조세제한특례법 시행령이 2001. 12. 31. 개정되면서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시하였고 그러한 사실을 알고 있던 회사가 주식을 상장하지 아니한 책임을 과세관청에게 전가할 수는 없다 할 것이므로, 처분은 적법하다.

1. 부과처분의 경위

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2호증의 각 1, 2, 갑 제3호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

⑴ 원고회사(당초의 회사명은

우미물산 주식회사였으나 2000. 10. 25. 원고회사로 변경되었다. 이하 ‘원고회사’라고만 한다)는 교육출판 문화사업 등을 하는 회사로서, 1990. 10. 1.

구 조세감면규제법(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것) 제56조의2의 규정에 따라 처음으로 주식을 상장하는 것을 전제로 소유 재산에 대하여 자산재평가를 실시하고 그 재평가차액 7,794,900,940원(이하 ‘재평가차액’이라고 한다)을

법인세법 제15조 제1항 제5호에 의하여 익금에 산입하지 아니한 채 1990사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

⑵ 기업공개시 재평가특례를 규정한 조세감면규제법과 그 시행령이 여러 차례 개정되면서 주식의 상장기간이 최종적으로 2003. 12. 31.까지로 연장되었는데, 피고는 원고회사가 상장기간 내인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였다는 이유로 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정된 것, 이하 같다) 부칙 제23조 제1항에 의하여 쟁점평가차액을 자산재평가법에 의한 재평가차액이 아닌 임의평가차액으로 보고 1990사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산에서 이를 익금에 산입하여 2004. 1. 16. 원고회사에 대하여 법인세 5,771,071,810원(과소신고가산세 433,499,205원, 미납부가산세 3,197,490,141원 포함)과 방위세 654,360,840원(미납부가산세 109,060,140원 포함)을 결정ㆍ고지하였다.

⑶ 이에 대하여 원고는 국세심판을 제기하였는데, 국세심판원은 1990사업연도 법인세와 방위세 중 과소신고가산세와 미납부가산세를 과세하지 아니하는 것으로 하여 세액을 경정하라는 결정을 2005. 4. 20.자로 하였고, 이에 따라 피고는 2005. 5. 16. 당초 결정금액을 법인세는 2,167,496,029원으로, 방위세는 545,300,702원으로 감액 경정하였다(피고가 2004. 1. 16. 원고에 대하여 부과한 1990사업연도 법인세 5,771,071,810원 중 위와 같이 감액 경정되고 남은 2,167,496,029원의 부과처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라고 하고, 방위세 654,360,840원의 부과처분 중 감액 경정되고 남은 545,300,702원의 부과처분을 ‘이 사건 방위세 부과처분’이라고 하며, 이를 모두 합하여 ‘이 사건 부과처분’이라고 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고회사의 주장

이 사건 부과처분은 아래 사유로 위법하다.

⑴ 피고가 이 사건 부과처분을 함에 있어 적용한 근거 법률은 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항과 이를 모법으로 한

조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제138조라 할 것인데, 구 조세감면규제법은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되어 1994. 1. 1.자로 시행된 조세감면규제법으로 그 효력을 상실하였고, 모법인 구 조세감면규제법이 효력이 없는 이상 하위 규정인 위 조세특례제한법 시행령 역시 근거규정이 없는 무효의 규정이라 할 것이므로 이 사건 부과처분은 무효의 규정에 근거한 것으로서 조세법률주의의 위배된다.

⑵ 구 조세감면규제법이 1994. 1. 1.부터 효력이 없으므로 이 사건 부과처분의 근거규정을 굳이 찾으면, 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 조세감면규제법 시행령을 들 수 있으나, 위 조세감면규제법 시행령 제66조는 상장기간을 재평가일로부터 5년으로 규정하고 있고, 이에 따르면 피고는 국세를 부과할 수 있는 날(재평가일인 1990. 1. 1.부터 상장기간인 5년이 경과한 다음날인 1995. 1. 1.이다)부터 국세기본법 제26조의2 소정의 제척기간인 5년간 과세를 하지 아니하였으므로 이 사건 부과처분의 제척기간은 2000. 1. 1.자로 도과하였다.

