상고이유를 판단한다.

1. 원고의 상고이유에 대한 판단

가. 원고가 소외 주식회사의 과점주주인지 여부 및 제2차 납세의무의 범위에 대하여

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 소외 주식회사의 100% 과점주주에 해당함을 전제로 한 피고의 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 국세기본법(2006. 4. 28. 법률 제7930호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 소정의 과점주주 및 제2차 납세의무의 범위에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

나. 시가산정방법에 대하여

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고 주장의 매매실례가격은 이 사건 토지에 대한 객관적인 교환가치를 적절하게 반영한 것이라고 보기 어렵다는 이유로 구 법인세법 시행규칙(1997. 3. 29. 총리령 제622호로 개정되기 전의 것) 제16조의2에 따라 구 상속세법 시행령(1996. 6. 29. 대통령령 제15093호로 개정되기 전의 것) 제5조 제2항을 준용하여 이 사건 토지의 시가를 보충적 평가방법인 개별공시지가에 의하여 산정하여 한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호 소정의 시가산정방법에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

다. 이 사건 부과처분이 부과제척기간 경과 후 이루어진 것인지 등에 대하여

(1) 소외 주식회사에 대한 부과제척기간의 경과 여부

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 소외 주식회사가 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세 과세표준과 세액에 대하여 그 신고기한 내에 신고를 하였다고 볼 증거가 없어 소외 주식회사의 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세에 대한 부과제척기간은 7년이고, 피고의 소외 주식회사에 대한 부과처분이 부과제척기간 7년 내인 2003. 12. 2. 이루어졌으므로 결국, 이 사건 부과처분은 적법하다고 판단하였는바, 관계 법령 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 구 국세기본법 제26조의2 제1항 소정의 부과제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

(2) 이 사건 부과처분이 부과제척기간 경과 후 이루어졌는지 여부

구 국세기본법 제26조의2는 ‘국세부과의 제척기간’이라는 제목으로 그 제1항에서 상속세 및 증여세를 제외한 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 규정하고 있다.

제2차 납세의무자에 대한 납부고지는 주된 납세의무자에 대한 부과처분과는 독립된 부과처분의 성격을 가지는 점( 대법원 1998. 10. 27. 선고 98두4535 판결 참조), 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당되는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한’이 경과한 이후라 할 것인 점( 대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결 참조), 구 국세기본법 제26조의2 제4항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3은 제2차 납세의무에 대해서는 그 기산일인 ‘부과할 수 있는 날’에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하나, 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날이라고 함은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한이 규정되어 있는 경우를 제외하고는 원칙적으로 그 납세의무의 성립시기라고 할 것인 점 ( 대법원 1999. 4. 9. 선고 98두11250 판결 참조) 등을 종합하여 볼 때, 제2차 납세의무에 대해서도 주된 납세의무와는 별도로 그 부과의 제척기간이 진행한다고 할 것이고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하다.

원심이 적법하게 확정한 사실에 의하면, 과점주주로서 제2차 납세의무자인 원고에 대한 이 사건 부과처분은 이 사건 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년이 경과하기 전에 이루어진 사실을 알 수 있는바, 원심이 제2차 납세의무에 대해서는 원칙적으로 부과제척기간에 관한 규정이 적용되지 않고, 설령 적용된다고 하더라도 제2차 납세의무에 대한 부과제척기간이 주된 납세의무에 대한 그것과 같은 시기에 진행한다고 볼 수 없다는 이유로, 이 사건 부과처분은 그 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 것이라는 원고의 주장을 배척한 것은 그 이유 설시에 다소 적절하지 아니한 점은 있지만 결론에 있어서는 정당하고, 거기에 구 국세기본법 제26조의2 제1항 소정의 부과제척기간에 관한 법리오해 등의 위법이 없다.

2. 피고의 상고이유에 대한 판단

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다고 할 것이다( 대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결, 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

원심은 그 채용 증거를 종합하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고가 피고의 원심 판시 제1차 부과처분에 따라 그 세액을 전액 납부하였음에도 피고가 주된 납세의무자인 소외 주식회사에 대한 부과처분(이하 ‘당초처분’이라 한다)에 고지절차상의 하자가 있음을 이유로 당초처분을 직권으로 취소하고 본세는 동액으로 하되 당초처분 고지일 이후의 미납부가산세 등을 부과함으로써 당초처분보다 증액된 이 사건 부과처분을 한 후 당초처분의 취소로 인한 국세환급금 및 환급가산금 전액을 이 사건 부과처분의 납부할 세액의 일부에 충당하였으므로 원고에게는 당초처분 고지일 이후의 미납부가산세에 대해서 그 납부의무의 불이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하였는바, 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고, 거기에 가산세 부과에 있어서 정당한 사유에 관한 법리오해의 위법이 없다. 상고이유에서 지적하고 있는 대법원판결은 이 사건과는 사안을 달리하는 것이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

3. 결 론

그러므로 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 각자가 부담하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2006. 6. 16. 선고 2005누24591 판결】

【주문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 다음에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다.

