구 법인세법시행규칙 제26조 제5항 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유’에 따라 보면, 과세관청의 1997 사업연도 내지 1999 사업연도 법인세 부과처분 중 과세관청이 손금부인한 중기임차료 관련 세금계산서들 중 가공의 세금계산서가 아닌 세금계산서 34장의 공급가액을 각 해당 연도 과세표준 계산에 있어서 손금에 추가 산입하여 계산한 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하다.

차료를 현금 또는 약속어음 등으로 받은 점,

신정환이 이 사건 공사와 관련하여 원고로부터 받은 약속어음을 원고의 임원 등인

한완규,

송호곤,

이은숙,

안영희 외에도

최재식,

김영철,

이명렬,

권춘희,

김재규,

최용길 등으로부터 할인받은 적이 있는 점 등 제반 사정에 비추어 피고가 끝까지 실제 거래 없는 가공의 세금계산서로 보아 그 손금 산입을 인정하지 아니한 세금계산서들 중 아래와 같은 공급가액 합계 224,990,0000원인 세금계산서 34장은 그에 해당하는 중기임차료가 중기업자에게 실제 지급되었다고 봄이 상당하고, 이를 각 사업연도별로 보면, 1997 사업연도의 경우 추가 손금 인정액이 총 51,110,000원(별지 1 내역표 기재 순번 3, 35, 36, 45, 46, 47, 48의 각 세금계산서 7장의 공급가액 합계액)이 되고, 1998 사업연도의 경우 추가 손금 인정액이 총 166,590,000원(같은 내역표 기재 순번 80, 83, 129, 150, 151, 157, 158, 160, 161, 201, 202, 203, 206, 250, 251, 252, 258, 259, 266, 267, 284, 301, 303, 307, 308, 309의 각 세금계산서 26장의 공급가액 합계액)이 되며, 1999 사업연도의 경우 추가 손금 인정액이 7,290,000원(같은 내역표 기재 순번 315의 세금계산서의 공급가액)이 된다.

[추가 손금 인정 세금계산서 34장의 내역(아래 인명은 해당 세금계산서의 결제와 관련된 약속어음의 배서자이고, 그 뒤의 순번은 별지 1 내역표 기재 세금계산서의 순번이며, 괄호 안의 금액은 그 공급가액이다)]

①

안영희 : 순번 129(5,940,000원), 308(7,830,000원)

②

이은숙 : 순번 80(5,670,000원), 83(5,670,000원), 203(4,860,000원), 206(4,860,000원),

③

한완규 : 순번 201(4,590,000원), 202(4,590,000원), 250(6,210,000원), 251(6,750,000원), 252(6,210,000원), 258(6,480,000원), 259(6,480,000원), 301(7,830,000원), 303(7,830,000원), 309(7,830,000원)

④

최재식 : 순번 35(7,560,000원), 36(7,560,000원), 150(6,210,000원), 151(5,670,000원)

⑤

김영철 : 순번 157(6,210,000원), 158(6,210,000원), 160(6,210,000원), 161(6,210,000원)

⑥

이명렬 : 순번 45(7,560,000원), 46(7,560,000원), 47(7,560,000원), 48(7,560,000원)

⑦

권춘희 : 순번 3(5,750,000원)

⑧

김재규 : 순번 266(7,560,000원), 267(7,560,000원), 284(7,560,000원), 307(7,560,000원)

⑨

최용길 : 순번 315(7,290,000원)

{원고는 순번 5(

권춘희), 146(

이명렬), 196(이천식), 240(

한완규), 241(

김영철), 269(

이은숙), 293, 304, 311(

이봉수)의 각 세금계산서에 대하여도 그 대금결제와 관련된 약속어음에 괄호 안의 사람의 배서가 되어 있으므로, 그 해당 금액에 대하여 손금 산입이 인정되어야 한다고 주장하고 있으나, 위 순번 해당 각 세금계산서는 두 차례의 국세심판을 통하여 이미 손금 산입되었거나(순번 146, 196, 269, 293, 304, 311의 각 세금계산서의 경우) 또는 당해 약속어음의 배서인이라고 하는 사람의 배서가 없거나(순번 240, 241의 각 세금계산서의 경우), 혹은 이 사건 공사와 무관하여(순번 5의 세금계산서의 경우) 그 해당 금액에 대하여 손금 산입을 인정하지 아니한다}

(다) 나아가 위 인정 범위를 초과하여 피고가 가공의 세금계산서로 보아 그 손금 산입을 인정하지 아니한 세금계산서 전부의 공급가액에 대하여 그에 해당하는 중기임차료의 지급이 실제로 이루어졌다는 점에 관하여는 이에 부합하는 갑19호증의 1, 갑26호증의 1의 각 기재와 증인

신정환의 일부 증언은 믿기 어렵고, 갑4호증의 1 내지 갑6호증, 갑10호증의 1 내지 갑18호증의 3, 갑26호증의 2의 각 기재와

이봉수의 증언만으로 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 주장은 위 인정 범위 내에서만 이유 있다.