⑶ 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 ‘주식을 상장하지 아니하는 경우’의 해석과 관련하여 자본시장육성을 위하여 기업공개시의 재평가특례를 규정하고 있는 1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 구 조세감면규제법과 경과규정인 구 조세감면규제법 부칙의 입법취지에 비추어 볼 때 이를 납세자의 귀책사유로 인하여 주식을 상장하지 아니한 경우로 한정적으로 해석하여야 한다. 그런데 원고회사가 상장하지 아니한 것은 원고회사의 귀책사유로 인한 것이 아니라 재평가특례를 장려하던 정부의 정책이 상장회사의 과도한 진입으로 인한 주식시장의 침체를 우려하여 상장요건을 강화하는 쪽으로 변화된 것에 기인한 것이므로 결국 원고회사는 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 주식을 상장하지 아니하는 경우에 해당하지 아니한다.

⑷ 원고회사가 당초 자산재평가를 한 것은 정부 당국의 상장 장려정책에 호응하고 나아가 상장요건에 관하여 별 무리 없이 충족할 수 있는 것으로 신뢰하였기 때문이고, 또한 증시의 침체 등으로 인하여 여러 차례의 상장기간의 연장을 통하여 원고회사는 상장기간의 연장이 계속되어 과세가 되지 아니할 것을 신뢰하고 있었음에도 불구하고 별다른 사정 변경이 없었음에도 상장기간의 연장을 중단하고 부과한 이 사건 부과처분은 원고회사의 정당한 신뢰를 침해하였다.

나. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 조세법률주의에 위배된다는 주장

㈎ 기업공개시의 재평가특례와 관련된 감면규정의 개정경과

① 구 조세감면규제법(1987. 11. 28. 법률 제3939호로 개정된 것) 제56조의2는 ‘처음으로 주식을 상장하고자 하는 법인은 자산재평가법에 의한 재평가를 할 수 있고, 다만 재평가를 한 법인이 재평가일로부터 2년 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에는 이미 행한 재평가는 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’는 것으로 규정하고 있었다.

② 그 후 조세감면규제법이 1990. 12. 31. 법률 제4285호로 개정되면서(구 조세감면규제법이다) 종전의 제56조의2 규정은 삭제되고 다만 부칙 제23조에 기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 등을 규정하면서 제1항에서 ‘이 법 시행 전에 종전의 제56조의2 제1항 본문의 규정에 의하여 재평가를 한 법인에 대하여는 단서의 규정에 불구하고 재평가일부터 대통령이 정하는 기간 이내에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다’고 규정하였다.

③ 그리하여 구 조세감면규제법을 모법으로 하여 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 조세감면규제법 시행령은 제66조를 신설하면서 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항에서 대통령령이 정하는 기간을 5년으로 정하였고, 1993. 12. 31. 대통령령 제14084호로 개정된 조세감면규제법 시행령은 제109조에서 그 기간을 8년으로, 1996. 12. 31. 대통령령 제15197호로 개정된 조세감면규제법 시행령은 제109조에서 그 기간을 10년으로, 1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문개정된 조세특례제한법 시행령은 제138조에서 그 기간을 11년으로, 2000. 1. 10. 대통령령 제16693호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 제138조에서 그 기간을 13년으로 연장하였다가 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령은 제138조에서 그 기간을 2003년 12월 31일까지로 정하였다.

④ 그런데 구 조세감면규제법은 1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전문개정되면서(이하 ‘전문개정된 조세감면규제법‘이라고 한다) 부칙 제1조에서 ’이 법은 1994년 1월 1일부터 시행하고‘, 제2조에서 ’이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다‘고 규정하였으나, 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항과 같은 기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 규정은 두지 아니하였다.

㈏ 전문개정된 조세감면규제법과 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항의 관계

① 이 사건에서의 쟁점은 구 조세감면규제법의 부칙이 전문개정된 조세감면규제법의 시행으로 그 효력을 상실하는지 여부이다. 그런데 조세법령이 개정되면서 그 부칙에서 개정조문과 관련하여 별도의 경과규정을 두지 아니한 경우에는 ‘납세의무가 성립한 당시’에 시행되던 법령을 적용하여야 한다는 법리(

대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결)를 전제로 하고 보면, 결론적으로 전문개정된 조세감면규제법은 부칙 제1조에서 시행일을 1994. 1. 1.로 하고, 제2조에서 일반적 적용례로서 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다고 규정함으로써 전문개정된 조세감면규제법의 적용 범위를 1994. 1. 1. 이후 개시되는 과세기간분으로 한정하고 있으므로, 그 이전 과세기간분에 대한 법인세는 구 조세감면규제법을 적용할 수밖에 없는 것으로 풀이되고, 위에서 본 바와 같이 조세감면규제법 시행령과 전문개정된 조세특례제한법 시행령이 모두 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 기업공개시 자산재평가에 관한 특례규정을 모법으로 하여 상장기간을 규정하고 있는 것도 이를 전제로 한 것이라 할 것이다.

