1. 과세처분의 경위

가. 고려산업개발 주식회사(이하 ‘고려산업개발’이라 한다)는 건설업을 주력업종으로 하는 기업으로서 설계 및 시공에서부터 최종마감까지 단일화된 통합운영체제를 구축하여 건설업 운영의 시너지 효과를 극대화하고 이를 통한 수익성 개선과 경쟁력을 강화하여 내실 위주의 성장을 도모하고자 합병기일은 1998. 12. 31., 합병비율은 1:0.10571로 하여 현대리바트 주식회사(이하 ‘현대리바트’라 한다)를 흡수합병하였다.

나. 원고는 건설업을 목적으로 하는 법인으로서 현대리바트의 주식 2,850,191주(이하 ‘이 사건 구주식’이라 한다)를 19,748,517,600원에 취득하여 보유하고 있던 중 1998. 12. 31. 위와 같이 현대리바트가 고려산업개발에 흡수합병됨에 따라 고려산업개발에 이 사건 구주식을 반납하고, 고려산업개발로부터 고려산업개발의 주식 301,293주(이하 ‘이 사건 신주식’이라 한다)를 교부받았다. 합병기준일 당시 이 사건 신주식의 시가는 주당 5,980원으로 합계 1,801,732,140원(=301,293주×5,980원)이었다.

다. 이에 원고는 이 사건 구주식의 반납과 이 사건 신주식의 교부를 과세거래로 보아 이 사건 구주식의 취득가액과 이 사건 신주식의 시가와의 차액인 17,946,785,460원(19,748,517,600원-1,801,732,140원)을 투자자산의 특별손실로 보고 손금에 산입하여 1998년 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 산출하여 신고ㆍ납부하는 한편, 이 사건 신주식의 시가를 기준으로 구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’ 이라 한다) 제28조 제2항 제1호에서 정한 다른 법인의 주식 보유와 관련된 차입금의 지급이자를 계산하여 그 금액을 업무무관 비용으로 손금에 불산입한 후, 이를 기준으로 1999년 사업연도 귀속 법인세 과세표준과 세액을 산출하여 신고ㆍ납부하였다.

라. 그러나 피고는 회사합병에 따른 이 사건 신주식의 취득은 과세거래가 아니라 유가증권의 평가손실에 불과하다는 이유로 원고가 투자자산의 특별손실로 계산한 금액을 손금불산입하고(즉, 익금에 산입하고), 이 사건 구주식의 취득가액을 기준으로 구 법인세법 제28조 제2항 제1호에서 정한 업무무관 자산의 보유와 관련된 차입금의 지급이자를 계산하여 802,287,003원을 손금에 불산입하여 2002. 10. 15. 원고에 대하여 1998년 사업연도 귀속 법인세 10,901,909,090원과 1999년 사업연도 귀속 법인세 1,310,824,890원을 부과하는 이 사건 각 과세처분을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증의 1, 2, 갑 2 내지 5호증, 갑 6, 7호증의 각 1, 2, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 구주식을 고려산업개발에 반납하고 고려산업개발로부터 이 사건 신주식을 교부받은 것은 구주를 처분한 대가로 신주를 받는 주식의 교환 혹은 구주의 유상이전으로서 세법상 주식의 양도에 해당하고, 법인세법에서 합병시 취득하는 합병 신주의 가액이 합병으로 처분하는 구주의 취득가액을 상회할 경우 그 차액을 의제배당으로 과세하도록 규정한 것도 피합병회사의 주주에 대하여는 합병을 과세의 계기로 보고 있다는 의미이며, 1998. 이후 개정된 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호에서도 “합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등의 취득가액은 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호의 금액(의제배당금액)을 가산한 가액으로 한다.”라고 규정하여 합병 신주의 취득가액 결정방법을 변경한 것도 합병으로 인한 구주의 처분과 신주의 취득을 과세계기로 삼는다는 것을 전제로 하는 것이므로, 이 사건 신주식의 취득행위는 법인세법상 자산의 평가가 아닌 자산의 처분거래이고, 따라서 손익의 귀속시기가 확정되어야 할 과세대상거래로서 이 사건 신주식의 시가와 이 사건 구주식의 취득가액과의 차액은 그 귀속시기가 1998년 사업연도에 귀속되는 처분손실에 해당한다.