피고가 2003. 12. 2. 소외 주식회사에 대한 1996년 귀속 법인세에 관하여 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 한 법인세 715,988,940원(가산세 포함) 부과처분 중 629,900,640원을 초과하는 부분(미납부가산세 86,088,300원 부분), 특별부가세 498,617,380원(가산세 포함) 부과처분 중 458,957,900원을 초과하는 부분(미납부가산세 39,659,470원 부분)을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송비용은 1, 2심을 합하여 이를 5분하여 그 4는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 제11면 제20행 "라. 가산세 부과의 신의칙 위반 여부" 이하 부분을 아래와 같이 변경하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 가산세 부과의 정당성 여부

가. 가산세 증액의 경위

(1) 피고는 2001. 3. 15. 소외 회사의 과점주주인 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고, 법인세 등 합계 775,780,300원(별지 내역서 참조)을 부과 · 고지하였다.

(2) 원고는 위 부과처분에 따른 납부기한내 위 세금을 납부하였다.

(3) 원고가 세금을 납부한 후 서울고등법원에서 위 부과처분의 취소를 구하는 소송을 계속하던 중, 피고는 납세고지서 송달의 하자를 이유로 2003. 12. 1. 소외 회사 및 원고에 대한 위 부과처분을 취소함과 동시에 기납부세액 및 환급가산금 합계 851,166,310원을 원고에게 환급하였다.

(4) 피고는 2003. 12. 2. 다시 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 법인세 등 합계 1,214,606,320원(별지 내역서 참조)을 부과 · 고지하였다. 위 부과처분의 세액이 늘어난 이유는 당초세액에서 가산세 등이 증가하였기 때문인바, 그 구체적인 내역은 미납부가산세 증액부분이 125,747,780원이고, 나머지는 무신고 무기장가산세, 공고불이행가산세 등이다.

[인정근거] 갑2, 3, 6, 9, 15, 16, 19호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론전체의 취지

나. 환급의 절차 및 문제점

(1) 종전 과세처분을 취소하고 기납부세액을 환급하는 경우, 과세관청은 기납부세액에 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액를 가산하여 지급하여야 한다( 국세기본법 제52조). 이 사건의 경우도 피고는 원고에게 기납부세액 775,780,300원에 환급이자를 가산하여 총 851,166,310원을 환급하였다.

(2) 일반적으로 납세의무자의 세금납부가 있은 후 과세관청이 동일한 과세물건에 대하여 증액경정처분을 하는 경우 증액된 부분에 한하여 새로운 과세처분일을 기준으로 한 본세 및 가산세 등을 산정한다. 그러나 이 사건의 경우 원고의 세금납부가 있었음에도 불구하고 당초처분을 취소한 후 사실상 동일한 내용의 2차처분을 하였는바, 원고가 당초처분에 따라 납부한 세액을 반환한 후, 다시 전체 세액을 미납부세액으로 보고 당초 납세의무일로 소급하여 다시 가산세를 산정하여 부과하였다. 따라서 미납부가산세액이 가중되는 문제가 발생하게 된다. 이는 당초처분을 취소할 경우 기납부세액에 환급가산금을 부가한 금액을 반환하지만, 환급가산금의 이율보다 미납부가산세 세율이 월등히 높으므로 그 차액을 납세의무자가 다시 부담해야 하는 문제가 생기기 때문이다.

(3) 이 사건의 경우도 원고가 환급가산금으로 75,386,010원을 지급받았지만, 2차처분에 의한 미납부가산세는 오히려 125,747,780원이 증가되어 환급가산금을 감안하더라도 실제로는 당초처분에 비하여 더 많은 미납부가산세를 부담하게 된다.

다. 판단

(1) 과세관청이 절차상의 하자로 당초처분을 취소하고 동일한 내용의 2차처분을 하는 경우, 원칙적으로 당초처분은 소급하여 효력을 상실하므로 2차처분에 대한 미납부가산세의 산정시기는 당초 납세의무기간이 경과된 때로부터 진행된다고 보아야 한다.

그런데 납세의무자가 당초처분에 따라 이미 세금을 납부한 경우에까지도 위와 같이 해석하게 되면, 납세의무자로서는 과세관청의 절차상 위법행위에 대하여 불안정한 지위에 있게 될 뿐만 아니라 위법한 행위에 대한 결과책임이 납세의무자에게 귀속되어 불합리하다.

