과세관청이 2006. 3. 7. 납세자에 대하여 한 1,136,826,519원의 소득금액변동통지는 임대수입 누락액인 32,451,611원 부분에 한하여 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 4. 8. 피고가 중부산세무서에 대한 감사에서 지적한 바에 따라 전 대표이사

박광준에 대한 가지급금 2,012,792,610원과 임대보증금 누락액 4,500,000,000원 합계 6,512,792,610원을 원고의 소득에 익금산입하고, 이를

박광준에 대한 상여로 소득처분하는 내용으로 2003 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 수정신고(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다)하였다.

나. 원고가 이 사건 수정신고에 근거한 원천징수근로소득세액을 자진납부하지 아니하자 중부산세무서장은 2005. 9. 27. 원고에게 원천징수근로소득세 2,320,562,020원을 결정고지하였다(이하 ‘이 사건 원천징수처분’이라 한다).

다. 한편, 피고는 2005. 12.경부터 2006. 1. 30.경까지 사이에 실시한 원고 및 박광준에 대한 세무조사 과정에서, 원고가 사업용 토지와 건물(부산 중구 남포동6가 91 대지 및 지상 건물)을 취득하면서 그 대가의 일부로 5,408,417,702원을 지출한 사실과 2003 사업연도 임대수입 32,451,611원을 누락한 사실을 확인하여, 위 박광준에 대한 소득처분액(상여) 6,512,792,610원에서 위 지출액 5,408,417,702원을 차감하고 위 임대수입 32,451,611원을 합한 1,136,826,519원이 실질적으로 사외유출되어 위 박광준에게 귀속되었다고 인정하고, 이를 2003년 귀속 대표자(박광준)에 대한 상여로 소득처분하여 2006. 3. 7. 원고에게 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 을 1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 소의 적법 여부

가. 피고의 본안전 항변

⑴ 원고는 이 사건 처분을 통지받은 2006. 3. 7.로부터 90일 이내에 국세심판원에 심판청구를 제기하여야 함에도, 위 기간을 경과한 2006. 6. 12.에야 비로소 심판청구를 하였으므로, 이 사건 소는 전심절차인 행정심판청구의 제기기간을 도과한 것으로서 부적법하다.

⑵ 이 사건 처분은, 원고 스스로 수정신고한 박광준에 대한 소득처분액 6,512,792,610원에서 사업용 토지와 건물의 취득에 지출한 미계상 자산취득비 5,408,417,702원을 감액하고 남은 1,104,374,908원에 원고의 임대수입 누락분에 대한 소득처분액 32,451,611원을 합하여 위 소득처분액을 1,136,826,519원으로 변동통지하게 된 것으로서, 불복의 대상이 되는 소득처분액은 피고가 임대수입 누락에 대하여 새롭게 소득처분한 32,451,611원 부분에 한정되는 것이고, 나머지 소득처분액 1,104,374,908원은 원천징수의무자인 원고가 스스로 신고한 소득처분액에서 감액된 것에 불과하여 불복의 대상이 될 수 없으므로, 이 부분 원고의 소는 부적법하다.

나. 판단

⑴ 위 가.⑴항 주장에 대한 판단

국세기본법 제56조 제2항은 ‘

국세기본법 제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 이 법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다’고 규정하고 있고,

국세기본법 제68조 제1항은 ‘심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정하고 있다.

이 사건에 대하여 보건대, 갑 1호증, 갑 2호증의 1, 2, 을 4, 5호증의 각 기재와 증인 변천수의 증언(아래에서 믿지 아니하는 부분 제외)을 종합하면, 원고가 2006. 3. 7. 피고의 이 사건 처분이 기재된 소득금액변동통지서를 송달받은 사실 및 원고가 그로부터 90일이 지난 이후인 2006. 6. 12. 국세심판원에 이 사건 처분에 불복하는 내용의 심판청구를 제기한 사실은 인정되나, 한편, 위 각 증거들 및 을 1, 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 중부산세무서장이 2005. 9. 27. 원고에 대하여 이 사건 원천징수처분을 하였고, 원고가 이에 불복하여 2005. 10. 7.경 국세심판원에 심판청구를 제기하였으며, 위 원천징수처분에 대한 심판청구는

박광준의 상여로 소득처분된 금액이 사외유출되지 않았다는 점을 그 주된 이유로 하는 사실, 원고는 위 심판청구가 국세심판원에 계속중인 2006. 3. 7. 피고로부터