(2) 주식교환거래의 손익귀속시기에 대하여는 구 법인세법상 ‘기업회계기준 우선의 원칙’이 적용되는바, 당시의 기업회계기준 제62조 제2항에 따른 정당한 회계처리에 해당할 뿐만 아니라 합병회계처리준칙상으로도 손익거래에 해당하는 점에 비추어 볼 때, 주식교환거래의 기업회계기준상 손익거래로서 기업회계기준 우선의 원칙에 따라 그대로 구 법인세법상 과세대상거래에 해당한다.

(3) 따라서 이 사건 구주식의 양도가액은 구주와 교환하여 취득하는 이 사건 신주식의 시가라 할 것이므로, 원고가 법인세 과세표준의 확정시 합병으로 인하여 이 사건 구주식의 취득가액과 그 양도가액의 차액을 손금으로 산입하고, 이 사건 신주식의 시가를 기준으로 업무무관 자산의 보유와 관련된 차입금의 지급이자를 계산한 것은 정당함에도, 회사합병에 따른 이 사건 신주식의 취득은 과세거래가 아닌 미실현 평가손실에 불과하다는 이유로 원고가 투자자산의 특별손실로 보아 손금에 산입한 금액을 부인하고 이를 익금에 산입하고, 아울러 이 사건 구주식 취득가액을 기준으로 업무무관 자산의 보유와 관련된 차입금 지급이자를 계산하여 손금불산입한 것은 위법하므로 피고의 이 사건 과세처분 중 1998년 사업연도 귀속 법인세 9,183,018,363원과 1999년 사업연도 귀속 법인세 411,181,716원은 취소되어야 한다.

나. 관계법령

구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전의 구 법인세법’이라 한다)

제15조 (익금불산입)

① 다음 각호에 게기하는 익금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산상 당해 사업연도의 익금에 산입하지 아니한다.

3. 합병차익. 다만, 자산의 평가증으로 인하여 생기는 것을 제외한다.

제17조 (손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산)

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 내국법인이 매입·제작 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 당해 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 가산한 금액으로 한다.

③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우는 그러하지 아니하다.

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제19조 (배당금 또는 분배금의 의제) 다음 각호에 규정하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주·사원 또는 출자자가 합병 후 존속하는 법인 또는 합병으로 인하여 설립된 법인으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 또는 출자의 가액과 금전의 액의 합계액이 그 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요한 금액을 초과하는 금액

구 법인세법(2000. 12. 29. 법률 제6293호로 개정되기 전의 것)

제28조 (지급이자의 손금불산입)

② 다음 각 호의 1에 해당하는 내국법인으로서 대통령령이 정하는 자기자본(이하 이 조에서 "자기자본"이라 한다)의 5배를 초과하는 차입금(이하 이 조에서 "기준초과차입금"이라 한다)을 보유하고 있는 법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도종료일 현재 주권상장법인

법인세법(현행)

제16조 (배당금 또는 분배금의 의제)

① 다음 각호의 1에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다.

5. 합병으로 인하여 소멸하는 법인(이하 "피합병법인"이라 한다)의 주주 등이 합병으로 인하여 설립되거나 합병 후 존속하는 법인(이하 "합병법인"이라 한다)으로부터 그 합병으로 인하여 취득하는 주식 등의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 "합병 대가"라 한다)이 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액

제41조 (자산의 취득가액)

① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정전의 구 법인세법 시행령’이라 한다)

제37조 (자산의 취득가액 등)

① 법 제17조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액(제2항의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금은 이를 포함하지 아니한다)에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조·생산 또는 건설 등에 의하여 취득한 자산은 원재료비·노무비·운임·하역비·보험료·수수료·공과금(취득세와 등록세를 포함한다)·설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 제1호 및 제2호 외의 자산은 취득 당시의 정상가액

제37조의2 (기업회계기준의 적용배제 등)

① 법 제17조 제3항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 법 및 조세감면규제법에 의한 준비금·충당금 외의 준비금 또는 충당금을 손금으로 계상하는 경우

2. 제1호 외에 법(법 제17조를 제외한다) 및 조세감면규제법에서 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 기업회계기준 또는 관행과 달리 규정하고 있는 경우

② 법 제17조 제3항과 제1항의 규정에 의한 기업회계기준 또는 관행의 범위에 관하여는 재정경제부령으로 정한다.

제72조 (자산의 취득가액 등)

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

4. 현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만, 제15조 제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식 등은 출자전환된 채권(법 제34조 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권을 제외한다)의 장부가액으로 하고, 합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.

법인세법 시행령(현행)

제14조 (재산가액의 평가 등)

① 법 제16조 제1항 각호의 규정에 의하여 취득한 재산 중 금전 외의 재산의 가액은 다음 각호에 의한다.

