종합토지세, 농어촌특별세, 용지부대비, 용지비에 대한 간접비등과 이에 대한 일반관리비 부분을 개발비용에서 제외하고 산정한 개발부담금 부과처분은 적법하다

1. 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 제 10호증의 1 내지 4, 을 제1호증, 제2호증의 1 내지 8, 제3호증의 1 내지 9, 제4호증의 1 내지 5, 제5호증의 1 내지 5, 6호증의 1 내지 3, 7호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고는 한국토지공사법에 의하여 설립된 정부투자기관으로서 정부의 주택 200만호 건설정책에 따라 대단위 택지조성으로 수도권지역의 주택난 해소와 쾌적한 주거환경의 조성 및 다양한 주택수요에 부응할 목적으로, 1989. 8. 30. 건설부 고시 제491호로 성남시 분당구 일대의 토지 19,639,218.6(당초 17,850,000였으나 그후 수차례 실시계획의 변경등으로 사업완료시 준공면적은 위와 같이 증가하였다)에 대하여 성남분당지구택지개발사업의 개발계획승인을 받아 사업을 시작하여 1993. 6. 30.까지 위 전체 토지 중 862,972.3에 대하여 제1단계 개발사업을 완료한데 이어, 나머지 토지 18,776,246.3(이하 이 사건 토지라고 한다)에 대하여는 1995. 6. 30.까지 제2, 3단계 개발사업을, 같은 해 12. 30.까지 제4 내지 6단계 개발사업을, 1996. 12. 31.까지 제7단계 개발사업을 차례로 완료하였으며, 각 단계별 준공면적은 별지 제1목록 기재와 같다.

나. 이에 피고는 1997. 3. 31. 원고에게 위 제2 내지 7단계 택지개발사업(이하 이 사건 개발사업이라 한다)에 대한 개발부담금으로 금 395,468,488,990원을 부과하였다가, 1997. 9. 29. 금 914,704,770원을 증액하여 개발부담금을 금 396,383,193,760원으로 경정, 부과(이하 1997. 9. 29.자 처분이라 한다)하였으나, 행정심판절차에서 중앙토지수용위원회(이하 중토위라고만 한다)가 1997. 12. 19. 위 처분의 근거가 된 부과개시시점지가, 부과종료시점지가, 개발비용 등의 산정이 위법하여 개발부담금을 재산정, 부과하여야 한다는 이유로 1997. 9. 29.자 처분을 전부 취소하는 재결을 하자, 피고는 그 취지에 따라 다시 1998. 4. 2. 원고에 대하여 금 194,299,811,600원의 개발부담금을 부과(이하 1998. 4. 2.자 처분이라 한다)하였다가, 원심판결 선고 이후인 2000. 2. 18. 별지 제2, 3목록 기재와 같이 ‘용지비에 대한 간접비’ 금 8,530,361,139원 부분을 개발비용에서 제외하고 금 3,914,532,432,316원을 개발비용으로 보아 금 195,857,832,960원의 개발부담금을 부과(이하 이 사건 처분이라고 한다)하였다.

2. 처분의 적법여부에 대한 판단

가. 본안전 항변에 대한 판단

원고가 이 사건 처분의 일부취소를 구함에 대하여, 피고는 본안전 항변으로서, 중토위의 위 1997. 12. 19.자 재결은 위 1997. 9. 29.자 처분의 일부를 취소하는 것으로 보아야 하고, 따라서 그 취지에 따라 행하여 진 1998. 4. 2.자 처분은 당초 처분의 감액경정처분으로서 독립하여 쟁송의 대상이 될 수 없으므로, 이 사건 개발부담금 부과처분 관련 항고소송의 대상은 1997. 9. 29.자 처분 중 위 재결에 의하여 취소되지 아니한 부분이 된다 할 것인데, 원고는 위 1997. 9. 29.자 처분에 대하여 별도의 전심절차를 거치지 아니하였을 뿐 아니라 위 재결서 수령일로부터 90일의 제소기간이 경과하였음이 역수상 명백한 1998. 6. 30.에 이르러서야 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소는 부적법하다고 주장한다.

