취득세․등록세가 ‘매입비용’에 포함된다는 규정을 두고 있지 않다는 등의 이유로 납세자가 주택 부지를 매입하면서 지출한 취득세․등록세가 ‘매입비용’의 범위에 포함되지 않음을 전제로 한 과세관청의 처분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2000. 4. 17.경 주식회사

레이디로부터 서울 서초구

방배동 843-1 대 1,028.1㎡ 및 위 대지상에 신축 중인 지하 1층, 지상 6층 철근콘크리트조 경사지붕 공동주택 11세대(이하 ‘이 사건 빌라’라고 한다)를 매수하여 이를 준공한 다음, 2002. 10. 1.

유정순에게 이 사건 빌라 중 1세대를 11억 2,000만 원에, 2003. 7. 1. 주식회사

우인플래닝에게 나머지 10세대를 130억 원에 각 매도하였다.

나. 원고는 2004. 5. 31. 이 사건 빌라 중 주식회사

우인플래닝에게 매도한 10세대 분양수입 금액에 대한 2003년 귀속 종합소득세를 기준경비율에 의한 추계방법으로 신고하면서, 위 대지의 취득시에 부담하였던 토지 부분에 대한 취득세 6,600만 원과 등록세 110,095,200원 및 이 사건 빌라의 소유권보존등기 경료시에 납부한 취득세 139,152,590원과 등록세 62,578,120원 합계 금 377,820,910원 중 2003년 귀속분에 해당하는 347,849,294원(이하 ‘이 사건 취득세 등’이라 한다)이 주요경비에 해당하는 것으로 보고, 총수입금액 12,166,612,519원에서 위 취득세, 등록세가 포함된 주요경비 9,279,240,321원과 총수입금액에서 기준경비율(11.4%)을 곱하여 산출한 기타 경비 1,386,993,827원을 뺀 나머지 1,500,378,371원을 소득금액으로 신고한 다음, 위 소득금액에 임대소득 12,155,425원을 합한 금 1,557,524,098원을 종합소득금액으로 하여 산출된 651,455,972원(산출세액 545,506,206원 + 가산세 103,949,736원)을 납부하였다.

다. 그런데, 피고는 2005. 1. 6.

구 소득세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19327호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법 시행령’이라 한다) 제143조 제3항 제1호 가목의 주요경비에는 부동산 취득시 납부한 이 사건 취득세 등이 포함되지 않는다는 이유로 원고에게 2003년 귀속 종합소득세로 125,225,747원과 이에 대한 가산세 32,754,968원(신고불성실가산세 24,490,069원 + 납부불성실 가산세 8,264,899원) 합계 157,980,710원을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 이에 원고는 2005. 4. 4. 이 사건 처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2005. 7. 27. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 주택신축판매업에 있어서 관련 부동산 취득시 납부한 이 사건 취득세 등은 법 시행령 제143조 제3항 제1호 가목의 기준경비율에 의한 종합소득세의 추계신고시 총소득금액에서 공제되는 주요경비 중 매입비용에 해당한다.

(2) 이 사건 취득세 등이 매입비용에 해당하는지 여부를 인터넷 국세종합상담센터의 질의를 통해 매입비용에 취득세 및 등록세가 포함된다는 답변을 받고 그 답변에 따라 신고·납부하였는바, 국세종합상담센타의 서면질의회신은 유권해석으로 보아야 하고, 이후 피고가 그 답변내용을 번복하여 원고에게 불리하게 적용하는 것은

국세기본법 제15조에서 정한 신의성실의 원칙에 위배된다.

(3) 가사, 그렇지 않다고 하더라도 원고가 국세종합상담센타의 질의회신을 거쳐 이 사건 취득세 등을 매입비용에 산입하여 종합소득세 확정신고 및 납부를 한 것이므로, 이 사건 종합소득세의 신고 및 납부에 있어서 어떠한 귀책사유가 있다고 할 수 없고, 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 원고의 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

법 시행령 제143조 제3항 제1호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)는

소득세법 제80조 제3항 단서의 규정에 의한 소득금액 추계방법의 하나로서, ‘수입금액’에서 ‘매입비용(사업용 고정자산의 매입비용을 제외한다)과 사업용 고정자산에 대한 임차료(가목)’, ‘종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여(나목)’ 및 ‘수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액(다목)’을 각 공제하는 방법(이하 ‘기준경비율 방법’이라 한다)을 규정하고 있다. 그리고 법 시행령 제143조 제5항은 매입비용의 범위 등에 관하여 국세청장에게 위임하고 있는데, 그 위임에 따라 국세청 고시(제2003-36호, 이하 ‘이 사건 고시’라 한다)는 매입비용의 범위에 관하여 ‘재화의 매입과 외주가공비 및 운송업의 운반비로 하되, 재화의 매입은 재산적 가치가 있는 유체물과 동력ㆍ열 등 관리할 수 있는 자연력의 매입으로 한다‘고 규정하면서, 다만 ’외주가공비와 운송업의 운반비 이외의 용역을 제공받고 지출하였거나 지출할 금액은 매입비용에 포함하지 아니한다‘고 규정하고 있다.

위 각 규정의 문언과 체계 및 입법취지, 특히 기준경비율 방법은 가급적 추계과세를 지양하고 근거과세를 확립하는 데 주된 취지가 있는 점,

법 시행령 제89조 제1항 제1호는 근거과세에 있어서 취득세ㆍ등록세 등의 매입부대비용을 매입가액과 함께 매입자산의 취득가액에 포함시켜 이를 필요경비로 인정하고 있는데 매입자산의 취득가액과 같은 성격의 매입비용에 관하여도 달리 볼 이유가 없는 점, 이 사건 고시가 매입비용에서 제외되는 항목을 규정하면서 매입부대비용인 취득세ㆍ등록세를 제외 항목에 포함시키고 있지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 조항 소정의 ‘매입비용’에는 매입부대비용으로 지출된 취득세ㆍ등록세가 포함된다고 봄이 상당하다.

따라서, 이 사건 고시에서 취득세ㆍ등록세가 ‘매입비용’에 포함된다는 규정을 두고 있지 않다는 등의 이유로 원고가 주택 부지를 매입하면서 지출한 취득세ㆍ등록세가 ‘매입비용’의 범위에 포함되지 않음을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 나머지 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 이를 취소하고, 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.