[인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제5호증, 갑 제7호증 내지 갑 제13호증, 을 제1호증, 을 제4호증 내지 을 제12호증, 을 제14호증, 을 제15호증, 을 제17호증, 을 제18호증 내지 을 제20호증, 을 제22호증, 을 제23호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 대하여

(1) 원고가 대전광역시와의 이 사건 위탁계약에 따라 시공회사로 하여금 이 사건 시설공사를 하게 한 것은 용역의 위탁 내지 주선행위에 불과하고, 시설물을 취득한 자는 대전광역시이고 그 대가도 대전광역시가 지급하였으므로, 부가가치세법상 위탁자인 대전광역시가 이 사건 시설공사의 시공회사로부터 직접 용역을 공급받은 것에 해당한다. 따라서 원고는 대행수수료를 제외한 나머지 시설비 등 위탁비용에 대하여는 부가가치세 납부의무 및 세금계산서 교부의무가 없다.

(2) 원고가 대행 시설공사의 시설비를 부가가치세 면제대상으로 신고하여 왔음에 대하여, 피고는 과거 12년간 부가가치세 및 세금계산서 미교부 가산세를 부과하지 않았고, 1999년경 원고에 대해 세무조사를 한 때에도 대행 시설공사 시설비에 대해서는 부가가치세 부과대상이라고 보지 않았으며, 국세심판원도 2000전1102 사건에서 원고가 대전광역시로부터 지급받은 대행수수료만이 부가가치세 부과대상이라고 판단하였다. 이러한 사정 아래 피고는 2005. 2. 15.경 비로소 원고가 대행한 시설공사의 시설비가 부가가치세 부과대상임을 이유로 가산세 부과처분을 하였는바, 원고는 피고 및 국세심판원의 태도를 신뢰하여 이 사건 시설공사의 시설비가 부가가치세 부과대상이 아니라고 판단하고 세금계산서를 교부하지 아니하였으므로, 원고에게는 세금계산서를 교부하지 않은 데에 대한 정당한 사유가 있어 가산세 부과처분은 위법하고, 신의성실의 원칙에도 위배된다.

나. 이 사건 손해배상금과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(1) 이 사건 손해배상금의 손금 귀속시기는 그 실제 지급일 2003. 6. 2.이 속하는 2003사업연도라고 보아야 하므로, 이 사건 중재판정일이 속한 2002사업연도에 손금이 귀속되어야 한다는 전제에서 행한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다.

(2) 국세심판원이 이 사건 손해배상금의 손금 귀속시기를 2004사업연도에서 2002사업연도로 변경하는 것으로 결정하여 그에 따라 피고가 2006. 11. 6. 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 경정결정을 하였으므로, 이 사건 각 법인세 부과처분 당시에는 법인세법 제60조에 따른 신고기간이 종료되지 아니하였고, 따라서 원고는 2002사업연도의 과세표준과 세액을 피고에게 경정신고하면 되므로 이에 대하여 가산세가 부과되어서는 안된다.

다. 이 사건 부동산의 반환과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(1) 이 사건 부동산에 대한 이 사건 증여계약은 조건의 미성취로 해제되어 소급하여 무효이어서 원고가 이를 취득 및 보유하였다고 볼 수 없으므로, 피고가 이 사건 증여계약의 해제시까지 원고가 이 사건 부동산을 비업무용으로 보유하고 있었던 것으로 보아 이 사건 부동산에 관한 취득ㆍ관리비용을 손금불산입하여 그에 따라 법인세를 부과한 것은 위법하다.

(2) 설사 이 사건 증여계약이 소급하여 무효로 되지 않는다고 하더라도, 원고는 이 사건 부동산이 개발제한구역 내에 있었기 때문에 이를 사용할 수 없었고 법원에 소송이 제기되는 바람에 이를 사용할 수 없었는바, 결국 원고에게는 이 사건 부동산을 업무용으로 사용할 수 없었던 정당한 사유가 있었으므로, 피고가 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 보고 그에 관한 취득ㆍ관리비용을 손금불산입하여 그에 따라 법인세를 부과한 것은 위법하다.

3. 판단

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 관한 판단

(1) 원고가 대전광역시에 건설용역을 공급한 것으로 볼 것인지, 시공회사가 직접 대전광역시에 건설용역을 공급한 것으로 볼 것인지 여부

(가) 위탁매매인을 통하여 재화를 공급하거나 공급받는 경우에 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 때를 제외하고는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받는 것으로 본다고 규정한

(나) 인정사실

1) 이 사건 위탁계약의 주요 내용은 아래와 같다.