1. 취득한 재산이 주식 또는 출자지분(이하 "주식 등"이라 한다)인 경우에는 다음 각목의 금액

가. 법 제16조 제1항 제2호·제3호·제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등(동항 제5호 및 제6호의 규정에 의한 주식 등은 각각 법 제44조 제1항 제1호 및 제2호와 법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우로서 다목의 규정에 의한 주식 등의 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에 한한다)의 경우에는 액면가액 또는 출자금액(「간접투자자산 운용업법」에 의한 투자회사가 취득하는 주식 등의 경우에는 영으로 한다)

다. 판단

(1) 법인세법상 합병으로 인하여 취득한 신주의 시가가 구주의 취득가액에 미치지 못할 경우 법인인 구주의 주주가 이를 과세의 계기로 삼아 손금에 산입할 수 있는지 여부

(가) 주식회사의 합병에 있어 피합병회사의 주주가 구주를 소각하고 존속ㆍ신설하는 합병회사의 신주를 교부받는 행위를 두고, 원고의 주장과 같이 구주의 처분의 대가로서 신주를 교부받는 것으로서 주식의 유상양도에 해당하는 주식의 교환으로 과세의 계기로 삼을 수 있다는 견해가 있는 반면, 회사의 합병으로 피합병법인의 전부 또는 일부가 해산하고 그 재산이 청산절차에 의하지 아니하고 포괄적으로 합병법인에 이전함으로써 기업의 동일성이 유지됨과 동시에 당연히 피합병회사의 주주가 존속하는 합병회사의 주주로 되는 점에 비추어, 피합병회사의 주주가 구주를 소각하고 신주를 교부받는 것은 피합병회사에서 합병회사로의 주주의 지위의 변동에 따라 단순히 주식을 바꾸어 주는 절차적 행위에 불과하여 자산의 유상이전인 주식의 교환에 해당하지 않는다는 견해도 있었으므로, 그에 따라 개정전의 구 법인세법 제17조 제4항을 구체화한 개정전의 구 법인세법 시행령 제37조 제1항 제3호에서 규정하고 있는 ‘취득 당시의 정상가액’에 관하여 서로 다른 해석이 가능하였다{취득 당시의 정상가액에 관하여 주식의 교환으로 보는 견해에서는 신주를 취득한 합병등기일 당시의 신주의 시가로 해석할 것이고, 단순한 절차적 행위로 보는 견해에서는 구주의 취득 당시의 시가, 즉 취득원가로 해석할 것이다. 이후 1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정전의 구 법인세법 시행령 제37조 제1항 제3호를 개정하여 제72조 제1항 제4호에 “현물출자, 채무의 출자전환, 합병 또는 분할에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등 : 취득당시의 시가. 다만...합병 또는 분할(물적분할을 제외한다)의 경우에는 종전의 장부가액에 법 제16조 제1항 제5호 또는 동항 제6호의 금액 및 제11조 제9호의 금액을 가산한 가액으로 한다.”고 규정함으로써 합병에 따라 취득한 신주를 처분할 경우 비용으로 처리하는 취득가액에 관하여 합병등기일 당시의 합병 신주의 시가가 아니라 소각된 구주의 취득가액에 의제배당가액을 합산한 가액으로 하도록 명확히 하였다}.

그러나 개정전의 구 법인세법이나 현행 법인세법은 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주 등이 합병 후에 존속ㆍ신설하는 법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 주식과 금전의 합계액이 그 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주식 또는 출자를 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 경우, 즉 구주의 주주에게 이익이 발생한 경우에는 이를 배당으로 간주하여 구주의 주주가 법인인 경우에는 그 의제배당가액을 익금에 산입하여 법인세를 과세하도록 규정하고 있었을 뿐, 그 반대로 손실이 발생한 경우에 이를 과세의 계기로 삼아 손금에 산입할 수 있는 규정을 두고 있지 않았다.

따라서 원고의 주장과 같이 개정전의 법인세법령이 합병으로 인하여 취득한 신주의 시가가 구주의 취득가액에 미치지 못할 경우에는 법인세법 등에 명확한 규정이 없는 이상, 법인인 구주의 주주가 이를 과세의 계기로 삼아 손금에 산입할 수 없다 할 것이다.