나. 비업무용 토지 관련 부분

(1) 관련 법령

[구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것, 이하 같다)]

제18조의3 (지급이자의 손금불산입)

① 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산평가에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

[법인세법]

제27조 (업무와 관련없는 비용의 손금불산입)

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

[구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)]

제43조의2 (지급이자의 손금불산입)

①

법 제18조의3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 "비업무용부동산 등"이라 한다)을 말한다.

1. 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산

③ 제1항의 규정에 의한 비업무용부동산 등의 판정기준에 관하여는 재정경제부령(1998. 8. 22. 대통령령 제15797호로 개정되기 전에는 총리령)으로 정한다.

[구 법인세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되어 1999. 12. 31. 대통령령 제16658호로 개정되기 전의 것)]

제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

①

법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산

가. 부동산을 취득한 후 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과할 때까지 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 재정경제부령으로 정한다.

③

법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 금액"이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

[구 법인세법시행령(1999. 12. 31. 대통령령 제16658호로 개정되어 2001. 12. 29. 대통령령 제17033호로 개정되기 전의 것)]

제49조 (업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

①

법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에관한법률에 의한 유동화전문회사가

동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 부동산을 취득한 후 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과할 때까지 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산.

부칙 <제16658호, 1999. 12. 31.>

제1조 (시행일)

이 영은 2000년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제49조(중략)의 개정규정은 공포한 날부터 시행(중략)한다.

제2조 (일반적 적용례)

이 영은 이 영 시행 후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용한다. 다만, 제49조(중략)의 개정규정은 이 영 공포일이 속하는 사업연도분부터 적용한다.

[구 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것)]

제18조 (지급이자의 손금불산입)

③

영 제43조의2 제1항 및

동조 제3항에서 "비업무용부동산 등"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 부동산.

[구 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되어 1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것)]

제18조 (지급이자의 손금불산입)

②

영 제43조의2 제1항 및

동조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년)이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유 없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. (이하 생략)

[구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되어 2000. 3. 9. 재정경제부령 제127호로 개정되기 전의 것)]

제26조 (업무와 관련이 없는 부동산의 범위)

①

영 제49조 제1항 제1호 가목에서 "재정경제부령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.

7. 제1호 내지 제6호외의 부동산 : 1년. 다만, 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 3년으로 한다.

⑤

영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다.

1. 당해 부동산의 취득 후 유예기간이 경과되기 전에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유가 발생하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

[구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것)]

제14조 (토지 등의 소유자의 동의)

①

제12조에 의한 시행인가를 신청하는 자는 재개발구역(재개발사업을 사업시행지구별로 분할시행하는 경우에는 해당 사업시행지구를 말한다)안의 토지면적의 3분의 2이상의 토지소유자의 동의와 토지소유자 총수 및 건축물소유자 총수의 각 3분의 2이상에 해당하는 자의 동의를 얻어야 한다. 다만, 토지소유자 또는 건축물소유자가 정당한 사유 없이 동의에 불응함으로써 토지소유자 또는 건축물소유자의 법정수의 동의를 얻지 못한 때에는 그 사유를 명기하여 관할도지사에게 동의에 갈음하는 결정을 청구할 수 있으며, 도지사가 해당 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 이를 결정한 때에는 토지소유자 또는 건축물소유자의 법정수의 동의를 얻은 것으로 본다

② 제1항 단서의 규정에 의하여 관할도지사에게 결정을 청구할 수 있는 경우는 토지소유자 총수 및 건축물소유자 총수의 각 2분의 1이상에 해당하는 자의 동의를 얻은 때에 한한다.

[구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되었다가 2002. 12. 30. 법률 제6852호로 폐지된 것)]

제22조 (토지 등의 소유자 또는 조합의 시행인가)

② 토지 등의 소유자 또는 조합이 제1항의 규정에 의하여 시행인가를 신청할 때에는 재개발구역 안의 토지면적의 3분의 2이상의 토지소유자의 동의와 토지소유자 총수 및 건축물소유자 총수의 각 3분의 2이상에 해당하는 자의 동의를 얻어야 한다. 다만, 토지소유자 또는 건축물소유자가 정당한 사유 없이 동의에 불응할 때에는 토지소유자 총수 및 건축물소유자 총수의 각 2분의 1이상의 동의를 얻은 후 당해 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐 시장ㆍ군수 또는 구청장이 결정할 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 인정사실

(가) 이 사건 토지들은 1979. 9. 21. 재개발구역으로 지정ㆍ고시되고, 1980. 5. 19. 및 1983. 10. 14. 재개발구역 사업계획에 의하여 마포로 제1구역 제35지구에 속한다는 결정이 있었던 토지이다.