살피건대, 재결청의 재결내용이 처분청에 취소를 명하는 것이 아니라 처분청의 처분을 스스로 취소하는 것일 때에는 그 재결에 형성력이 발생하여 당해 행정처분은 별도의 행정처분을 기다릴 것 없이 당연히 취소되어 소멸되는 것이라고 할 것인바(

대법원 1994. 4. 12. 선고 93누1879 판결 등 참조), 이 사건의 경우 앞서 본 바와 같이 중토위는 1997. 12. 19. 재결로서 처분청에 대하여 당초 처분의 취소를 명한 것이 아니라, 당초 처분 전체를 직접 취소한 것이므로 당초 처분은 중토위의 위 재결에 의하여 완전히 소멸되었다고 할 것이고, 제소기간등의 준수여부는 그 후 새로 이루어진 1998. 4. 2.자처분을 기준으로 판단하여야 할 것인데, 원고가 그 제소기간 내인 같은 해 6. 30. 적법하게 이 사건 소를 제기한 사실은 기록상 명백하므로 피고의 위 주장은 이유없고, 나아가 이 사건은 소송계속 중 처분의 변경으로 인한 소의 변경의 경우로서 원고가 처분이 변경된 2000. 2. 18.부터 60일 이내인 같은해 3. 30. 소변경신청을 하였음이 기록상 분명하므로, 피고의 본안전 항변은 어느모로 보나 이유 없다.

나. 본안에 대한 판단

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 사유를 들어 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

첫째, 중토위가 행정심판절차에서 당초의 개발부담금부과처분을 취소하여 그 재결이 확정되었음에도 피고가 아무런 근거 없이 다시 이 사건 처분으로 개발부담금을 부과한 것은위법하다.

둘째, 개발비용을 추가로 인정하여야 한다는 주장으로서, ① 종합토지세 금 20,707,086,013원은 원고가 이 사건 개발사업을 위하여 개발기간동안 불가피하게 이 사건 토지를 원고 소유로 보유하느라 납부한 제세공과금으로 개발비용 중 순공사비에 해당하고, ② 농어촌특별세 금 15,833,367,599원 또한 특별부가세 감면과 관련된 제세공과금이며, ③ 용지부대비 금 10,850,668,285원은 이 사건 토지를 매입하거나 측량, 감정 등을 하는 과정에서 택지개발사업과 관련하여 필요 불가결하게 지출된 각종 공과금 및 등기비용등이어서 순공사비에 산입되어야 하고, ④ 용지비에 대한 간접비 금 8,530,361,139원도 개발사업을 위해 직접 또는 보조적으로 작업을 수행하는 사업시행자인 원고 공사의 직원의 인건비로서 개발비용에 해당하고 ⑤위와 같은 각종 비용이 순공사비로 새로 산입됨에 따라 그 비용의 5%에 해당하는 일반관리비도 개발비용으로 추가로 인정하여야 한다.

(2) 판단

(가) 먼저, 이 사건 처분이 중토위의 재결 취지에 따른 것이 아니라는 주장에 관하여 본다.

을 제1호증의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 중토위의 재결은 1997. 9. 29. 처분을 취소한 것이기는 하나, 이는 개발부담금을 전혀 부과하지 않아야 한다는 취지가 아니라 그 전제가 된 산정기준이 잘못 되었으니 이를 바로 잡아 개발부담금을 재산정, 부과하여야 한다는 취지로 당초 처분을 취소한 것임이 명백하고, 따라서 피고가 그 취지에 따라 1998. 4. 2. 자 처분과 이 사건 처분으로 개발부담금을 다시 부과한 것 자체에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

(나) 다음으로 개발비용을 추가로 인정하여야 한다는 주장에 대하여 본다.

① 관계법령 및 개발비용의 판단기준

개발비용 산정에 관한 법령의 규정은 별지 제5목록 기재와 같은바,

개발이익환수에관한법률(이하 법이라고만 한다) 제2조 제1호,

제8조에 의하면, 개발이익은 개발사업을 시행함으로써 정상지가상승분을 초과하여 개발사업시행자에게 귀속되는 토지가액의 증가분을 말하고, 그 산식은 [부과종료시점지가 - (부과개시시점 지가 + 정상지가 상승분 + 개발비용)]으로, 개발비용은 결국 부과개시시점 지가와 정상지가상승분을 제외하고 순전히 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용만을 의미하게 된다.