① 제2조(위탁업무의 내용) 설계ㆍ입찰ㆍ계약ㆍ시공ㆍ감리ㆍ감독에 관한 사항, 사업과 관련된 인ㆍ허가 사항과 타 기관과의 협조사항, 기타 대전광역시가 원고에게 요구하는 사항, ② 제3조(위탁비용) 위탁비용은 대전광역시가 부담하고, 그 범위는 시설비ㆍ감리비ㆍ인건비 1인ㆍ기타 부대비용ㆍ대행수수료이며, 대행수수료는 시설비의 20% 이내로 한다., ③ 제4조(위탁비용의 지급 및 정산) 원고는 위탁업무에 대한 사업계획서를 작성하여 대전광역시의 승인을 얻은 후 시행해야 하고 위탁비용은 원고의 청구에 의하여 지급한다. 부득이한 사유로 설계변경을 할 경우 사전에 승인을 얻어야 하고 비용의 증감이 있을 경우 위탁비용을 가감 조정할 수 있다., ④ 제5조(위탁업무의 감독) 원고는 위탁업무 전반에 대하여 대전광역시의 지시 및 감독을 받아야 한다., ⑤ 제7조(사고책임) 원고는 시설공사의 설계 및 시공에 대하여 환경 및 기술적인 면에서 전면적인 책임을 져야 하고, 제반 안전사고 발생시에는 민ㆍ형사상 일체의 책임을 져야 한다.

2) 당초 위탁계약시에는 시공회사가 지정되기 전이어서 정확한 공사대금을 산정할 수 없었기 때문에 위탁비용을 특정하지 않았으나, 이후 낙찰을 통해 시공회사 및 공사대금이 정해지자 위탁비용을 확정하는 내용의 변경계약을 체결하였다.

3) 원고는 이 사건 시설공사로 인해 대전광역시로부터 지급받은 시설비를 각 사업연도의 수입금액으로 계상하고, 시공회사에 지급한 시설비는 각 사업연도의 손금으로 계상하였다.

[인정근거] 갑 제3호증의 1, 2, 을 제20호증의 3, 4, 을 제24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(다) 판단

1) 살피건대, ① 원고가 단순히 시공회사를 선정하여 공사도급계약을 체결하는 데 그치지 않고 이 사건 시설공사와 관련된 설계ㆍ입찰ㆍ계약ㆍ시공ㆍ감리ㆍ감독 업무 일체를 위탁받은 점, ② 이 사건 시설공사의 설계 및 시공에 대한 책임 및 안전사고와 관련한 민ㆍ형사상 손해배상책임 등 이 사건 공사에 관한 일체의 책임을 원고가 부담하기로 약정한 점, ③ 원고가 법인 손익계산서를 작성함에 있어 대전광역시로부터 지급받은 시설비 일체를 원고의 수입으로 계상하고, 시공회사에 지급한 시설비는 원고의 지출로 계상한 점, ④ 시공회사는 이 사건 시설공사에 대해 용역을 공급받는 자를 원고로 하여 세금계산서를 교부하였는데, 이는 준위탁매매에 준용되는 위탁매매의 세금계산서 발부에 관한 규정인

2) 원고는, 원고가 위탁업무에 관해 대전광역시의 사전 및 사후 감독을 받는다는 점, 원고가 시설비 및 이윤(대행수수료)을 책정할 권한이 없고 대전광역시가 지급한 시설비를 그대로 시공회사에 지급하여야 한다는 점, 이 사건 시설공사로 인한 시설물의 소유권을 대전광역시가 원시취득한다는 점을 들어 이 사건 위탁계약에 있어 원고가 준위탁매매인의 지위에 있다고 주장하나, 대전광역시는 이 사건 시설공사와 관련한 일체의 업무를 도급하는 자의 지위에서 수급인의 업무에 관한 감독을 할 수 있다 할 것이고, 공사대금을 정함에 있어 도급계약에서는 전체 공사대금만을 정하고 실제 소요되는 공사비 및 이윤의 책정은 수급인의 전적인 권한으로 할 수 있지만 그와 달리 실제로 소요되는 공사비 및 그에 대한 일정비율의 이윤을 보장하는 방법을 선택할 수도 있다 할 것이므로 원고가 대전광역시로부터 받은 시설비를 그대로 시공회사에게 지급하고 당초 약정한 대행수수료만 취득하였다고 하여 이를 이유로 원고가 이 사건 시설공사의 수급인이 아니라고 볼 수 없으며, 준공된 시설물의 소유권을 대전광역시가 취득함은 당초 원고와 대전광역시 사이의 약정에 근거한 것으로 이를 이유로 원고가 수급인의 지위에 있지 않다고 볼 수 없으므로, 위 주장은 이유 없다.

