법원이 납세자에 대하여 부동산의 사용을 금지하였다는 점에 대한 아무런 입증이 없으므로 부동산은 위 시행규칙 규정상의 부동산에 해당한다고 할 수 없어, 처분은 적법하다.

1. 이 사건 각 처분의 경위

가. 대전광역시와의 시설공사 위탁계약과 관련한 부가가치세 부과처분

(1) 원고는 대전광역시와 사이에 원고가 대전광역시로부터 위탁받은 사업을 대행하기로 하는 내용의 금고동 쓰레기매립장 조성공사 위탁계약, 대전광역시 제1쓰레기소각장 소각로 증설공사 위탁계약, 음식물쓰레기 광역자원화시설 설치사업 위탁계약을 각 체결하였다(이하 위 각 위탁계약을 통틀어 '이 사건 위탁계약'이라 하고, 이 사건 위탁계약상의 위탁대상 공사를 통틀어 '이 사건 시설공사'라 한다.).

(2) 이 사건 위탁계약과 관련한 원고의 업무는 다음과 같은 방식으로 이루어졌다.

① 원고는 대전광역시로부터 대행을 위탁받은 이 사건 시설공사와 관련하여 조달청장에게 시설공사계약을 의뢰하였고, 조달청장은 입찰방식에 의하여 낙찰자를 결정하고 낙찰자로 선정된 시공회사를 원고에게 통보하였다. ② 그에 따라 원고는 시설공사에 대한 수요기관으로서 낙찰된 시공회사와 공사도급계약을 체결하였고, 시공회사가 시설공사를 실시한 후 원고에게 공사비를 청구하면 원고는 시설비와 대행수수료 및 부대경비 등으로 구성된 위탁비용을 대전광역시에 청구하였다. ③ 대전광역시가 원고에게 위탁비용을 지급하면, 원고는 그 중에서 시설비 등을 시공회사에게 공사비로 지급하였고 대행수수료는 원고가 취득하였다.

(3) 원고는 이 사건 시설공사와 관련하여 시공회사로부터 원고를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부받았는데, 다만 이와 같이 시공회사로부터 받은 매입세금계산서는 부가가치세 신고시 각 매입세액불공제분으로 신고하였다.

한편 원고는 이 사건 위탁계약과 관련하여 대전광역시로부터 지급받은 대행수수료와 관련하여서는 대전광역시에게 세금계산서를 교부하였으나, 이 사건 시설공사와 관련된 시설비 등 나머지 위탁비용에 대하여는 대전광역시에게 세금계산서가 아닌 계산서(부가가치세 포함 금액)를 발행하여 주었으며, 부가가치세 신고시 대행수수료에 대하여만 매출세액을 신고하였다.

(4) 피고는 이 사건 위탁계약에 대하여 원고가 대전광역시와 형식상 위ㆍ수탁계약을 체결하였으나 그 실질은 도급계약에 해당되어 부가가치세 과세대상이라고 판단하면서 원고가 대전광역시로부터 지급받은 위탁비용 전체를 과세표준에 산입하여 매출세액을 계산하고, 반면에 원고가 시공회사로부터 교부받은 세금계산서는 매입세액공제분에 포함시켜 세액을 산출하여 납부세액을 계산하는 한편, 원고가 대행수수료를 제외한 위탁비용에 대하여 대전광역시에게 세금계산서를 교부하여야 할 의무를 이행하지 아니하였다는 점을 들어 세금계산서 미교부 가산세를 부과하기로 하여, 2005. 2. 15. 다음과 같이 부가가치세를 부과하였다.

① 2000년도 2기분 부가가치세 15,076,990원, ② 2001년도 2기분 35,907,050원, ③ 2002년도 1기분 부가가치세 41,764,230원, ④ 2002년도 2기분 부가가치세 133,572,460원, ⑤ 2003년도 1기분 부가가치세 72,988,700원, ⑥ 2003년도 2기분 부가가치세 121,398,630원, ⑦ 2004년도 1기분 부가가치세 66,177,910원(이하 위 각 부가가치세 부가처분을 '이 사건 각 부가가치세 부과처분'이라 한다.)

나. 법인세 부과처분

(1) 원고의

두산중공업 주식회사에 대한 손해배상금 지급과 피고의 세무조정

(가) 원고는 1997. 6. 30.