가산세는 조세의무불이행의 유인(誘因)을 제거하고 그 의무를 성실히 이행한 자와 그렇지 않은 자를 달리 취급함으로써 원활한 조세행정과 조세의 공평부담을 실현하기 위한 것이다. 그런데 납세의무자가 과세관청의 부과처분에 따라 그 의무를 이행한 이상 실체적인 조세채무의 성립요건과 무관하게 단순히 그 조세확정과정에 있어서 부과처분고지라는 절차적인 하자만 있을 경우 이는 납세의무자가 알기 어렵고, 또한 그로 인한 책임은 과세관청에 귀속되어야 할 것이므로, 이를 이유로 납세의무자에게 새로이 미납부가산세를 부과하는 것은 납세의무자에게 지나치게 가혹한 것으로서 가산세 제도의 근본취지에 반한다고 할 것이다.

(2) 과세관청이 당초처분을 취소하는 경우 기납부세액에 환급가산금을 추가한 금액을 납세의무자에게 반환한다. 납세의무자가 환금가산금을 추가하여 환급받음으로써 납세의무자의 기납부세액은 존재하지 않는 결과가 된다고 볼 수 있다( 대법원 1989. 10. 13. 선고 87누266 판결 참조). 이는 부과절차의 하자가 있는 처분에 대하여 원칙적으로 취소해야 한다는 견해와도 통한다( 대법원 1983. 7. 26. 선고 82누420 판결 참조). 즉, 납세고지절차의 하자로 과세처분 자체가 위법하여 취소대상이 되어도, 어차피 납세의무자가 세금을 납부할 의무가 있으므로 무용한 과세처분을 되풀이 함으로써 경제적, 시간적, 정신적 낭비만을 초래한다는 사정만으로는 위법한 과세처분을 취소하는 것이 현저히 공공복리에 적합하지 아니하다고 할 수는 없는 것이다. 그러나 하자있는 행정행위라도 행정행위의 무용한 반복을 피하고 당사자의 법적 안정성을 위해 국민의 권리와 이익을 침해하지 않는 범위에서 구체적 사정에 따라 합목적적으로 그 하자의 치유나 전환을 인정할 수 있을 것이다.

그런데 조세사건의 경우 부과처분의 존재가 국민의 권리나 이익을 침해하는 행정처분이므로, 하자있는 부과처분의 치유를 인정하는 것 자체는 외견상 모두 국민의 권리나 이익을 침해하는 것이 된다. 특히 부과처분의 하자가 실체적인 면에 있다면 그 치유나 전환이 인정될 여지는 매우 적을 것이다. 그러나 그 하자가 절차적인 면에 있다면 그 하자의 치유나 전환이 허용될 가능성은 상대적으로 크다고 할 수 있다.

이 사건의 경우 절차적인 하자를 이유로 피고가 당초처분을 취소하고 2차처분을 내렸는바, 만약 원고의 실체적인 면에 관한 주장을 모두 배척하고 당초처분의 적법성을 인정하는 결론에 이른 상태에서 본다면 당초처분의 절차상의 하자의 치유를 인정하는 것이 미납부가산세액의 측면에서 원고의 조세부담을 경감할 수 있는 방법이 된다. 반면에 원고의 실체적인 면에 관한 주장을 받아들인다는 결론을 전제로 놓고 본다면 당초처분의 하자의 치유나 전환을 인정하는 것은 오히려 원고의 납세에 있어서 절차적 권리와 이익을 침해하는 것이 되어 원고로서는 수긍하기 힘들 것이다. 즉 부과처분의 실체적인 적법성 여부에 따라서 절차상의 하자의 치유나 전환으로 인한 원고의 실질적인 권리침해 여부가 결정된다. 따라서 이러한 경우 부과처분절차상의 하자의 치유, 전환의 인정기준이 부과처분의 실체적인 적법성 여부에 의하여 달리 평가되어야 하는 문제점을 낳게 되어 받아 들이기 어렵다.

결국 부과처분절차상의 하자는 실체적인 적법성 유무와 관계 없이 엄격한 기준에 따라 그 적법성 여부를 별도로 판단하여야 하고, 위법하다고 인정된 경우에는 기납부세액에 환금가산금을 가산하여 납세의무자에게 반환함으로써 위법한 절차로 인한 납세의무자의 손해를 회복시켜 주어야 할 것이다.

