1. 원심의 판단은 다음과 같다.

원심은, 원고가 1993. 3.경 1992 사업연도 법인세를 신고하면서 원고의 미국·영국·일본 등 소재 국외지점이 지급받은 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득 합계 381,107,081원에 대하여, ① 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것, 이하 '조감법'이라 한다) 제28조의2를 적용하여 위 이자소득에 대한 외국납부세액 10,453,125원을 손금 산입하여 법인세 과세표준금액 및 법인세액을 산출하고, ② 조감법 제69조 제2항 제1호에 의한 면제세액을 계산함에 있어서 당시의 법인세법시행령 제11조 제1항을 적용하여 위 이자소득이 총 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산정한 금액을 계산하고 이를 위 ①의 산출세액에서 공제하여 총 결정세액을 산정한 다음 여기에서 기납부세액을 공제한 695,029,965원을 신고·납부한 사실, 피고는 1998. 3. 26. 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득에 대한 외국납부세액은 조감법 제28조의2에 의하여 손금 산입할 수 없다는 사유를 들어 위 외국납부세액 10,453,125원에 대한 손금 산입을 부인하고는 이에 따라 위 사업연도의 법인세 과세표준금액 및 총 결정세액을 경정한 다음 기납부세액을 공제한 법인세 6,461,460원(가산세 포함)을 추가로 부과·고지한 사실(이하 '당초처분'이라 한다), 원고는 이에 불복하여 이 사건 부과처분취소소송을 제기하였고, 피고는 당초처분의 정당성을 주장하여 오다가 이 사건의 원심계속 당시인 2000. 4. 24.자로 종전의 주장을 철회하고 원고의 주장을 모두 받아들여 위 외국납부세액의 손금 산입을 시인함을 전제로 과세처분을 재검토하게 되었는데, 위 외국이자소득에 대한 법인세 면제세액을 공제함에 있어서는, 원고의 당초 신고 내용과는 달리 위 이자소득에 대한 외국납부세액은 면제소득의 개별손금에 해당한다는 이유로, 위 이자소득에서 위 외국납부세액을 공제한 금액을 구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 소정의 법인세 면제소득으로 보아 이를 기준으로 법인세 면제세액을 산정한 후 이를 산출세액에서 공제하여 이 사건 법인세를 2,844,810원으로 감액경정한 사실(이하 '감액경정처분'이라 한다)을 각 인정하였다.

이어서 원심은, 조감법 제69조 제2항 제1호 소정의 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 면제규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것임에 비하여 조감법 제28조의2 소정의 외국납부세액의 손금 산입 특례규정은 내국법인이 국외원천소득에 대하여 외국에서 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 손금 산입의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것인데, 조감법에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자소득에 대하여 법인세가 면제되는 경우에 그 이자소득에 대한 외국납부세액의 손금 산입이 배제된다고 볼 수 없고, 위와 같이 위 각 규정의 입법 취지가 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세가 면제됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생김과 동시에 외국납부세액을 손금 산입하여 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 할 수 없으므로, 원고가 이 사건 외화표시채권의 이자소득에 대하여 조감법상 법인세의 면제를 받았음을 이유로 이에 대한 외국납부세액의 손금 산입을 부인하여 한 피고의 당초처분은 위법하다고 판단하였다.

나아가 원심은, 피고가, 위 외국납부세액을 손금 산입하는 한편 위 이자소득에서 면제소득의 개별손금에 해당하는 위 외국납부세액을 공제한 금액을 법인세 면제소득으로 보아 법인세 면제세액을 다시 산정하여 감액경정처분을 하였으므로 당초처분 중 위 감액되고 남은 법인세 2,844,810원 부분은 정당하다는 피고의 주장에 대하여, 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 소정의 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 같은 조 제2항에 의하여 당해 확정판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐 그 외의 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 된다고 전제한 다음, 피고가 당초처분시에는 위 외국납부세액을 손금에 불산입하면서 원고가 신고한 공제감면세액을 그대로 인정하여 이를 경정하지 아니함으로써 위 공제감면세액이 당초처분에 의하여 그대로 확정된 이 사건에 있어서, 원고가 신고한 법인세 과세표준금액 및 산출세액을 그대로 둔 채 1992 사업연도 법인세 신고기한인 1993. 3. 25.부터 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 비로소 공제감면세액의 신고내용에 오류가 있다고 하면서 이를 경정하여 공제감면세액을 다시 계산하여 재경정처분을 하는 것은 허용될 수 없으므로, 감액경정처분은 무효라고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 수긍하기 어렵다.