한국중공업 주식회사(그 후 상호가 '

두산중공업 주식회사'로 변경되었다. 이하 '

두산중공업'이라 한다.)와 대전 대덕구

신일동 제4공단 제1차 쓰레기소각장을 건설하는 내용의 폐기물 처리시설 건설사업 협약을 체결하였는데, 원고와

두산중공업은 위 협약과 관련하여 사업수행과정에서 발생하는 문제에 관한 분쟁은 상호 합의하에 해결하되, 합의가 성립되지 못할 경우에는 원고 소재지역의 중재기관의 중재에 의하여 해결하기로 약정하였다.

(나) 원고는 위 협약에 따른 소각장 건설사업이 불가능하게 되자

두산중공업에게 계약의 해지를 통보하였는데,

두산중공업은 2000. 11.경 대한상사중재원에 원고를 상대로 사업에 소요된 기자재 비용 등 10,385,548,235원의 지급을 구하는 내용의 중재신청서를 제출하였고, 이에 대하여 대한상사중재원은 2002. 8. 23. 원고가

두산중공업에게 손해배상금 3,177,152,911원 및 이에 대하여 2000. 12. 9.부터 다 갚는 날까지 연 6%의 비율에 의한 금원을 지급하라는 내용의 중재판정(이하 '이 사건 중재판정'이라 한다.)을 하였다.

(다) 원고는 이에 대하여 2002. 9. 16. 서울중앙지방법원에 중재판정취소의 소를 제기하였으나, 서울중앙지방법원은 2003. 5. 27. 원고 패소판결을 하였고, 원고는 2003. 6. 2.

두산중공업에게 이 사건 중재판정에 따라 3,664,498,886원(이하 이를 '이 사건 손해배상금'이라 한다.)을 지급한 다음 2003. 6. 13. 서울고등법원에 항소하였으나, 2004. 4. 21. 서울고등법원은 항소기각 판결을 하였으며, 이에 대하여 원고가 상고하지 아니하여 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

(라) 원고는 이 사건 손해배상금에 대하여

두산중공업에게 손해배상금을 지급한 날이 속한 2003사업연도에 손금으로 귀속시키고 그에 따라 법인세 과세표준 신고를 하였다.

(마) 피고는 이에 대하여 이 사건 손해배상금이 이 사건 중재판정에 대한 중재판정취소의 소가 확정된 날이 속한 2004사업연도에 손금으로 귀속되어야 한다고 판단하고 원고가 2003사업연도에 손금으로 귀속시킨 이 사건 손해배상금을 손금불산입하였다.

(2) 원고가 증여받은 부동산의 반환과 피고의 세무조정

(가)

은진송씨자산공파종중(이하 '

송씨종중'이라 한다.)은 1995. 7. 3. 원고에게 대전광역시 동구

삼괴동 산24-1 임야 258,711㎡ 외 5필지(이하 이를 합쳐 '이 사건 부동산'이라 한다.)를 증여하면서 공원묘지 이외의 복지시설로 개발하여 줄 것을 요구하였고, 원고는 이를 수락하여 이 사건 부동산을 증여받고 1995. 7. 15. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

(나) 원고는 이 사건 부동산이 개발제한구역 내에 있는 등의 사정으로 2003년경까지 이 사건 부동산을 증여받은 목적에 따라 복지시설로 개발하지 못하였고,

송씨종중은 원고를 상대로 증여원인무효를 이유로 이 사건 부동산의 소유권이전등기의 말소를 구하는 소를 제기하였다. 이에 대하여 원고는

송씨종중을 상대로 이 사건 부동산과 관련하여 그동안 납부하였던 종합토지세 등의 반환을 청구하는 반소를 제기하였다.

(다) 위 소송은 2004. 9. 13. 대전고등법원의 조정에 갈음하는 결정에 의하여 원고가

송씨종중에게 이 사건 부동산을 반환하고,

송씨종중은 원고에게 7,526,660원을 반환하는 것으로 종결되었다.

(라) 그러자 피고는 이 사건 부동산이 비업무용부동산에 해당한다고 보아 원고가 이 사건 부동산과 관련하여 이 사건 부동산의 반환시까지 지출하였던 비용을 각 해당 사업연도에 손금불산입하였다.