② 종합토지세 부분

갑 제4호증, 제9호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 이 사건 개발사업을 하면서 이 사건 토지에 대하여 부과된 종합토지세 금 20,707,086,013원을 납부한 사실이 인정되나, 이는 토지의 보유에 대하여 부과하는 재산세의 일종으로서 위 택지개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용이라 볼 수 없으므로 이를 순공사비나 기타 경비에 포함시킬 수 없고(대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566판결 참조), 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

③ 농어촌특별세 부분

갑 제4호증, 제9호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 정부투자기관으로서 조세감면규제법에 의하여 이 사건 토지의 분양에 대하여 부과되는 법인세 특별부가세의 50%가 감면되게 됨에 따라,

농어촌특별세법 제5조 제1항에 의하여 그 감면세액의 20%에 해당하는 농어촌특별세 15,833,367,599원이 부과, 고지되어 이를 납부한 사실은 인정된다.

살피건대, 개발이익의 산정에 있어 공제대상이 되는 개발비용 중 순공사비는 재료비, 노무비, 경비를 합한 이른바 공사원가와 제세공과금을 구성요소로 하는 한편, 앞서 본 대로 개발이익 자체가 개발사업을 통하여 얻게 되는 토지의 가치증진으로 인한 이득을 가리키는 것인 이상, 위와같은 공사원가와 제세공과금은 그것이 당해 개발사업의 시행을 위하여 사업대상 토지에 투입되어 그 편익 혹은 가치의 증가를 가져온 것으로 볼 수 있는 경우에만 순공사비로서 개발비용에 해당한다고 할 것이고(

대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566판결 참조), 이러한 점에서 종합토지세나 등록세, 취득세 등은 개발비용에 해당되지 아니하는 것인 점에 비추어 보면, 농어촌특별세 역시 개발사업 자체에 투입된 비용이라고는 볼 수 없어 개발비용에 포함시킬 수 없다고 할 것이고, 법 제12조 제1항이 양도소득세나 특별부가세 중 양도 등의 시점까지에 상당하는 세액을 개발비용에 계상할 수 있도록 규정한 취지는 토지소유자가 개발부담금을 납부한 후 토지를 양도한 경우에는 양도소득에서 개발부담금의 납부액이 필요경비로서 공제될 것임에도 양도소득세나 특별부가세를 납부한 후 개발부담금이 부과되는 경우에는 법 제11조 소정의 개발비용에 해당되지 않아 공제받지 못하는 불합리를 방지하기 위한 것으로 보이는 점, 농어촌특별세는 특별부가세에 종속되는 부대세가 아니라, 농어업의 경쟁력 강화와 농어촌산업 기반시설의 확충 및 농어촌지역 개발사업을 위하여 필요한 재원을 확보함을 목적으로 소득세, 법인세 등의 감면을 받는 자나 법인세, 특별소비세, 증권거래세의 납부의무자 중 일정한 요건에 해당하는 자 등에 대하여 부과하는 독자적인 세금인 점에 비추어 보면, 비록 농어촌특별세가 이 사건 토지의 분양에 대하여 부과되는 특별부가세의 일부 감면에 따라 그 감면세액을 과세표준으로 하여 부과되는 것이고, 특별부가세는 법 제12조에 의하여 개발비용으로 계상된다고 하더라도, 농어촌특별세도 특별부가세와 운명을 같이하여 개발비용으로 계상할 것은 아니라고 할 것이어서, 이 부분 원고의 주장도 이유없다.

④ 용지부대비 부분

㉮ 갑 제4호증 내지 제8호증, 제9호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 다음 사실을 인정할 수 있다.

㉠ 원고는 정부투자기관회계규정에 따른 회계규정 시행세칙, 용지규정 및 그 시행세칙을 마련하여 시행하고 있고, 정부투자기관관리기본법등 관계법령에 따라 매년 재무부장관에게 이 사건 개발사업을 비롯한 원고의 사업 전부에 관하여 재무제표와 그 부속서류 등이 첨부된 결산서를 제출하여 승인을 받았다.