박광진에 대한 상여의 소득처분액이 상당부분 감액된 이 사건 처분을 받은 사실, 종래 대법원은 소득금액변동통지가 항고소송의 대상이 되는 독립한 행정처분이 아닌 것으로 판단하여 왔으나, 2006. 4. 20. 선고된 대법원 2000두1878호 전원합의체판결로써 소득금액변동통지가 독립적으로 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하는 것으로 인정되게 되었고, 원고는 위와 같이 소득금액변동통지에 대하여 항고소송을 제기할 수 있게 되었다는 사정을 뒤늦게 알게 된 후 2006. 6. 12.에야 국세심판원에 이 사건 처분에 불복하는 내용의 심판청구를 제기하였으며, 위 심판청구도 위 원천징수처분에 대한 심판청구와 마찬가지로 박광준의 상여로 소득처분된 금액이 사외유출되지 않았다는 점을 그 주된 이유로 하는 사실, 그런데, 이 때 원고는 이 사건 원천징수처분이 이 사건 처분으로 인하여 그 효력을 상실하였으므로 이에 대한 심판청구는 불필요하다고 판단하고, 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구의 취하서를 제출함과 동시에 이 사건 처분에 대한 심판청구서를 제출한 사실 또한 인정할 수 있는바, 위 인정사실을 모두 종합해 보면, 원고가 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구를 적법하게 제기하여 그 심판청구가 계속되던 중 그 기본적 사실관계를 같이 하는 이 사건 처분이 이루어졌을 뿐만 아니라, 이 사건 처분 이후인 2006. 4. 20. 대법원이 그 견해를 바꾸어 이 사건 처분과 같은 소득금액변동통지에 대한 항고소송의 대상성을 인정함에 따라 원고가 이 사건 원천징수처분과 이 사건 처분 사이의 관계 및 어느 처분을 불복의 대상으로 삼아야 하는지 여부 등에 관하여 정확한 판단이 어려운 상황에서 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구와 동일한 사유로 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기함과 동시에 기존의 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구를 취하하게 된 것이므로, 단순히 이 사건 처분에 대한 심판청구가 그 제기기간 만료일인 2006. 6. 5.에서 7일을 경과한 2006. 6. 12. 제기되었다는 형식적인 측면에만 치우쳐 살핌으로써 그 결과 이 사건 소를 적법한 전심절차를 거치지 못한 부적법한 소에 해당한다고 볼 수는 없다고 할 것이고(그리고 이 사건 처분에 대한 원고의 심판청구는, 대법원이 종전의 견해를 바꾸어 소득금액변동통지에 대하여 행정처분성을 인정한 때로부터 기산하면 90일이 경과되기 전에 제기된 것이다), 따라서, 이 부분 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

⑵ 위 가.⑵항 주장에 대한 판단

살피건대, 원천징수근로소득세는 이른바 자동확정방식의 조세로서 법률에서 규정하는 과세요건이 충족되기만 하면 조세채무의 확정을 위하여 특별한 절차를 필요로 하지 아니하고 조세채무가 성립됨과 동시에 확정되는 것으로 보기 때문에 과세관청의 처분이 개입될 여지가 없게 되나, 위와 같이 원천징수의무에 관한 조세채권이 자동확정방식에 의하여 그 납입할 세액이 자동적으로 확정된다 하더라도 과세관청이 원천징수의무자에게 원천징수할 세액을 정하여 그 납입을 고지한 이상 과세관청의 의견이 이때에 비로소 대외적으로 공식화되는 것이므로 그 고지내용과 견해를 달리하는 원천징수의무자로서는 그 고지된 세액으로 인한 징수를 방지하기 위하여 행정소송을 제기함으로써 구제를 받을 수 있는 것이다(

대법원 1974. 10. 8. 선고 74다1254 판결 참조).

이 사건으로 돌아와 보건대, 원고가 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구를 적법하게 제기하여 그 원천징수의무의 부존재에 관하여 다투어 오던 중 원천징수의무의 범위가 상당부분 감액된 이 사건 처분이 이루어졌고, 대법원의 견해 변경으로 인하여 이 사건 처분과 같은 소득금액변동통지에 대한 항고소송이 인정되게 되자, 원고로서는 굳이 이 사건 원천징수처분을 다툴 이유가 없다고 판단하고 이 사건 원천징수처분에 대한 심판청구를 취하함과 동시에 위와 동일한 이유를 들어 이 사건 처분에 대한 심판청구를 제기하고 이 사건 소에 이르게 된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 이 사건 원천징수처분에 대한 불복절차에서 다툴 수 있었던 원천징수의무의 부존재 사유를 이 사건 처분에 대한 불복절차에서도 마찬가지로 다툴 수 있다 할 것이고, 따라서 이 사건 처분이 피고의 주장과 같이 원고 스스로 수정신고한 소득처분액을 감액하는 내용으로 이루어졌다고 하더라도(원천징수근로소득세는 자동확정방식의 조세이므로, 그 부분에 관한 원고의 수정신고는 어떠한 효력이 있다고 볼 수 없다) 그러한 사유만으로 불복의 대상이 될 수 없다고 할 수는 없으므로, 이 부분 피고의 본안전 항변 역시 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 피고는 세무조사 결과 원고가 계상 누락한 자산취득비를 5,408,417,702원으로 인정하였으나, 실제 누락된 자산취득비는 120억 원에 이르고, 또한 이 사건 건물의 인테리어 비용에 대해서도 18억 9천만 원 정도 누락되었는바, 이를 모두 감안하면 이 사건 익금산입액 전부가 원고에게 유보되었고, 사외유출된 부분이 전혀 없다고 할 것이므로, 이 사건 처분은 위법하다.

