상고이유를 판단한다(상고이유서 제출기간이 경과한 후에 제출된 준비서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서 판단한다).

1. 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제45조의2 제2항은 ‘과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ‘최초의 신고·결정 또는 경정(이하 ‘최초의 신고 등’이라 한다)에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 규정하고 있다.

이처럼 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다 ( 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결, 대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결 등 참조).

2. 가. 원심은 그 채용 증거를 종합하여, ① 원고는 2000. 1. 5. 유한회사 우일종합건설(이하 ‘우일건설’이라 한다)과 서울 성동구 성수 2가 231-1 지상 상가건물의 신축공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 도급계약을 체결한 후 우일건설이 2001. 6.경 그 공사를 완료하자 위 상가건물을 분양하고 2001년 제2기 부가가치세를 신고·납부하면서 우일건설이 2001. 7. 1. 발행한 공급대가 56억 원의 이 사건 세금계산서(공급가액 5,090,909,090원, 세액 509,090,910원)를 근거로 그 매입세액의 공제를 구한 사실, ② 피고는 이 사건 세금계산서가 실제 공사용역의 제공 없이 허위로 작성된 것이라는 이유로 그 매입세액의 공제 및 공급가액의 손금산입을 부인하는 내용의 2003. 2. 1.자 부가가치세 및 법인세 경정처분을 한 사실, ③ 원고는 2006. 4. 17. 우일건설을 상대로 서울동부지방법원에 부당이득금 반환청구의 소를 제기하였는바, 당초에는 우일건설이 원고로부터 이 사건 세금계산서상의 세액 509,090,910원을 수령하고도 과세관청에 이를 납부하지 아니하였다는 이유로 그 반환을 구하다가, 우일건설이 원고에게 이 사건 세금계산서를 포함하여 공급대가 합계 135억 원 상당의 세금계산서를 발행하였으나 원고가 우일건설에게 약 160억 원을 지급하였고 그 차액은 갈취당한 것이라는 이유로 그에 따른 손해배상을 구한 후, 변론종결일에 와서는 다시 우일건설이 공사대금을 초과하여 지급받았다는 이유로 509,090,910원의 반환을 구한 사실, ④ 위 소송에서 우일건설에 대한 공시송달로 일체의 소송서류가 송달되고 그 변론이 진행된 결과 위 법원은 2006. 11. 23. ‘원고와 우일건설 사이에 이 사건 공사와 관련하여 체결한 공사계약 및 추가공사계약에 기한 공사대금이 135억 원인데, 원고가 2000. 5.경부터 2002. 1.경 사이에 우일건설에 16,079,023,500원을 지급한 사실’을 인정하면서 원고가 우일건설에 지급한 위 금원 중 약정공사대금을 초과하는 부분은 부당이득이므로 우일건설은 원고에게 그 중 원고가 구하는 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다는 내용의 원고 승소판결을 선고하여 2006. 12. 14. 그 판결이 확정된 사실, ⑤ 원고는 2007. 2. 5. 위 민사 사건 판결의 확정에 따라 원고가 우일건설에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 확정되었다는 이유로 2001년 제2기 부가가치세와 2001 사업연도 법인세를 각 감액해야 한다고 주장하면서 피고에게 법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

나. 원심은 이러한 사실관계를 토대로 하여, 위 민사 사건에서 원고가 우일건설에게 이 사건 세금계산서상의 공급대가 56억 원을 지급하였다는 점이 당사자 사이에 투명하게 다투어지지 아니하였고 이를 입증할 만한 객관적인 자료가 제출되지 아니하였으며 그 판결의 주문이나 이유에서도 이 점이 명확히 판단되었다고 볼 수 없으므로, 위 민사 사건의 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라는 점이 확정되었다고 볼 수 없다는 이유로, 위 민사 사건의 판결 확정이 법 제45조의2 제2항 제1호의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 보아 피고의 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.

