토지상의 아파트 중 일부는 임대용으로 사용되고 있을 뿐 아니라 그 중 일부를 간호사의 기숙사로 사용한다는 의정부성모병원은 납세자와는 법인격을 달리하는 소외 학교법인 가톨릭학원 소속인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 이를 납세자 법인의 사업에 직접 사용하는 토지라고 할 수 없어 처분은 위법하나, 토지가 유료사용부분과 무료사용부분이 있음에도 각각의 위치, 면적 등을 구분하지 않은 채 그 전체에 대하여 종합토지세를 부과하는 것은 위법하다.

1. 이 사건 부과처분의 경위

을제2호증의 1 내지 24, 을제8호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, ① 원고가 1995. 12. 31.이전부터 별지 기재 각 토지(이하 이 사건 토지라 한다)를 소유하여 오고 있는 사실, ② 피고가 1996. 10. 11. 원고에 대하여 이 사건 토지 중 별지 순번 8, 9, 22의 각 토지를 제외한 나머지 토지를 종합소득세의 과세대상으로, 순번 7-1 내지 7-6 토지를 도시계획세의 과세대상으로 하여 종합토지세(분리과세분) 금 2,844,120원, 도시계획세 금 84,000원, 교육세 금 568,820원, 농어촌특별세 금 402,730원의 부과처분을 하였다가, 4차례의 세액조정 끝에 1998. 4. 30.경 이 사건 토지 중 별지 순번 3, 18, 22의 각 토지를 제외한 나머지 토지를 종합소득세의 과세대상으로, 순번 7-1 내지 7-6 토지를 도시계획세의 과세대상으로 하여 종합토지세(분리과세분) 금 2,841,460원, 도시계획세 금 84,000원, 교육세 금 568,290원, 농어촌특별세 금 395,910원으로 최종 조정(이하 이와 같이 최종 조정된 1996. 10. 11.자 부과처분을 이 사건 부과처분이라 한다)한 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, ① 이 사건 토지 중 별지 순번 1, 2, 4, 5, 6, 12-1 내지 13, 19-1 내지 21, 23 내지 27 토지에는 교회묘지 및 묘지관리소, 도로 등 부속시설이 설치되어 있는데 사용허가된 교회묘지에 대한 사실상의 소유자는 묘주이므로 원고는 종합소득세 납부의무자가 아니며, 가사 그렇지 않다고 하더라도 교회묘지는 비영리사업자인 원고가 그 사업에 직접 사용하는 토지이므로 종합소득세의 과세대상이 아니며, 그렇지 않고 위 묘지 중 일부를 유료로 사용한다 하더라도 그 가운데에는 성직자묘지 등 무료로 사용하는 부분도 있고 자연림이나 바위산 등 묘지로 사용할 수 없는 부분도 있는데 이러한 토지 부분은 종합소득세의 과세대상이 아니고, ② 별지 순번 7-1 내지 7-6 토지상의 아파트는 의정부성모병원 간호사의 기숙사로 사용되고 있으므로 위 토지는 비영리사업자인 원고가 그 사업에 직접 사용하는 토지로서 종합소득세의 과세대상에서 제외되어야 함에도 이를 모두 과세대상으로 본 이 사건 부과처분은 위법하다고 주장한다.

나. 법령의 규정

(1) 종합토지세

지방세법(1997. 8. 30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제234조의8,

9,

17은 매년 6. 1. 현재 토지를 사실상 소유하고 있는 자는 종합토지세를 납부하여야 하는 것으로 규정하고 있고,

법 제234조의15 제4항,

제2항 제6호 ,

법시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제194조의15 제4항제14조는

법시행령 제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 1995. 12. 31.이전부터 소유하고 있는 토지는 종합소득세 중 분리과세대상으로 규정하고 있으며,

법시행령 제79조 제1항 제1호는 비영리사업자 가운데 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 열거하고 있고, 한편

법 제234조의12는 종합토지세가 비과세되는 토지 가운데 제사․종교․자선․학술 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자(

법시행령 제194조의6 제2항에 의하여 위

법시행령 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다)가 그 사업에 직접 사용하는 토지(제2호)를 열거하면서, 다만 이에 해당하더라도 대통령령이 정하는 수익사업(

법시행령 194조의6 제1항,

제78조의2에 의하여 소정의 의료업을 제외한

법인세법 제1조의 규정에 의한 수익사업을 말한다)에 사용하는 경우와 당해 토지가 유료로 사용되는 경우의 그 토지 및 당해 토지의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우 그 일부토지에 대하여는 과세하도록 규정하고 있다(

법 제234조의 12 단서).