(나) 원고는 1982. 12. 30. 사옥 신축을 위하여 이 사건 토지들을 매수한 다음, 이 사건 토지들을 비롯한 인근 9필지 2,401㎡에 관하여 재개발사업을 시행하기로 하고, 인근 토지 소유자들과 협의한 결과, 서울 마포구

도화동 176-11 대 159.3㎡의 소유자인

소외 이승백으로부터는 재개발에 대한 동의를 얻었으나 나머지

도화동 176-2, 176-7, 176-8 등 3필지 토지(토지면적 972.8㎡) 소유자들로부터는 재개발에 대한 동의를 받지 못하였다.

(다) 그 후 원고는 1983. 5. 2.

서울특별시장에게 재개발사업인가신청을 하였으나 위 인가신청은 재개발 동의 인원(토지 또는 건물의 소유자)수로는 2/3 이상을 충족하였으나 면적으로는 전체 2,401㎡ 중 1,428.2㎡만이어서 2/3에 약간 미달되었다 하여 반려되자, 원고는 같은 달 22. 위 부동의하는 3인의 토지소유자의 재개발 부동의는 부당한 것이라며 부동의 사유서를 첨부하여

구 도시재개발법(1995. 12. 29. 법률 제5116호로 전문개정되기 전의 것) 제14조 제1항 단서 소정의 토지소유자의 동의에 갈음하는 결정을 하여 달라고

서울특별시장에게 심의요청하였다.

(라) 그 후 원고는 1988. 10. 13.부터 1990. 5. 22.까지 사이에 이 사건 토지들에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

(마) 한편 원고는 위 심의요청에 대하여

서울특별시장으로부터 아무런 회신을 받지 못한 상태에서 1992. 7. 2. 이 사건 토지들만으로 사옥신축 등 건축이 가능한지 여부에 관하여

마포구청장에게 확인신청을 하였으나 1992. 7. 14.

마포구청장으로부터 이 사건 토지들이 도시재개발지역에 속한 관계로 이 사건 토지들만으로는 건축허가가 불가능하다는 내용의 회보를 받았다.

(바) 그 후

마포구청장은 1992. 10. 17. 이 사건 토지들 중 일부(

도화동 176-3, 176-14)를

구 지방세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제1항 소정의 비업무용 토지로 보고 취득세, 가산세를 중과하였고, 이에 원고가 서울고등법원에 위 취득세 등 부과처분에 대하여 취소소송을 제기하였는바(

서울고등법원 93구14129호 사건), 서울고등법원은 1993. 12. 9. 원고가 그 토지들을 원고의 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 이유가 있어 위

구 지방세법 시행령 제84조의4 제1항 소정의 비업무용 토지라 할 수 없다는 이유로 위 취득세 등 부과처분을 취소하는 내용의 원고 승소 판결을 하였다.

(사) 그 후 원고는 1997.경부터 이 사건 토지들을 주차장 용도로 타인에게 임대하고 있고, 한편 당초 재개발사업시행인가신청 대상이었던 토지들 중 이 사건 토지들을 제외한 나머지 4필지 토지들

(도화동 176-2, 176-7, 176-8, 176-11)은 그 신청 이후에 소유자가 모두 변동되었고, 그 소유자들은 그들 소유의 토지를 주유소, 주차장 등의 용도로 사용하면서 상당한 수익을 얻고 있는 관계로 굳이 재개발사업에 참여하지 않겠다는 태도를 보이고 있다고 한다.

(아) 한편 원고는 2001. 2. 7.

서울특별시장에게 원고가 1983. 5. 22.에 한 재개발을 위한 심의요청에 따른 결정이 현재까지 유보되고 있음을 확인하여 달라는 신청을 하였고, 이에 대하여

서울특별시장은 2001. 2. 17. 원고에게 오랜 기간이 경과되어 위 사항에 대한 확인이 곤란하다는 내용의 회신을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑7호증의 1 내지 갑9호증, 갑22호증의 1 내지 갑23호증, 갑26호증의 3, 을78호증의 1 내지 5의 각 기재, 증인

박세권의 증언, 변론 전체의 취지

(3) 판단

(가)

구 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호,

구 법인세법시행규칙(1997. 12. 31. 총리령 제675호로 개정되어 1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것) 제18조 제2항,

구 법인세법시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되어 2000. 3. 9. 재정경제부령 제127호로 개정되기 전의 것) 제26조 제5항 제1호에서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자 또는 그 지출비용을 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(

대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결 등 참조).