⑵ 이 사건 처분 중 원고회사의 자금이 사외유출되었음을 전제로 하여 대표자 박광준에 대한 상여로 소득처분한 1,104,374,908원 부분은, 원고의 법인회계상 주임종단기채권으로 계상되어 있어 사외유출된 것이 아님에도, 위 금액이 사외유출되어 위

박광준에게 귀속되었다는 점에 대하여 아무런 자료도 없이 이를 익금에 산입하고 대표자에 대한 상여로 인정하여 소득처분한 것이므로, 이 사건 처분은 적어도 위 금액의 범위내에서는 위법하다.

나. 판단

⑴ 위 가.⑴항 주장에 대한 판단

살피건대, 실제 누락된 자산취득비가 120억 원에 이르고, 계상 누락된 인테리어비용도 18억 9천만 원이 된다는 원고의 주장에 부합하는 듯한 증인 변천수의 증언은, 증인이 2001. 2.경부터 현재까지 원고의 세무기장대리를 맡고 있고, 이 사건 처분과 관련한 국세심판청구를 대리하는 등 이 사건과 밀접한 관련이 있는 점 및 위 내용을 입증할 아무런 자료가 없는 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵고, 갑 3 내지 9호증의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

⑵ 위 가.⑵항 주장에 대한 판단

㈎

법인세법 제67조는 ‘각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 신고된 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여⋅배당⋅기타 사외유출⋅사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다’고 규정하고 있고,

법인세법 시행령 제106조는 제1호에서 ‘익금에 산입한 금액이 사외로 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다’,

제2호에서 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것’이라고 각 규정하고 있으며, 과세처분취소소송에 있어서 과세요건이 되는 사실에 관하여는 원칙적으로 과세관청에 그 입증책임이 있다고 할 것이므로, 피고가 박광준에 대한 상여로 소득처분하기 위하여는 익금에 산입한 것일 것, 사외유출된 것이 분명할 것, 귀속자가

박광준이거나 귀속자가 불명할 것 등의 요건을 입증하여야 한다.

㈏ 우선, 위 소득처분액 중 1,104,374,908원 부분에 관하여 보건대, 을 1, 3호증의 각 기재에 의하면, 원고의 2003 사업연도 소득금액조정명세서상 6,512,792,610원이 주임종단기채권으로 계상되어 있고, 박광준이 원고의 대표이사직에서 사임함으로써 원고와 박광준과의 특수관계가 소멸할 때까지 원고가 위 금원을 회수하지 아니한 사정은 인정되나, 위와 같이 특수관계자에 대한 채권이 법인회계상 정상적으로 계상되어 있는 이상 특수관계가 소멸할 때 채권의 포기나 채무의 면제 등에 의하여 관련 채권․채무관계가 소멸하여 그 이익이 특수관계자에게 분여된 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 없는 한 특수관계의 소멸 등의 이유로 이를 바로 익금에 산입하거나 사외유출되어 특수관계자에게 귀속되었다고 볼 수는 없는 것이므로(

대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10644 판결 참조), 위와 같이 주임종단기채권이 특수관계의 소멸시까지 회수되지 아니하였다는 사정만으로 곧바로 위 금원이 법인세법 소정의 익금산입의 대상에 해당될 뿐만 아니라 사외로 유출됨으로써 소득처분의 대상이 된다고 단정할 수는 없고(게다가 이 사건의 경우, 원고는 현 대표이사인 김완겸이 2003. 4.경 박광준으로부터 원고 회사의 주식 전부를 양수할 당시

박광준의 원고에 대한 위 주임종단기채무를 인수하였으므로, 여전히 위 주임종단기채권을 원고가 보유하고 있다고 하고 있다), 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 있다.

㈐ 다음으로, 위 소득처분액 중 32,451,611원 부분에 관하여 보건대, 법인이 매출사실이 있음에도 그 매출액을 장부에 기재하지 아니한 경우에는 다른 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하며 이 경우 그 매출누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 하는 것인바(

대법원 2006. 12. 21. 선고 2005두2049 판결 등 참조), 을 1, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2003 사업연도 결산시 위 사업용 건물을 임대하여 얻은 수입 중 32,451,611원(부가세 포함)을 회계장부에 기재하지 않은 사실 및 피고가 원고에 대한 세무조사결과 위 누락부분을 확인하고 이 부분을

박광준에 대한 소득처분액에 포함시킨 사실이 인정되므로, 위 임대수입 누락액이 사외로 유출된 것으로 보이는 반면, 위 임대수입 누락액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼만한 특별한 사정을 인정할 자료는 없으므로, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

다. 소결

따라서, 피고가 2006. 3. 7. 원고에 대하여 한 1,136,826,519원의 소득금액변동통지(소득 종류 : 상여, 귀속 사업연도 : 2003, 소득자 : 박광준)는 임대수입 누락액인 32,451,611원 부분에 한하여 적법하고, 이를 초과하는 부분은 위법하다.

4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.