가. 먼저 감액경정처분의 유효 여부에 관하여 본다.

구 국세기본법 제26조의2 제1항은 국세부과의 제척기간을 규정하면서 법인세의 경우 원칙적으로 이를 5년으로 정하고 있는바, 같은 조 제2항에서 위 제1항 소정의 제척기간이 만료된 경우에도 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 판결 또는 결정에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있음에 비추어 위 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙이라고 할 것이나 ( 대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결 참조), 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속중 언제든지 가능하다고 보아야 하며, 과세제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니다.

이 사건의 경우 피고의 당초처분이 법인세 부과제척기간 내에 이루어졌고, 원고가 불복절차를 통하여 이를 다투고 있었던 이상 피고로서는 비록 이 사건 소송 도중에 부과제척기간이 만료되었다 하더라도 원고의 불복 주장을 받아들이는 취지에서의 감액경정처분을 할 수 있다 할 것이고, 따라서 감액경정처분에 의하여 감액된 부분에 대한 취소청구는 소의 이익이 없게 되고 이 사건 취소소송의 대상이 되는 것은 당초처분 중 감액경정처분에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이라고 할 것이다.

그럼에도 불구하고, 원심이, 피고의 감액경정처분이 법인세의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어졌음을 들어 이를 무효라고 하면서 무시하고, 이 사건 취소소송의 대상이 피고의 당초처분뿐이라고 보아 애써 그 당초처분의 적법 여부에 대하여 판단해 버린 것은 부과제척기간의 적용에 관한 법리를 오해한 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

나. 다음 법인세 면제세액의 계산방법에 관하여 본다.

조감법 제69조 제2항 제1호는 내국법인 등이 발행하는 외화표시채권에 대하여 지급받은 이자 및 수수료의 소득에 대하여는 법인세를 면제한다고 규정하고 있는데, 이에 의한 법인세 면제세액의 계산방법을 규정한 구 법인세법시행령 제11조 제1항에 비추어 볼 때, 이는 지급받은 이자 및 수수료 전액에 상당하는 과세표준액에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻이 아니고, 그 사업으로 인한 소득에 상응하는 법인세를 면제한다는 뜻으로 해석하여야 할 것이므로, 이 경우 법인세 면제세액 산정의 기초가 되는 면제소득은 수입한 이자 및 수수료에서 당해 사업으로 인한 손금을 공제한 금액으로 보아야 할 것이고, 이 때 명백히 면제사업에만 관련되어 지출된 손금이 있다면 이는 '개별손금'으로서 전액 공제하고, 이와 달리 면제사업과 과세사업별로 구분할 수 없는 손금이라면 이는 '공통손금'으로서 구 법인세법시행령 제69조 제1항 및 구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문 개정되기 전의 것) 제25조에 따라 면제사업과 과세사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분 계산하여야 할 것이다.

이 사건에 있어서, 이 사건 외화표시채권의 이자소득에 대한 외국납부세액은 면제사업에만 관련되어 지출된 비용으로서 위 이자소득의 개별손금에 해당함이 명백하므로, 조감법 제69조 제2항 제1호에 의한 위 이자소득에 대한 법인세 면제세액을 산정함에 있어서의 법인세 면제소득은 위 외국납부세액을 개별손금으로서 공제한 금액이라 할 것이고, 따라서 피고가 감액경정처분을 함에 있어 위 외국납부세액 전부를 개별손금으로 공제하여 법인세 면제소득을 계산하고, 그것이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 법인세 면제세액으로 산정한 조치는 정당하다고 할 것이다.

그리고 과세처분취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니라고 할 것인데( 대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 등 참조), 피고가 당초처분의 취소를 구하는 이 사건 소송계속중 법인세 면제세액의 계산에 관한 원고의 신고내용의 오류를 시정하여 정당한 면제세액을 다시 계산하여 당초의 결정세액을 일부 감액하는 감액경정처분을 한 것은, 당초처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 처분사유를 교환·변경한 것이므로 적법하다고 할 것이다.