(3) 그러나 하자있는 행정행위라도 무익한 반복을 피하고 당사자의 법적 안정성을 위해 국민의 권리와 이익을 침해하지 않는 범위에서 인정될 수 있는 점에 비추어 보면, 절차적인 하자를 이유로 한 부과처분의 취소가 실체적인 사유에 대한 아무런 변경없이 동일한 부과처분을 예정하고 있는 경우, 납세의무자가 당초처분에 따라 납세의무를 이행하였음에도 불구하고 조세납부절차의 협력의무위반을 이유로 미납부가산세를 부과하는 것은 허용되지 않는다고 하여야 할 것이다. 그렇지 않으면 절차의 하자를 이유로 취소된 부과처분의 경우 제척기간 내에 재처분이 무한정 가능하다는 논리하에 사실상 납세의무자가 절차상의 하자를 주장하는 것을 봉쇄시킬 수 있기 때문이다. 즉 부과처분에 있어서 절차적인 하자를 주장하여 그것이 받아들여지더라도 재부과처분을 통해 오히려 납세의무자가 더 불리한 지위에 서게 된다면 납세의무자로서는 이를 주장할 아무런 실익이 없게 되고, 이는 결국 적법절차를 통한 과세관청의 행위를 통제한다는 기본권 보호의 한 틀을 훼손하는 것이 된다.

이는 국세기본법이 당초처분을 취소하는 경우 기납부세액에 환급가산금을 추가한 금액을 납세의무자에게 반환하도록 규정하고 있다고 하더라도 마찬가지이다. 환급가산금은 납세의무자가 세금을 체납한 경우에 가산하여 징수하는 가산금과 형평을 유지하기 위하여 마련된 것인바, 부과절차상의 하자로 인한 환급은 과세관청의 위법한 행위로 인하여 입은 납세의무자의 손해를 배상해 주기 위한 것일 뿐, 이로 인하여 이미 행한 납세의무자의 조세법상의 협력행위가 소급하여 소멸된다고 볼 수 없기 때문이다.

(4) 한편, 앞서 본 증액된 미납부가산세 부분을 제외한 나머지 가산세 부분에 대한 원고의 주장에 관하여 보건대, 나머지 가산세 부분은 당초부터 그 의무를 이행하지 아니하여 누락된 세액을 2차처분에서 바로잡아 경정한 것에 불과하고, 달리 위 부분에 대한 가산세 부과가 신의칙에 반한다거나 그 납부의무를 기대할 수 없는 사정이 있었다고 볼 만한 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

라. 소결론

따라서, 이 사건 처분 중 증액된 미납부가산세 부분으로서 법인세 715,988,940원(가산세 포함) 부과처분 중 629,900,640원을 초과하는 부분(미납부가산세 86,088,300원 부분), 특별부가세 498,617,380원(가산세 포함) 부과처분 중 458,957,900원을 초과하는 부분(미납부가산세 39,659,470원 부분)은 위법하므로 취소되어야 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리 하여 부당하므로, 이 사건 처분 중 위에서 인용하는 부분에 해당하는 미납부가산세를 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2005. 9. 20. 선고 2004구합34254 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증 내지 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제15호증의 1, 2, 갑 제19호증, 을 제1호증 내지 을 제3호증의 1, 2, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있다.

가. 소외 1 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 1996. 10. 2. 원고 교회(종전 (이하 생략)에서 명칭이 변경되었다. 이하 구분하지 않고 ‘원고 교회’라 한다)에게 서울 도봉구 방학동 706-2 대 128.4㎡, 같은 동 706-4 대 2,359.7㎡, 같은 동 706-5 대 1,400.4㎡, 같은 동 706-8 대 306.1㎡ 및 위 지상 건물 759.52㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 3,800,000,000원에 양도하였고, 그 이전인 1996. 8. 31. 폐업하였다.

피고는 소외 회사가 폐업상태에 있자 1996년 귀속 법인세의 신고납부기한이 도래하기 이전인 1997. 1. 16. 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 709,776,806원 및 특별부가세 513,760,000원을 수시부과하였다

나. 그런데 피고는 2000. 12.경 수사기관으로부터 원고 교회의 조세포탈 혐의사실을 통보받자 원고 교회 담임목사이던 소외 2를 고발하고, 2001. 3. 2. 소회 회사가 특수관계자인 원고 교회에게 시가(피고는 개별공시지가 등 합계 4,785,575,130원을 시가로 보았다)에 미달한 금액으로 이 사건 부동산을 양도하였다는 이유로 위 양도가액과 시가의 차액인 985,575,130원 상당을 부당행위계산 부인하여 소외 회사에게 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 합계 775,780,300원(법인세 458,997,322원 + 특별부가세 316,782,983원 = 775,780,305원, 이하 10원 미만 절사)을 추가로 부과하는 한편, 소외 회사가 1996. 9. 30. 폐업한 후 잔여재산이 전무함에 따라 2001. 3. 15. 과점주주인 원고 교회를 제2차 납세의무자로 지정하여 원고에게 위 법인세를 부과·고지하였다(이하 ‘1차 부과처분’이라 한다).