(3) 피고의 법인세 부과처분

피고는 위 (1)의 (마)항, (2)의 (라)항과 같이 세무조정을 거쳐 2005. 2. 15. 원고에 대하여 1999사업연도분 법인세 15,483,010원의, 2002사업연도분 법인세 190,718,780원의, 2003사업연도분 법인세 1,308,647,580원의 각 부과처분을 하였다.

다. 국세심판청구와 법인세 부과처분에 대한 경정결정

(1) 원고는 이 사건 각 부가가치세 부과처분과 위 각 법인세 부과처분에 대하여 2005. 5. 3. 국세심판원에 심판청구를 하였는데, 국세심판원은 2006. 10. 27. 이 사건 손해배상금이 이 사건 중재판정이 내려진 날이 속한 2002사업연도에 손금으로 귀속되어야 한다고 판단하면서 그에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구를 기각한다는 결정을 내렸다.

(2) 피고는 위 국세심판원의 결정에 따라 2006. 11. 6. 원고에 대하여 2002사업연도분 법인세 163,791,058원과 2003사업연도 법인세 934,516,531원을 감액하는 경정결정을 하였다(이하 위와 같이 감액된 2002사업연도 및 2003사업연도분 각 법인세 부과처분과 2005. 2. 15. 부과된 1999사업연도분 법인세 부과처분을 통틀어 '이 사건 각 법인세 부과처분'이라 한다.).

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 1, 갑 2, 갑 3-1,2, 갑 4-1~4, 갑 5-1~10, 갑 7, 갑 8-1,2, 갑 9-1~4, 갑 10-1,2, 갑 11-1~4, 갑 12-1,2, 갑 13-1~5, 을 1, 을 4~12, 을 14, 을 15, 을 17, 을 18, 을 19-1~15, 을 20-1~11, 을 22, 을 23-1~8의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 대하여

(가) 원고가 대전광역시와의 이 사건 위탁계약에 따라 시공회사로 하여금 이 사건 시설공사를 하게 한 것은 용역의 위탁 내지 주선행위에 불과하며, 시공회사로부터 시설물을 공급받은 자는 대전광역시이고 그 대가도 대전광역시에서 지급한 것이어서, 부가가치세법상 위탁자인 대전광역시가 용역을 공급받은 것에 해당한다.

(나) 따라서 원고는 대전광역시에게 시설물 자체를 제공한 것이 아니고 대행수수료 부분에 대하여만 용역을 제공한 것에 불과하므로, 대전광역시로부터 지급받은 대행수수료에 대하여만 부가가치세 납부의무 및 세금계산서 교부의무를 부담할 뿐 시설비 기타 부대비용 등 나머지 위탁비용에 대하여는 부가가치세 납부의무 및 세금계산서 교부의무가 없다.

(2) 이 사건 손해배상금과 관련하여

(가) 이 사건 손해배상금의 손금 귀속시기는 손해배상금이

두산중공업에게 실제로 지급된 2003. 6. 2.이 속하는 2003사업연도라고 볼 것이므로, 이 사건 중재판정이 내려진 2002사업연도에 손금이 귀속되어야 한다는 전제에서 내려진 이 사건 각 법인세 부과처분은 위법하다.

(나) 국세심판원이 이 사건 손해배상금에 대한 손금 귀속시기를 2004사업연도에서 2002사업연도로 변경하는 것으로 결정하여 그에 따라 피고가 2006. 11. 6. 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 경정결정을 하였으므로, 이 사건 각 법인세 부과처분 당시에는

법인세법 제60조에 따른 신고기간의 기간이 종료되지 아니하였고, 따라서 원고는 2002사업연도의 과세표준과 세액을 피고에게 경정신고하면 되므로 이에 대하여 가산세가 부과되어서는 안된다.

(3) 이 사건 부동산의 반환과 관련하여

(가) 이 사건 부동산과 관련한

송씨종중과 원고와의 증여계약(이하 '이 사건 증여계약'이라 한다.)은 조건의 미성취로 해제되어 소급하여 무효이므로, 피고가 이 사건 증여계약의 해제시까지 원고가 이 사건 부동산을 비업무용으로 보유하고 있었던 것으로 보고 이 사건 부동산에 관한 취득ㆍ관리비용을 손금불산입하여 그에 따라 법인세를 부과한 것은 위법하다.