㉡ 원고의 회계규정시행세칙 중 용지부대비 관련 주요 내용은 아래와 같다.

제7조【계정과목】

규정 제14조 제4항의 개별 계정과목은 “절”로 분류하면 별표 제1호와 같다.

[별표1]

5. 제조원가명세서 과목

가. 조성사업

9100000관 조성사업원가

9110000항 용지비(조성사업에 따른 순용지비와 보상비 및 부대비)

9110100목 순용지비(토지취득비)

9110200목 보상비(지장물보상비, 손실보상비용 등)

9110300목 용지부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9110400목 종합토지세

9120000항 조성비

9120100목 도급공사비 : 부지조성공사비, 지급자재비, 가로등공사비,

전기공사비, 가스공사비, 조경공사비, 시설부담금, 기타

9120200목 조성조사설계비

9120300목 조성교육훈련비(IBRD 차관사업과 관련한 교육훈련비)

9120400목 개발부담금(개발이익환수에관한법률에 의한 개발부담금)

9120500목 확정측량비

9120600목 조성부대비(법정부대비, 업무추진비 및 소모성부대비)

9300000 간접비

9310000항 조성간접비

9320000항 국외간접비

제101조【예산편성방법】

① 예산관리자는 정부투자기관관리기본법 제21조의 규정에 의거 경제기획원장관으로부터 시달된 예산편성지침을 기준으로 자체예산편성지침을 작성하여 이를 부문 예산관리자에게 통보한다.

제129조【원가의 구성요소와 구분】

① 원가의 구성요소는 직접비와 간접비로 구분한다.

② 직접비는 용지비, 조성비, 재개발보상비, 건축비로 한다.

③ 간접비는 다음 각 호에 게기하는 부서의 직원에 대한 인건비와 급여성 있는 복리후생비(급식비, 동․하계단련비, 학자금, 복지보험료 등)로 한다.

1. 조성사업 부문

가. 본사의 조성사업 관련부서

나. 지사의 업무개발부, 용지부, 공사부, 품질관리부, 사업단, 개발사업소

2. 국외사업 부문

가. 본사의 국외사업 관련부서

나. 국외소재 사업단 관련부서

㉢ 원고는 1996년 실행예산편성지침에서 부대비과목을 아래와 같이 편성하도록 하고 있다.

(a) 법정부대비

지급수수료 : 감정평가수수료, 측량수수료, 법무사수수료, 기타 지급수수료, 용역수수료

지급임차료 : 사무실 임차료(사업단, 사업소의 임대료 및 관리비)

광고선전비 : 신문광고료(취득․개발의 법정공고 또는 불가피한 신문공고료)

등기소송비 : 등기수수료, 소송비용

세금과 공과 : 원가성 있는 세금과 공과금에 한하여 편성

(b) 소모성부대비 : 일용잡급비, 여비교통비(시내외 출장비, 현장체재비, 교통보조비), 통신비(사업 소비용 및 지사 공통비용), 전력수도료, 연료유지비, 소모품비, 피복비, 도서인쇄비, 지급임차료, 수선유지비, 차량유지비, 차량비, 보험료, 지급수수료, 운반및 보관료, 광고선전비, 등기소송비, 협회비, 협력비, 잡비

(c) 업무추진비 : 기획조정실에서 당해 사업을 원할하게 추진하기 위하여 필요 불가결한 금액을 사 업면적, 지구수,인원, 공구수 등을 감안하여 일괄 편성

㉣ 원고는 이 사건 개발사업을 시행하면서 그에 필요한 용지의 취득 또는 개발사업구역 안의 건물, 입목 등의 철거, 이전 등과 관련된 부대비용으로 별지 제4목록 기재와 같이 합계 금 10,850,668,285원을 지출하였고, 용지부대비의 지출규모는 대체로 순용지비의 지출액 규모와 비례하고 있다.

