

살피건대, 갑 제34호증, 을 제11호증의 1 내지 5의 각 기재와 이 법원의 현장검증결과에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 이 사건 각 임야를 취득한 날로부터 1년이 훨씬 경과한 1996. 7. 22.까지 원고 법인의 목적은 ① 국내․외 제자훈련, ② 선교사 훈련 및 파송, ③ 해외 문화교류 및 기술협력, 훈련을 통한 선교, ④ 문서 출판을 통한 신앙교육 및 훈련, ⑤ 농촌사회 개발 훈련 및 지원을 통한 선교, ⑥ 윤리, 도덕적 각성운동 및 사회봉사 활동, ⑦ 위 목적에 수반하는 사업이었던 사실, 이 사건 각 임야는 현재까지 그 지목이 여전히 임야이고 그 대부분에는 10년 내지 20년생 밤나무가 자라고 있고, 경기 양평군

양동면 쌍학리 산 4의 1 임야의 서쪽부분에 버섯 재배와 지렁이 양식을 위한 하우스가 각 1동씩 있는 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

위 인정사실에 의하면, 원고 법인은 종교를 목적으로 하는 법인으로서 농업․축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인임이 명백하며, 원고가 이 사건 각 임야를 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 종교 용도에 직접 사용하고 있지도 아니하므로,

구 지방세법시행령 제84조의4 제1항에 해당하는지 여부에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요 없이

같은 조 제3항 제4호에 의하여 이 사건 각 임야는 원고의 비업무용 토지에 해당한다 할 것이다.

또한 증인

김철우의 증언에 의하여 각 진정성립이 인정되는 갑 제29호증의 2, 4, 5의 각 기재에 의하면, 원고는 이 사건 각 임야에 있는 밤나무단지에서 밤을 수확하여 판매하거나 일반인들로 하여금 위 밤나무단지에서 밤을 수확하도록 하고 입장료를 받아 1992년에는 금 551,000원의, 1994년에는 금 1,415,500원의, 1995년에는 금 150,000원의 각 수입을 얻은 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없으나, 위 수입금액의 연평균이 앞에서 본 이 사건 각 임야의 과세시가표준액의 합계인 금 115,697,224원의 100분의 7에 훨씬 미달함은 계산상 명백하므로,

구 지방세법시행령 제84조의4 제4항에 의하여 이 사건 각 임야를 원고의 비업무용 토지가 아니라고 할 수도 없다.

따라서 원고의 첫째 주장 중 이 사건 취득세 부과처분에 대한 주장은 이유 없다.

(2) 원고의 첫째 주장 중 이 사건 등록세 부과처분에 대한 판단

앞에서 인정한 바와 같은 원고 법인의 목적에 비추어 보면, 원고는 종교를 목적으로 하는 비영리법인이라 할 것이므로, 과연 원고가 이 사건 각 임야를 원고의 종교사업에 직접 사용하였는지 여부에 관하여 보기로 한다.

살피건대, 증인

김철우의 증언에 의하여 각 진정성립이 인정되는 갑 제20호증, 갑 제32호증, 갑 제33호증의 1, 2, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 이 사건 각 임야에 관하여 소유권이전등기를 한 1992. 1. 30. 또는 1992. 4. 30. 이후 1년 이내인 1992. 8. 17.부터 같은 달 19.까지 유기농업과 건강이라는 주제로 제11기 농촌선교연수회를, 1993. 2. 2.부터 같은 달 4.까지 농촌선교와 유기농업이라는 주제로 제12기 농촌선교연수회를 개최한 사실, 위 농촌선교연수회 참가자들은 모두 기독교 교인들로서 12명 또는 15명이었고, 위 각 농촌선교연수회의 일정은 주로 교수나 목사가 성서와 농업, 공동체와 농업, 2천년대의 농업의 과제, 환경보전과 유기농업, 자연농법과 식생활, 농촌선교와 유기농업, 유기농업 소채 재배법 등에 대하여 강의하는 형태로 진행되었으며, 제12기 농촌선교연수회의 경우에만 약 1시간의 현장견학이 있었고 실습은 거의 없었던 사실, 원고는 위 1992. 1. 30. 또는 1992. 4. 30. 이후 1년 기간 내에 국내․외 제자훈련 등 다른 사업을 실시하였으나 모두 이 사건 각 임야와는 아무런 관련이 없는 사업이었던 사실을 인정할 수 있고, 이와는 달리 원고가 위 1년 기간 내에 이 사건 각 임야에 있는 밤나무단지나 버섯 재배 및 지렁이 양식을 위한 하우스에서 영농지도를 하거나 영농실습을 하였다는 증인

김철우, 같은

김채룡의 각 일부 증언은 이를 믿지 아니하며 달리 반증이 없다.

위 인정사실에 비추어 보면, 원고는 이 사건 각 임야를 그 소유권이전등기일로부터 1년 이내에 원고의 목적인 종교사업에 직접 사용하였다고 할 수 없고(가사 원고 법인이 그 목적 중 하나인 농촌사회 개발 훈련 및 지원을 통한 선교를 위하여 위 각 농촌선교연수회 과정이 진행되는 6일 동안 위 밤나무단지 등을 일시적으로 영농지도 또는 실습장으로 사용하였다 하더라도, 그 사실만으로 원고가 이 사건 각 임야를 원고의 목적사업에 사용하였다고 할 수는 없다), 그와 같이 사용하지 아니한 것에 대하여 정당한 사유가 있음을 인정할 만한 아무런 증거도 없다.