(나) 설사 이 사건 증여계약이 소급하여 무효로 되지 않는다고 하더라도, 원고에게는 이 사건 부동산을 업무용 부동산으로 사용할 수 없었던 부득이한 사유가 있어 이 사건 부동산은

법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 단서, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가.목 또는 같은 항 제14호에 따라 비업무용 부동산에 해당하지 아니하므로, 피고가 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 보고 그에 관한 취득ㆍ관리비용을 손금불산입하여 그에 따라 법인세를 부과한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 각 부가가치세 부과처분에 대한 판단

(1) 이 사건 위탁계약의 법적 성격에 대하여

(가) 원고는 원고가 이 사건 위탁계약에 따라 시공회사와 시설공사계약을 체결하고 공사를 진행한 것은 용역의 공급에 대한 위탁 또는 알선에 해당한다고 주장한다.

살피건대, 부가가치세법상의 재화란 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 의미하고, 용역이란 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 가리키는데(

부가가치세법 제1조), 이 사건 위탁계약의 본질은 시설공사를 통해 대전광역시로 하여금 시설물의 소유권을 취득하게 하는 것이므로 이는 시설물이라는 재화의 공급과 관련된 것이지 시설물을 시공하는 역무라는 용역의 공급과 관련된 계약으로 볼 것은 아니다. 다만 용역의 공급과 관련하여 원고가 주장하고 있는 내용을 재화의 제공에 관련한 주장으로 선해하여 이에 대하여 판단하기로 한다.

(나) 이 사건 각 부가가치세 부과처분의 적법 여부는 대전광역시에게 공급된 시설물이라는 재화가 부가가치세법상 시공회사로부터 대전광역시에게 직접 공급된 것으로 보아야 하는 것인지 아니면 시공회사로부터 원고에게 공급되었다가 다시 대전광역시에게 공급된 것으로 보아야 하는 것인지에 따라 결정된다고 할 것인데, 이에 대한 판단에 있어서는 이 사건 위탁계약의 법적 성격이 중요한 의미를 갖는다.

(다) 이와 관련하여

부가가치세법 제6조 제5항 본문은 위탁매매에 있어서는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다고 규정하고 있다. 여기서 위탁매매의 개념은 상법에 규정된 위탁매매인에 관한 규정에 비추어 볼 때 자기명의로써 타인의 계산으로 물건 또는 유가증권을 매매하는 것(

상법 제101조 참조)을 의미한다고 할 것이다.

한편 상법은 자기명의로써 타인의 계산으로 하는 '매매 아닌 행위'를 준위탁매매라고 하면서 이에 대하여 위탁매매인과 관련된 규정을 준용한다고 규정하고 있는데(

상법 제113조 참조),

부가가치세법 제6조 제5항은 그 취지에 비추어 볼 때 준위탁매매의 경우에도 유추 적용된다(

대법원 2006. 9. 22. 선고 2004두12117 판결 참조).

(라) 이 사건으로 돌아와 보건대, 위 1의 가. (2)항에서 인정한 사실에 갑 제3호증의 1, 2, 을 제19호증의 1 내지 15, 을 제20호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실, 즉 이 사건 위탁계약에는 '① 위탁비용은 본 사업 추진에 필요한 비용으로 대전광역시장이 부담하며, 비용부담범위는 위탁업무 추진을 위한 시설비, 감리비, 인건비 1인, 기타 부대비용 및 대행수수료로 한다, ② 원고는 위탁업무에 대한 사업계획서를 작성하여 대전광역시장의 승인을 득한 후 시행하여야 하며 위탁비용은 원고의 청구에 의하여 지급한다, ③ 원고는 위탁비용 집행정산서를 작성하여 대전광역시에 제출하여야 한다, ④ 원고는 위탁받은 업무 전반에 대하여 대전광역시장의 지시 및 감독을 받아야 하며 대전광역시장이 요구하는 자료 및 지시에 대하여 즉시 이행하여야 한다'는 내용이 포함되어 있다는 사실을 종합하면, 이 사건 시설공사계약은 원고의 명의로 체결되나 그로 인한 손익은 모두 위탁자인 대전광역시에 돌아간다 할 것이므로 이 사건 시설공사를 내용으로 하는 이 사건 위탁계약은 준위탁매매에 해당한다고 할 것이다.