이에 원고 교회는 피고를 상대로 위 부과처분의 취소를 구하는 소를 서울행정법원에 제기하여 2002. 8. 23. 패소판결을 받고 항소하였으나, 피고가 항소심 계속중이던 2003. 12. 1. 납세고지서 송달 하자를 이유로 소외 회사 및 원고 교회에 대한 위 각 부과처분을 취소하자, 원고 교회는 같은 달 8. 위 소를 취하하였다.

다. 그 후 피고는 위 각 부과처분을 취소한 다음날인 2003. 12. 2. 소외 회사에 대하여 법인세 및 특별부가세 합계 1,214,606,320원(법인세 715,988,940원 + 특별부가세 498,617,380원, 1차 부과처분 세액보다 늘어난 이유는 위 세액에 포함된 가산세가 증가하였기 때문이다. 이하 ‘이 사건 체납세액’이라 한다)을 부과하는 한편, 같은 날 1차 부과처분과 동일한 사유로 원고 교회를 소외 회사의 1996년 귀속 법인세의 제2차 납세의무자로 지정하여 소외 회사의 위 체납세액을 부과·고지하는 이 사건 부과처분을 하였다.

라. 원고 교회는 이에 불복하여 2004. 2. 16. 국세청장에게 심사를 청구하였으나, 같은 해 7. 30. 위 심사청구가 기각되자 이 사건 소를 제기하였다.

2. 원고 교회의 주장 및 관계법령

가. 원고 교회의 주장

원고 교회는 이 사건 부과처분은 다음과 같은 점에서 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

⑴ 원고 교회가 한 때 소외 회사의 주식 40,000주 중 35,643주를 소유하였던 적이 있으나, 1994. 12. 31.경부터 위 보유주식을 매도하여 이 사건 부동산 양수 당시 소외 회사의 주식을 소유하지 아니하였으므로 소외 회사와 특수관계에 있지 않았다.

⑵ 원고 교회가 이 사건 부동산을 매수할 당시, 인근 토지 거래가격 등을 고려하여 매수가격을 정한 것이므로 위 매수가격이 이 사건 부동산의 시가보다 저렴하다고 볼 수 없고, 이 사건 부동산 중 지상건물은 낡아 철거예정이었으므로 이 사건 부동산 시가에 포함시킬 수 없는 부분이다.

⑶ 더구나 제2차 납세의무자에 대하여 납부고지를 하려면, 주된 납세의무자에 대한 과세처분을 하여 그의 구체적인 납세의무를 확정하는 절차를 마쳐야 하는데, 피고는 소외 회사에 대하여 아무런 부과처분 없이 원고 교회를 제2차 납세의무자로 지정하여 이 사건 부과처분을 하였고, 지금에서야 소외 회사에 대하여 부과처분을 한다 하더라도 이는 부과제척기간 5년을 경과하여 위법하므로 소외 회사에게 납세의무가 있음을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다. 설령 소외 회사가 법정신고기한 내에 법인세 과세표준신고서를 제출하지 않아 7년의 부과제척기간이 적용되어 그 부과가 적법하게 된다 하더라도, 과세표준신고의무나 신고기한이 없는 원고 교회에 대하여는 부과제척기간 5년이 이미 지났다.

⑷ 나아가 피고가 1차 부과처분을 스스로 취소하고 이 사건 부과처분을 하면서, 이 사건 부과처분 세액에 다액의 미납부가산세와 미신고가산세를 포함시킨 것은 신의칙에 반한다.

나. 관련법령

별지 ‘관계법령’ 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 특수관계자 해당 여부

⑴ 인정사실

갑 제10호증의 1 내지 30, 갑 제11호증, 갑 제16호증, 갑 제17호증의 1, 2, 4, 갑 제18호증의 4 내지 7의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 듯한 갑 제17호증의 3, 5 내지 9, 12, 갑 제18호증의 1, 2, 8 내지 19, 21 내지 27의 각 일부 기재는 아래 인정사실에 비추어 믿지 아니한다.

㈎ 원고 교회는 1992년부터 이 사건 부동산 중 토지 위에 새로운 교회건물을 신축하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하고자 하였으나, 당시 시가가 상당히 고액이어서 이를 직접 매수하는 방법은 포기하고 그 대신 우회적인 방법으로 당시 이 사건 부동산을 소유하고 있던 소외 회사의 주식을 인수한 후 소외 회사로부터 이 사건 부동산을 헌납받는 형식을 취하기로 하고, 그 주식을 모두 인수하였다.