따라서 원고의 첫째 주장 중 이 사건 등록세 부과처분에 대한 주장도 이유 없다.

(3) 원고의 둘째 주장에 대한 판단

구 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것) 제151조는 “등록세 납세의무자가

제130조 제2항의 규정에 의한 신고를 하지 아니하거나

제130조 내지

제149조의 규정에 의한 산출세액에 미달한 때에는

제130조의 규정에 의한 과세표준에

제131조 내지

제149조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 100분의 20을 가산한 금액을 세액으로 하여 보통징수방법에 의하여 징수한다”고 규정하고 있다.

그런데 이 사건 각 임야는 원고 명의로 소유권이전등기를 할 때에 등록세가 비과세되었다가, 원고가 그 등기를 한 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 이 사건 각 임야를 원고의 목적사업에 직접 사용하지 아니함으로써 그 등기일로부터 1년이 경과한 1993. 1. 31. 및 같은 해 5. 1.에 이르러 비로소 등록세의 과세요건이 충족되어 등록세 과세대상 부동산이 되었다 할 것이므로 그 때 등록세 납세의무가 성립하였다 할 것인데, 당시의 지방세법(1994. 12. 22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것)은 이와 같이 등기 이후에 과세요건이 충족되는 경우의 등록세 자진신고납부의무에 관한 규정을 결하고 있어서(1995. 12. 22. 법률 제4794호로 개정된

지방세법은 제150조의2를 신설하여 그

제3항에서 등록세를 비과세 받은 후 당해 과세물건이 등록세 부과대상이 된 때에는 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준에 해당 세율을 적용하여 산출한 세액을 신고납부하여야 한다고 규정하고 있다), 등록세 납세의무자에게 위 등록세를 자진신고납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없으므로(

대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10619 판결 참조), 원고가 이 사건 등록세를 자진신고납부할 의무가 있음을 전제로 한, 이 사건 각 부과처분 중 등록세에 관하여 가산세 금 185,110원을 부과한 부분은 위법하다 할 것이다.

그리고

구 교육세법 제9조 제2항은 지방세법의 규정에 의한 등록세의 납세의무자는 지방세법의 규정에 의하여 등록세를 신고․납부하는 때에는 그에 대한 교육세를 신고․납부하여야 한다고 규정하고,

같은 법 제11조는 군수는

제9조 제2항의 규정에 의하여 교육세를 납부하여야 할 자가 이를 그 기간 내에 납부하지 아니한 때에는 미납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로서 가산하여 징수한다고 규정하고 있는바, 위에서 인정한 바와 같이 원고에게 이 사건 등록세를 자진신고납부할 의무를 부과하였다고 볼 수 없는 이상 교육세에 대하여도 역시 원고에게 자진납부의무가 있다고 할 수 없으므로, 원고가 이 사건 교육세를 자진납부할 의무가 있음을 전제로 한, 이 사건 각 부과처분 중 교육세에 관하여 가산세 금 18,510원을 부과한 부분은 위법하다 할 것이다.

따라서 원고의 둘째 주장은 이유 있다.

(4) 마지막으로 직권으로 이 사건 각 임야에 대한 취득세 및 등록세의 과세표준에 관하여 본다.

위 을 제6호증의 2, 을 제11호증의 1 내지 5의 각 기재에 의하면, 이 사건 각 임야의 과세시가표준액의 합계는 금 115,697,224원인 사실을 인정할 수 있고 달리 반증이 없는데, 위 1.에서 본 바와 같이 피고는 이 사건 취득세 및 등록세를 계산함에 있어서 이 사건 각 임야의 과세시가표준액의 합계를 금 115,697,524원으로 잘못 인정하고 이를 토대로 그 과세표준을 각 금 115,697,524원으로 하여 이 사건 취득세 및 등록세를 산출하였음을 알 수 있다.

그러므로 이 사건 각 임야의 취득세 및 등록세 과세표준을 각 금 115,697,224원으로 하여 다시, 이 사건 취득세를 산출하면 금 16,219,570원{=(115,697,224원×20/1,000×7.5)- 기납부세액1,135,010원}이 되고 그 가산세는 금 3,243,910원(=16,219,570원×20/100)이 되어 가산세를 포함한 취득세는 금 19,463,480원이 되며, 이 사건 등록세를 산출하면 금 925,570원(=115,697,224×8/1,000)이 된다(교육세는 변동이 없다).

3. 결론

그렇다면 이 사건 취득세 금 19,463,530원의 부과처분 중 금 19,463,480원을 초과하는 부분과 등록세 금 1,110,690원의 부과처분 중 금 925,570원을 초과하는 부분 및 교육세 금 203,620원의 부과처분 중 금 185,110원을 초과하는 부분은 위법하고 그 나머지 부분은 적법하다 할 것이므로, 원고의 이 사건 각 청구는 위 위법한 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유 있어 이를 각 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는

행정소송법 제8조 제2항,

민사소송법 제89조,

제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.