(마) 이에 대하여 피고는 ① 시공회사가 원고를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 점, ② 원고와 재단법인

대전광역시첨단산업진흥재단과 사이에 이 사건 위탁계약과 유사한 형태로 체결된

대덕밸리고주파부품산업센터 건립사업에 관한 위ㆍ수탁계약과 관련하여, 원고는 재단법인

대전광역시첨단산업진흥재단에게 대행수수료 뿐만 아니라 공사비 등 위탁비용 전체에 대하여 세금계산서를 발급하여 주었고, 피고에게 관련 공사비에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였던 점, ③ 이 사건 위탁계약상 시설공사와 관련된 사고책임을 원고가 부담한다는 점을 들어 이 사건 위탁계약의 법적 성격은 도급에 해당한다고 주장하나, 세금계산서의 발급 형태는 계약의 법적 성질을 판단하는데 하나의 자료가 될 수 있지만 그것이 법적 성격을 결정하는 근본적인 기준이 된다고 할 수는 없는 이상 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 위에서 인정한 것과 달리 이 사건 위탁계약의 법적 성격을 도급에 해당하는 것으로 판단하기에는 부족하고, 한편 준위탁매매에 있어서도 위탁 목적이 달성되기 전까지는 수탁자가 위험을 부담한다는 점에서(

상법 제113조,

제105조 참조) 사고책임의 소재는 도급과 준위탁매매를 구분하는 기준이 될 수 없으므로, 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2)

부가가치세법 제6조 제5항 단서가 적용되는 경우의 부가가치세법상 법률관계

(가) 부가가치세법 제6조 제5항은 위탁매매에 있어서는 위탁자가 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다고 규정하면서도, 단서에서 위탁자를 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

이와 관련하여

부가가치세법 시행령 제21조 제2항은 위탁매매의 경우에는 수탁자의 공급을 기준으로 하여 제1항의 재화의 공급시기와 관련된 제1항의 규정을 적용한다고 규정하면서, 그 단서에서 법 제6조 제5항 단서의 경우에는 위탁자와 수탁자 사이에도 공급이 이루어진 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다고 규정하고 있다.

한편

부가가치세법 시행령 제58조 제2항은 위탁매입의 경우에는 공급자가 위탁자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 교부하고 수탁자의 등록번호를 부기하여야 한다고 규정하고 있는데, 같은 조 제5항은 법 제6조 제5항 단서의 경우에는 위 제2항의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.

이러한 부가가치세법 및 부가가치세법 시행령의 규정에 따르면, 준위탁매매에 해당하는 이 사건 위탁계약이 부가가치세법 제6조 제5항 단서의 위탁자를 알 수 없는 경우에 해당한다고 볼 경우에는, 위탁자인 대전광역시가 직접 시공회사로부터 시설물을 공급받은 것이 아니라 수탁자인 원고가 시공회사로부터 시설물을 공급받아 다시 이를 위탁자인 대전광역시에게 공급한 것이 되어 원고는 위탁비용 전체를 부가가치세 과세표준으로 하여 매출세액을 산정하고 그에 따라 대전광역시에게 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 할 것이다.

(나) 살피건대 ① 이 사건의 경우 이 사건 시설공사와 관련한 세금계산서는 원칙적으로 위탁자인 대전광역시를 공급받는 자로 하여 작성되어야 하나(부가가치세법 시행령 제58조 제2항) 원고를 공급받는 자로 하여 작성된 사실은 위 1의 가. (3)항에서 인정한 바이고, ② 여기에 갑 제2호증, 을 제19호증의 1 내지 15, 을 제20호증의 1 내지 11의 각 기재에 의하여 인정되는 바와 같이 조달청을 통해 이루어진 시공회사 선정에 있어 원고는 그 수요기관으로 되어 있는 반면 대전광역시가 당사자로 등장하지 아니하였던 사실과 ③ 위탁자는 거래에 따른 계산만 할 뿐 거래 자체는 수탁자의 명의로 이루어진다는 준위탁매매의 본질을 종합하여 볼 때, 이 사건 위탁계약은 부가가치세법 제6조 제5항 단서의 위탁자를 알 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이다.

(다) 따라서 이 사건 위탁계약에 대하여는 부가가치세법 제6조 제5항 단서, 같은 법 시행령 제21조 제2항 단서, 제58조 제5항이 적용되어, 원고가 시공회사로부터 시설물을 공급받고 원고는 다시 이를 대전광역시에게 공급한 것이 되며, 이에 대하여 원고는 대전광역시에게 대행수수료 뿐만 아니라 위탁비용 전체에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 할 것이다.