㈏ 그런데 소외 회사가 1996. 9. 30. 폐업하고 부도난 상태로 자산이 전혀 없는데다가 당시 약 1,550,000,000원 상당의 법인세를 부담하고 있어, 원고 교회가 과점주주인 상태에서 이 사건 부동산을 소외 회사로부터 매수할 경우 소외 회사가 부담하고 있던 법인세와 이 사건 부동산의 양도로 인한 법인소득세를 제2차 납세의무자로서 부담하게 되는 사정을 알고, 이를 회피하기 위하여 이 사건 부동산을 취득하기 전인 1994. 12. 31.경부터 1995. 10. 12.경까지 사이에 원고 교회가 소유하고 있던 소외 회사의 주식을 소외 4 등 30인의 원고 교회 교인들에게 위장분산시켜 형식상 과점주주의 지위에서 벗어난 후 앞서 본 바와 같이 1996. 10. 2. 이 사건 부동산을 취득하였다.

㈐ 한편, 원고 교회 목사이던 소외 2는 위와 같은 주식 위장분산의 방법으로 소외 회사와 원고 교회의 법인세 및 특별부가세를 포탈하여 특정범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(조세) 혐의 등으로 기소되어(공소사실에는 위 혐의 외에 제3자뇌물교부, 위증, 사기, 사문서위조 등의 혐의가 포함되어 있다) 1심에서 조세포탈의 점 등에 관하여 유죄판결을 받았으나, 항소심인 서울고등법원(2002노2570 등 사건)으로부터 2005. 7. 15. 주식의 위장분산 여부에 대한 판단없이 제2차 납세의무의 성립 및 확정에 관한 법리에 따라 납부기한 내에 세액을 모두 납부한 이상 죄가 되지 않는다는 이유 등으로 일부 무죄판결을 받았고, 이에 대한 검사의 상고로 현재 대법원 2005도5567호로 상고심 계속중이다.

⑵ 판단

위 인정사실에 의하면, 원고 교회는 자신이 소유하던 소외 회사의 주식을 교인들 명의로 위장분산시키고 원고 교회 명의로 보유하지 않았을 뿐, 소외 회사로부터 이 사건 부동산을 취득할 당시 소외 회사의 주식 대부분을 실질적으로 소유한 과점주주의 지위에 있음을 알 수 있으므로, 소외 회사의 주식을 모두 처분하여 소외 회사와 특수관계에 있지 않았다는 원고 교회의 주장은 이유 없다.

나. 시가산정의 부당 여부

앞서 든 증거 및 갑 제12호증 내지 갑 제14호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 부동산 중 토지의 개별공시지가 합계는 4,682,026,000원이고, 건물의 과세시가표준액 합계는 103,549,130원으로 이 사건 부동산의 개별공시지가 등 합계는 4,785,575,130원인 사실, 원고 교회가 1995. 3. 23.경 은행에 담보목적으로 제출하기 위하여 한국감정원에 이 사건 부동산 중 서울 도봉구 방학동 706-2 대 128.4㎡를 제외한 나머지 부동산에 대하여 시가감정을 의뢰한 적이 있는데, 위 의뢰일 기준으로 감정가액이 5,376,056,400원이었던 사실 및 원고 교회는 이 사건 부동산의 매수 시점보다 약 1년 6개월 정도 이전인 1995. 4. 7. 대경화학공업 주식회사로부터 서울 도봉구 방학동 706-3 대 340.5㎡를 300,000,000원에 매수한 사실을 인정할 수 있고 반증이 없다.

살피건대, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것) 제46조 제2항 제4호 소정의 '시가'라 함은 원칙적으로 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하는 것으로 객관적 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 거래의 실례가 있거나 또는 그러한 실례가 없더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 경우에는 그 가격을 시가로 보아야 할 것이나, 시가가 불분명한 경우에는 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것) 16조의2에 의하여 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률(이하 ‘지가공시법’이라 한다)에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 구 상속세법 시행령(1996. 12. 31. 대통령령 제15193호로 전면개정되기 전의 것) 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액 즉 지가공시법에 의한 개별공시지가와 과세시가표준액를 시가로 보아야 할 것인바, 원고 교회의 주장과 같은 사정을 감안하더라도 지가공시법에 의한 감정평가법인이 감정을 실시한 바가 없는 이 사건에서, 앞서 본 바와 같이 원고 교회가 이 사건 부동산을 매수하려 하였으나 너무 고가이어서 우회적인 방법으로 이 사건 부동산 취득하게 된 경위, 인근 토지의 매수시기, 이 사건 부동산의 개별공시지가 등과 양수가격의 차이 및 관계법령의 규정 등을 모두 고려하면, 이 사건 부동산의 시가는 원고 교회가 양수한 가액인 3,800,000,000원으로 볼 수는 없고, 개별공시지가 등 합계 4,785,575,130원으로 보아야 할 것이므로 이와 다른 취지의 원고 교회의 주장은 이유 없다.