따라서 원심이 감액경정처분이 무효임을 전제로 하여, 부과제척기간이 경과한 이상 피고는 법인세 공제·감면세액을 다시 계산하여 정당세액을 주장할 수 없다고 판단한 것은 처분사유의 변경에 관한 법리를 오해하여 법인세 면제세액 산정방법에 대한 심리를 다하지 않은 위법이 있다고 할 것이므로, 이 점을 지적하는 상고이유 주장도 이유 있다.

3. 결 론

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원으로 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2000. 7. 5. 선고 99누12962 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1. 이 사건 처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑3호증, 갑5호증의 1～2, 을1호증의 1～8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

가. 원고는 금융업을 영위하는 법인으로서 1993. 3.경 1992사업연도 법인세를 신고함에 있어서 원고의 미국ㆍ영국ㆍ일본 소재 국외지점이 지급받은, 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자 합계 금 381,107,081원에 대하여 구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것. 이하 "조감법"이라 한다) 제69조 제2항 제1호 소정의 법인세 면제 규정을 적용하고, 위 이자수입금액 금 381,107,081원에 대한 외국납부세액 해당액 금 10,453,125원( = 위 금 381,107,081원 ÷ 지점수입금액 금 159,745,136,926 × 지점납부세액 금 4,649,703,489원 )을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하여 이에 따라 법인세를 계산한 다음 기납부세액을 공제한 금 695,029,965원을 신고ㆍ납부하였다{<별지> (1)항 참조}.

나. 피고는, 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 국외지점 이자소득에 대한 외국납부세액은 조감법 제28조의2에 의하여 손금에 산입될 수 없음을 이유로, 위 금 10,453,125원에 대한 손금산입을 부인하여 이에 따라 과세표준과 총결정세액을 경정한 다음 1998. 3. 16. 원고의 1992사업연도 법인세로서 위 금 695,029,965원을 차감한 금 6,461,460원( = 손금불산입액 10,453,125원에 대한 법인세 한계세율인 34%를 적용한 법인세 본세 3,554,062원 + 이에 대한 20%의 과소신고가산세 710,812원 + 미납세액의 당초 자진신고납부기한인 1993. 3. 25.부터 고지일인 1998. 3. 16.까지의 미납부가산세 2,196,587원 )을 부과ㆍ고지하였다{<별지> (2)항 참조. 피고는 이 사건 소송중인 2000. 4. 24.경 위 법인세를 금 2,844,810원으로 다시 감액경정하였으나, 아래에서 보는 바와 같이 위 감액경정결정은 1992사업연도 법인세 신고납부기한인 1993. 3. 25.로부터 5년이 경과한 이후에 한 것으로서 무효이므로, 위 금 6,461,460원의 부과처분을 이하 "이 사건 처분"이라 한다}.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하다고 주장한다.

첫째, 구 조감법 제69조 제2항에 의한 법인세의 감면 규정은 조세정책상 외화자금 조달의 원활한 지원을 위한 것이고, 구 조감법 제28조의2 또는 구 법인세법 제24조의3 제1항(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)에 의한 외국납부세액 공제 규정은 국가간의 이중과세를 조정하기 위한 규정으로서 그 입법취지가 서로 다르고, 위 법인세 감면규정을 적용받는 경우 그 외국납부세액의 공제를 배제하는 규정이 없음에도 불구하고 위 법인세 감면규정이 적용되어 이중과세의 문제가 발생하지 아니한다는 이유만으로 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 위법하다.

둘째, 원고는 1998년까지 외화표시채권의 이자소득에 대하여 외국납부세액을 공제받아 왔는데, 피고가 1998년에서야 뒤늦게 그 동안의 비과세관행을 무시하고 소급하여 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 조세법률주의의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반된다.

(2) 피고의 주장

첫째, 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 감면을 받는 경우 그로 인하여 이중과세의 문제는 발생할 여지가 없으므로, 이중과세의 방지를 위한 외국납부세액 공제 규정을 적용하는 것은 동일한 소득에 대하여 중복된 공제를 허용하는 것으로서 불합리하고, 피고가 그 동안 위와 같은 경우에 관하여 공적인 견해를 표명한 적이 없어 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 그러한 경우의 세액산정에 관한 업무지침인 재정경제원 예규(재경원 국조46017-134, 1997. 7. 31.)에 의하여 이 사건 처분을 한 것이므로 이 사건 처분은 적법하다.