(3) 소결론

그러므로 피고가 원고에 대하여 이 사건 위탁계약에 따른 위탁비용 전체를 부가가치세 과세표준에 포함시켜 산정한 매출세액을 기준으로 납부금액을 계산함과 아울러 세금계산서 미교부를 이유로 가산세를 부과한 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 적법하다.

(4) 가산세와 관련한 원고의 주장에 대하여

(가) 가산세 부과를 할 수 없는 정당한 이유가 있다는 주장에 대하여

원고는 국세심판원이 2002. 12. 22. 원고가 제기한 국심2000전1102호 국세심판청구 사건에서 원고와 대전광역시 사이에 체결된 폐기물처리시설 건설대행 위탁계약과 관련하여 대행수수료만 부가가치세 부과대상이라고 판단한 바 있어 원고는 그 후 대행수수료에 대하여만 부가가치세를 납부하여 왔고 나머지 위탁비용에 대하여는 부가가치세가 면제되었으므로, 원고에게 세금계산서 미교부와 관련하여 그 잘못을 탓할 수 없는 정당한 이유가 있어 가산세 부과처분은 위법하다고 주장한다.

살피건대 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없는 것이나(

대법원 1996. 10. 11. 선고 95누17274 판결 등 참조), 가산세의 부과에 있어 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지 따위는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 할 것이다(

대법원 1994. 8. 26. 선고 93누20467 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 위 국세심판청구 사건은 부가가치세법상 면세 용역인 생활폐기물 처리용역 및 생활폐기물 처리시설의 운영ㆍ관리 대행용역에 관한 것일 뿐 원고가 주장하는 바와 같이 국세심판원이 폐기물처리시설 건설대행 위탁계약에 대하여까지 대행수수료만 부가가치세 부과대상이라고 판단한 것은 아닌 사실이 인정되므로, 위 국세심판원의 결정을 이 사건 각 부가가치세 부과처분과 무관하여 원고의 세금계산서 교부의무 위반에 대한 정당한 사유의 근거가 된다고 할 수 없어 원고의 위 주장은 이유없다.

(나) 신의성실의 원칙에 위배된다는 주장에 대하여

원고는 피고가 원고에 대하여 12년간 세금계산서 미교부를 문제삼은 바 없기 때문에 과세관청의 위와 같은 태도를 귀책사유 없이 신뢰하였으므로 이 사건 각 부가가치세에 대한 가산세 부과처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다.

살피건대

국세기본법 제15조에 규정된 신의성실의 원칙은 자기의 언동을 신뢰하여 행동한 상대방의 이익을 침해하여서는 안된다는 것을 의미하는 것으로서 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에 한하여 과세관청의 처분을 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 된다(

대법원 1988. 3. 8. 선고, 87누156 판결 등 참조).

한편 신의성실의 원칙이 적용됨에 있어 과세관청의 공적인 견해표명은 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하는데, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세 누락과는 달리 과세관청이 상당기간 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고, 이 경우 특히 과세관청의 의사표시가 일반론적인 견해표명에 불과한 경우에는 위 원칙의 적용을 부정하여야 한다(

대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 원고가 주장하는 바와 같이 피고가 12년간 세금계산서 미교부를 문제삼은 바 없다는 사정만으로는 단순한 과세 누락을 넘어 신뢰보호의 원칙 적용에 있어 과세관청이 납세의무자에게 신뢰의 대상이 되는 공적견해를 표명하였다는 사정이 있었다고 인정하기에 부족하므로, 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다.

라. 이 사건 각 법인세 부과처분에 대하여

(1) 이 사건 손해배상금과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(가) 법인세법은 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있는바(

법인세법 제40조 제1항), 이 사건에 있어 이 사건 손해배상금과 관련한 피고의 세무조정에 따른 법인세 부과처분의 적법 여부는 이 사건 중재판정에 따른 원고의

두산중공업에 대한 이 사건 손해배상금 지급 의무의 확정시기에 따라 결정된다고 할 것이다.

