사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이므로 사업연도 소득에 대한 법인세부과처분과 토지 등 양도에 대한 특별부가세부과처분은 별개의 과세처분이다. 따라서 처분은 적법하다.

1. 과세처분의 경위

가. 부동산 임대업 등을 목적으로 하는 원고 회사는 2000. 5. 10.

소외 에프엠종합건설 주식회사로부터 위 소외회사가 대금 45억 원에 매수하여 일부 내부수리를 마친 주식회사

진흥상호신용금고 소유의 서울 강남구

역삼동 689-3, 31, 32 지상 건물(대지 321.52평, 지하 2층 지상 7층, 연면적 1,611.43평, 이하, 이 사건 건물이라 한다)을 대금 58억 3,000만 원에 전매수하여 내부수리공사를 완성한 후 2001. 10. 4.

대한예수교장로회 새성민수양관교회에게 대금 74억 원에 양도하였다.

나. 원고회사는 위 양도차익에 따른 사업소득 등을 포함하여 2002. 3. 31. 2001년도 귀속 법인세로서 별지 표1 기재의 “확정신고”란 기재와 같이 과세표준과 세액을 신고, 납부하였다.

다. 이에 대하여 피고는 이 사건 건물의 취득원가와 관련하여 4억 3,000만 원을 과다계상하고, 내부수리공사와 관련하여 주식회사

씨앤엠종합건설로부터 452,809,000원의 매입세금계산서를 과다수취하고,

김형국(통일유리)으로부터 5억 원의 가공세금계산서를 수취함으로써 이 사건 건물의 양도차익에 따른 사업소득을 감소시켰다는 이유로 2002. 10. 7. 별지 표1 기재 “증액경정”란 기재와 같이 1차 경정처분을 하고, 아울러 법인 소유 건물을 유상 양도함으로써 발생하는 차익에 대한 조세로서 별지 표2 기재의 “당초처분”란 기재와 같이 특별부가세를 부과고지(이하, 이 사건 각 처분이라 한다)하였다.

라. 이에 대하여 원고회사는 2002. 12. 31. 당초 확정 신고한 과세표준 및 세액이 정당하다고 다투면서 이 사건 각 처분에 대하여 국세심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2003. 5. 13. “원고가 주식회사

씨앤엠종합건설에게 지급한 공사비 중 3,900만 원을 자본적 지출액으로 추가로 인정하고,

에프엠종합건설 주식회사와 별도로 정산하였다는 256,377,410원이 취득원가인지 여부와

엘지공조 주식회사 등에게 지급하였다는 353,580,000원이 자본적 지출액에 해당하는지 여부를 다시 조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 원고회사의 나머지 청구를 기각한다”는 취지로 재결하였다.

마. 피고는 위 재결 취지에 따라 재조사를 하여 2003. 7. 17. 이 사건 건물의 취득원가와 수선비 등 자본적 지출액을 추가로 448,580,000원 인정하고, 이 사건 각 처분에 대하여 별지 표1 및 표2의 각 “감액경정”란 기재와 같이 감액경정처분을 하였다.

[사실인정의 근거: 갑1, 2호증, 갑3호증의 1, 2, 을2, 4호증의 각 1 내지 10의 각 기재 및 변론의 전취지]

2. 원고회사의 청구에 대한 판단

가. 이 사건 소 중 주위적 청구에 관한 부분의 적법 여부

(1) 감액경정처분의 성질과 불복절차

살피건대, 과세표준과 세액을 감액하는 경정처분은 당초 부과처분과 별개 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초 부과처분의 변경이고, 그에 의하여 세액의 일부 취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 감액경정결정으로도 아직 취소되지 아니하고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우, 항고소송 대상은 당초의 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이고, 경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니며, 이 경우 적법한 전심절차를 거쳤는지 여부, 제소기간의 준수여부도 당초 처분을 기준으로 판단하여야 할 것이고, 이러한 법리는 국세심판원이 심판청구를 일부 인용하면서 정당한 세액을 명시하여 취소하지 아니하고 경정기준을 제시하여 당해 행정청으로 하여금 구체적인 과세표준과 세액을 결정하도록 함에 따라 이루어진 감액경정결정의 경우에 있어서도 그에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 없는 한 마찬가지로 적용된다고 할 것이다(

대법원 1997. 10. 24. 선고 96누10768판결,

대법원 1996. 7. 30. 선고 95누6382판결,

대법원 1991. 9. 13. 선고 91누391판결 등).