다. 제척기간 도과 여부

⑴ 소외 회사에 대한 제척기간의 도과 여부

국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 및 제3호에서, 일반적인 국세부과 제척기간을 5년으로 규정한 반면, 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 제척기간을 7년으로 규정하고 있는바, 피고가 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 및 특별부과세를 부과한 날인 2003. 12. 2.은 소외 회사에 대하여 위 국세를 부과할 수 있는 날인 1997. 4. 1.( 국세기본법 제26조의2 제4항, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 구 법인세법 제26조 제1항, 제3항)로부터 5년은 경과하였으나 7년은 경과하지 아니하였음이 역수상 명백하므로, 결국 이 부분 쟁점은 소외 회사가 1996년 귀속 법인세 등에 관한 과세표준신고서를 적법하게 제출하였는지 여부라 할 것이다.

그러므로 살피건대, 갑 제2호증, 갑 제15호증의2의 각 기재 및 증인 소외 3의 증언에 의하면, 피고가 2001. 3. 2. 소외 회사에 대한 법인세 등을 부과할 당시 무신고가산세를 산출하지 아니한 사실 및 원고 교회가 2001. 3. 15.자 부과처분에 관하여 심판을 청구하자, 국세심판원이 심판결정서 5면 첫머리에 ‘소외 회사가 원고 교회에 이 사건 부동산을 3,800,000,000원에 양도하고 이를 처분청에 신고한 사실이 법인세 신고서에 의하여 확인된다’는 취지의 기재를 한 사실 및 소외 회사의 대표이던 소외 3은 이 법정에서 ‘피고가 1997. 1.경 수시부과한 사실을 알지 못한 채 1997. 3.경 전년도 과세신고자료를 기초로 여직원과 함께 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세에 관한 과세표준 신고서류를 작성하여 피고에게 제출하였다’는 취지로 증언한 사실이 인정되기는 한다.

그러나 갑 제2호증, 을 제1호증, 을 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 피고는 1996. 9. 30.경 소외 회사의 1991년도부터 1995년도까지의 법인세 등 탈루혐의에 대한 세무조사를 마치고 조사 종결하였다가 이 사건 부동산의 양도사실이 드러나자 다시 추가조사를 실시하였고, 소외 회사가 이미 폐업상태에 있음을 확인하여 1996 사업연도에 대한 과세표준 신고기한이 도래하기 이전인 1997. 1. 16. 소외 회사에 대하여 1996년 귀속 법인세 709,776,806원(과세표준 2,577,774,308원) 및 특별부가세 513,760,000원(과세표준 2,568,800,000원)을 추계로 결정하여 수시부과하였으나 소외 회사는 이미 폐업상태에 들어가 이를 납부하지 아니한 사실, 그런데 피고가 앞서 본 바와 같이 2001. 3. 2. 소외 회사의 부당행위계산을 부인하여 1996 사업연도에 대한 법인세 및 특별부가세를 추가로 부과할 당시 ‘당초 법인세 과세표준 및 세액’을 위 최초로 수시부과된 금액과 같은 2,577,774,308원 및 709,776,806원으로, ‘당초 특별부가세 과세표준 및 세액’을 위 최초로 수시부과된 금액과 같은 2,568,800,000원 및 513,760,000원으로 놓고 과세표준과 세액을 다시 산출하여 소외 회사 및 원고 교회에게 부과처분을 한 사실, 그런데 만일 소외 회사가 위 최초 수시부과일 이후 정해진 신고기간 이내에 1996 사업연도 법인세 및 특별부가세를 신고하였으면, 그 신고된 과세표준과 세액이 수시부과된 과세표준과 세액과 일치하지 않는 한 피고로서는 증액이든 감액이든 세액조정을 거쳐 경정결정을 하였을 것인데, 피고는 아무런 세액조정을 거치지 아니한 채 위 수시부과처분을 당초처분으로 보고 2001. 3. 2. 위와 같이 경정결정을 한 사실, 한편 피고는 2003. 12. 2. 소외 회사에 대하여 법인세 등을 부과할 당시 위 2001. 3. 2. 부과처분시 무신고가산세를 착오로 부과하지 아니하였던 부분을 바로 잡아 해당 무신고가산세를 함께 부과한 사실이 인정된다.