(나) 살피건대,

중재법 제35조는 중재판정의 효력에 관하여 중재판정은 당사자간에 있어서 법원의 확정판결과 동일한 효력을 가진다고 규정하고 있는바, 중재법에 의한 중재판정이 있으면 기판력에 의하여 대상이 된 청구권의 존재가 확정된다고 할 것이다(

대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다8814 판결 참조).

한편 중재판정취소의 소는 중재판정을 취소하여 소급적으로 무효로 하는 것을 목적으로 하는 형성의 소에 해당한다는 점과(

대법원 2004. 10. 14. 선고 2003다70249,70256 판결 참조), 중재법에 규정된 중재판정취소의 소를 제기할 수 있는 사유들은 권리관계의 존부에 대한 실체적인 사유에 기한 것이 아니라 중재판정 자체의 절차적인 하자에 대한 것이라는 점을 종합할 때(

중재법 제36조 제2항 참조), 중재판정취소의 소는 중재판정에 따른 법률관계의 확정을 중단시키는 효력은 없다고 할 것이다.

(다) 따라서 이 사건 중재판정에 의하여 원고의

두산중공업에 대한 이 사건 손해배상금 채무는 확정되었다고 할 것이고, 원고가 이 사건 중재판정에 대하여 중재판정취소의 소를 제기하였다고 하여 중재판정에 따른 권리관계의 확정의 효력이 중단되는 것도 아니므로, 피고가 이 사건 손해배상금을 이 사건 중재판정이 내려진 2002사업연도에 원고의 손금으로 귀속시키고 그에 따라 원고에게 법인세를 부과한 것은 적법하다.

(라) 이에 대하여 원고는 국세심판원이 이 사건 손해배상금에 대한 손금 귀속시기를 2004사업연도에서 2002사업연도로 변경하는 것으로 결정하여 그에 따라 피고가 2006. 11. 6. 이 사건 법인세 부과처분에 대하여 경정결정을 하였으므로, 이 사건 각 법인세 부과처분 당시에는 법인세법 제60조에 따른 신고기간의 기간이 종료되지 아니하였고, 따라서 원고는 2002사업연도의 과세표준과 세액을 피고에게 경정신고하면 되므로 이에 대하여 가산세가 부과되어서는 아니된다고 주장하나, 법인세 부과처분에 대한 경정결정이 있다고 하여 이미 종료된 법인세법 제60조에 규정된 과세표준의 신고기간이 소급적으로 종료되지 아니한 것으로 해석할 만한 아무런 근거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 이 사건 부동산의 반환과 관련한 법인세 부과처분에 대하여

(가) 법인세법 제28조에서 비업무용 부동산과 관련된 차입금에 대한 지급이자를 손금불산입하는 취지는 타인자본에 의존한 무리한 기업확장을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 비업무용 부동산의 취득과 보유를 모두 금하고자 하는 것이므로, 매매계약에 의하여 취득한 비업무용 부동산에 대하여 소유권이전등기를 경료하여 실질적으로 이를 사용ㆍ수익할 수 있었던 이상, 그 후 매매계약을 합의해제하여 위 부동산을 반환하였다고 하더라도 그 취득일부터 반환시까지는 위 부동산을 취득, 보유하고 있었던 것이므로 이를 비업무용 부동산으로 보아야 하고, 그 취득과 관련된 지급이자는 손금불산입함이 상당하다고 할 것인바(

대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결 참조), 이러한 법리는

법인세법 제27조에 규정된 비업무용 부동산에 대한 취득ㆍ관리비용의 손금불산입과 관련하여 비업무용 부동산에 관한 증여계약이 합의해제된 경우에도 마찬가지로 적용될 수 있다고 할 것이다.

(나) 이 사건으로 돌아와 살피건대, 이 사건 증여계약에 있어

송씨종중이 원고에게 이 사건 부동산을 증여하면서 이를 복지시설로 개발하여 달라고 요구한 사실은 위 1의 나. (2)항에서 인정한 바이므로 이 사건 부동산의 복지시설로의 개발이 이 사건 증여계약의 목적이었다 할 것이다.