② 이에 대하여 원고회사는 법률이 전문개정되면 전문개정 전의 부칙 규정은 그 효력이 소멸한다고 주장하면서 그에 관한 법리를 설시하고 있는

대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결과

대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결을 그 근거로 들고 있다. 그런데 위 각 대법원 판결은 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하는 법인세의 일종인 특별부가세에 있어서, 전문개정되기 전의 조세감면규제법은 종전의 특별부가세의 세액의 감면에 관한 규정을 삭제하면서 그 부칙에 그에 관한 경과규정을 두고 있었던 반면, 전문개정된 조세감면규제법에서는 그 세액의 감면에 관한 면제규정이나 경과규정을 두지 아니한 사안에서, 전문개정된 조세감면규제법이 시행된 이후 부동산을 양도한 경우에 있어서 그 양도로 인한 특별부가세의 면제 여부에 관하여는 당연히 양도 당시의 법률인 전문개정된 조세감면규제법을 적용하여야 하고, 개정형식이 전문개정인 이상 세액의 면제에 관한 경과규정을 둔 종전의 법률은 특별한 사정이 없는 한 전문개정된 조세감면규제법의 시행으로 실효된 것으로 보아야 하므로, 전문개정된 조세감면규제법이 시행된 이후 부동산을 양도한 경우 종전의 법률규정에 따라 특별부가세가 감면된다고 할 수 없고, 나아가 특별부가세를 납부하지 아니함에 있어 종전에는 특별부가세가 면제되었다는 사정은 가산세를 납부하지 아니할 정당한 사유가 존재한다고 볼 수도 없다고 판시한 것이다.

③ 그러므로, 위 각 대법원 판결 역시 특별부가세와 관련하여 그 면세요건에 해당하는지 여부는 과세요건의 경우와 마찬가지로 면세요건 성립 당시의 법률을 기준으로 하여야 한다는 것을 판시하면서 종전 법률의 부칙에 면세에 관한 경과규정이 있다 하더라도 전문개정되면서 그에 관한 규정이 없는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 전문개정된 법률이 시행된 이후에는 종전 법률을 적용할 수 없다고 판시한 것으로서 그 판시에 의하더라도 전문개정 법률의 시행으로 종전 법률이 소급적으로 실효되는 것이 아니라 전문개정 법률이 시행되기 이전에 과세 혹은 면세요건이 성립된 경우에는 여전히 종전법률이 적용됨을 전제로 하고 있는 것이라 할 수 있다(요컨대, 위 각 대법원 판결은 전문개정 법률이 시행된 이후 과세 또는 면세요건이 성립된 사안에서 종전 법률규정 부적용의 원칙을 밝힌 것이지 과세 또는 면세요건이 전문개정 법률이 시행되기 전에 성립된 사안에서 종전 법률 규정의 실효 부적용을 판시한 것이 아니다).

④ 따라서 위 각 대법원 판결은 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 소정의 기업공개시의 재평가특례에 관한 경과조치 규정이 전문개정된 조세감면규제법의 시행일인 1994. 1. 1. 이전에 개시된 과세기간분에 대한 법인세에 관한한 여전히 그 적용이 있다고 보는데 장애가 되지 않는다. 이에 반하는 원고회사의 주장은 받아들일 수 없다.

㈐ 구체적 검토

위 인정사실에 의하면, 피고는 이 사건 부과처분을 함에 있어 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항 및 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제138조를 근거로 하였고, 앞서 판단한 바와 같이 구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항이 전문개정된 조세감면규제법에도 불구하고 1994. 1. 1. 이전 법인세 과세기간분에 대하여는 여전히 효력을 유지하고 있는 이상, 이를 모법으로 한 위 조세특례제한법 시행령도 유효하다 할 것이므로, 이를 근거로 한 이 사건 부과처분은 적법하다. 이에 반하는 원고회사의 주장은 받아들일 수 없다.

⑵ 제척기간이 도과되었다는 주장

㈎ 원고회사는 구 조세감면규제법이 1994. 1. 1.부터 효력이 없음을 전제로 이 사건 자산재평가와 관련된 법인세의 부과처분의 제척기간은 국세기본법 제26조의2, 1990. 12. 31. 대통령령 제13202호로 개정된 조세감면규제법 시행령에 의하여 2000. 1. 1.자로 도과되었다고 주장하나, 앞서 인정한 바와 같이 구 조세감면규제법은 여전히 그 효력을 유지하고 있고 이를 모법으로 한 조세특례제한법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 것) 역시 효력이 있으므로 상장기간은 2003. 12. 31.까지라 할 것이다.