(2) 판단

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고 회사는 이 사건 각 처분에 대하여 이 사건 건물의 취득가액, 위 건물에 대한 자본적 지출액 등 합계 13억 8,280여 만 원을 부당하게 인정하지 않고 과세표준을 산정한 결과라고 다투면서 국세심판원에 심판청구를 하였는데 반하여, 국세심판원은 원고의 주장 중 자본적 지출액으로서 3,900만 원은 인용하고, 피고로 하여금 약 6억 990만 원의 금액이 자산의 취득가액 및 자본적 지출액으로 인정될 수 있는지 여부를 재조사하여 과세표준과 세액을 다시 결정하도록 하며, 원고의 나머지 청구를 기각한다는 취지로 결정하였으므로, 원고 회사는 위 심판결정만으로 그 쟁송목적을 전부 달성한 것이 아님이 명백하다. 따라서 원고 회사로서는 위 심판결정의 취지에 따른 행정청의 새로운 처분을 기다릴 필요 없이 바로 위 심판결정에 대하여 행정소송을 제기하여 이 사건 각 처분에 대한 취소를 구하여야 한다.

한편,

행정소송법 제20조 제1항은 ‘행정심판의 재결을 거쳐 제기하는 사건에 대한 취소소송은 그 재결서의 정본의 송달을 받은 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’는 취지로 규정하고 있는바, 을5호증, 갑2호증의 각 기재에 의하면, 원고 회사는 이 사건 각 처분에 대한 위 제1의 라.항 기재 재결에 관한 재결서 정본을 2003. 5. 15. 송달받은 사실, 위 재결서 정본에는 “이 재결에 대하여 이의가 있는 때에는 이 결정서를 받은 날로부터 90일 이내에 행정법원에 행정소송을 제기할 수 있습니다”라고 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있는데, 원고 회사는 위 재결서를 송달받은 때로부터 90일이 이미 경과한 2003. 10. 7.에야 이 사건 각 처분에 대한 취소의 소를 제기하였음이 기록상 명백하므로, 원고의 이 사건 소 중 이 사건 각 처분에 대한 취소청구의 부분은 부적법하다.

나. 예비적 청구에 관하여

(1) 원고 회사의 주장

원고회사는 부동산의 매매, 임대를 목적으로 하는 회사로서 이 사건 건물의 양도 차익에 상당하는 사업소득에 관하여 법인세를 부과 받는데 다시 위 건물의 양도차익에 관하여 특별부가세를 부과 받는 것은 이중과세라 할 것이므로, 특별부가세의 근거규정은 위헌․무효이고 이 사건 각 처분 중 특별부가세 부과처분은 무효이다.

(2) 관련법령

법인세법(2001. 12. 31. 법률 제6558호로 개정되기 이전의 것)

제2조 (납세의무) ① 다음 각 호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다.

1. 내국법인

② 내국법인 및 외국법인에게 제99조의 규정에 의한 양도차익이 있거나 내국법인에게 제105조의 규정에 의한 양도차익이 있는 때에는 이 법에 의하여 특별부가세를 법인세로서 납부할 의무가 있다.

제3조 (과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득

제99조 (과세표준) ①특별부가세의 과세표준은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산(이하 "토지 등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

②제1항에서 "양도"라 함은 토지 등에 대한 등기등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

③제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다.

1. 취득가액

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용

(3) 판단

사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루고 있는 것이므로 사업연도 소득에 대한 법인세부과처분과 토지 등 양도에 대한 특별부가세부과처분은 별개의 과세처분이라 할 것이어서(

대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두1543 판결,

대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결), 사업연도의 소득에 대한 법인세 외에 특별부가세를 부과하는 것이 이중과세에 해당한다고 볼 수 없으므로 원고의 위 주장은 더 나아가 살필 것 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 소 중 주위적 청구에 관한 부분은 각하하고, 예비적 청구는 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.