그러나 더 나아가

송씨종중과 원고가 이 사건 증여계약을 체결함에 있어 복지시설로의 개발을 이 사건 증여계약의 효력의 존부를 결정하는 조건으로 정하였다는 점에 관하여는 갑 제9호증의 2, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으며, 오히려 갑 제8호증의 1, 갑 제9호증의 1의 각 기재에 의하면 이 사건 증여계약에 관한 증여계약서에는 이 사건 부동산의 복지시설 개발과 관련하여서는 어떠한 내용도 기재되어 있지 않은 사실 및

송씨종중과 원고 사이의 이 사건 부동산에 관한 소유권말소등기 사건을 담당하였던 재판부는

송씨종중이 원고에게 이 사건 부동산을 증여하면서 이를 공원묘지 외의 복지시설로 개발하여 줄 것을 요구하였고 피고도 이를 양해하고 증여받았던 것으로 보인다고 판단한 사실이 인정되는바, 이를 종합하면 이 사건 증여계약에 있어

송씨종중은 원고에게 단지 이 사건 부동산의 용도에 대한 조건을 제시하였던 것에 불과하다고 할 것이다.

그러므로 조정에 갈음하는 결정에 따라 이 사건 부동산에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 말소된 것을 두고 원고의 주장과 같이 이 사건 증여계약이 이 사건 부동산의 복지시설 개발이라는 조건의 미성취로 인하여 해제된 것으로 볼 수는 없다.

한편 갑 제9호증의 1의 기재에 의하면

송씨종중과 원고 사이의 이 사건 부동산에 관한 소유권말소등기 사건을 담당하였던 재판부는 원고의 입장에서도 이 사건 부동산을 보유함으로써 이에 부과되는 종합토지세 등을 납부하여야 하는 재정적 부담이 지속되어 이 사건 증여계약을 유지할 실익도 없게 되었다고 판단한 사실이 인정되는바, 이에 따르면 원고가 법원의 조정에 갈음하는 결정에 이의를 제기하지 아니하였던 것은 이 사건 증여계약이 조건 미성취로 해제되었다는

송씨종중의 주장을 받아들인 것이 아니라 원고 또한 이 사건 증여계약을 유지할 실익이 없어 이 사건 증여계약에 따른 법률관계를 종결짓겠다는 의사에 기인한 것이라고 봄이 상당하다.

결국 위 조정에 갈음하는 결정에 대하여

송씨종중과 원고가 이의를 제기하지 아니한 것은 위 결정에 응하여 이 사건 부동산과 관련한 법률관계를 정리하겠다는

송씨종중과 원고의 의사가 합치된 것이라고 할 것이고, 그에 따라 이 사건 증여계약은 실질적으로 합의해제되었다고 할 것이다.

따라서 원고가 이 사건 부동산을 보유하고 있던 기간 동안 그 취득ㆍ관리와 관련하여 지출한 비용은

법인세법 제27조 제1호,

법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가.목에 규정된 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산의 취득ㆍ관리에 따른 비용에 해당하여 손금불산입되어야 하는바, 이와 관련한 피고의 법인세 부과처분은 적법하다.

(다) 나아가 원고에게 부득이하게 이 사건 부동산을 업무용 부동산으로 사용할 수 없었던 사유가 있어 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 볼 수 없는지에 관하여 본다.

살피건대 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호 가.목은 당해 부동산의 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 대하여는 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있는데, 이 사건 부동산은 개발제한구역으로 지정되어 있어 원고가 증여 목적에 따라 사용할 수 없었던 사실은 위 1의 나. (2)항에서 인정한 바이나, 더 나아가 원고가 이 사건 부동산을 취득한 후에 비로소 이 사건 부동산이 개발제한구역으로 지정되었던 점을 인정할 만한 아무런 사정이 없어, 결국 이 사건 부동산은 취득 후에 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 해당한다고 할 수 없으므로 원고의 이 부분 주장은 이유없다.

한편 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제14호는 당해 부동산을 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 부동산으로서 법원에 의하여 사용이 금지된 부동산과 그 부동산의 소유권에 관한 확정판결일로부터 5년이 경과되지 아니한 부동산에 대하여는 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있는데,

송씨종중이 원고를 상대로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기말소 청구소송을 제기하였던 사실은 위 1의 나. (2)항에서 인정한 바이나, 더 나아가 법원이 원고에 대하여 이 사건 부동산의 사용을 금지하였다는 점에 대한 아무런 입증이 없으므로 이 사건 부동산은 위 시행규칙 규정상의 부동산에 해당한다고 할 수 없어, 원고의 이 부분 주장 또한 이유없다.

(3) 소결론

따라서 이 사건 각 법인세 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.