3. 앞서 본 법 제45조의2 제2항의 법리에 비추어 보면 이 사건 세금계산서가 허위가 아니어서 원고의 경정청구가 인정되기 위해서는 우일건설이 원고에게 이 사건 세금계산서상의 공급가액에 상당하는 건축공사 용역을 실제로 제공하였음이 위 민사 사건의 판결에서 확정되었어야 하는데, 위 민사 사건의 판결에서는 원고가 우일건설에게 이 사건 공사에 관하여 약정공사대금 135억 원을 초과하는 약 160억 원을 지급한 사실을 인정하였을 뿐, 정작 이 사건 세금계산서상의 56억 원에 관하여는 아무런 언급이 없는바, 그렇다면 위 민사 사건의 판결에서 인정한 사실만으로는 위 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 피고의 과세처분(2003. 2. 1.자 경정처분)이 정당하게 유지될 수 없게 되었다고 보기 어렵다 할 것이다.

원심의 이유 설시에 다소 부적절한 점은 있으나, 위 민사 사건의 판결 확정만으로는 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 경정청구사유에 해당하지 아니한다고 본 결론은 정당한 것으로 수긍할 수 있고, 거기에 상고이유로 주장하는 것과 같이 법 제45조의2 제2항 제1호의 해석이나 입증 책임에 관하여 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울고등법원 2009. 11. 3. 선고 2009누12329 판결】

【주문】 처분청승소

원고의 항소를 기각한다.

항소비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 제1심 판결의 인용

이 법원의 판결이유는, 제1심 판결문 중 일부를 다음과 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결문의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

2면 하 11행의 ‘2007. 7. 1.’ 및 3면 하 9행의 ‘200. 7. 1.’을 모두 ‘2001. 7. 1.’로 고쳐 쓴다.

3면 3행 ‘소장을’부터 5행 ‘이르러’까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

"① 소장에서는 ‘소외 회사가 원고로부터 이 사건 공사와 관련한 부가가치세 509,090,910원을 지급받고도 이를 세무관서에 납부하지 아니하였으므로 위 금원의 반환을 구한다’고 주장하였다가, ② 2006. 10. 13.자 청구원인 변경신청서에서는 ‘소외 회사가 원고에게 이 사건 세금계산서를 포함하여 합계 135억 원(공사도급금액) 상당의 세금계산서를 발행하였고, 원고는 2000. 5. 6.부터 2002. 1.까지 사이에 소외 회사에 그보다 25억여 원이 더 많은 합계 16,079,023,500원을 지급하였는데, 위 차액 상당의 금원은 소외 회사의 대표이사인 소외 1이 원고의 대표이사인 소외 2를 공갈하여 갈취한 것이다. 소외 1이 성동세무서에 원고가 이 사건 세금계산서를 이용하여 각종 세금을 포탈하였다는 내용의 허위투서를 함으로 인하여 원고는 성동세무서로부터 합계 2,683,214,548원에 달하는 부가가치세 및 종합소득세의 각 부과처분을 당하는 손해를 입었다’고 주장하면서 소장의 청구원인과 선택적으로 소외 회사의 위와 같은 불법행위에 기한 손해배상청구를 청구원인으로 추가하였고, ③ 그 후 변론종결일에 이르러서는"

6면 2행 ‘16,079,023,500원’ 다음에 아래 내용을 추가한다.

‘(그 중 위 공사대금 135억 원을 초과하는 부분과 관련하여, 당초 관련 사건의 소장에서는 이에 관한 아무런 언급이 없었고, 2006. 10. 13.자 청구원인 변경신청서에서는 소외 회사의 대표이사인 소외 1이 원고의 대표이사인 소외 2를 공갈하여 갈취한 금원이라고 하였다가, 그 후 변론종결 무렵에는 위 금원에는 공사대금의 성격도 포함되어 있다고 하는 등 주장이 일관되지 못하였다)’