둘째, 설령 당초 손금산입을 부인한 외국납부세액 해당액 금 10,453,125원을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하더라도, 손금산입한 위 외국납부세액을 구 조감법 제69조 제2항에 의한 면제세액계산에 있어서 이를 면제소득의 개별손금에 산입하여 면제대상이자소득을 재계산하면 면제세액은 당초의 금 433,250,843원보다 적은 금 431,492,725원이 되고 공제감면세액이 금 1,425,809,359원으로 줄어들어{<별지> (3)항 참조} 피고가 2000. 4. 24.경 법인세를 금 2,844,810원으로 감액경정하였으므로 이 사건 처분 중 금 2,844,810원 부분은 적법하다.

나. 관련법령

구 조감법 제69조 제2항은 "다음 각호의 소득을 지급받는 자에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다"고 규정하면서, 그 제1호에서 "국가ㆍ지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료"를 들고 있고, 구 조감법 제28조의2는 "내국인은 소득세법 제48조 제1호 또는 법인세법 제16조 제3호의 규정에 불구하고 소득세법 제76조 제1항의 규정에 의한 외국소득세액 전액 또는 법인세법 제24조의3 제1항의 규정에 의한 외국법인세액 전액을 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 소득세법 제76조 또는 법인세법 제24조의3의 규정에 의한 세액공제는 적용하지 아니한다"(손금산입방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법 제24조의3 제1항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 "내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제한다"(세액공제방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다(위 조감법상의 ‘손금산입방식의 외국납부세액 공제 규정’은 1994. 12. 22. 법인세법 및 조세감면규제법의 개정으로 인하여 기존 법인세법상의 ‘세액공제방식의 외국납부세액 공제 규정’과 함께 법인세법 제24조의3 제1항에서 규정하게 되었다).

다. 판 단

구 조감법 제69조 제2항에서 규정하고 있는 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 감면규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것임에 비하여 법인세법상의 외국납부세액공제규정은 내국법인이 국외원천소득으로서 이미 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 손금산입 또는 세액공제의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것이다.

이와 같은 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정과 외국납부세액 공제 규정은 그 각각의 입법취지와 내용이 서로 다른 것으로서 외국납부세액 공제 규정은 국외원천소득이 있어 외국에서 세액을 납부하였거나 납부할 모든 내국법인에 적용되는 규정이고, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정은 내국법인 중 외자를 조달하는 법인에게만 그 자금조달 촉진을 위한 정책적 필요에서 마련된 규정인 점, 만일 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면규정을 받는 경우에 외국납부세액의 공제를 인정하지 아니한다면 구 조감법 제88조 제1항의 규정에 의하여 계산된 세액(과세표준의 12/100)과 중복되는 범위 내에서는 국가간의 이중과세의 결과로 되어 외국납부세액의 공제를 규정한 취지에 반하는 점 등에 비추어 보면, 법률에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우에는 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면되는 경우에 그 이자에 대한 외국납부세액 공제 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없고, 위 각 규정의 입법취지가 위와 같이 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생긴 이후 다시 외국납부세액을 공제받아 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 원고가 외화표시채권의 이자수입에 대하여 구 조감법상 법인세의 감면을 받았음을 이유로 외국납부세액의 손금산입을 부인하여 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여는 살펴볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

라. 피고의 법인세 면제세액경정에 관한 주장에 대한 판단

피고는, 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금에 산입하더라도 이는 감면소득과 과세소득의 공통손금(공통대응비용)이 아니라 감면소득의 개별손금(개별대응비용)인데, 원고가 이를 공통손금으로 보아 외화대부이자소득에 대한 법인세 공제면제세액을 금 1,427,567,477원으로 신고하였으나 이를 감면소득의 개별손금으로 보고 외화대부이자소득에 대한 법인세 면제세액을 재계산(경정)하면 금 1,425,809,359원이 되므로, 이에 따른 정당한 세액은 금 2,844,810원이 된다고 주장한다.