3) 따라서, 대전광역시에 대한 이 사건 시설공사 건설용역의 공급자는 원고라고 보아야 할 것이므로, 원고에 대해 세금계산서 교부의무 불이행을 이유로 가산세를 부과한 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(2) 세금계산서를 교부하지 않은 데에 정당한 사유가 있다는 주장에 대하여

(가) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없는 것이나(

(나) 우선, 원고가 대행 시설공사의 시설비가 부가가치세 면제대상임을 전제로 부가가치세 신고를 함에 대해 피고가 지난 12년간 이의를 제기하지 않았고 1999년 세무감사를 할 때 이를 문제 삼지 않았다는 사정만으로는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

다음으로, 국세심판원이 이 사건 시설공사의 시설비가 부가가치세 부과대상인 용역에 해당하지 않는다고 판단하였다는 주장에 관하여 본다.

갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 피고의 2000. 1. 20.자 부가가치세 부과처분에 대하여 원고가 2000. 4. 18. 국세심판원에 국심2000전1102호로 위 과세처분의 취소를 청구한 사실, 위 사건에서 원고는 폐기물처리시설의 건설대행 용역 및 그 시설의 운영대행 용역 전부가 부가가치세가 면제되는 의료보건용역(생활폐기물처리업)에 해당되므로 부가가치세가 과세되어서는 안 되고, 설령 대행용역 위탁비용 전부가 부가가치세 비과세 대상이 아니라고 하더라도 폐기물처리시설의 건설대행 위탁비용 중 대행수수료 부분(시설비의 2.5%) 및 폐기물처리시설 운영ㆍ관리 대행 위탁비용 중 대행수수료(10%)만이 부가가치세가 과세 대상임에도 건설대행 위탁비용 중 시설부대비와 운영ㆍ관리 대행 위탁비용 중 인건비에 대하여도 부가가치세를 부과함은 부당하다고 주장한 사실, 이에 대하여 국세심판원은 ① 폐기물처리시설의 건설대행 용역은 폐기물처리시설의 운영ㆍ관리대행용역을 수행하면서 필수적으로 부수되는 용역이 아니어서 부가가치세가 면제되는 의료보건위생용역에 해당되지 않고, 건설대행 위탁비용 중 부대비용은 원고가 대행수수료(이윤)을 얻기 위해 활동비로 지출한 원가에 대한 대가로서 부가가치세 과세대상이며, ② 원고의 폐기물처리시설의 운영ㆍ관리 대행용역은 생활폐기물처리를 위한 것으로 대전광역시로부터 허가를 받은 것은 아니나 대전광역시로부터 위탁받은 사업으로 그 지도ㆍ감독을 받고 있어 실질적으로는 허가를 받은 것과 같으므로, 폐기물처리시설의 운영ㆍ관리 대행용역은 부가가치세 면제대상이라고 판단한 사실이 인정된다.

그런데, 국세심판원의 위 결정 중 이 사건 각 부가가치세 부과처분과 관련된 부분은 위 ① 건설대행 용역은 의료보건용역이 아니어서 부가가치세 면제 대상이 아니고 건설대행 위탁비용 중 부대비용은 부가가치세 과세 대상이라는 부분인바, 이는 건설대행 위탁비용 중 부대비용 및 대행수수료를 부가가치세 과세표준에 포함한 피고의 처분에 대해 원고가 위 부대비용 및 대행수수료 전부가 의료보건용역에 해당하여 부가가치세 면제대상이거나 적어도 부대비용에 대해서는 부가가치세를 부과할 수 없다고 이의를 제기하자 국세심판원이 위 대행수수료 및 부대비용에 대해 부가가치세를 부과할 수 있다고 판단한 것일 뿐, 건설대행 위탁비용 중 시설비에 대한 부가가치세를 부과함이 적법한지 여부에 관해 판단한 것이 아니므로(이 부분은 위 사건에서 다투어지지 않았다), 국세심판원이 건설대행 위탁비용 중 시설비에 대해 부가가치세를 부과하지 않음이 옳다는 견해를 표명하였다고 볼 수 없어, 국세심판원의 위 결정이 있었다 하여 원고의 세금계산서 교부의무 위반에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다.

(3) 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장에 대하여

(가) 살피건대, 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것인바, 그 적용을 위하여는 (1) 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, (2) 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, (3) 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고, 그에 따라 행위를 하였을 것, (4) 과세관청이 위 견해에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되었을 것 등의 요건이 모두 충족되어야 한다(

또한, 과세관청의 공적인 견해표명이 있다고 하기 위하여는 견해가 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하고, 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당기간 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있어야 할 것이다.