6면 11행부터 7면 8행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『나아가 갑 제5호증, 갑 제13호증의 1 내지 6, 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 관련 사건에서 소외 회사에 이 사건 세금계산서상의 공사대금 56억 원을 지급하였다는 점을 입증할 만한 금융자료 등 객관적인 자료를 제출하지 못한 점, ② 원고가 소외 회사로부터 이 사건 공사와 관련하여 수취한 세금계산서 중 피고가 정상적인 세금계산서로 인정한 것(갑 제13호증의 1 내지 6)은 2000. 4. 29.자 세금계산서 1장(기록 175면)을 제외하고는 모두 ‘공급받는 자’란에 소외 회사의 상호 등이 수기로 기재되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장이 날인되어 있으며, 품목란에 ‘성동마트 기성금’이라고 기재되어 있는 반면에, 피고가 허위 세금계산서로 인정한 이 사건 세금계산서는 ‘공급받는 자’란에 소외 회사의 고무인이 날인되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장도 날인되어 있지 않으며, 품목란에도 ‘공사대금’이라고만 기재되어 있어 양자가 확연히 구별되는 점(그 금액에 있어서도 이 사건 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 인정된 것 중 가장 큰 금액인 20억 원으로 발행된 2000. 7. 30.자 세금계산서보다도 무려 36억 원이 더 많다), ③ 원고가 관련 사건에서 법원에 제출한 자료들 대부분은 그다지 어렵지 않게 수집할 수 있는 것으로 보여 위 자료들을 근거로 2003. 2. 1.자 부과처분에 대하여 불복할 수 있었을 것으로 보임에도 이를 다투지 않아 쟁송기간이 도과함으로써 위 부과처분이 그대로 확정된 점(원고가 2006. 4. 17.에 이르러서야 비로소 관련 사건 소송을 제기한 것도 석연치 않기는 마찬가지다), ④ 원고의 대표이사 소외 2는 별건 형사사건에서 이 사건 공사계약의 공사대금이 92억 원이라고 진술하였다가 이를 번복하여 공사대금이 136억 원이라고 진술하는가 하면, 관련 사건 소장에서는 공사대금이 135억 원이라고 진술하는 등 이 사건 공사대금의 규모에 관한 진술이 일관되지 않은 점, ⑤ 이 사건 세무조사과정에서 소외 회사의 대표이사인 소외 1은 ‘약정 공사대금은 합계 135억 원이나 그 중 실제로 받은 돈은 70억 원 정도이다’라고 진술하였는바(기록 145면), 이는 세무관서에 의하여 정상적인 것으로 인정된 세금계산서(갑 제13호증의 1 내지 6)의 합계액인 80억 원에 비교적 가까운 금액인 점, ⑥ 소외 회사가 이 사건 세금계산서와 관련한 매출세액을 과세관청에 신고한 것으로 보이기는 하나(2001년 2기 부가가치세 예정신고를 한 것으로 보인다), 그 경위에 관하여 소외 1은 ‘소외 회사가 원고에게 맡겨 둔 이 사건 세금계산서 용지에 원고가 임의로 금액 등을 기재하여 소외 회사에 팩스로 송부하자 이를 전송받은 소외 회사의 직원이 위 세금계산서가 허위임을 알지 못하고 부가가치세 신고를 한 것인데, 나중에 이를 알고 2001. 10. 31. 원고에게 위 세금계산서는 원고가 임의로 작성한 것으로서 이로 인한 책임은 모두 원고가 부담하여야 한다는 내용의 공문을 내용증명으로 발송하였다’고 진술하고 있고(기록 151면), 실제로 소외 1이 이 사건 세금계산서와 관련한 부가가치세를 납부하지도 아니한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보더라도, 위 관련 사건 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 진정한 것으로 확정되었다거나 원고가 위 세금계산서와 관련하여 소외 회사에 공사대금으로 56억 원을 지급하였다고 단정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없다.』

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

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【하급심-서울행정법원 2009. 4. 2. 선고 2008구합39059 판결】

【주문】 처분청승소

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 건축관련 시행업을 영위하는 법인으로서 2000. 1. 5. 소외 유한회사 우일종합건설(이하 ‘소외 회사’라 한다)과 사이에 소외 회사가 서울 성동구 성수2가 231-1 지상 상가건물(이하 ‘이 사건 상가건물’이라 한다)을 신축하는 내용의 공사도급계약을 체결하였다(이하 위 공사를 ‘이 사건 공사’라 한다).

