세금계산서는 납세의무자의 회사가 소외 이성욱으로부터 실제 거래 없이 교부받은 허위의 세금계산서라는 사실이 인정되므로 종합소득세 부과처분은 적법하다.

1. 처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 제3호증, 제4호증의 1 내지 3, 을 제1호증, 제2호증의 1 내지 2, 제3호증의 1, 제8호증의 1 내지 5, 제9호증, 제10호증의 1, 2, 제11호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가.

원고 주식회사 신광은 1972. 5. 10. 대구 북구

노원동1가 145 외 4필지 공장용지 4526.1㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 취득하여 공장건물을 건축하여 사업용자산으로 사용하다가 1998. 12. 9.

한국토지공사와 사이에 이 사건 토지를 그 지상의 공장건물을 원고 회사가 철거하는 조건으로 매매대금 2,332,700,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였고, 원고 회사는

한국토지공사로부터 지급받은 위 매매대금 전액으로 원고 회사의 금융기관 채무를 변제하였다.

나. 원고 회사는 1999. 3. 25. 1998 사업연도 법인세 신고납부시 이 사건 토지의 양도가액 2,332,700,000원과 취득가액 27,258,194원과의 양도차익 2,305,441,806원에 대한 특별부가세액 461,088,361원을

구 조세감면규제법 (1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전의 것) 제33조의2 제1항에 의한 감면세액으로 전액 공제하여 법인세(특별부가세)신고를 하였다.

다. 그런데 피고는 이 사건 토지의 양도일로부터 3년 이내인 2000. 9. 30. 원고 회사가 사업을 폐지함으로써 감면세액의 추징요건이 발생하였다고 보아 2001. 5. 12. 원고 회사에 대하여 원고가 신고한 양도차익 2,305,441,806원에 대한 1998 사업연도분 법인세(특별부가세) 512,125,670원을 추징결정하였다.

라. 이에 원고 회사는 2001. 8. 8. 피고에게 이의신청을 하였고, 피고는 2001. 9. 17. 이 사건 토지의 양도가액을 2,332,700,000원, 취득가액을 1985. 1. 1. 현재의 기준시가를 기준으로 환산한 1,595,388,225원으로 하고, 그 차액에서 건물철거비 75,000,000원을 공제한 667,311,775원을 양도차익으로 보아 위 특별부가세를 169,052,530원으로 감액경정하였다(이하 위 2001. 5. 12.자 특별부가세 처분 중 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 특별부가세 부과처분’이라고 한다).

마. 피고는 이 사건 특별부가세 부과처분과는 별도로 2001. 12. 3. 원고 회사에게 임시투자세액공제로 감면된 법인세 10,933,730원을 추징하는 이 사건 법인세 부과처분을 하였는데, 원고 회사는 적법한 청구기간 내에 심사청구나 심판청구를 제기하지 아니하였다.

바. 피고는 원고 회사가 2000년 1기 부가가치세를 신고납부하면서 제출한

소외 이성욱 명의의 세금계산서 5장 합계 95,325,000원 상당이 실지거래 없이 교부받은 허위의 세금계산서라는 이유로 위 금액을 손금불산입하고, 원고 회사의 대표이사인

원고 이종복에 대하여 상여처분하여 2001. 4.경

원고 이종복에게 소득금액변동통지를 하였으나, 종합소득세신고를 하지 아니함에 따라, 2001. 10. 4. 2000년 귀속 종합소득세 33,187,020원을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라고 한다).

2. 이 사건 소 중 이 사건 법인세 부과처분 취소의 소의 적법 여부에 대한 판단

조세부과처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없고(

국세기본법 제56조 제2항), 심사청구는 당해 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에, 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 하는 것이며(

동법 제61조 제1항,

제2항), 조세소송의 전심절차는 소송물이 되는 개별처분마다 따로 거치는 것이 원칙이고, 서로 내용상 관련되는 처분 또는 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 처분이 아닌 이상, 어느 하나의 처분에 대하여 전심절차를 거쳤다 하여 다른 처분에 대하여 바로 소를 제기할 수는 없는 것인바, 갑 제1호증의 2의 기재에 의하면 피고가 과세귀속연도, 과세표준, 세율, 가산세, 각종공제세액을 기재하여 대구지방국세청종합감사에 의하여 이 사건 법인세 부과처분의 고지를 한 사실이 인정되므로, 이 사건 소 중 이 사건 법인세 부과처분 취소청구 부분에 관한 소는, 행정심판을 이미 거친 이 사건 특별부가세 부과처분과 내용상 관련되는 처분이라고 볼 수 없으므로, 이 부분의 소는 원고 회사가 적법한 청구기간 내에 심사청구나 심판청구를 제기한 바 없이 제기한 것으로서 전심절차를 거치지 않은 것이어서 부적법하다.

