2. 이 사건 처분의 적법여부에 관한 판단

가. 당사자들의 주장

피고는 산업폐기물처리시설은 이 사건 법률조항이 정한 ‘공장시설’이 아니므로 이 사건 처분은 적법하다고 주장하고, 이에 대하여 원고는 산업폐기물처리시설도 이 사건 법률조항이 정한 ‘공장시설’에 해당하므로 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 관련 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 법률조항은 ‘지방이전 중소기업에 대한 세액감면’이라는 제하에 ‘수도권안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도개시일부터 3년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다’고 정하고 있는데, 이 법은 이 사건 법률조항에서 규정된 ‘공장’에 대하여 정의규정을 두고 있거나, 하위법규에 위임하는 규정을 두고 있지 아니하고 있어, 결국 이 사건 법률조항의 ‘공장시설’에 대한 해석은 이 법의 전반적인 체계와 취지, 목적, 이 사건 법률조항의 규정형식과 내용 및 관련법규에 대한 해석을 통하여 이루어 질 수밖에 없다 할 것이다.

(2) 조세의 감면 및 특례에 관한 사항과 그 규제에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행함으로써 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 하는 이 법은 제2장 제6절에서 ‘지역간의 균형발전을 위한 조세특례’라는 제하에 이 사건 법률조항을 포함하여 제41조에서 제58조에 이르는 조세감면규정을 두고 있다. 한편 관련법규를 살펴보면, 공업의 합리적 배치를 유도하고 공장의 원활한 설립을 지원하며 공업입지 및 산업단지의 체계적 관리를 실현함으로써 지속적인 공업발전 및 균형있는 지역발전을 통하여 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 그 목적으로 하는

그리고 지방세법 제5장 제3절은 ‘지역균형개발등의 지원’이라는 제하에 제274조에서 제285조에 이르는 지방세감면규정을 두고 있는데, 그 중 제275조는 ‘공장의 지방이전에 따른 감면’이라는 제하에 ‘대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 자가 그 공장을 폐쇄하고 대도시외의 지역으로서 공장설치가 금지되거나 제한되지 아니한 지역으로 이전한 후 당해 사업을 계속 영위하기 위하여 2002년 12월 31일까지 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 제1항의 규정에 의한 공장의 범위와 적용기준은 행정자치부령으로 정한다’고 규정하고 있으며, 공장의 종류를 정하고 있는

이상에서 살펴본 위 관련 법규들은 이 사건 법률조항과 그 제정취지가 동일한 것으로 보이므로 위 관련법규에서 정한 공장의 개념과 이 사건 법률조항의 공장개념은 유사한 것으로 볼 수 있고, 특히 이 사건 법률조항의 공장개념은 위 공업배치및공장설립에관한법률이 정한 공장개념을 차용한 것으로 보이므로, 결국 이 사건 법률조항에서 정하는 ‘공장시설’의 범주에는 제조시설을 갖추지 않은 산업페기물처리시설이 포함되지 않는다고 할 것이고(한국 표준산업분류표 상 폐기물처리업은 ‘공공수리 및 개인서비스업’으로 분류되고 있다), 따라서

(3) 원고는, 원고가 산업폐기물처리업 외에 화학약품제조업도 영위하던 회사로서, 1995. 5. 11. 인천 남동구 남동공단으로 사업장을 이전한 뒤에도 화학약품제조업을 계속 영위하다가 1999. 12. 10. 화학약품제조업을 폐업하였으므로, 제조업에 해당하는 화학약품제조업을 영위하던 1999. 12. 10. 까지의 사업소득에 대해서는 이 법에 따른 조세감면이 이루어져야 한다고 주장한다.

그러므로 먼저 원고가 산업폐기물처리업 외에 화학약품제조업도 실제로 영위하였는지에 관하여 살피건대, 갑 제1호증(법인 등기부등본)의 기재에 의하면, 원고의 법인등기부상 회사의 ‘목적’란에 ‘화학약품 제조업’이라는 항목이 있다가 위 항목이 1999. 12. 10. 원고의 변경등기에 의하여 삭제된 사실은 인정할 수 있으나, 위 기재만 가지고는 원고가 화학약품제조업을 실제로 영위하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 갑 제2호증의 1 내지 17, 갑 제3호증의 1의 각 기재와 제1심 법원의 현장검증결과 및 변론의 전취지에 의하면, 원고 회사는 1973. 7.에 설립된 이래 산업폐기물 처리업, 지정폐기물 및 일반폐기물 수집, 운반업, 지정폐기물 및 일반폐기물 중간처리업(소각), 폐수처리업 등의 업종만 영위해 온 사실, 원고 회사의 사업장에는 화학약품 제조업을 영위했던 시설을 찾아볼 수 없는 사실 등을 각 인정할 수 있을 뿐이므로, 원고의 위 주장은 이유없다.

(4) 또 원고는, 원고의 사업장이 지방세법 시행규칙 별표 3의 ‘23. 재생재료 가공처리업’으로 분류되는 ‘공장’에 해당한다고 주장한다.

그러므로 살피건대, 지방세법 시행규칙 별표 3의 기재에 의하면, 공장의 종류의 하나로 ‘23. 재생재료 가공 처리업’ 항목을 두고, 이를 다시 ‘금속 재생재료 가공 처리업’과 ‘비금속 재생재료 가공 처리업’으로 세분류하여 규정하고 있는 사실은 인정할 수 있으나, 갑 제2호증의 5의 기재와 변론의 전취지에 의하면, 원고가 영위하는 업종은 ㈎ 폐기물처리업과 ㈏ 폐수 수탁 처리업의 두 가지인 사실, 그리고 폐기물처리업은 다시 ① 폐기물 수집, 운반업과 ② 폐기물 중간처리업(소각)이 그 내용을 이루고 있는 사실을 인정할 수 있을 뿐, 위 별표 3.에서 규정하고 있는 재생재료 가공처리업은 원고가 영위하고 있지 않은 사실을 알 수 있으므로, 원고의 위 주장도 이유없다.

그리고 원고는, 원고의 사업장이 지방세법 시행규칙 별표 3의 ‘22. 항목’ 중 ‘36999. 달리 분류되지 아니한 기타 제조업’에 해당한다고 주장하나, 원고의 사업장이 제조업에 해당하지 않음은 앞에서 본 바와 같으므로, 원고의 위 주장도 이유없다.