(나) 이 사건에 관하여 보면, 피고가 12년간 세금계산서 미교부를 문제 삼지 않았다는 사정만으로는 피고가 원고에게 건설대행 위탁비용 중 시설비가 부가가치세 부과대상인 용역의 대가가 아니고 세금계산서를 교부할 의무도 없다는 공적견해를 표명하였다고 볼 수 없고, 국세심판원의 위 결정을 이 사건 시설공사 위탁비용 중 시설비가 부가가치세 부과대상이 아니라는 견해를 표명한 것으로 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 신뢰보호원칙에 위배된다는 원고의 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 손해배상금과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(1)

(2) 살피건대,

한편, 중재판정취소의 소는 중재판정을 취소하여 소급적으로 무효로 하는 것을 목적으로 하는 형성의 소에 해당한다는 점(

(3) 따라서 이 사건 중재판정에 의하여 원고의

(4) 이에 대하여 원고는 국세심판원이 이 사건 손해배상금에 대한 손금 귀속시기를 2004사업연도에서 2002사업연도로 변경하는 것으로 결정하여 그에 따라 피고가 2006. 11. 6. 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 경정결정을 하였으므로, 2003사업연도에 대한 법인세 부과처분 당시에는 법인세법 제60조에 따른 신고기간이 종료되지 아니하였고, 따라서 원고는 위 2006. 11. 6.자 경정결정일을 기준으로 3개월 내에 과세표준과 세액을 피고에게 경정신고하면 되므로 이에 대하여 가산세가 부과되어서는 안 된다는 취지의 주장을 하나(원고는 2002사업연도의 가산세를 다투는 것으로 기재하였으나 이 사건 각 법인세 부과처분에 2002사업연도에 대한 법인세가 없음은 앞서 보았으므로 2003사업연도의 가산세를 다투는 것으로 선해하여 판단한다), 이 사건 손해배상금을 2003사업연도의 손금으로 산입한 원고의 행위는 위법한 것으로서 이는 과소신고 가산세 등의 부과대상이라 할 것이고, 이후 2004사업연도에 손금산입한 결정을 2002사업연도의 손금으로 산입하기로 한 경정결정이 있었다고 하여 2003사업연도에 관해 이미 종료된 법인세법 제60조에 규정된 과세표준의 신고기간이 소급적으로 종료되지 아니한 것으로 볼 아무런 근거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

라. 이 사건 부동산의 반환과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(1) 법인세법이 비업무용 부동산과 관련된 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 취지는 타인자본에 의존한 무리한 기업확장을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 비업무용 부동산의 취득과 보유를 모두 금하고자 하는 것이므로, 매매계약에 의하여 취득한 비업무용 부동산에 대하여 소유권이전등기를 경료하여 실질적으로 이를 사용ㆍ수익할 수 있었던 이상, 그 후 매매계약을 합의해제하여 위 부동산을 반환하였다고 하더라도 그 취득일부터 반환시까지는 위 부동산을 취득, 보유하고 있었던 것이므로 이를 비업무용 부동산으로 보아야 하고, 그 취득과 관련된 지급이자는 손금불산입함이 상당하다고 할 것인바(

(2) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 이 사건 증여계약에 있어

그러나 더 나아가

(3) 또한

(4) 나아가 원고에게 부득이하게 이 사건 부동산을 업무용 부동산으로 사용할 수 없었던 사유가 있어 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 볼 수 없는지에 관하여 본다.

살피건대, 구 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제1호 및 제2호 가.목은 당해 부동산의 취득 후 유예기간이 경과되기 전에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유가 발생하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산 또는 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 대하여는 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 사건 부동산은 개발제한구역으로 지정되어 있어 원고가 증여 목적에 따라 사용할 수 없었던 사실은 앞서 인정한 바이나, 더 나아가 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후에 비로소 이 사건 부동산이 개발제한구역으로 지정되었던 점을 인정할 만한 아무런 사정이 없어, 결국 이 사건 부동산은 취득 후에 도시계획의 변경 등의 정당한 사유로 업무에 사용하지 않은 부동산이라거나 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 해당한다고 할 수 없다.

또한, 구 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제14호는 당해 부동산을 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 부동산으로서 법원에 의하여 사용이 금지된 부동산에 대하여는 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하는바,

따라서, 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 각 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분은 적법하다고 할 것이므로 원고의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 이와 결론을 같이하는 제1심 판결은 정당하고 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.