나. 소외 회사가 2001. 6.경 이 사건 상가건물을 완공하자 원고는 위 상가건물의 점포를 분양한 후 2001년 2기 부가가치세를 신고·납부함에 있어 원고가 소외 회사에 2007. 7. 1. 공사대금 56억 원(부가가치세 포함)을 지급하였다는 전제 아래 2001. 7. 1자 소외 회사가 발행한 공급가액 5,090,909,090원, 세액 509,090,910원 합계 56억 원의 세금계산서(갑 제12호증, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 근거로 위 세금계산서의 세액을 매입세액으로 공제하여 2001년 2기 부가가치세로 1,221,011,211원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 원고가 2002. 9. 30.경 당좌거래정지처분을 받음에 따라 2002. 10. 17. 원고에 대해 세무조사를 실시한 다음, 2003. 2. 1. ‘원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원(부가가치세 포함)을 실제로 지급한 사실이 없음에도 마치 지급한 것처럼 허위로 이 사건 세금계산서가 작성되었다’는 이유로 위 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 부인하고, 원고에 대하여 2001년 2기 부가가치세를 1,894,748,960원으로 경정부과하고, 2001사업년도 법인세로 817,106,000원을 수시부과하였다(이하 위 부과처분들을 ‘2003. 2. 1.자 부과처분’이라 한다).

라. 이후 원고는 2006. 4. 17. 소외 회사를 상대로 서울동부지방법원 2006가합5213호로 부당이득금 반환청구의 소를 제기하면서 소장을 통해 소외 회사가 원고로부터 이 사건 공사와 관련한 부가가치세 509,090,910원을 지급받고도 세무관서에 납부하지 아니하였으므로 위 금원의 반환을 구한다고 주장하였다가 이후 변론 종결일에 이르러 위 주장에는 소외 회사가 공사대금을 초과하여 지급받았으므로 청구취지 기재 금원의 반환을 구하는 취지도 포함되어 있다고 주장하였고, 위 소송이 소외 회사에 대하여 공시송달로 소송서류가 송달되고 변론이 진행된 결과 위 법원은 원고가 변론 종결일에 한 주장을 받아들여 2006. 11. 23. 원고 승소판결을 선고하였으며(인용금액 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금), 위 판결은 2006. 12. 14. 확정되었다(이하 ‘관련 사건 판결’이라 한다). 한편, 원고는 2006. 12. 4. 위 판결문을 송달받았다.

마. 원고는 2007. 2. 5. 피고가 이 사건 세금계산서를 허위세금계산서로 보고, 원고가 200. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 없는 것으로 인정하여 위 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 부인하여 2003. 2. 1.자 부과처분을 하였으나, 관련 사건 판결의 확정에 따라 원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급한 사실이 확정되었으므로 이 사건 세금계산서에 따른 부가가치세의 매입세액 공제 및 법인세의 손금산입을 인정하여 2001년 2기 부가가치세를 1,221,011,211원으로, 2001사업년도 법인세를 670,978,424원으로 각 감액해야 한다고 주장하면서, 피고에게 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 경정청구를 하였다.

바. 피고는 2007. 3. 26. 관련 사건 판결문 및 원고가 제출한 자료만으로는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정사유가 발생하였다고 볼 수 없다는 등의 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2007. 11. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2008. 6. 30. 원고의 심판청구를 각하하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6, 8 내지 11호증, 을 제8호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 당사자의 주장

(1) 원고의 주장

원고는 관련 사건 판결에서 2003. 2. 1.자 부과처분의 각 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위(원고가 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하지 않았다는 사실)와 양립할 수 없는 반대사실(원고가 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하였다는 사실)이 확정되었고, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에서 공시송달에 의한 판결을 배제하고 있지 아니한 이상, 이는 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 원고의 후발적 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고의 주장

피고는 관련 사건 판결이 소외 회사의 소재불명으로 공시송달로 소송서류가 송달되고 변론이 진행된 결과 2003. 2. 1.자 부과처분의 각 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위가 재판과정에서 투명하게 다투어지지 않았으므로, 위 판결의 확정만으로 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정사유가 발생하였다고 볼 수 없다고 주장한다.