(나) 이에 대하여 원고는 법인세법이 합병시 취득하는 합병 신주의 가액이 합병으로 인하여 소각하는 구주의 취득가액을 상회할 경우 그 차액을 의제배당으로 과세하도록 규정한 것은 법인세법이 피합병회사의 주주에 대하여는 합병을 과세의 계기로 보고 있다는 의미이고, 1998. 12. 30. 개정된 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호에서 합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등의 취득가액을 종전의 장부가액에 법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액(의제배당금액)을 가산하도록 합병 신주의 결정방법을 변경한 것은 합병으로 인한 구주의 처분과 신주의 취득이 과세계기임을 전제로 하는 것이라 주장한다.

그러나 합병에 따른 의제배당 규정은 합병시 발생하는 효과가 일반적으로 피합병회사의 이익잉여금을 자본으로 전입하는 주식배당과 비슷하므로 의제배당 또한 배당으로 보아 과세하는 것이지 보유주식의 처분에 따른 이익실현이 있는 것으로 보아 과세하는 것이 아니므로, 역시 법인세법상 명확한 규정이 없는 이상, 합병 당시 교부받은 신주 가액이 구주의 취득가액보다 적어 손실로 평가된다 하더라도 이를 손실이 확정된 과세대상거래로 보아 취득원가주의를 버리고 합병 당시 신주의 시가와의 차액을 손금에 산입할 수는 없다 할 것이다.

또한, 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호에서 합병에 의하여 주주 등이 취득한 주식 등의 취득가액을 종전의 장부가액에 법인세법 제16조 제1항 제5호의 금액(의제배당금액)을 가산하도록 규정한 것도, 자산이 양도되었을 때 자산의 취득가액은 익금에 산입하는 자산의 양도금액에 대응하여 손금에 산입되는 자산의 양도 당시의 장부가액을 구성하게 되고, 합병으로 인하여 피합병회사의 주주가 취득한 주식의 가치가 구주의 장부가액을 초과하여 의제배당을 받은 경우 그 구주의 주주가 법인인 경우에는 그 의제배당가액을 익금에 산입하여 법인세를 과세하고 있으므로, 장차 주주인 법인이 합병으로 인하여 취득한 합병회사의 신주를 처분할 경우 이미 과세된 의제배당가액 부분에 대한 법인세의 이중과세를 막기 위하여 손금으로 산입되는 신주의 취득가액을 피합병회사의 장부가액에 이미 법인세가 과세된 의제배당가액을 가산하도록 규정한 것에 불과하므로, 구 법인세법 시행령 제72조 제1항 제4호에서 합병시 취득한 주식의 취득가액을 산정하면서 종전에 장부가액에 의제배당가액을 가산하도록 한 규정만으로 법인세법 등이 법인인 구주의 주주가 합병에 따른 신주 취득으로 손실이 발생하였다고 하더라도 이를 손금에 산입할 수 있는 과세의 계기로 삼고 있다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 개정전의 법인세법 등에 명확한 규정이 없는 이상, 합병으로 인하여 취득한 신주의 시가가 구주의 취득가액에 미치지 못한다 하더라도 이를 과세의 계기로 삼아 손금에 산입할 수 없다 할 것이므로 이를 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 공정ㆍ타당한 기업회계기준의 적용 여부와 기업회계관행의 존재 여부

위와 같이 법인세법은 자산의 평가손익을 인정하지 아니하고 법인이 실제로 순자산을 증가시키거나 순자산을 감소시키는 거래만 인정하고 있으므로, 수익 또는 손실이 확정(실현)되지 아니한 합병시의 주식교환에 대하여 법인세법상 명문의 규정이 없는 상태에서 이를 손금으로 계상한 회계처리는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하였다고 보기 어렵고, 나아가 갑 10, 11호증의 기재 및 이 법원의 한국공인회계사회장에 대한 사실조회결과만으로는 그와 같은 회계관행이 존재하였다고 보기도 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 소결

그러므로 이 사건 신주식의 가액은 취득 당시의 정상가액인 이 사건 구주식의 취득가액에 따라 산정하여야 할 것이어서, 원고가 이 사건 구주식을 반납하고 그 대신 이 사건 신주식을 취득함으로써 생긴 이 사건 구주식의 취득가액과의 차액은 자산의 평가차손에 불과하여 합병으로 인하여 원고의 손실이 아직 실현되었다고 볼 수 없다 할 것이므로, 원고의 손금산입을 부인하여 이를 손금불산입하고, 이 사건 구주식의 취득가액을 기준으로 업무무관 지급이자를 계산하여 손금에 불산입한 피고의 이 사건 각 과세처분은 적법하다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.