㈏ 그런데 위 인정사실에 의하면, 원고회사는 조세특례제한법 시행령 제138조 소정의 상장기간인 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니하였으므로 이 사건 법인세와 부가세인 방위세의 제척기간의 기산일은 국세기본법 시행령 제12조의2 제2항 제3호 소정의 공제 또는 면제받은 국세를 징수할 사유가 발생한 날인 2004. 1. 1.을 기준으로 하여야 한다. 따라서 2004. 1. 16.에 부과된 이 사건 부과처분은 제척기간의 기산일로부터 5년 내인 것은 역수상 명백하므로 이와 다른 원고회사의 주장은 받아들일 수 없다.

⑶ 원고회사가 주식을 상장하지 아니한 것에 귀책사유가 없다는 주장

㈎ 인정사실

원고회사는 한국증권거래소에 주식을 상장하기 위하여 1990. 4. 16. 증권관리위원회에 유가증권 등록법인신청을 한 사실, 그런데 증권감독원은 신청서에 첨부된 원고회사의 감사보고서를 감리한 결과 원고회사가 관세 환급금 2억 1,500만원을 과대 계상하여 기업회계기준 제13조, 제65조를 위배하였다고 하면서 1990. 8. 20. 원고회사에게 수시감리결과를 통보한 사실은 갑 제4, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있고 반증이 없으며, 그 이후 원고회사는 2003. 12. 31.까지 주식을 상장하지 아니한 사실은 앞서 본 바와 같다.

㈏ 판단

구 조세감면규제법 부칙 제23조 제1항은 ‘… 재평가일로부터 대통령령이 정하는 기간 이내에 한국증권거래소에 주식을 상장하지 아니하는 경우에 한하여 이미 행한 재평가를 자산재평가법에 의한 재평가로 보지 아니한다.’라고 규정하고 있어, 법문의 규정에 의하더라도 원고가 주장하는 주식을 상장하지 아니하는 경우의 전제요건으로 ‘납세자의 귀책사유가 있을 것’을 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 설령 납세자의 귀책사유로 인하여 상장을 하지 아니한 경우에 한하여 자산재평가법에 의한 평가로 보지 아니한다고 위 규정을 한정ㆍ해석한다 하더라도 위 인정사실에 의하면, 원고회사는 주식 상장을 위하여 증권감독원에 유가증권 등록법인신청을 하였다가 수시감리결과 원고회사의 감사보고서 중 관세 환급금을 과대 계상하는 등 분식회계 사실이 있음이 밝혀져 결국 주식을 상장을 하지 못한 것으로서 그 귀책사유는 엄연히 원고회사에게 있다 할 것이고, 정부가 주식시장의 과잉 공급을 이유로 주식회사의 상장요건을 엄격하게 요구하였다는 사정이 있다 하더라도 그 상장요건을 충족하지 못한 것은 원고회사의 귀책사유에 기인한 것으로서 그와 같은 사유는 주식을 상장하지 못한 법률상의 장애사유에 해당한다고 할 수 없다. 이에 반하는 원고회사의 주장은 받아들일 수 없다.

⑷ 정당한 신뢰를 침해하였다는 주장

앞서 본 바와 같이 조세감면규제법 시행령과 조세특례제한법 시행령이 수회에 걸쳐 개정되면서 상장기간이 연장된 것은 기업공개에 따른 주식물량의 과다공급으로 주식시장에 미치는 파급효과를 고려한 측면도 있고, 그 한편으로 재평가특례 규정에 의하여 자산재평가를 한 법인의 사정 등을 종합적으로 고려한 것으로도 풀이되나, 상장기간이 수년간 연장된 사정이 있다 하더라도 이를 두고 장래에 계속적ㆍ항시적으로 상장기간을 연장하겠다거나 기업공개시의 재평가특례규정을 근거로 자산재평가를 한 법인에 대하여 구 조세감면규제법에 따라 법인세를 부과하지 않겠다는 신뢰관계가 원고회사와 정부 및 피고에게 형성되었다고 할 수 없다 할 것이며, 나아가 조세제한특례법 시행령이 2001. 12. 31. 개정되면서 주식의 상장기간을 2003. 12. 31.까지로 명시하였고 그러한 사실을 알고 있던 원고회사가 주식을 상장하지 아니한 책임을 피고에게 전가할 수는 없다 할 것이다. 이에 반하는 원고회사의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결 론

그렇다면, 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 원고회사의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.