그러나, 설령 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 피고 주장과 같이 감면소득의 개별손금에 산입하여야 한다고 하더라도, 구 국세기본법(1993. 12. 31. 법률 제4672호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 의하면, 법인세의 경우 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년간의 제척기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없고, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료되면 과세권자로서는 같은 조 제2항에 의하여 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수되는 처분만을 할 수 있을 뿐이고 그 외의 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 된다고 할 것인데, 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금산입하는 방식으로 산출세액을 계산하면 <별지> (1)(3)항의 "117"란 기재와 같이 원고가 신고한 금 55,241,280,627원과 동일한데다가 피고가 이 사건 처분시에는 위 외국납부세액 금 10,453,125원을 손금에만 불산입하면서 과세소득의 합계에서 손금 불산입하고 당시 원고가 신고한 공제감면세액 금 1,427,567,477원을 인정하여 이를 경정하지 아니함으로써 위 공제감면세액이 이 사건 처분에 의하여 그대로 확정된 이 사건에 있어서, 더 나아가 원고가 신고한 과세표준과 산출세액은 동일하게 둔 채 1992사업연도 법인세 신고납부기한인 1993. 3. 25.로부터 5년이 경과하여 부과권의 제척기간이 경과하였음이 분명한 이 사건 소송에 이르러 비로소 공제감면세액의 신고내용에 오류가 있다고 하면서 이를 경정하여 감면공제세액을 다시 계산하여 정당한 세액을 다시 계산하거나 <별지> (3)항과 같이 재경정처분을 하는 것은 허용될 수 없다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 할 것인바, 원심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 1999. 9. 3. 선고 99구14118 판결】

【주문】 처분청패소

1. 피고가 1998. 3. 16. 원고에 대하여 한 법인세 6,461,460원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

【이유】

1.처분의 경위

갑 제1, 3호증, 갑 제5호증의 1, 2, 을 제1호증의 1 내지 8의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음의 사실을 인정할 수 있다.

가.원고는 금융업을 영위하는 법인으로서 1992 사업연도 법인세를 신고함에 있어서 원고의 미국, 영국, 일본 등 국외지점이 지급받은 내국법인 발행의 외화표시채권의 이자 합계 381,107,081원에 대하여 구 조세감면규제법(이하 조감법이라고 한다) 제69조 제2항 제1호(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 개정되기 전의 것) 소정의 법인세 면제 규정을 적용하고, 위 외화표시채권에 대한 이자수입 381,107,081원에 대한 외국납부세액 10,453,125원을 조감법 제28조의2에 의하여 손금산입하여 이에 따라 계산된 법인세액을 신고·납부하였다.

나.피고는, 조감법 제69조 제2항에 의하여 법인세가 면제되는 외화표시채권의 국외지점 이자소득에 대한 외국납부세액은 같은법 제28조의2에 의하여 손금에 산입될 수 없음을 이유로, 위 10,453,125원에 대한 손금산입을 부인하여 이에 따라 과세표준과 총결정세액을 경정한 다음 1998. 3. 16. 원고의 1992 사업연도 법인세로서 원고가 자진납부한 세액을 공제한 금6,461,460원을 부과·고지하는 내용의 이 사건 처분을 하였다.

2.처분의 적법 여부

가.당사자의 주장

⑴원고가 이 사건 청구원인사실로서 주장하는 바는 다음과 같다.① 조감법 제69조 제2항에 의한 법인세의 감면 규정은 조세정책상 외화자금 조달의 원활한 지원을 위한 것이고, 같은법 제28조의2 또는 법인세법 제24조의3 제1항(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것)에 의한 외국납부세액 공제 규정은 국가간의 이중과세를 조정하기 위한 규정으로서 그 입법취지가 서로 다르고, 위 법인세 감면규정을 적용받는 경우 그 외국납부세액의 공제를 배제하는 규정이 없음에도 불구하고 위 법인세 감면규정이 적용되어 이중과세의 문제가 발생하지 아니한다는 이유만으로 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 위법하다.② 원고는 1998년까지 외화표시채권의 이자소득에 대하여 외국납부세액을 공제받아 왔는데, 피고가 1998년에서야 뒤늦게 그 동안의 비과세관행을 무시하고 소급하여 외국납부세액의 손금산입을 부인함은 조세법률주의의 원칙 및 소급과세금지의 원칙에 위반된다.

