상고이유를 판단한다.

1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 판결에서 채용하고 있는 증거들을 종합하여, 원고 한화증권 주식회사, 원고 한화개발 주식회사, 파산자 한화종합금융 주식회사 및 소외 태평양건설 주식회사(1996. 10. 16. 원고 한화개발 주식회사에 흡수 합병되었다. 이하 “소외 태평양건설”이라 한다)가 1984. 10. 31. 도시재개발법의 규정에 따라 공동사업시행자로 지정되고(이하 위 공동사업시행자들을 “원고등”이라 한다), 1985. 10. 29. 서울특별시 고시 제728호로 사업시행기간을 1989. 10. 30.까지(이후 1997. 10. 31.까지 연장되었다)로 하는 소공구역 제2지구 재개발사업시행을 인가받으면서 1984. 11. 16.부터 1986. 1. 14.까지 사이에 위 재개발사업의 시행을 위하여 이 사건 각 토지를 취득한 사실, 피고는 1996. 6. 1.을 과세기준일로 하여 1996. 10. 10. 원고 등에 대하여 원심판시와 같이 종합토지세, 도시계획세, 교육세 및 농어촌특별세 부과처분(이하 “이 사건 과세처분”이라 한다)을 한 사실을 인정한 다음, 시세의 과세 또는 면제에 관하여 규정한 조례가 개정된 경우에 개정된 조례의 부칙에 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하도록 하는 경과규정을 두었다가 다시 당해조례가 개정되면서 이와 같은 경과규정을 따로 두고 있지 아니하였다 하더라도, 이미 기득권 등 보호의 요건이 갖추어져 있는 이상 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 종전 조례를 적용하여야 한다고 전제하고, 원고등이 도시재개발사업의 사업시행자로서 재개발구역 내에서 재개발사업의 시행을 위하여 취득한 이 사건 각 토지에 대하여는 원고 등이 위 사업시행자로 지정될 당시 시행되고 있던 구 서울특별시 재개발구역내건축물에대한시세과세면제에관한조례(1984. 2. 23. 조례 제1858호로 개정된 조례, 이하 “조례 제1858호”라 한다)에 따라 그 재개발사업이 완료되는 연도분까지 재산세와 도시계획세가 면제되어야 할 것이므로 이 사건 각 토지에 대하여 재산세의 성격을 가진 종합토지세 및 이에 부가된 도시계획세, 교육세와 농어촌특별세를 부과한 이 사건 과세처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 시세의 과세 또는 면제에 관한 조례가 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에 있어서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세의무자에게 유리한 종전 조례를 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전 조례를 적용해야 할 것이지만(대법원 1985. 4. 9. 선고 83누453 판결, 1987. 5. 12. 선고 87누88 판결, 1990. 4. 10. 선고 89누4468 판결 각 참조), 개정 조례 부칙에서 종전의 규정을 개정 조례 시행후에도 계속 적용한다는 경과규정을 두지 아니한 이상, 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 조례 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 조례를 적용하여야 할 것이다(대법원 1995. 8. 22. 선고 95누825 판결 참조).

나아가 이 사건과 관련된 조례의 개정경위에 관하여 보건대, 위 사업시행자 지정 당시의 조례 제1858호 제2조 제1호에 의하면 도시재개발법의 규정에 의한 사업시행자가 재개발구역 내에서 재개발사업 시행을 위하여 취득하는 토지 및 건축물에 대하여는 재개발사업시행 인가일로부터 재개발사업시행이 완료되는 연도분까지의 재산세 및 도시계획세가 면제되었었는데, 1984. 2. 23. 조례 제1963호로 개정되어 1985. 1. 1.부터 시행된 같은 조례(이하 “조례 제1963호”라 한다)는 위와 같은 면제사유를 삭제하는 한편 부칙 제2항에서 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 의하여 부과하였거나 부과하여야 할 시세에 대하여는 종전의 예에 의한다”는 경과규정을 둠과 동시에 시행기간에 관하여 정하고 있던 종전 조례 부칙 제2항을 “이 조례는 따로 정하는 경우를 제외하고는 1985. 12. 31.까지 시행한다”고 개정하였고 그 후 수차례의 개정을 거쳐 그 시행기간이 1994. 12. 31.까지 계속 연장되었으나, 그 이후 위 시행기간이 연장됨이 없이 1994. 12. 31. 조례 제3145호로 서울특별시세감면조례가 제정되어 그 다음날부터 시행된 후 1996. 3. 20. 조례 제3270호로 개정되어 1996. 4. 1.부터 시행된 같은 조례에는 위와 같은 재산세 및 도시계획세에 대한 면제규정이 없고 다른 특별한 경과규정도 찾아볼 수 없다.

따라서 조례 제1963호 부칙 제2항에 규정된 경과규정은 그 시행기간인 1994. 12. 31.이 경과함으로써 실효되었다 할 것이고, 이 사건 과세처분의 과세기준일인 1996. 6. 1. 당시에는 조례상 면제규정이 없을 뿐만아니라 아무런 경과규정도 없게 되었으므로, 다른 특별한 사정이 없는 한 납세의무성립시, 즉 위 과세기준일 당시에 시행되는 개정 조례를 적용하였어야 할 것임에도 불구하고, 원심이 기득권 및 신뢰보호를 들어 재산세 및 도시계획세의 면제에 관하여 정한 위 종전 조례 제1858호 제2조 제1호가 이 사건 과세처분에 적용될 수 있다고 판단한 것은 신뢰보호에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법을 범하였다 할 것이고, 원심이 들고 있는 판례는 이 사건과 그 사안을 달리하여 이 사건에 그대로 원용할 수 없다. 상고이유 중 이 점을 지적하는 부분은 이유이 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리․판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.