3. 이 사건 특별부가세 부과처분에 대한 판단

가. 원고 회사의 주장

첫째, 이 사건 토지를 사업용자산으로 사용하다가 매도하고, 그 매매대금 전부를 금융기관의 부채상환에 사용하였으므로,

조세특례제한법 제36조의 규정에 의한 중소사업자의 경영안정지원을 위한 특별부가세의 감면대상에 해당함에도 불구하고, 이 사건 토지의 양도차익에 대하여 특별부가세를 부과한 처분은 위법하고, 둘째, 이 사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 이 사건 토지의 취득 당시의 기준시가 1,737,506,145원을 취득가액으로 공제하여야 함에도, 헌법재판소의 헌법불합치결정으로 효력을 상실한

구 법인세법 제59조의2 규정에 의하여 환산한 기준시가 1,301,222,985원을 적용하여 양도차익을 산정한 위법이 있고, 셋째, 납세고지서에 과세표준과 그 세액의 계산명세서를 첨부하지 아니한 위법이 있다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 첫 번째 주장에 대한 판단

피고는 당초

조세감면규제법 제33조의2 제1항의 규정에 의한 중소사업자의 경영안정지원을 위한 특별부가세의 감면대상에 해당되지 않는다는 이유로 이 사건 특별부가세 부과처분을 한 것이 아니라, 원고 회사가 이 사건 토지의 양도한 날로부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지함으로써

조세특례제한법 제36조 제2항 제2호의 추징사유가 발생하여 추징결정하여 이 사건 특별부가세 부과처분을 한 것인바, 을 제6호증의 1, 2, 제9호증의 각 기재에 의하면, 원고 회사가 이 사건 토지의 양도일인 1998. 12. 9.로부터 3년이 경과하지 아니한 2000. 9. 30. 원고 회사의 본점을 폐업함에 이어 2001. 3. 15. 원고 회사의 논공지점도 폐업한 사실이 인정되고, 따라서 원고회사는 이 사건 토지를 양도한 날로부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지하여 추징사유가 발생하였다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 두 번째 주장에 대한 판단

헌법재판소가 2000. 1. 27.

구 법인세법 (1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것) 제59조의2 제1항에 대하여 포괄위임이라는 이유로 헌법불합치결정을 한 사실은 인정되나, 위 헌법불합치결정 이전에 이미 1998. 12. 28. 법률 제5581호로 법인세법을 전문 개정하여, 구 법인세법의 포괄위임규정을 삭제하고,

같은 법 제99조 제1항에서 특별부가세의 과세대상 범위를 구체적이고 명확하게 규정하였고, 헌법불합치결정 이후인 2000. 2. 3. 법률 제6259호로 불합치결정사유가 제거된 경과규정을 신설하여 부칙 제3조에서

구 법인세법 제59조의2 제1항의 규정을 적용하여 행하여진 처분에 관하여도 개정된 법을 적용하도록 근거규정을 마련하였으므로, 이 사건 특별부가세 부과처분은 적법하다.

(3) 세 번째 주장에 대한 판단

갑 제1호증의 1의 기재에 의하면 피고가 과세귀속연도, 과세표준, 세율, 가산세, 각종공제세액을 기재하여 이 사건 특별부가세 부과처분의 고지를 한 사실이 인정되므로, 위 주장은 받아들이지 아니한다.

4. 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 판단

가.

원고 이종복의 주장

원고 회사는 철산비철금속을 운영하던

소외 이성욱으로부터 알미늄괴를 실제 매입하고 2000. 3. 6. 교부받은 세금계산서 5장 합계 95,325,000원을 교부받아 피고에게 제출한 것임에도 피고는 그 거래관계를 조사․확인하지도 아니한 채 위 세금계산서를 허위의 세금계산서로 인정하여

원고 이종복에게 상여처분한 것이므로, 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

을 제12호증의 2의 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 이 사건 세금계산서는 원고 회사가

소외 이성욱으로부터 실제 거래 없이 교부받은 허위의 세금계산서인 사실이 인정되고, 원고 회사가

소외 이성욱으로부터 알미늄괴를 매입하고 위 세금계산서를 교부받았다는 점에 부합하는 듯한 갑 제6호증의 기재는 믿기 어려우며, 갑 제5호증의 1 내지 5의 각 기재는 위 인정에 방해가 되지 아니하고, 달리 이 점을 인정할만한 증거가 없으므로, 이 사건 종합소득세 부과처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 피고가 2001. 12. 3.

원고 주식회사 신광에 대하여 한 법인세 10,933,730원의 부과처분 취소청구 부분의 소는 부적법하여 이를 각하하고, 원고 회사의 나머지 청구 및

원고 이종복의 청구는 이유 없으므로, 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.