(2) 도시계획세

법 제235조 제1항,

제235조의2 제1호,

제236조,

제237조 제1항은, 도시계획세의 과세기준일 현재 종합토지세의 납세의무가 있는 자는 도시계획법에 의하여 고시한 도시계획구역안에 있는 대통령령으로 정하는 토지(이 사건의 경우 건축물은 제외) 가액의 2/1,000에 해당하는 도시계획세를 납부하여야 하는 것으로 규정하고 있고,

법시행령 제195조 제1항은 종합토지세 과세대상토지 중 전․답․과수원․목장용지․임야를 제외한 토지와 토지구획정리사업법에 의하여 환지처분의 공고가 된 토지구획정리사업지구안의 모든 토지를 도시계획세의 과세대상토지로 규정하고 있다.

(3) 교육세 및 농어촌특별세

교육세법 제3조 제9호,

제5조 제1항 제9호는 지방세법의 규정에 의한 종합토지세의 납세의무자는 납부하여야 할 종합토지세액의 20/100에 해당하는 교육세를 납부하여야 하는 것으로,

농어촌특별세법 제3조 제6호,

제5조 제1항 제8호는 지방세법에 의한 종합토지세의 납세의무자로서 납부세액이 500만원을 초과하는 자는 세액이 500만원 초과 1천만원 이하인 경우에는 500만원을 초과하는 금액의 10/100, 세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 [50만원+1천만원을 초과하는 금액의 15/100]에 해당하는 농어촌특별세를 납부하여야 하는 것으로 각 규정하고 있다.

나. 사실관계

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제2호증, 갑제7호증의 1, 2, 을제2호증, 을제3호증의 1 내지 8, 을제4호증의 1 내지 16, 을제7호증의 2 내지 7호증의 4의 3의 각 기재와 증인 김광섭의 증언(단 뒤에서 믿지 않는 부분 제외)에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고, 이에 어긋나는 위 증인의 일부 증언은 이를 믿지 아니하며, 을제5호증의 1의 일부기재만으로는 이를 뒤집기에 부족하고, 달리 반증이 없다.

① 원고는 천주교회의 유지 경영, 구료 및 자선사업과 탁아사업, 교육사업, 교회묘지의 설치 및 유지 등의 사업을 목적으로 하여(정관 및 법인등기부에 명기되어 있다) 천주교 서울대교구에 속하는 제 교회와 교구에서 설립, 경영하는 재단법인이다.

② 원고는 1974. 11. 27. 경기도지사로부터 별지 순번 1 내지 6 토지 68,100평(225,124㎡, 이하 금호동 교회 묘지라 한다), 별지 순번 12-1,2,3, 13, 19-1,2, 20-1,2 토지 중 196,002평(647,943㎡, 이하 혜화동 교회 묘지라 한다), 별지 순번 23 내지 26 토지 43,650평(144,298㎡, 이하 전농동 교회 묘지라 한다)에 관하여 각 사설(공원)묘지 설치허가를 받고, 그 무렵 위 허가받은 토지의 일부에 천주교인들을 위한 교회묘지를 설치하였다.

③ 위 묘지설치허가를 받을 당시 원고는 위 묘지를 a, b, c 등급으로 나누어 유료로 공급하겠다는 사업계획서를 제출하였고, 위 혜화동 교회는 1989. 12. 26. 소외 한영일에게 묘지 1기(6평)를 금 977,000원(산역비 90만원, 관리비 6만원, 부속건물사용료 1만원)에, 1991. 6. 21.