나. 관련 법령

국세기본법 제45조의2 (경정등의 청구)

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

다. 판단

(1) 국세기본법 제45조의2 제2항의 규정내용과 취지, 실질과세의 원칙과 기간과세의 원칙, 권리의무확정주의, 기타 세법상의 제원칙을 종합할 때, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 ‘과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어졌고 그것이 판결의 주문과 이유에 의하여 객관적으로 확인되는 경우이거나, 그 이외에 의제자백에 의한 판결이나 임의조정, 강제조정, 재판상 화해 등과 같이 판결이나 결정문 자체로는 거래 또는 행위에 대한 판단을 알 수 없더라도 거래 또는 행위 등이 재판과정에서 투명하게 다투어 졌고 그 결론에 이르게 된 경위가 조서 등에 의하여 쉽게 확정할 수 있고, 조세회피의 목적이 없다고 인정되는 경우만을 한정한다고 해석함이 상당하다.

(2) 그런데, 관련 사건 판결(갑 제6호증)은 원고와 소외 회사 사이에 이 사건 공사와 관련하여 체결한 공사계약 및 추가공사계약에 따른 공사대금이 135억 원인데, 원고가 2000. 5.경부터 2002. 1.경 사이에 소외 회사에 금 16,079,023,500원을 지급한 사실을 인정하고, 원고가 소외 회사에 지급한 위 금원 중 약정공사대금을 초과하는 부분은 부당이득이므로 소외 회사는 원고에게 원고가 구하는 금 509,090,910원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 판결한 것이고, 여기에 앞서 본 관련 사건의 소송경과 등을 더하여 보면, 2003. 2. 1.자 부과처분의 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 행위, 즉 원고가 이 사건 세금계산서 내용대로 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금으로 56억 원을 실제로 지급하였는지 여부가 재판 과정에서 대립된 당사자 사이에 투명하게 다투어졌다고 보기도 어렵고, 판결의 주문이나 이유에서 명확히 판단되었다고 볼 수도 없다.

또한, 갑 제13호증의 1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 관련 사건에서 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금 56억 원을 지급하였다는 점을 입증할 만한 금융자료 등 객관적이고 합리적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점, ② 원고가 소외 회사로부터 이 사건 공사와 관련하여 수취한 세금계산서 중 피고가 정상적인 세금계산서로 인정한 것(갑 제13호증의 1 내지 6)은 공급받는 자란에 소외 회사의 상호 등이 수기로 기재되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장이 날인되어 있으며, 품목란에 성동마트 기성금이라고 기재되어 있는 반면에, 피고가 허위계산서로 인정한 이 사건 세금계산서는 공급받는 자란에 소외 회사의 고무인이 날인되어 있고, 공급가액 및 세액란에 인장도 날인되어 있지 않으며, 품목란에도 공사대금이라고만 기재되어 있어 양자가 확연히 구별되는 점, ③ 원고가 관련 사건에서 법원에 제출한 대부분의 자료는 어렵지 않게 수집할 수 있는 자료로 보여서 위 자료들을 근거로 2003. 2. 1.자 부과처분에 대하여 불복할 수 있었을 것으로 보임에도 이를 하지 않은 점, ④ 원고의 대표이사 소외 2가 별건 형사사건에서 이 사건 공사계약의 공사대금이 92억 원이라고 진술하였다가 이를 번복하여 공사대금이 136억 원이라고 진술하였고, 관련 사건 소장에서는 공사대금이 135억 원이라고 진술하는 등 이 사건 공사대금의 규모에 대한 진술이 일관되지 않은 점 등에 비추어 보더라도, 위 관련 사건 판결에서 인정된 사실만으로는 이 사건 세금계산서가 진정한 것으로 확정되었다거나 원고가 2001. 7. 1. 소외 회사에 공사대금으로 56억 원을 지급하였다고 단언할 수 없고, 달리 이 점을 인정할 만한 아무런 증거도 없다.

따라서, 관련 사건 판결의 확정이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정청구사유에 해당한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.