이러한 사실관계에 소외 회사의 대표이사이던 소외 3이 이 법정에서 스스로 1997. 1.경의 수시부과사실 자체를 모른 상태에서 과세표준신고서를 제출하였다고 증언하고 있는 사정을 종합하면, 소외 3이 아무것도 모르는 상태에서 작성·신고하였다는 소외 회사의 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 과세표준신고서의 내용이 그전에 수시부과된 과세내역과 우연히 일치하였다기보다 이미 소외 회사를 폐업하고 사업을 종결한 소외 3이 위 과세연도에 대한 소외 회사의 법인세 및 특별부가세를 신고하지 않았다고 보는 것이 경험칙에 부합한다고 할 것이다. 한편 무신고가산세의 누락 부분이나 국세심판원의 결정문의 기재는 당시 과세실무에서 수시부과처분이 있는 경우 납세의무자에게 여전히 과세표준 신고의무가 있는지 여부에 관하여 상급기관에 질의를 할 정도로 관행이 확립되지 아니하여 담당 공무원이 착오를 일으켰거나 혹은 이 부분이 주요 쟁점이 아닌 관계로 일상적인 업무처리 과정이나 결정문의 기재과정에서 착오를 일으킨 것으로 보이고, 믿기 어려운 소외 3의 증언 이외에는 달리 소외 회사가 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 과세표준을 신고하였다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 소외 회사에 대한 1996년 귀속 법인세 및 특별부가세 부과 제척기간은 7년이라 할 것인바, 피고가 소외 회사에 대하여 부과할 수 있는 날인 1997. 4. 1.부터 실제 부과한 날인 2003. 12. 2.은 제척기간 7년을 도과하지 않았음이 역수상 명백하므로 이와 다른 취지의 원고 교회의 주장은 이유 없다.

⑵ 원고 교회에 대한 제척기간의 도과 여부

제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 그 원래의 납세의무자와 특수관계에 있는 제3자에 대하여 원래의 납세의무자로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도로서, 형식적으로 제3자에 귀속되어 있는 경우라고 하더라도 실질적으로는 원래의 납세의무자에게 그 재산이 귀속되어 있는 것으로 보아도 공평을 잃지 않는 경우 등 형식적 권리의 귀속을 부인하여 사법질서를 어지럽히는 것을 피하면서 그 권리귀속자에게 보충적으로 납세의무를 부담케 하여 징수절차의 합리화를 아울러 도모하려는 제도로서( 대법원 1982. 12. 14. 선고 82누192 판결 등) 제2차 납세의무의 납부고지는 단지 그 의무의 발생을 알리는 징수를 위한 처분에 지나지 아니한다고 할 것이므로 이에 대하여는 제척기간의 적용이 없다고 할 것이고, 설령 제2차 납세의무에 대하여 부과제척기간의 적용이 있다 하더라도 이러한 제2차 납세의무는 주된 납세의무의 체납 등 그 요건에 해당하는 사실의 발생에 의하여 추상적으로 성립하고 납부통지서에 의하여 고지됨으로써 구체적으로 확정된다고 할 것이므로( 대법원 1995. 9. 15. 선고 95누6632 판결), 납세의무가 구체적으로 확정되기 전부터 주된 납세의무자와 같은 시기에 제2차 납세의무의 부과 제척기간이 개시된다고 볼 수는 없다.

따라서 소외 회사에 부과할 수 있는 날부터 원고 교회에 대한 제2차 납세의무 부과 제척기간도 함께 개시되어 이 사건 부과처분 당시 신고의무가 없는 원고 교회의 경우 5년의 제척기간이 도과하였다는 취지의 원고 교회 주장은 이유 없다.

라. 가산세 부과의 신의칙 위반 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의 과실은 고려되지 않는다고 할 것이고, 납세의무자가 해당 부과처분에 대한 취소소송을 제기하였다거나 이 사건처럼 피고가 원고의 부과처분 취소소송 중에 절차위반을 이유로 선행 부과처분을 취소하고, 다시 부과처분을 하였다 하여 납세의무자인 원고 교회의 납부의무의 이행을 기대할 수 없다거나 그 납부의무를 이행하지 아니한 것이 정당하다고 볼 수 없고, 원고 교회의 주장과 같은 사정만으로 이 사건 부과처분 중 가산세 부분이 신의칙에 위반된다고 볼 수도 없으므로 원고 교회의 이 부분 주장도 이유 없다.

마. 소결

따라서 원고 교회를 소외 회사의 특수관계자로 보아 이 사건 부동산에 대한 양도가액 중 개별공시지가 등을 초과하는 부분을 부당행위계산부인하여 소외 회사의 체납세액 상당에 관하여 원고 교회에게 제2차 납세의무를 부과한 이 사건 부과처분에 원고 교회의 주장과 같은 위법이 있다고 할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분이 위법함을 전제로 그 취소를 구하는 원고 교회의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

【참조조문】

구 국세기본법(2006. 4. 28. 법률 제7930호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제4항(현행 국세기본법 제26조의2 제5항 참조), 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3