㉯ 살피건대, 원고의 회계규정 시행세칙등에 규정한 원가계산은 토지에 투하된 경제가치를 일정한 기준에 의하여 계산함으로써 그에 대한 합리적인 장부가격 또는 매각가격을 산정하기 위한 것이어서 이 사건 개발비용의 항목 및 그 산정목적과 반드시 일치하는 것은 아니므로, 원고의 회계규정 시행세칙에 의하여 작성된 원가를 구성하는 각종 비용항목 중 어느 것이 개발비용에 포함될 것인지 여부는 비록 그 비용항목이 외견상 순공사비등을 구성하는 비용항목과 명칭 또는 용도가 동일, 유사하다고 하더라도 개발부담금 제도의 독자적인 관점에서 그 비용이 과연 법 제11조가 정하는 개발사업 자체의 시행과 관련하여 지출된 비용인가 여부에 따라 판단하여야 할 것인바, 위 인정사실에 의하면, 원고가 지출한 용지부대비는 그 내역에 비추어 개발비용 중 순공사비의 요소인 재료비 또는 노무비에 해당한다고 할 수 없고, 나아가 원고가 지출한 용지부대비 중 그 명칭 및 용도(지급수수료, 광고선전비, 등기소송비)로 보아 토지취득 관련 부대비용으로 보이는 법정부대비의 구성비율이 용지매입비의 71%에 이르고, 이 사건 토지의 취득을 위한 순용지비의 지출에 비례하여 용지부대비가 지출된 점 등에 비추어 용지부대비는 단순한 토지취득 및 관리를 위한 부수비용으로 보일 뿐이므로, 용지부대비는 원고의 회계규정 시행세칙등의 비용항목과 명칭 또는 용도에 불구하고 개발비용에 포함될 수 없는 것이라 할 것이고(

대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566판결 참조), 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유없다.

⑤ 용지비에 대한 간접비 부분

원고의 회계규정시행세칙에 의하면, 간접비는 조성간접비와 국외간접비로 나누어 지고, 이는 본사의 조성사업 관련부서, 지사의 업무개발부, 용지부, 공사부, 품질관리부, 사업단, 개발사업소 및 본사의 국외사업 관련부서, 국외소재 사업단 등에 속하는 직원들에 대한 인건비와 복리후생비(급식비, 동․하계단련비, 학자금, 복지보험료 등) 등으로 구성되는 것임은 앞서 ④항에서 본 바와 같고, 갑 제4호증 내지 제8호증, 제9, 10호증의 각 1 내지 4, 을 제6호증의 1 내지 3, 제7호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 이 사건 개발사업의 시행기간 중 간접비로 금 41,582,542,231원을 사용하였고 그 중 조성비에 대한 간접비를 제외한 용지비에 대한 간접비는 금 8,530,361,139원인데 이는 ‘작업현장에서 보조작업에 종사하는 노무자나 종업원 등’이 아닌 ‘원고의 본․지사 등에서 근무하는 관련 부서의 직원’을 그 지급대상으로 하고 있는 사실, 원고는 1998. 4. 2. 처분시에는 용지비에 대한 간접비도 개발비용으로 인정하였다가 이 사건 처분시에는 이를 개발비용에서 제외하고 개발부담금을 재산정하여 증액경정한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실을 종합하면, 이 사건 간접비 중 용지비에 대한 간접비는 ‘작업현장에서 보조작업에 종사하는 노무자나 종업원 등’을 지급대상으로 하는 예정가격준칙상의 ‘간접노무비’와는 성격을 달리하는 것으로서 이를 순공사비에 해당하는 개발비용이라고 할 수 없다 할 것이다.(

대법원 2000. 6. 9. 선고 98두15566판결 참조)

⑥ 일반관리비 부분

앞서 본 각종 비용이 개발비용에 해당되지 않으므로, 그것이 개발비용에 해당됨을 전제로 그 비용의 5%에 해당하는 일반관리비도 개발비용으로 추가로 인정하여야 한다는 원고의 주장은 나아가 살필 필요없이 이유없다.

(3) 소결론

그렇다면 위 종합토지세, 농어촌특별세, 용지부대비, 용지비에 대한 간접비등과 이에 대한 일반관리비 부분을 개발비용에서 제외하고 산정한 이 사건 개발부담금 부과처분은 적법하다고 할 것이고, 그것이 위법함을 전제로 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유없다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 청구는 이유없어 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 원심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 원고의 항소 및 당심에서의 확장청구는 이유없어 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.