(나) 이 사건에 있어서, 원고가 이 사건 토지들을 원고의 업무에 직접 사용하지 않은 데 대하여 ‘정당한 사유’가 있는지 여부에 보건대, 위 인정사실에 나타나는 바와 같이, 원고가 사옥 건립을 위하여 1982. 12. 30.경 이 사건 토지들을 매수한 다음, 이 사건 토지들을 포함한 9필지 토지에 관하여 재개발사업을 시행할 목적으로 재개발사업인가신청을 하였으나 일부 토지 소유자들의 동의를 받지 못하여 그 인가신청이 거부되고, 일부 토지 소유자들의 동의에 갈음하는 결정을 하여 달라는 신청까지 하였으나 그 회신을 받지 못하였으며, 이 사건 토지들만으로 그 지상의 건축허가가 불가능하다는 회신을 받는 등의 사정이 있었고, 그러한 사정들 하에서 이 사건 토지들 중 일부를 위

구 지방세법시행령 제84조의 4 제1항 소정의 비업무용 토지로 보고 한 취득세 등 부과처분에 관하여 서울고등법원이 1993. 12. 9. 그 토지들을 원고가 고유업무에 사용하지 못한 데에 정당한 이유가 있어 비업무용 토지라 할 수 없다는 이유로 위 취득세 등 부과처분을 취소하는 판결이 있었던 점, 그런데 그 이후 원고가 이 사건 토지들에 대한 재개발사업추진을 위하여 인근 토지 소유자들 또는 그 승계인들을 상대로 적극적인 노력을 기울였다는 사정은 보이지 않는 점(증인

박세권은 위 판결 선고 이후에도 원고가 꾸준히 인근 토지 소유자들과 접촉하면서 재개발사업에 대한 동의를 얻거나 매수하는 등의 협의를 하였다고 증언하고 있으나, 그 진술이 구체적이지 않을 뿐만 아니라 그것을 뒷받침할 만한 별다른 자료도 없어 그것만으로 원고가 재개발사업을 위하여 적극적으로 노력하였다고 인정하기 어렵다), 더구나 원고가 이 사건 토지들을 취득한 이래로 1996 사업연도 개시일까지만 해도 그 기간이 13년이나 초과하는 등 그 취득ㆍ보유기간이 상당히 장기간인 점, 원고가 1983. 5. 22.

서울특별시장에 대하여 한 재개발을 위한 심의요청 건에 대하여도 그 동안 원고가

서울특별시장에게 그 심의요청에 대한 처리를 독촉하였다든지 하는 등의 사정이 전혀 보이지 않는 점(심의요청일로부터 약 17년 경과 후인 2001. 2. 7.에야 비로소 그 심의요청에 대하여 결정이 유보되었다는 확인을 해 달라는 신청을 하였다), 원고가 1997. 이후 이 사건 토지들을 타에 임대하여 본래의 토지 취득 목적과 달리 주차장 용도로 사용하여 오고 있는 점 등의 제반 사정과 원래 법인의 비업무용 부동산의 보유를 위한 차입금 지급이자 등 관련 비용에 대하여 이를 손금에 산입하지 아니하는 취지가 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 약화되는 것을 방지하고, 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있는 점 등을 모두 감안하여 보면, 1996 사업연도부터 1999 사업연도까지 원고가 이 사건 토지들을 원고의 업무에 직접 사용하지 않은 데 대하여 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

따라서 원고가 이 사건 토지들을 원고의 업무에 직접 사용하지 않은 데 대하여 정당한 사유가 있음을 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 정당한 세액

앞서 제3. 가. (2) (나)항에서 인정한 바와 같이 피고가 손금부인한 중기임차료 관련 세금계산서들 중 가공의 세금계산서가 아닌 세금계산서 34장의 공급가액을 각 해당 연도 과세표준 계산에 있어서 손금에 추가 산입하여 그 정당한 세액을 계산하여 보면, 1997 사업연도 법인세의 경우 328,880,443원, 1998 사업연도 법인세의 경우 209,029,796원, 1999 사업연도 법인세의 경우 300,469,012원이 된다(계산 내역은 피고가 2004. 1. 19. 제출한 참고서면 참조).

따라서 피고의 1997 사업연도 내지 1999 사업연도 법인세 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

4. 결론

그렇다면, 피고의 이 사건 각 부과처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.