소외 박유신에게 묘지 1기(6평)를 금 1,660,000원(산역비 20만원, 5년간 관리비 6만원, 부속건물사용료 및 묘지번호비 2만원, 묘지사용비 138만원)에 각 사용하게 하였으며, 전농동 교회는 1994. 1. 16.

소외 신승기에게 묘지 1기(3평)를 금 3,360,000원(묘지값 150만원, 관리비 60만원, 석물비 100만원 등)에 사용하게 하였고, 금호동 교회는 1994. 3. 11.

소외 최광국에게 묘지 1기(3평)를 금 2,318,000원(묘지사용료 150만원, 영구관리비 60만원, 산역비 15만원, 번호판 4천원 등)에, 1994. 3. 29.

소외 이정의에게 묘지 1기(6평형 중 3평 합장용)를 금 818,000원(산역비 15만원, 시설사용료 15만원, 영구관리비 60만원 등)에 각 사용하게 하는 등 위 묘지의 일부를 일반 교인들에게 유료 공급하였다.

④ 그러나 위 묘지 가운데에는 국민장을 치른 전 국무총리 장면의 묘나 수녀 등 성직자의 묘, 애긍자묘(사형집행을 받은 자 등 불쌍한 사람들의 묘) 등으로 무료 사용되는 부분도 상당 부분 있다(혜화동 교회 묘지 부분만 하더라도 고 장면의 묘 9,900평, 수녀원 묘지 5,000평, 애긍자묘 700평 정도가 있다).

⑤ 학교법인 가톨릭학원은 1994. 8. 27. 성립된 법인으로서 원고와는 법인격을 달리하는 별개의 법인이고, 의정부성모병원은 위 학교법인 산하 가톨릭대학교가 설립, 운영하는 부속병원인바, 별지 순번 7-1 내지 7-6 토지상에 있는 아파트는 의정부성모병원 간호사들의 기숙사로 사용하던 것인데 연월일 불상경부터 그 중 일부는 타인에게 임대되고 있다.

다. 종합토지세, 교육세, 농어촌특별세 부분에 대한 판단

(1) 먼저 원고가 위 교회묘지의 사실상의 소유자가 아니어서

법 제234조의9 제1항 소정의 종합토지세 납세의무자가 아니라는 주장에 관하여 살피건대, 위 법조항에서 말하는 ‘사실상의 소유자'라 함은 공부상 소유자로 등재되어 있지 아니하더라도 객관적으로 보아 당해 택지를 배타적으로 사용․수익․처분할 수 있고 언제라도 공부상 소유자로 등재될 수 있는 상태에 있는 자를 말하는 것인데, 앞서 본 사실관계에 의하면 원고는 사용료를 받고 묘지의 사용권을 부여하였을 뿐이고, 묘주에게 영구적인 사용권을 부여하였다고 하여 공부상 소유자인 원고를 위 토지의 사실상의 소유자가 아니라고 할 수 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로 교회묘지는 비영리사업자인 원고가 그 사업에 직접 사용하는 토지이므로 종합소득세의 과세대상이 아니라는 주장에 관하여 살피건대, 원고법인의 정관이나 법인등기부상 원고법인의 정관에서 교회묘지의 설치 및 유지를 원고법인의 목적 중 하나로 명시적으로 규정하고 있고 원고법인이 법 소정의 비영리 사업자임은 앞에서 본 바와 같으므로 이 사건 토지 중 묘지로 조성된 부분은 원고법인의 사업에 직접 사용하는 토지라 할 것이나(

대법원 1995. 5. 23. 선고 94누13831 판결 참조), 그밖에 원고 주장과 같이 자연림이나 험한 바위산으로서 묘지로 사용하고 있지 아니한 부분은 가사 정당한 사유가 있어 그 부분을 묘지로 사용하지 않고 있다 할지라도 이를 원고법인의 사업에 직접 사용하고 있다고 할 수 없으며(

대법원 19997. 12. 12. 선고 97누14644 판결;

1986. 10. 14. 선고 85누388판결 참조), 달리 위 부분이

법 제234조의12 소정의 비과세대상에 해당한다고 볼 자료도 없다.