⑵이에 대하여 피고는, 외화표시채권의 이자소득에 대한 법인세 감면은 받는 경우 그로 인하여 이중과세의 문제는 발생할 여지가 없으므로, 이중과세의 방지를 위한 외국납부세액 공제 규정을 적용하는 것은 동일한 소득에 대하여 중복된 공제를 허용하는 것으로서 불합리하고, 피고가 그 동안 위와 같은 경우에 관하여 공적인 견해를 표명한 적이 없어 비과세 관행이 성립되었다고 볼 수 없고, 그러한 경우의 세액산정에 관한 업무지침인 재정경제원 예규에 의하여 이 사건 처분을 한 것이므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다.

나.판 단

⑴ 조감법 제69조 제2항은 "다음 각호의 소득을 지급받는 자에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제한다"고 규정하면서, 그 제1호에서 "국가·지방자치단체 또는 내국법인이 발행하는 외화표시채권의 이자 및 수수료"를 들고 있다.

그리고 같은법 제28조의2는 "내국인은 소득세법 제48조 제1호 또는 법인세법 제16조 제3호의 규정에 불구하고 소득세법 제76조 제1항의 규정에 의한 외국소득세액 전액 또는 법인세법 제24조의3 제1항의 규정에 의한 외국법인세액 전액을 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 소득세법 제76조 또는 법인세법 제24조의3의 규정에 의한 세액공제는 적용하지 아니한다"(손금산입방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다.

한편 법인세법 제24조의3 제1항(1994. 12. 22. 법률 제4804호로 개정되기 전의 것)은 "내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우에 그 국외원천소득에 대하여 대통령령이 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 때에는 제22조의 규정에 의하여 산출한 당해 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 당해 사업연도의 과세표준금액에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제한다"(세액공제방식의 외국납부세액 공제)고 규정하고 있다(위 조감법상의 ‘손금산입방식의 외국납부세액 공제 규정’은 1994. 12. 22. 법인세법 및 조세감면규제법의 개정으로 인하여 기존 법인세법상의 ‘세액공제방식의 외국납부세액 공제 규정’과 함께 법인세법 제24조의3 제1항에서 규정하게 되었다).

⑵ 조감법 제69조 제2항에서 규정하고 있는 외화표시채권 이자소득에 대한 법인세 감면규정은 국내 기업이 사업수행을 위하여 해외로부터의 자금조달을 하고자 할 경우 이를 원활히 하기 위하여 조세정책상 마련된 것이다.이에 비하여 법인세법상의 외국납부세액공제규정은 내국법인이 국외원천소득으로서 이미 외국에서 납부하였거나 납부할 세액을 손금산입 또는 세액공제의 방법으로 공제하여 주는 것으로서 국제적인 이중과세를 방지하기 위하여 마련된 것이다.

이와 같은 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정과 외국납부세액 공제 규정은 그 각각의 입법취지와 내용이 서로 다른 것으로서 외국납부세액 공제 규정은 국외원천소득이 있어 외국에서 세액을 납부하였거나 납부할 모든 내국법인에 적용되는 규정이고, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면 규정은 내국법인 중 외자를 조달하는 법인에게만 그 자금조달 촉진을 위한 정책적 필요에서 마련된 규정인 점, 만일 외화표시채권의 이자에 대한 법인세 감면규정을 받는 경우에 외국납부세액의 공제를 인정하지 아니한다면 조감법 제88조 제1항의 규정에 의하여 계산된 세액(과세표준의 12/100)과 중복되는 범위 내에서는 국가간의 이중과세의 결과로 되어 외국납부세액의 공제를 규정한 취지에 반하는 점 등에 비추어 보면, 법에서 위 각 규정이 동시에 적용되는 경우에는 어느 하나의 규정은 적용하지 아니한다는 명문의 규정을 두고 있지 않은 이상, 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면되는 경우에 그 이자에 대한 외국납부세액 공제 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없고, 위 각 규정의 입법취지가 위와 같이 서로 다른 점에 비추어 외화표시채권의 이자에 대한 법인세가 감면됨으로써 실질적으로 이중과세의 방지효과가 생긴 이후 다시 외국납부세액을 공제받아 법인세의 중복된 감면을 받게 된다고 하더라도 이를 특별히 부당하다고 볼 수 없다 할 것이다.

따라서 원고가 외화표시채권의 이자수입에 대하여 조감법상 법인세의 감면을 받았음을 이유로 외국납부세액의 손금산입을 부인하여 한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여는 살펴 볼 필요 없이 위법하다고 할 것이다.

3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.