한편,

법 제234조의 12에서 규정하는 ‘유료로 사용되는 경우’라 함은 당해 재산 등의 사용에 대하여 사용자가 비영리사업자에게 대가를 지급하는 경우를 말하는 것으로서 그 사용이 대가적 의미를 갖는다면 사용기간의 장단이나 대가의 지급방법 및 그 대가의 다과 등은 이를 묻지 아니하는 것인바, 앞에서 본 바와 같이 원고가 일부 묘지에 대하여는 그 사용을 허가하면서 묘주로부터 사용료, 관리비 등의 명목으로 대가를 지급받은 이상 이를 유료로 사용하였다고 할 것이어서(

대법원 1998. 1. 23. 선고 97누8731 판결;

1993. 9. 14. 선고 92누15505 판결 참조), 위 묘지 조성 부분 중 대가를 지급받고 묘지의 사용을 허가한 부분은 비과세대상에서 제외된다고 할 것이므로 결국 원고의 위 주장은 무료사용되는 묘지 부분에 한하여 이유 있고, 그 나머지는 이유 없다.

그런데, 앞에서 본 바와 같이 이 사건 토지 중 묘지로 사용되는 부분 가운데에는 유료로 사용되는 부분과 무료로 사용되는 부분이 있고 그 중 종합소득세의 부과대상이 되는 부분은 유료로 사용되는 부분에 한정된다고 할 것인데, 피고가 제출한 자료만으로는 이 사건 토지 중 유료로 사용되는 묘지 부분의 위치와 면적을 확인할 수가 없고, 이 점에 대하여 피고는 묘지로 사용되고 있는 토지 전체가 유료로 사용되고 있다고 일관되게 주장할 뿐 더 이상의 입증을 하지 않고 있으므로(1994. 6. 14. 대법원의 상고기각으로 확정된 당원 91구26654호 1991년도분 종합토지세등부과처분취소사건에서도 이 사건 묘지로 사용되고 있는 토지의 일부에 관하여 이 사건에서와 마찬가지로 유료사용부분과 무료사용부분이 있음에도 각각의 위치, 면적 등을 구분하지 않은 채 그 전체에 대하여 종합토지세를 부과하는 것은 위법하다는 판단이 있었다), 결국 이 사건에 있어 정당한 종합소득세액을 산출할 수가 없다.

(3) 그렇다면, 이 사건 부과처분 중 종합소득세 부분 및 종합소득세액의 확정을 전제로 하는 교육세, 농어촌특별세 부분은 전부 위법하다고 할 수 밖에 없다.

라. 도시계획세 부분에 대한 판단

원고는, 이 사건 도시계획세의 부과대상인 별지 순번 7-1 내지 7-6 토지상의 아파트는 의정부성모병원 간호사의 기숙사로 사용되고 있으므로 위 토지는 종합소득세의 과세대상이 아니므로 도시계획세의 부과대상도 아니라는 취지로 주장하나, 앞에서 본 사실관계에 의하면 위 토지상의 아파트 중 일부는 임대용으로 사용되고 있을 뿐 아니라 그 중 일부를 간호사의 기숙사로 사용한다는 의정부성모병원은 원고와는 법인격을 달리하는 소외 학교법인 가톨릭학원 소속인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로 이를 원고 법인의 사업에 직접 사용하는 토지라고 할 수 없다.

그렇다면, 원고의 위 주장은 이유 없고, 그밖에 위 도시계획세 부과처분에 위법이 있음을 찾아 볼 수도 없으므로 이 사건 부과처분 중 위 부분은 적법하다 할 것이다.

3. 결론

따라서, 이 사건 부과처분 중 종합소득세, 교육세, 농어촌특별세 부과부분은 위법하므로 이를 취소할 것인바, 원고의 청구는 위 인정범위내에서 이유 있어 이를 취소하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.